奶牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆及序列分析

研究根据GenBank上发表的牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白的基因序列设计合成1对引物,用PCR方法扩增出了牛瑟氏泰勒虫的基因片段,将该基因纯化后连接到pMDl8-T栽体上,进行序列测定和分析,并用此方法对延边某奶牛场10头奶牛进行了检测.结果表明:10份样品中9份为阳性,所扩增的目的基因核苷酸长为868 bp,共编码283个氨基酸;该段基因片段与牛泰勒虫韩国株核苷酸序列同源性为99.4%,氨基酸同源性为99.3%.     

牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆与序列分析

为分析吉林省流行的牛瑟氏泰勒虫基因序列，根据GenBank上发表的牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因序列设计合成一对引物，用PCR方法扩增出牛瑟氏泰勒虫的基因片段，并成功地将该基因纯化后克隆到pGEM-TEasy载体上，将经EcoRⅠ酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序。结果表明克隆的基因片段长度为868bp，编码283个氨基酸，有2个潜在的糖基化位点。核苷酸同源性分析表明，该基因片段与韩国株（AF521557）、日本株（AB016280）、俄罗斯株（AB016279）的核苷酸序列同源性分别为99．4％、88.0％、88．1％。     

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.     

牛瑟氏泰勒虫HSP70 cDNA片段的克隆与系统发育分析

从血液涂片检查为牛瑟氏泰勒虫阳性的病牛血液中提取总RNA,通过RT-PCR技术扩增出牛瑟氏泰勒虫HSP70基因,将其重组到pMD-18TSimple载体后进行克隆、序列测定及分析。结果表明该片段长1 966 bp,编码620个氨基酸残基,将该基因片段序列与GenBank中13种已知梨形虫的相应序列进行比较分析,牛瑟氏泰勒虫吉林分离株与已报道的牛瑟氏泰勒虫亲缘关系最近,其次是环形泰勒虫,与马巴贝斯虫亲缘关系较远。     

牛瑟氏泰勒虫表面蛋白P33基因的克隆与真核表达载体的构建

根据已发表的牛瑟氏泰勒虫(Theileria sergenti)表面蛋白P33基因的核苷酸序列设计引物,应用PCR技术从牛瑟氏泰勒虫基因组DNA中扩增P33基因片段,克隆到pMD18-T simple载体上,重组质粒经PCR、酶切鉴定后测序分析。进一步将该基因插入到真核表达载体pVAXⅠ,为今后深入研究该基因的表达及其功能奠定了基础。     

犬冠状病毒小膜蛋白基因的分子克隆与序列分析

首次对犬冠状病毒(CCV)V1株和DXMV株小膜蛋白(SM)基因进行了克隆和序列测定.用RT-PCR对分离的CCV V1和DXMV野毒株SM基因进行了扩增,并将其克隆到pMD18-T中进行核苷酸序列测定.结果两毒株SM基因ORF全长均为246bp,编码82个氨基酸;与GenBank中CCV标准毒株Insavc-1 SM基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为100%、92.1%和100%、90.9%.DXMV株与Insavc-1株SM基因相比有9个碱基发生了改变,导致4个氨基酸发生变化.对冠状病毒科中不同的冠状病毒SM基因及其推导的氨基酸序列聚类分析表明,冠状病毒可分为4个群,群内不同冠状病毒SM基因及其蛋白显示出很高的同源性,而不同群之间的同源性却较低.     

牛瑟氏泰勒虫表面蛋白p33基因的真核表达

目的构建牛瑟氏泰勒虫表面蛋白p33基因的真核表达载体。方法根据已发表的牛瑟氏泰勒虫（Thei-leria sergenti）表面蛋白p33基因的核苷酸序列设计引物,应用PCR技术从牛瑟氏泰勒虫基因组DNA中扩增p33基因片段并克隆入pMD18-Tsimple载体。进一步将该基因插入到真核表达载体pVAXⅠ,转染Hela细胞后进行RT-PCR检测和IFA检测。结果牛瑟氏泰勒虫表面蛋白p3基因成连接到pVAXⅠ载体中,并在真核细胞中有效表达。结论本研究试验为今后该基因的进一步动物试验奠定了基础。     

环形泰勒虫HSP90原核表达与中药单体筛选

旨在克隆、表达环形泰勒虫HSP90基因并筛选与其结合的中药单体。对新疆地方环形泰勒虫株HSP90基因进行PCR扩增、克隆测序，并构建系统进化树。对HSP90蛋白理化特性、高级结构与亚细胞定位进行预测分析。构建原核表达载体HSP90-pET32a,筛选诱导表达条件，经镍株纯化重组蛋白并用Western blot检测其免疫原性。使用DrugRep服务器对靶向环形泰勒虫HSP90的中药单体筛选。结果显示，HSP90基因编码的蛋白序列与小泰勒虫序列(登录号：XP 766455)同源性较高。HSP90蛋白编码223个氨基酸，理论pI为8.4,具有28个磷酸化位点。HSP90蛋白二级结构以α-螺旋(66.37%)和无规则卷曲(19.28%)为主，存在多个B细胞抗原表位，亚细胞定位主要分布于细胞质。HSP90-pET32a蛋白相对分子质量约50 ku, 0.2 mmol/L IPTG诱导3 h蛋白表达较好。Western blot结果显示，该蛋白具有较好的免疫原性。经虚拟筛选，发现了5种与环形泰勒虫HSP90有较好结合力中药单体，其中圣草次甙结合力最强(affinity=-8.5 kJ/mol),作...     

牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆及在大肠杆菌中的表达

应用PCR方法扩增了牛瑟氏泰勒虫吉林株P33表面蛋白基因片段,并将扩增产物与pMD18-T载体连接,重组质粒经PCR、双酶切鉴定后测序;构建P33重组pGEX-4T-3表达载体,转化大肠杆菌BL-21,经IPTG诱导表达后.进行SDS-PAGE、免疫印记分析.结果显示,获得P33基因完整开放阅读框长868 bp,编码292个氨基酸,与中国株同源性为99.1%;表达的融合蛋白相对分子质量为59 000,能被牛瑟氏泰勒虫阳性血清识别,表明该融合蛋白具有较好的免疫原性.     

牛病毒性腹泻病毒P20和P14基因的克隆及序列分析

参考GenBank中BVDV Oregon C24V株的基因组序列设计两对引物,利用套式PCR方法扩增P20基因,扩增出预期525 bp的目的片段.扩增产物克隆至pMD18-T载体,经酶切鉴定获得阳性重组质粒并对其进行测序.测序结果与参考序列Oregon C24V比较,二者的核苷酸同源性仅为80.95%,推导氨基酸同源性为87.50%.测序结果经NCBI上的Blast(Http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)同源性比较,克隆得到的基因与Osloss株同源性最高,核苷酸同源性为93.65%,推导氨基酸同源性为95.83%.根据P20的测序结果,参照GenBank中BVDV Osloss株设计一对引物,扩增P14基因,经同源性比较,扩增的P14基因与Osloss株核苷酸同源性为94.77%,推导氨基酸同源性为95.10%,通过系统发生分析,推测P20基因和P14基因与Osloss株在进化上比较接近.     

传染性法氏囊病病毒强毒株HB／11的分离与鉴定

2011年8月,从河南省疑似传染性法氏囊病鸡群采集病料,通过鸡胚接种、琼脂扩散试验和RT-PCR等方法,证实分离的病毒为传染性法氏囊病病毒（Infectiousbursaldiseasevirus,IBDV）,命名为HB／11株。序列分析表明,HB／11株VP2基因的核苷酸序列与GenBank中发表的部分国内外IBDV超强毒株VP2基因序列相似性在99％左右;HB／11株VP2高变区基因含有七肽基序为SWSASGS,在222、253、256、279、284、294和299位上的氨基酸残基分别是A、Q、I、D、A、I和S,具有IBDV强毒的分子特征。动物回归试验表明,30日龄鸡群接种该毒株后引起鸡群发病率为100％,死亡率为70％,剖检可见鸡传染性法氏囊病典型病变。因此该病毒为IBDV强毒株。     

家蚕精巢特异性蛋白激酶基因Bm-TSSK的克隆及序列与表达分析

睾丸特异性丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(testis-specific serine/threonine kinase,TSSK)首先在哺乳动物中被发现,是一类在精子发生过程起重要作用的蛋白激酶。通过EST同源筛选方法,用人(Homo sapiens)的TSSK2、TSSK4、TSSK6基因cDNA和小鼠(Mus musculus)的TSSK1、TSSK3、TSSK5基因cDNA为探针在GenBank家蚕EST数据库中搜索同源基因,通过在家蚕基因组数据库的同源性检索以及电子克隆,获得一条家蚕精巢特异性蛋白激酶基因的序列,命名为Bm-TSSK(GenBank登录号:JN159476)。据此预测序列设计引物,成功地在家蚕精巢组织中克隆了Bm-TSSK基因完整的开放阅读框(ORF),序列分析及同源性比对表明:Bm-TSSK序列长1 402 bp,ORF为1 041 bp,没有内含子,推测编码346个氨基酸残基,在编码氨基酸序列20～284区域有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的结构域;该基因推导的氨基酸序列在进化上与赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、熊蜂(Bombus terrestris)、顶切叶蚁(Acromyrmex echinatior)的亲缘关系较近,相似度分别为81%、86%和85%。基于定量PCR和基因芯片的数据分析显示Bm-TSSK在家蚕5龄第3天幼虫的精巢特异性高表达,推测Bm-TSSK参与了家蚕精子的形成。     

广西梧州地区近十年传染性法氏囊病病毒vVP2变化特征分析

为了解近10年来广西梧州地区鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)分子进化情况,对2013年—2014年间来自该地区传染性法氏囊病(Infectious bursal disease,IBD)的法氏囊样品进行IBDV的分离鉴定,并对分离株以及课题组2006年—2013年间分离的毒株,共24株的VP2高变区(vVP2)进行序列分析和遗传进化分析。结果表明,QX0601等23个分离株在关键氨基酸位点上具有256I、284A、294I等超强毒株(vvIBDV)的分子特征,遗传进化分析表明,这23株分离株与UK661、HK46等超强毒参考株同处一个分支中,亲缘关系较近;QX110603在关键性氨基酸位点上则具有256V、284T、294L等弱毒株的特征,遗传进化分析显示,其与BJ836等致弱株处于同一分支,亲缘关系较近。对所有分离株进行氨基酸位点分析发现,该地区IBDV进化出现了新的特点,212D-212N符合国内近年来的分离株的变化趋势,209T-209A、338R-338H、359T-359R则表现出地域特点,未曾见过相似报道。研究结果表明,具有vvIBDV分子特征的分离株是该地区近10年来主要流行毒株,该地区IBDV毒株在vVP2序列上仍处于不断进化中,且带有地域特点。     

禽流感病毒H9N2亚型分离株HA基因的克隆及序列分析

以禽流感病毒地方株A/chicken/Mudanjiang/ 0 82 3/ 2 0 0 0 (H9N2 )的总RNA为模板 ,用通用反转录引物和自行设计的一对特异性引物 ,采用RT PCR方法扩增了HA基因。测序及序列分析结果表明 :HA基因全长 1 70 7bp ,编码 560个氨基酸残基 ,与GenBank收录的H9N2亚型的核苷酸同源性最高达 99% ,最低为 87 2 3 % ;氨基酸同源性最大达 98 0 4 % ,最低为 88 57%。经HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明 ,CMJ/ 0 0毒株为低致病力毒株     

Comparative nucleotide sequence analysis of the phosphoprotein gene of peste des petits ruminants vaccine virus of Indian origin

The nucleotide sequences of the phosphoprotein (P) gene of peste des petits ruminants (PPRV) vaccine virus (PPRV Sungri/96) belongs to Asian lineage have been determined and the deduced amino acid sequences were compared with another vaccine strain PPRV/Nigeria75/1 and with those of the other morbilliviruses. The 1652 nucleotides of the P gene encode a phosphoprotein of 509 amino acid residues (from nucleotide numbers 60 to 1587), which is 91% identical to that of PPRV/Nigeria75/1. The C protein consists of 177 amino acid residues and is 91% identical with that of PPRV/Nigeria75/1. The conserved mRNA editing site (5'TTAAAAGGGCACAG) was present at positions 742-756 in the P gene, which is conserved in all other morbilliviruses. The CTT trinucleotide sequence is present at the N/P and P/M intergenic region, which is totally conserved in morbilliviruses. This will be the third sequence for the P gene of PPRV since that of the vaccine strain and a wild-type Turkish isolate has been published already.     

Characterization of peptides in ensiled alfalfa treated with different chemical additives

Effects of different chemical additives on peptide composition in ensiled alfalfa (Medicago sativa L.) were investigated by using gel filtration and determination of N characteristics. The alfalfa silages were prepared untreated (control) or with formic acid, formaldehyde or tannic acid as additives at ensiling. All additives reduced non‐protein N (NPN), ammonia nitrogen (NH₃‐N) and amino acid N (AA‐N) in the ensiled forage, and the most effective reduction of NPN and AA‐N was observed in the formaldehyde‐treated silages. Peptides in the control silage were mainly dipeptides to peptides with five amino acid residues. Most peptides in the formic acid‐treated silage contained 4–12 amino acid residues. Although most peptides in the formaldehyde‐treated silages contained 4–6 amino acid residues, there was a considerable proportion of peptides with 7–11 amino acid residues. Tannic acid had little effect on peptide size of ensiled alfalfa extract in which most peptides contained 5–6 amino acid residues. Peptide size in formic acid‐treated alfalfa silage was greater than that in the other treatments. Addition of formic acid and formaldehyde not only increased the peptide concentration in alfalfa silage, but enlarged the peptide size.     

传染性法氏囊病病毒变异株主要免疫原基因cDNA的克隆及鉴定

采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ），从１株传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）本地分离株ＧＺ９０２中扩增到编码ＩＢＤＶ主要免疫蛋白ＶＰ２的ｃＤＮＡ片断，大小约为１３５０ｂｐ。将该ｃＤＮＡ片断插入ｐＢｓＫ质粒中，用重组质粒转化大肠杆菌ＸＬ１－Ｂｌｕｅ，成功获得重组质粒转化菌。对重组质粒ＤＮＡ进行酶切鉴定，证明插入的ＤＮＡ片断与ＰＣＲ扩增的ＤＮＡ片段大小相符。对ＧＺ９０２高可变区进行了序列分析。其核苷酸序列与３株ＩＢ－ＤＶ变异株Ａ、ＧＬＳ、Ｅ的同源性分别达到９８．９％，９６．２％和９５．５％。而与其他Ⅰ型毒株的同源性较低。比较从ＤＮＡ序列推导出的氨基酸序列，发现ＧＺ９０２高可变区的两个亲水区均发生了一个氨基酸的变化，而在２４９和２５４位上的氨基酸分别为Ｋ和Ｓ，与以上３个变异株相同，但与所有标准Ⅰ型毒株不同。这两个氨基酸可以作为ＩＢＤＶ变异株的标志。     

Cloning of Full Length cDNA and Tissue Expression Analysis of Hepcidin Gene from Cobia (Rachycentron canadum)

The techniques of homology clone and RACE were used to clone the Hepcidin gene from cobia (Rachycentron canadium).The full length cDNA of Hepcidin gene was 714 bp with a 213 bp 5'untranslated region (UTR),a 228 bp 3'UTR and a 273 bp open reading frame (ORF) encoding a polypeptide of 90 amino acid residues with a predicted molecular weight of 10.03 ku and theoretical isoelectric point of 7.54.The predicted molecular included signal peptide,prodomain peptide and mature peptide.Phylogenetic tree of Hepcidin amino acid sequences was constructed and homology compapison of amino acid sequences showed that homologies were varied from 24.4% to 85.6% with some known Hepcidin amino acids in other fishes and mammals.Quantitative Real-time PCR (qRT-PCR) analysis revealed that Hepcidin gene was expressed in all tissues with different expression levels,which expressed most in liver.The Hepcidin gene expressions in liver,head kidney and spleen were up-regulated after stimulation of LPS and formalin-inactivated Vibrio carchariae.     

军曹鱼Hepcidin基因全长cDNA克隆及其组织表达分析

本试验采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)的方法,得到714 bp的军曹鱼(Rachycentron canadum) Hepcidin基因全长cDNA序列。该序列包括213 bp的5'末端非编码区(UTR)、228 bp的3'UTR及273 bp的开放阅读框(ORF),编码90个氨基酸,预测其蛋白分子质量约为10.03 ku,等电点为7.54,预测的蛋白包括信号肽、前肽和成熟肽。通过构建Hepcidin氨基酸序列的系统进化树并进行氨基酸同源性比对,结果显示军曹鱼与已知鱼类及哺乳动物Hepcidin氨基酸的同源性在24.4%~85.6%之间。实时荧光定量PCR(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)检测结果显示Hepcidin基因在正常军曹鱼组织中均表达,但表达量在各个组织中有所不同,其中以肝脏表达量最高。经脂多糖(LPS)和甲醛灭活的鲨鱼弧菌(Vibrio carchariae)刺激后,肝脏、头肾、脾脏中Hepcidin基因表达均上调。