猪瘟病毒广西流行毒株E0基因的克隆与分析

应用RT-PCR方法对猪瘟病毒E0基因进行扩增、克隆及测序,用DNA Star分析软件对6株毒株与猪瘟兔化弱毒苗(HCLV)、石门(Shimen)株、Paderborn株、GXWZ02株的相应片段进行比较分析,构建了CSFV遗传进化树。序列分析表明,广西流行株与HCLV株、Shimen株、Paderborn株、GXWZ02株之间核苷酸的同源性分别为80.8%~81.5%、82.8%~83.3%、93.1%~94.2%、93.7%~94.2%,推导的氨基酸同源性分别为88.3%~89.7%、89.7%~91.1%、96.2%~97.7%、97.7%~99.1%;6株广西CSFV流行毒株与国内外已发表的14株病毒相应序列进行比较,构建遗传进化树,结果表明所比较的20株毒株分为2个基因群,广西流行毒株均属于基因群Ⅱ。本研究成功地对广西流行猪瘟病毒株的E0基因进行了测序分析,表明近年来广西流行毒株未发生较大的变异,但病毒株有远离疫苗株发展的趋势。     

北京部分地区猪瘟病毒流行株E2基因序列分析

为了解北京地区猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的遗传变异情况,采用套式RT-PCR方法,对从北京部分地区近期分离的7株CSFV流行毒株的E2基因主要抗原编码区进行了扩增、克隆与序列测定,并应用DNA Star分析软件对所测定的7株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对。结果表明,7株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为96.3%～99.3%和95.6%～100%,与CSFV石门毒株(Shimen株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.7%～83.5%和82.4%～84.6%,与CSFV兔化弱毒株(HCLV株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为80.6%～81.7%和78.0%～80.2%,7株CSFV流行毒株均属于基因2群,且705、713、729和734位氨基酸发生置换。本研究初步揭示了北京部分地区目前流行的CSFV毒株与Shimen株和HCLV株在E2基因主要抗原区上存在较大差异。     

辽宁地区猪瘟病毒流行株E2基因序列分析

为了解近年来辽宁地区猪瘟流行毒株的遗传变异情况,本试验利用RT-PCR方法对2006年～2011年辽宁地区发病猪群中猪瘟病毒感染情况进行了检测并获得了20株猪瘟病毒E2基因部分编码序列的扩增片段,测序后得到276 bp的E2基因编码序列;并在此基础上利用DNAStar和MegAlign等软件对所测定的20株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对.结果表明,20株猪瘟野毒株分别属于基因2.1、2.2亚型和1.1亚型,其中基因2.1亚型已经成为辽宁地区猪瘟病毒的优势流行毒株.属于基因2.1亚型的猪瘟野毒株与疫苗株之间的同源性在76.8％～80.5％之间,与经典强毒Shimen株的同源性在77.4％～81.1％之间.而病毒E2基因变异位点主要分布在所测序列的前30个氨基酸,与强毒Shimen株、疫苗株相比其变异率高达20％以上.说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性,并且多数毒株已向远离强毒Shimen株、疫苗株方向变异.     

山西猪瘟野毒株E_2基因序列测定与遗传变异多样性分析

为了解山西地区猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法,2013年从山西部分地区分离出5株CSFV流行毒株,并进行了E2全基因扩增、克隆与序列测定,应用DNAStar分析软件对所测定的5株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析,绘制系统发育进化树。结果表明：5株CSFV流行毒株之间E2基因核苷酸序列与所推导氨基酸序列的同源性分别为81.4%~100%和87.9%~100%,与CSFV石门毒株（Shimen株）的核苷酸与氨基酸的同源性分别为82.9%~94.8%和89.0%~94.9%,与CSFV兔化弱毒株（HCLV株）的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.6%~99.6%和87.9%~99.5%,与17株来自各国不同地区的CSFV参考毒株的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.5%~99.6%和86.3%~99.7%。经系统发育关系分析,4株属于基因2群,且705、713、725、729、734和738位氨基酸发生置换,另外1株属于基因1群。本研究揭示了山西猪瘟流行毒株的遗传变异多样性现状。     

广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析

通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。     

咸阳地区猪瘟病毒 E2基因扩增与序列分析

为了解陕西咸阳地区猪瘟流行毒株 E2基因变异情况，采用套式 PCR 方法，扩增了17个流行毒株和2个市售疫苗毒株 E2基因主要抗原区，并进行了序列比对分析。结果表明，17个流行毒株和兔化弱毒株（HCLV）株相比，E2基因主要抗原区核苷酸同源性在79．0％～80．9％，氨基酸同源性在80．0％～84．4％。市售疫苗和 HCLV 株核苷酸同源性为93．4％，氨基酸同源性为90．0％。系统发育树分析发现17个流行毒株同属基因Ⅱ群。流行毒株与 HCLV 相应氨基酸位点相比，总体变异氨基酸位点占26．4％，呈现出典型的变异特征。17个流行毒株在2个氨基酸关键位点出现了705（T→I）、729（L→A）变异现象，可能导致抗原性发生改变。发现 E2蛋白高保守序列 RYLASLH（713～719）变异现象，即 XYSY01株719位发生了 H→R 变异。结果提示，近年陕西咸阳地区猪瘟病毒流行毒株变异较为一致，E2基因核苷酸与编码氨基酸有较明显的变异。     

广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列，设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组，将这11个基因片段克隆，并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较，核苷酸同源性分别为85．4％、84．6％、88．7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95．3％、85．7％、85．7％85．4％、83．4％、84．3％，推定的氨基酸同源性分别为92．6％、91．7％、94．2％、93．1％、92．9％、92．3％、93．0％、97．7％、92．6％、93．0％、92．6％、90．5％、90．6％。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异，表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析，所比较的14株CSFV被分为2个群：GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ，其余的11个毒株被归为群Ⅱ，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。     

广西柳州猪瘟流行毒株E2基因的扩增及序列分析

为了了解猪瘟流行毒株间的差异,试验应用RT-PCR技术对1株广西柳州流行的猪瘟野毒的E2基因进行了扩增、克隆及测序,利用DNAStar分析软件将其与国内外参考毒株的抗原序列进行比对分析,并绘制了系统发育进化树.结果表明:柳州株的核苷酸序列及推导的氨基酸序列存在多处替换,与中国标准株Shimen和疫苗株HCLV核苷酸序列...     

猪瘟流行毒E2基因部分编码序列的分析与比较

利用PCT-PCR方法获得16个猪瘟流行毒株、5株弱毒疫苗株和外来的4株猪瘟E2基因部分编码序列的扩增片断，并对其进行测序，获得659bp含E2基因N段A、B、C、D四区域的编码序列。利用DNAstar软件对其中616bp的片段进行序列分析，并与Genebank中的Alfort、Brescia、HCLV、Shimen等毒株进行比较．结果20株病毒所测序列均为猪瘟E2基因序列，所有毒株碱基替换随机分布于整个序列．部分毒株出现碱基缺失现象。序列分析结果表明近期流行的毒株不仅与50年代流行的Shimen株、现用的疫苗株距离较远，而且流行毒株呈不同亚群方向演变。本研究所测的20株流行株E2基因N端6个与C端的2个半胱氨酸(Cys)均未发生变异．但其他位点的核甘酸变异与缺失．引起各区的抗原表位呈现不同程度的变异。     

福建地区猪瘟病毒流行株基因分型及E2基因遗传变异分析

为了解福建地区2013—2014年猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的分子生物学特性与变异规律,采集了福建地区多个猪场的40份疑似猪瘟样品,应用RT-PCR技术对E2基因的主要抗原编码区进行扩增及序列分析,其中31份为猪瘟阳性。序列分析结果表明,31株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为78.5%~100.0%和82.2%~100.0%,与国内外分离株的核苷酸同源性为81.1%~98.9%,氨基酸同源性为79.8%~95.6%;遗传进化树分析表明,31株CSFV属于1.1和2.1亚群,其中23株为1.1亚型,8株为2.1b和2.1c亚群,没有发现2.2和2.3亚群毒株。氨基酸序列分析表明,流行株在免疫逃逸相关位点705,713,729和734位氨基酸发生变异,FJ02毒株B细胞表位关键位点771位氨基酸发生变异,表明福建地区CSFV流行毒株呈现遗传变异多样性。     

黄羽肉鸡J亚群禽白血病病毒分离鉴定与全基因组序列分析

为了解J亚群禽白血病在黄羽肉鸡中的流行状况,采用病料研磨液接种DF-1细胞、ELISA p27抗原检测、PCR扩增等方法,从广东某鸡场送检疑似禽白血病的黄羽肉鸡病料中分离鉴定出1株J亚群禽白血病病毒,命名为GDLZ0715。为进一步了解该病毒分子学特性,对其进行全基因组测序,并与其他ALV-J毒株进行比较。结果表明,GDLZ0715分离株整个基因组中gag、pol、env基因和LTR相对保守,与各参考ALV-J毒株序列同源性分别达93.5%~95.9%、96.8%~97.3%、89.6%~94.6%和90.8%~95.1%;3′UTR变异较大,与各ALV-J参考毒株序列同源性仅为80.5%~93.4%,其中rTM和E元件大量碱基缺失;进一步分析表明3′UTR中rTM区和E元件大量碱基缺失正成为我国肉鸡ALV-J毒株的变异趋势。     

2.1c亚群猪瘟病毒GXF29/2013株全基因组克隆测序及遗传进化分析

参考GenBank登录的2.1亚群猪瘟病毒(CSFV)的核苷酸序列,设计并合成4对引物,应用RT-PCR技术,扩增出了CSFV广西流行毒株GXF29/2013的全基因组,并进行核苷酸测序。结果 GXF29/2013株的全基因组长度为12 296个核苷酸。用MEGA5.0软件对GXF29/2013与GenBank上登录的20株不同亚型(1.1、2.1、2.2、2.3和3.4)CSFV参考株进行全基因组核苷酸序列及开放阅读框编码的氨基酸序列比较,发现GXF29/2013与参考株核苷酸序列同源性在83.2%~98.0%之间,氨基酸序列同源性在91.2%~98.8%之间。用E2基因进行系统发生树分析,结果表明GXF29/2013属于最近出现的2.1c亚群。对E2蛋白进行分析,结果表明GXF29/2013株有2.1c亚群毒株的特征,与2.1b毒株的遗传进化关系比与1.1亚群毒株的近。该毒株既保留了CSFV E2蛋白的一些关键特征,又与疫苗毒株的一些关键抗原位点不同。GXF29/2013病毒株全基因序列的获得为下一步进行CSFV反向遗传操作平台的建立奠定了基础。     

猪瘟病毒的分离鉴定及其E2基因序列分析

2004~2005年上海和江苏3家猪场发生仔猪急性死亡,用ELISA鉴别试剂盒证明为猪瘟感染。用PK15细胞分离病毒,传代至第3代无细胞病变,RT-PCR扩增E2基因为阳性,扩增片段经纯化后克隆入T载体并进行序列测定。通过DNAStar软件对3株病毒的基因序列进行了比较,同时构建了系统进化树,结果表明,三株病毒分离株均扩增出269bp片段并且核苷酸序列100%同源,这3株与Alfort、Shimen株、兔化弱毒株(HCLV)和Brescia4个标准毒株核苷酸序列同源性均在90%以上,说明在江苏、上海地区分离得到的3株猪瘟病毒与流行毒株在基因序列上没有发生大的变异。     

规模化猪场脐带血猪瘟病原检测及遗传变异分析

为了了解某规模化猪场母猪猪瘟病毒(CSFV)带毒及病原遗传变异情况,应用荧光定量PCR对117份分娩母猪的脐带血进行猪瘟病原检测,对阳性样品进行CSFV E2基因RT-PCR扩增,研究CSFV遗传变异特性。结果表明,该猪场猪瘟病原阳性率为7.69%(9/117),5株CSFVE2基因之间的核苷酸同源性为97.8%~100%,与参考株的同源性为80.0%~97.5%,与C株和HCLV株的同源性分别为95.6%~96.7%、96.4%~97.5%;5株CSFVE2基因推导的氨基酸同源性为97.8%~100%,与参考株之间同源性为83.5%~96.7%,与C株和HCLV株同源性均为95.5%~96.7%。遗传进化树分析表明,5株CSFV E2基因属于1.1亚群,与疫苗株HCLV亲缘性最近;氨基酸变异位点分析表明,5株CSFV E2基因在位于抗原决定区内氨基酸发生较小程度的变异。表明该猪场通过胎盘屏障感染仔猪的猪瘟病毒可能来源疫苗株,这种现象应该引起重视。     

河北省猪瘟病毒分子流行病学调查

为了研究河北省猪瘟病毒(CSFV)遗传变异规律,试验采用RT-PCR方法对河北省CSFV流行毒株E2基因进行扩增并测序,分析其遗传变异。结果表明:河北省CSFV流行毒株分为基因Ⅰ群和基因Ⅱ群,没有检测出基因Ⅲ群毒株。检测到3个基因型,其中起源于欧洲的2.1亚型已成为河北省的主要流行毒株,中国1.1亚型的传统毒株仍然存在,而20世纪80—90年代的基因2.2亚型和2.3亚型很少,有消失的趋势。核苷酸和氨基酸序列同源性分析显示,E2蛋白抗原表位氨基酸位点已发生变异,且疫苗株HCLV1900和流行毒株同源性较低,可能导致疫苗不完全保护。     

2014-2015年河南省猪瘟野毒E2、E0基因变异分析

为了解河南省猪瘟病毒近2年的分子特征及变异情况,本试验使RT-PCR方法从猪瘟病料中获得了5株猪瘟病毒的E2基因全序列和其中10株E0基因全序列,并对猪瘟病毒阳性样品的E2和E0基因进行测序及变异分析。结果显示:扩增的河南省5株猪瘟病毒的E2基因,其中4株猪瘟病毒E2基因与石门株E2基因相比存在14个氨基酸的变化,1株和石门株E2基因存在4个氨基酸变化。与Shimen株相比,河南省猪瘟病毒的E2基因有1个糖基化位点的突变。扩增的10株猪瘟病毒的E0基因,发现河南省的猪瘟病毒之间E0基因同源性高,且其E0基因从密码子程度上一直在向远离经典毒株Shimen株和疫苗株HCLV的方向发展。对E2基因和E0基因进行进化分析发现河南省猪瘟病毒承受净化选择压力。以E2基因为基础进行分型,发现河南省共同存在猪瘟病毒1.1型和2.1b型;提示河南省猪瘟病毒变异种类更加多样化。     

广西一株流行猪瘟毒株全基因序列的克隆和序列分析

本实验参照已发表的猪瘟病毒(CSFV)石门株、HCLV株、Paderborn株、GXWZ02株等的基因组序列设计合成了11对引物,通过RT-PCR方法从广西一株流行猪瘟病料中直接扩增得到了11个片段,将所得片段克隆至PGEM-Teasy载体上,经过测序、拼接,最终得到广西猪瘟GX54基因组全序列。序列分析表明,GX54基因组全长12296个碱基。与国内外已发表的10株猪瘟病毒系列进行同源性分析,结果表明,与各株核苷酸同源性分别为85.1%、85.0%、85.1%、84.7%、84.8%、94.4%、84.3%、94.3%、84.8%、84.5%。系统发育树分析发现,所比较的11个毒株可以分为2群,1群包括GX54,GXWZ02和Paderborn株,其余毒株属于2群,其中GX54株与GXWZ02株关系最近。     

我国猪瘟病毒基因流行变异研究

猪瘟是由猪瘟病毒引起的一种高度接触性和致死性病毒性传染病,该病流行广泛,发病率和死亡率较高,是危害我国乃至世界养猪业的主要疫病之一。我国猪瘟病毒流行毒株主要分为猪瘟病毒基因Ⅰ群和基因Ⅱ群,且以基因Ⅱ群为主,尚未发现基因Ⅲ群。基于E2基因序列分析表明,我国猪瘟病毒的流行毒株正在向远离猪瘟兔化弱毒疫苗株(HCLV株)方向变异;E0基因序列分析表明,流行株与疫苗株相比虽然发生了一定程度的变异,但是在RNase活性关键位点高度保守,未出现变异。     

我国猪瘟病毒分子流行病学研究进展

猪瘟是严重危害我国养猪业的烈性传染病.近年来,我国在猪瘟病毒的分子流行病学研究方面取得了较大进展.基于E2、E0基因对我国猪瘟病毒流行毒株分群显示,基因Ⅱ群占主导地位,基因Ⅰ群次之,没有发现基因Ⅲ群.我国多数猪瘟病毒流行毒株E2基因越来越向远离HCLV株的方向变异,这一趋势可能会对我国以疫苗免疫为主的防控策略构成威胁.流行毒株E0基因与疫苗株相比发生了一定程度的变异,但在RNase活性有关的关键位点上高度保守,没有发现变异位点.     

广西猪瘟流行毒株E2基因的序列分析

对从广西南宁和柳州分离的2株猪瘟病毒E2基因进行了测序。应用DNAstar序列分析软件对所测2个毒株GXNN、GXLZ的E2基因序列与猪瘟兔化弱毒株和石门(Shimen)株进行了比较分析。结果显示，GXNN、GXLZ株与猪瘟兔化弱毒株核苷酸序列的同源性分别为82．1％和82．6％，推导氨基酸序列的同源性分别为87．9％和88．7％；GXNN、GXLZ株与Shimen株核苷酸序列的同源性分别为83．6％和84．0％，推导氨基酸序列的同源性分别为89．3％和90．1％。GXNN、GXLZ株与猪瘟兔化弱毒株和Shimen株的核苷酸序列和氨基酸序列都有明显差异。