北京黑猪RBP4基因与繁殖性状的关联分析

以北京黑猪为研究对象，选取视黄醇结合蛋白4（Retinol—binding proteins4，RBP4）基因为繁殖性状的候选基因，其扩增产物经MspI酶切后，在北京黑猪群体中发现AA、AB和BB3种基因型，其A、B等位基因的频率、多态信息含量、杂合度分别为0．5296、0．4704、0．3741和0．4982，表明该位点处于中度多态。x^2适合性检验表明北京黑猪群体该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）。用SAS8．0软件最小二乘法拟合线性模型，将不同基因型与总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和出生重（WB）进行了关联分析，结果表明：经产母猪各基因型间的TNB、NBA、WB差异均不显著（P〉0．05）。初产母猪BB型比AA和AB型个体的TNB分别多1．04（P〈0．05）和0．31头；BB和AB型比AA型个体的NBA分别多1．47（P〈0．05）和1．35头。基因效应分析结果表明，初产母猪该位点的B等位基因对TNB、NBA和WB都表现为正效应，分别使各性状增加了0．2820头、0．4085头和0．0009kg，即B等位基因可能为北京黑猪繁殖性能的有利等位基因。     

民猪、长白猪及其杂种母猪催乳素受体（PRLR）基因的NaeⅠ多态性与繁殖性状的相关分析

采用测序，结合PCR—RFLPs的方法在民猪、长白猪及其杂种母猪的催乳素受体（Prolactin Receptor，PRLR）cDNA序列（＋1628～＋1878）中首次发现一处NaeⅠ多态位点。该位点的多态性是由于第1789位点的碱基发生了A→G的突变，并导致氨基酸的变化（S→G），即由丝氨酸→甘氨酸的变化。分析结果表明，NaeⅠ酶切位点的基因型频率和等位基因频率在3个母猪群体间有显著差异（P〈0．01）。最小二乘分析结果显示，在民猪群体中，只存在AA和AB两种基因型，AB型母猪的初生窝重和21日龄仔猪均匀度显著高于AA型（P〈0．05）；在长白猪群体中，AA型母猪的21日龄窝重显著高于BB型（P〈0．05）；在F1代长民杂种猪群体中，BB基因型母猪的21日龄仔猪均匀度显著高于AB和AA型（P〈0．05）。     

绵羊高繁殖力候选基因BMPR-IA的研究

以骨形态发生蛋白受体IA（bone morphogenetic protein receptor IA，BMPR-IA）基因为候选基因，采用PCR—SSCP技术检测该基因在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊）以及低繁殖力绵羊品种（多赛特羊、特克塞尔羊、德国肉用美利奴羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：在小尾寒羊中检测到AA、AB两种基因型，在湖羊中只检测到一种基因型BB，而在低繁殖力的3个绵羊品种中只检测到一种基因型AA。统计结果表明：小尾寒羊A等位基因频率为0．964，B等位基因频率为0．036。测序结果表明：BB型与AA型相比有6处核苷酸发生了突变。独立性检验表明：外尾寒羊与低繁殖力绵羊品种间基因型分布差异不显著（P〉0．05），而湖羊与小尾寒羊、低繁殖力绵羊品种间基因型分布差异极显著（P〈0．001）。AB基因型小尾寒羊平均产羔数比AA基因型多0．15只，但差异不显著（P〉0．05）。研究表明：BMPR-IA基因不是小尾寒羊和湖羊高繁殖力的主效基因。     

FSHβ、 ESR 和 PRLR 基因多态性与淮猪新品系产仔数相关性分析

基于FSHβ、ESR和PRLR基因功能位点的报道,将3个基因作为母猪产仔数性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,旨在为猪繁殖性状分子遗传标记提供参考。本研究采用PCR-RFLP技术检测了淮猪新品系母猪FSHβ、ESR和PRLR基因的多态性及其对初产仔数的影响,并分析了多基因合并基因型对初产仔数的聚合效应。结果表明,FSHβ基因在该猪群中分布处于哈德-温伯格不平衡状态,ESR和PRLR基因分布处于哈德-温伯格平衡状态;FSHβ、ESR和PRLR基因的A等位基因对繁殖性状均具有正的加性效应;FSHβ、ESR基因的AA基因型为该猪群的优良基因型,两基因的AA型个体比BB型个体分别提高产仔数1.54（P＞0.05）和2.13头（P＜0.01）,分别提高产活仔数1.55（P＞0.05）和1.82头（P＜0.01）;PRLR基因AB型个体产仔数比AA型和BB型个体分别提高0.77（P＜0.05）和1.59头（P＜0.05）,产活仔数分别提高0.65（P＜0.05）和1.8头（P＜0.01）;合并基因型与产仔数的关系表明,以FSHβ、ESR和PRLR基因AAAABB型的总产仔数最高（14.5头）。在种猪选育时提高FSHβ、ESR的A等位基因频率以提高产仔数,PRLR基因是否能应用于淮猪新品系选育中,仍需进一步研究。     

猪IGF2基因G3072A位点多态性及其与大白猪初生重和早期生长的关系

本研究采用PCR-SSCP技术对猪胰岛素样生长因子2（IGF2）基因G3072A位点在大白、长白和杜洛克猪群体的单核苷酸多态性（SNP）进行了检测，对其与大白猪初生重和早期生长的关系进行了分析。结果表明，在所分析的大白、长白和杜洛克猪群体的511个体中，IGF2基因在该位点均呈现多态性，大白、长白和杜洛克猪群体AA、AB和BB基因型均有分布，且大白和长白猪群体均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0．01），而杜洛克猪群未偏离Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。测序结果显示，等位基因A和B分别对应于核苷酸A和G，在A等位基因中，有（AG）二核苷酸的插入。关联分析表明，在大白猪群中，AA、AB和BB基因型个体的初生重差异显著（P〈0．05），AA和AB基因型个体的21、28和70日龄体重以及从出生～21日龄、21～28日龄、28～70日龄的日增重差异不显著（P〉0．1）。     

猪PRLR和FSHβ基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）和卵泡刺激素β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ）基因的多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析。采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种共487头母猪进行了PRLR和FSHβ基因多态性检验,并采用单因子方差分析、LSD法分析不同基因型与母猪总产仔数、产活仔数、断奶窝重和断奶窝仔数等繁殖性状的相关性。结果表明,PRLR基因在大白猪和长白猪中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.717和0.548,大白猪BB基因型总产仔数显著高于AA基因型（P<0.05）,长白猪BB基因型断奶窝重显著高于AB基因型（P<0.05）;FSHβ基因在大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.804、0.760和0.789,长白猪BB基因型总产仔数和产活仔数均显著高于AB基因型（P<0.05）,呈现BB>AA>AB趋势。因此,PRLR和FSHβ基因对荣昌猪场母猪繁殖性能有一定影响,可作为母猪繁殖性能分子选育的候选参考基因。     

猪PRLR基因多态性及其与产仔性能的关联分析

旨在检测猪PRLR基因第10外显子的多态性及其对产仔性能的影响。采用PCR-RFLP技术检测大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪4个品种（系）221个个体PRLR基因第10外显子的多态性,并采用单变量动物模型分析多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因第10外显子存在NaeⅠ多态位点。在4个猪种中均检测到A、B 2个等位基因和AA、AB 2种基因型,等位基因A为优势等位基因,频率在0.86~0.93之间。该位点对母猪产仔性能有显著影响,AA型母猪的头胎产仔数和产活仔数分别比AB型高1.797和1.293头,达显著水平（P〈0.05）。因此,将该位点作为遗传标记应用于种猪选择中,可能会有利于猪繁殖性能的提高。     

鸡MHC-B-F基因外显子3PCR-RFLP-Tas Ⅰ的多态分布

研究利用PCR—RFLP方法检测了MHC-B—F基因外显子3 TasⅠ位点不同基因型在9个鸡品种计235个个体中的分布情况。结果表明MHC—B—F基因外显子3 TasⅠ位点中存在3种基因型，命名为AA、AB、BB。它们在不同品种中的分布各异，AA基因型在杏花鸡、灵山香鸡、丝羽乌骨鸡中的频率显著甚至极显著地高于其它品种（P〈0．05 or P〈0．01），AB基因型在来航鸡与隐性白洛克中的频率相当低（P〈0．05 or P〈0.01），BB基因型在隐性白洛克中的分布频率则极显著地高于其它8个品种（P〈0．01）。     

鸡CAST基因编码区的单核苷酸多态与肌纤维性状的相关研究

为了探讨CAST基因作为影响鸡肌肉嫩度性状候选基因的可能性,本研究以四川大恒家禽育种有限公司培育的优质鸡新品系为试验材料,采用PCR-SSCP方法对鸡钙蛋白酶抑制蛋白（Calpastatin,CAST）基因的部分编码区进行单核苷酸多态性（SNPs）检测。结果发现了1个多态性位点（G—T）,且在试验鸡群中检测出AA、BB和AB3种基因型。利用SAS（8．01）软件统计分析了3种基因型与优质鸡肌纤维性状的相关性。结果表明：CAST基因的多态性对鸡肌纤维密度和直径有着显著的影响（P〈0．05）,同日龄鸡群AA型个体的肌纤维密度高于AB型、肌纤维直径低于AB型,且均达到显著水平（P〈0．05）,而AA与BB型、BB与AB型间差异不显著（P〉0．05）;同体重鸡群BB型个体的肌纤维密度高于AB型、肌纤维直径低于AB型,且均达到显著水平（P〈0．05）,而AA与BB型、AA与AB型间差异不显著（P〉0．05）。试验结果提示：CAST基因对鸡肌纤维性状具有重要作用,推测可以利用该位点对鸡肌肉嫩度性状进行标记辅助选择。     

籽鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠体性状的关联分析

根据鸭生长激素基因内含子3的序列设计引物，利用PCR—SSCP方法对籽鹅进行了单核苷酸多态性分析，并检测其多态性。结果表明，籽鹅生长激素基因内含子3长约364bp，共发现了7个突变位点，分别为A160G、C167G、T264C突变，以及AA型个体在176、177位点G、A碱基缺失和BB型个体在231、232位点C、T碱基缺失。产生AA、AB和BB3种基因型，其中BB基因型为优势基因型，且基因型频率表现为BB〉AB〉AA；卡方检验结果表明，基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。不同基因型与体重和屠体性状的关联分析结果表明：BB基因型个体的7周龄体重、9周龄体重、10周龄体重、胸肌重、胸肌率及心脏重显著高于AA型个体（P〈0．05）；BB基因型个体8周龄体重显著高于AB型个体（P〈0O．05）；在所分析的性状中，BB基因型个体的均值最大，AB型次之，AA型最小。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

大白猪和长白猪EPOR基因第4内含子多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以大白猪和长白猪为研究对象,以促红细胞生成素受体（erythropoietin receptor,EPOR）基因作为产仔性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法来检测EPOR基因第4内含子C＼T突变多态性,研究此位点多态性与猪繁殖性状之间的关联性。结果发现,在长白猪和大白猪中存在AA、AB和BB共3种基因型,在2个群体中处于中度多态。利用SAS 8.0软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和初生重（WB）进行了关联分析,结果表明,长白猪初产母猪BB基因型个体的WB显著高于AB、AA基因型个体（P＜0.05）;经产母猪BB基因型个体的TNB显著高于AB基因型个体（P＜0.05）;B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB均表现为正效应。大白猪初产母猪BB基因型个体的TNB、NBA和WB都高于AA型和AB型个体,但差异均不显著（P＞0.05）;经产母猪AB基因型个体的WB显著高于AA基因型个体（P＜0.05）;B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB都表现为正效应。     

4猪种Nramp1基因第6内含子多态性研究

天然抗性巨噬蛋白(Nramp)基因是与人、鼠的一些病原微生物的易感性和抗性有关的重要候选基因。为了研究猪Nramp1基因的多态性,利用PCR-RFLP技术检测了杜洛克、大白猪、长白猪和合作猪共270头个体Nramp1基因第6内含子NdeⅠ酶切位点多态性。结果表明,4个猪种群共检测到3种基因型(AA、AB和BB),其中AB基因型为杜洛克、大白猪和长白猪的优势基因型;AA基因型为合作猪的优势基因型。经卡方适合性检测,杜洛克、合作猪和长白猪处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),大白猪处于Hardy-Weinberg不平衡状态。多态信息含量分析显示,Nramp1基因的第6内含子NdeⅠ酶切位点在各猪种表现出中度多态性。     

松辽黑猪和长白猪催乳素受体基因第10外显子多态性与繁殖性状的关联分析

试验旨在探讨催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因遗传多态性及其与松辽黑猪、长白猪繁殖性状的关联性。采用PCR-RFLP方法对松辽黑猪和长白猪PRLR基因第10外显子进行了多态性检测,并运用最小二乘法分析各基因型对母猪繁殖性能的遗传效应。结果表明,两个猪种中都存在A、B 2个等位基因和AA、AB、BB 3种基因型,松辽黑猪和长白猪等位基因A的频率分别0.551和0.578,A为优势基因。两个猪种的AA基因型个体的断奶仔猪数、乳头数都显著高于其他两个基因型(P＜0.05),初产松辽黑猪AA基因型个体的TNB、NBA显著高于其他基因型(P＜0.05),对其他繁殖性状影响不显著,但呈现出AA＞AB＞BB的趋势。     

家兔HSL基因多态性及其与生产性状关联性分析

本实验采用PCR-SSCP方法对齐卡巨型白兔和齐兴肉兔HSL基因外显子1的遗传多态性进行研究,并进一步分析HSL基因对生产性状的遗传效应。结果表明:HSL基因外显子1第784位处发生了碱基突变(A→C),共出现AA、AB和BB 3种基因型,在2个品种兔群体中AA型均为优势基因型,A均为优势等位基因;卡方适合性检验表明,2个品种兔群体均显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05);在齐卡巨型白兔中,HSL基因AA型和AB型个体的宰前活体重均显著高于BB型个体(P0.05),AA、BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AB型个体(P0.05);在齐兴肉兔中,HSL基因AA型个体的宰前活体重显著高于AB、BB型个体(P0.05),BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AA、AB型个体(P0.05);在2个品种兔群体中,不同基因型个体的滴水损失和剪切力差异均不显著(P0.05)。     

雪龙黑牛GH、CAPN1和CAST基因多态性及其与经济性状的相关性研究

本研究以大连雪龙产业集团的F2代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技术研究生长激素(GH)、钙激活蛋白酶(CAPN1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的遗传多态性,并用最小二乘法拟合线性模型对各标记基因型与肉牛经济性状进行关联分析.结果显示,GH-P3、CAPN1 316和CAST-UoG SNPs位点属于中度多态.GH-P3位点与三角牛腩厚极显著相关(P<0.01),与上脑盖重、脂色等级显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体三角牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.42、0.60 cm,上脑盖重分别比AB和BB基因型个体重0.52、0.78 kg,脂色等级分别比AB和BB基因型个体高0.95、1.16;CAST-UoG位点与三角牛腩厚和脂肪厚显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体三角牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.32、0.30 cm,脂肪厚分别比AB和BB基因型个体厚0.80、0.47 cm;CAPN1 316位点与所研究的经济性状无明显的相关性(P>0.05).因此,在雪龙黑牛选育过程中可以把AA基因型作为标记基因型进行品种选育.     

绵羊MyoG基因外显子1的多态性及其与肉质性状的关联分析

肌细胞生成素（myogenin,MyoG）基因在肌细胞分化过程中起着中心调节作用,直接影响着动物的产肉能力。本研究以大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊6个绵羊品种为试验材料,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测MyoG基因外显子1的多态性,并与绵羊的肉质性状进行关联分析,探讨MyoG基因外显子1对绵羊肉质性状的影响。结果表明,MyoG基因外显子1在6个绵羊群体中均检测到3种基因型（AA、BB、AB）和2个等位基因（A、B）,在小尾寒羊、大尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊群体中检测到MyoG基因外显子1的A等位基因频率分别为：0.5167、0.2500、0.4375、0.6500、0.5750和0.7125,MyoG基因外显子1的B等位基因频率分别为：0.4833、0.7500、0.5625、0.3500、0.4250和0.2875。MyoG基因外显子1主要对羊肉的水分和色泽有影响,主要表现为BB基因型水分极显著高于AB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）;AB基因型的色泽极显著高于BB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）。