3品种鹅Myostatin基因3′-调控区SNPs群体遗传学分析

利用已测得的鹅Myostatin基因3′-调控区核苷酸序列设计5对PCR-SSCP引物,对扬州鹅、皖西白鹅以及五龙鹅3品种家鹅该区域内单核苷酸多态性进行了分析,并探索了单核苷酸多态性与生产性能之间的关系。结果表明,检测到A→G（88位）和G→T（353位）2个单碱基突变位点。88位处,E等位基因为优势等位基因,具有EE、EF两种基因型,以扬州鹅杂合子频率最高（0.550）,皖西白鹅30个个体仅有一例EF型;353位处,G为优势等位基因,具有GG、GH和HH 3种基因型,3品种均具有较高的GG基因型频率、较低的HH基因型频率。屠体性能分析发现,EF基因型家鹅具有更高的屠体性能;扬州鹅、皖西白鹅GG型个体的腿肌重和腿肌率显著高于HH型个体（P〈0.05）,五龙鹅腿肌重、腿肌率具有GG型（GH型（HH型的趋势,但差异不显著（P〉0.05）。     

大通牦牛MyoD1基因3'UTR SNPs多态性及其与生长性状相关性的研究

利用PCR-SSCP对296头成年大通牦牛MyoD1基因(GenBank登录号:NC_007313)外显子3全序列及3'UTR部分序列进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛五项体尺指标进行相关性分析。结果发现,在3'UTR 1976 bp处检测到1个新突变,突变由C→T的转换造成,由此产生3种基因型:CC、CT、TT。利用最小二乘分析研究了该位点不同基因型对大通牦牛体尺性状的影响。结果表明,CC基因型个体的胸围、体重显著高于CT、TT基因型个体(P＜0.05),CC、CT基因型个体的体斜长显著高于TT基因型个体(P＜0.05),3种基因型对体高及管围的影响差异不显著(P＞0.05)。     

牦牛乳铁蛋白基因多态性及其与乳品质性状的关联分析

试验旨在检测牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究。应用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、西藏牦牛和天祝白牦牛LF基因5'UTR和内含子4突变,结合甘南牦牛乳品质测定,评估基因突变对其乳品质性状的影响。结果表明,牦牛LF基因5'UTR检测到c.-568 G>A的突变,等位基因A₁和基因型A₁B₁频率最高,为优势等位基因和基因型;内含子4检测到c.499+56 C>A突变,基因型A₂B₂频率最高,为优势基因型,等位基因A₂为甘南牦牛和天祝白牦牛优势等位基因,而B₂为西藏牦牛优势等位基因;各类群牦牛检测区域多态信息含量（PIC）介于0.25~0.50,属中度多态。关联分析表明,甘南牦牛LF基因突变影响部分胎次甘南牦牛乳品质性状,其中5'UTR第2胎基因型A₁A₁和A₁B₁个体无脂固体物质百分含量显著高于B₁B₁个体（P<0.05）;内含子4第3胎基因型A₂B₂和B₂B₂个体乳脂率显著高于A₂A₂型个体（P<0.05）,第4胎基因型B₂B₂个体的乳脂率显著低于A₂A₂和A₂B₂型个体（P<0.05）。以上结果表明,甘南牦牛、西藏牦牛和天祝白牦牛LF基因存在多态性,甘南牦牛LF基因5'UTR、内含子4突变分别影响无脂固体物质含量和乳脂率,可以作为潜在的分子遗传标记。     

松辽黑猪KPNA7基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪，采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点，SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点，其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型，g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变，均检测到2种基因型：GG、GA；在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型：AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型：CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示，KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体，TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...     

3品种鹅Myostatin基因3''''-调控区SNPs群体遗传学分析

利用已测得的鹅Myostatin基因3'-调控区核苷酸序列设计5对PCR-SSCP引物,对扬州鹅、皖西白鹅以及五龙鹅3品种家鹅该区域内单核苷酸多态性进行了分析,并探索了单核苷酸多态性与生产性能之间的关系.结果表明,检测到A→G(88位)和G→T(353位)2个单碱基突变位点.88位处,E等位基因为优势等位基因,具有EE、EF两种基因型,以扬州鹅杂合子频率最高(0.550),皖西白鹅30个个体仅有一例EF型;353位处,G为优势等位基因,具有GG、GH和HH 3种基因型,3品种均具有较高的GG基因型频率、较低的HH基因型频率.屠体性能分析发现,EF基因型家鹅具有更高的屠体性能;扬州鹅、皖西白鹅GG型个体的腿肌重和腿肌率显著高于HH型个体(P＜0.05),五龙鹅腿肌重、腿肌率具有GG型＞GH型＞HH型的趋势,但差异不显著(P＞0.05).     

奶牛PRL基因CRS-PCR多态性与产奶性状的关联分析

采用CRS-RFLP技术对中国荷斯坦牛PRL基因第4外显子C8377G位点及第4内含子T8510C位点进行单核苷酸多态性分析。最小二乘分析表明：在8377位点GG基因型个体产奶量最小二乘均值显著高于CC基因型（P〈0.05）,GC基因型个体乳蛋白率最小二乘均值显著高于CC基因型（P〈0.05）;在8510位点CC基因型个体产奶量最小二乘均值显著高于TT基因型（P〈0.05）。     

无角牦牛crtc3基因多态性及其与生长性状的相关分析

为探究crtc3基因在无角牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联性。利用PCR-SSCP技术结合DNA测序对354头无角牦牛crtc3基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件对各基因型间不同月龄(6,12和18月龄)的体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状指标进行关联分析。结果表明,在牦牛crtc3基因的第14内含子的第86 041处发生C→T单个碱基突变,结合PCR-SSCP结果分析后,分为CC、CT和TT 3种基因型。关联分析发现,在6月龄,CC基因型个体体高显著高于TT基因型个体, CC基因型个体胸围显著高于CT基因型个体;在12月龄,CC基因型和CT基因型个体体高极显著高于TT基因型个体,CC基因型个体胸围极显著高于TT基因型个体;在18月龄,CC基因型个体体质量和体高显著高于TT基因型个体。综上所述,在牦牛crtc3基因上检测到第14内含子的第86 041处发生C→T单个碱基突变,该突变位点对无角牦牛各时期的体质量、体高和胸围等生长性状等有显著影响,可以作为一种遗传标记用于辅助选择。     

南江黄羊脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与生长性状关联分析

根据山羊A-FABP mRNA序列设计2对引物扩增南江黄羊A-FABP基因部分外显子3、内含子3和外显子4序列,利用克隆测序的方法寻找南江黄羊A-FABP基因的多态性,采用PCR-RFLP的方法进行多态性检测并与生长性状进行关联性分析。结果显示,在南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子序列上分别发现T143C和T546C2个点突变位点,其中T546C位点为同义突变,这2处突变各自产生3种基因型CC、TC和CC,χ2检验显示,这2个位点均处于中度多态且在南江黄羊群体中分布处于Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）。关联分析显示,T143C位点TC基因型公羊个体的成年胸围显著长于TT型（P〈0.05）;T546C位点CC基因型公羊个体的周岁体长显著长于TT基因型（P〈0.05）,TC基因型母羊个体的6月龄体质量和胸围均显著长于CC基因型（P〈0.05）,其余生长性状在不同基因型个体间差异不显著（P〉0.05）。结果表明：南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子多态性可能对个体生长性状产生一定的影响。     

奶山羊AGPAT6基因多态性与产乳性状的关联分析

利用PCR-RFLP技术对549只西农萨能奶山羊和关中奶山羊的AGPAT6基因多态性与产乳性状的相关性进行了研究。结果表明,AGPAT6基因在P1、P2、P4与P10位点发现4个SNPs:5'UTR(g.152GC)、内含子2(g.8124GA)、外显子4(g.9263CG)和3'UTR(g.16436GA)。在P4位点,西农萨能羊GG基因型个体其产奶量显著高于CC型个体(P0.05),在两个奶山羊品种的奶成分性状中,GG基因型个体的乳脂率显著高于CC型个体(P0.05),GG型个体的乳蛋白含量极显著高于CC型个体(P0.01),表明AGPAT6基因第4外显子不同基因型与山羊奶中的乳脂率和乳蛋白含量显著相关。因此,AGPAT6基因可以用于奶山羊产奶性状选育的重要候选基因。     

松辽黑猪METTL23基因内含子4多态性及其与繁殖性状的关联分析

为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。     

芦花鸡PRKAG3基因单核苷酸多态性及与肉质性状的相关性分析

为研究芦花鸡PRKAG3基因的多态性及与肉质性状相关性,采用PCR-SSCP方法检测PRKAG3基因外显子11的遗传多态性。结果检测到TT、TG和GG三种基因型,测序结果证实在2832位点存在T→G突变,为有意突变,统计分析表明,此多态位点与芦花鸡呈显著相关,pH值为GG基因型极显著低于TG基因型和TT基因型(P<0.01),而TG基因型显著低于TT基因型(P<0.05);其它肉质性状在不同基因型间差异不显著。此结果提示,PRKAG3基因对芦花鸡pH值具有较大的遗传效应,可以初步推断PRKAG3是控制这一性状的众多基因之一,可能是影响芦花鸡pH值的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育芦花鸡pH值的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

延边黄牛甲状腺球蛋白基因的SNPs及其与生长性状的关联分析

The SNPs of Yanbian Yellow cattles thyroglobulin (TG) gene were detected by cloning and sequencing, confirmed by technique of PCR-RFLP,and studied the association of polymorphisms of TG gene with growth traits. The results showed that there were C218T and A430G two mutations in the exon 48 in TG gene of Yanbian Yellow cattle. The association analysis showed that the chest breadth with TT genotype in C218T locus was significantly higher than that of CT genotype（P＜0.05）. A430G locus polymorphism significantly associated with the body weight, rump length and hucklebone width（P＜0.05）. The body weight of GG genotype was higher than AA genotype（P＜0.05）, the rump length of AA and AG genotypes were higher than GG genotype（P＜0.05）,and the hucklebone width of AG genotype was higher than GG genotype within population（P＜0.05）.In a word, C218T and A430G SNPs might be a good DNA marker to be used in MAS for growth traits.     

草原红牛胰岛素样生长因子Ⅰ受体基因3′UTR序列多态性分析

以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的相关性分析结果发现,在3′UTR中AB型的胴体产肉率、肉骨比显著高于AA、BB型(P0.05);AA型的脂肪覆盖率显著高于BB型(P0.05),与AB型差异不显著(P0.05)。     

莱芜猪ACSL4和H-FABP基因的多态性及育种应用

选取了106头莱芜猪核心群及部分后备猪,用PCR-RFLP的方法分别检测了酰基辅酶A合成酶长链4（Acly-CoA synthetase long chain family 4,ACSL4）基因的SNP G2645A位点和心脏型脂肪酸结合蛋白（Heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因的HinfⅠ及MspⅠ位点的多态性。结果显示,在ACSL4的SNP G2645A位点共检测到AG和GG 2种基因型,没有检测到AA基因型;G等位基因是优势等位基因;莱芜猪该位点呈高度多态。在H-FABP的HinfⅠ位点共检测到HH、Hh和hh 3种基因型,莱芜猪在该位点呈中度多态。莱芜猪在上述2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经测序验证,莱芜猪H-FABP基因HinfⅠ位点的多态性是1 324位点T的插入、缺失所造成的。莱芜猪在H-FABP的MspⅠ位点没有多态性。在莱芜猪本品种选育中,可以顺序选择ACSL4G2645A位点GG基因型纯合个体和H-FABP HinfⅠ位点HH基因型纯合个体,提高莱芜猪IMF性状的均一性,将进一步促进莱芜猪种质的保护和利用。     

牦牛MDHⅠ基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨牦牛细胞质苹果酸脱氢酶（cytoplasmic malate dehydrogenase,MDHⅠ）基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为牦牛优良性状选育提供参考依据。选取5个牦牛类群（共178头）,采集耳组织样提取DNA并构建DNA池,对MDHⅠ基因所有外显子设计特异性引物进行扩增测序,用Mega 5.2筛查SNPs位点,直接测序法鉴定其基因型,利用PopGene 32进行χ²独立性检测、基因纯合度（Ho）、基因杂合度（He）、有效等位基因频率（Ne）和多态信息含量（PIC）分析,利用SPSS 24.0分析MDHⅠ基因与牦牛生长性状间的关联性。结果表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均在外显子8区域发现1个突变位点（G23093C）,属同义突变,有3种基因型：GC、CC和GG,5个牦牛类群中,GC基因型为优势基因型（类乌齐牦牛中GG为优势基因型）,G为优势等位基因（斯布牦牛除外）,在斯布牦牛中,G和C基因频率相等。χ²适应性检验表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。MDHⅠ基因在申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛中属于高度多态（PIC>0.5）,在麦洼牦牛和类乌齐牦牛中属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）;纯合度最高的是申扎牦牛和类乌齐牦牛。关联性分析结果表明,MDHⅠ基因不同基因型对类乌齐牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛体重有显著性影响（P<0.05）;且种间分析发现,MDHⅠ基因不同基因型对牦牛体重有显著性影响（P<0.05）,说明该基因可作为人工选育的分子标记。     

苏太猪ESR基因多态性及其与繁殖性能的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪的ESR基因PvuⅡ位点多态性进行检测,并分析其与繁殖性能间的关系。结果表明,ESR基因的3种基因型AA、AB、BB在苏太猪中的频率分别为0.089、0.570、0.341;其中在初产母猪中,AA基因型个体的产活仔数（NBA）和初生窝重（BLW）显著高于AB、BB 基因型的个体（P<0.05）;在经产母猪中,AA基因型个体的总产仔数（TNB）及断奶成活数（NW）显著高于AB和BB基因型的个体（P<0.05）,AA和AB 基因型与BB 基因型之间的断奶窝重（WWL）差异显著（P<0.05）;总体上苏太猪ESR基因PvuⅡ 3种基因型个体的繁殖性状存在AA>AB>BB的趋势。     

甘肃肉羊新品种选育群GnRHR基因多态性及其与产羔性状关联分析

根据GenBank发布的绵羊促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因序列设计2对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析GnRHR基因外显子2和3在甘肃肉羊新品种选育群中的单核苷酸多态性,并与产羔性状进行关联分析。结果表明,在甘肃肉羊新品种选育群GnRHR基因外显子2检测到GG、GH、HH基因型,基因型频率分别为0.784(160)、0.206(42)0、.010(2),序列测序结果发现在编码区第198位碱基发生突变G→C,导致G变成R(甘氨酸→精氨酸)变化;GnRHR基因外显子3检测到MM、MN基因型,基因型频率分别为0.882(180)0、.118(24),序列测序结果发现在第257位碱基发生突变A→G,导致Q变成R(谷氨酰胺→精氨酸)。GnRHR基因外显子2突变对新品种群羊繁殖力高低影响极显著,突变纯合基因型(HH)绵羊平均产羔数比野生纯合型(GG)多0.981只(P=0.006<0.01);外显子3突变对新品种群羊繁殖力高低也有显著影响,MN基因型羊平均产羔数比MM基因型多0.688只(P=0.029<0.05)。由此可推测GnRHR基因可能是控制新品种群羊产羔性能的一个主效基因或是与之存在紧密连锁的一个遗传标记。     

草原红牛二酞甘油酞基转移酶2（DGAT2）基因的多态性及与泌乳性状关联性分析

为研究草原红牛二酞甘油酞基转移酶2（DGAT2）的多态性及与泌乳性状相关性,采用PCR-RFLP方法检测DGAT2基因的遗传多态性。结果检测到AA、AB和BB 3种基因型,统计分析表明该多态位点与草原红牛乳中脂肪和干物质含量呈显著相关,脂肪：AA型极显著高于AB型和BB型（P〈0.01）,AB型和BB型之间差异不显著（P〉0.05）;干物质：AA型显著高于AB型（P〈0.05）,极显著高于BB型（P〈0.01）,而AB型又显著高于BB型（P〈0.05）;其他泌乳性状的基因型间差异不显著（P〉0.05）。此结果提示,DGAT2基因对草原红牛乳中脂肪和干物质含量具有较大的遗传效应,可以初步推断DGAT2是控制这些性状的众多基因之一,可能是影响草原红牛乳中脂肪和干物质含量的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育草原红牛低脂及高干物质奶牛的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

猪FSHβ基因多态性及其与产仔性能的相关性分析

以518头母猪（含杜洛克、长白、大白）为研究对象,以FSHβ基因为候选基因,采用PCR产物直接电泳法检测FSHβ基因位点的多态性。检出3种基因型,分剐为AA、AB、BB基因型。将基因座不同基因型与总产仔数和产活仔数进行关联分析,结果表明．FSHβ基因在杜洛克、长白猪、大白猪中主要以胎基因型形式存在,曰基因频率分别为96．67％、73．36％和86．01％．但对产仔数影响不显著（P〉0．05）。不同基因型的猪头胎产仔数差异不显著（P〉0．05）,不同基因型对总产仔数的影响差异不显著（P〉0．05）。总体而言,FSHβ基因在该位点的多态性与这3个猪种的头胎产仔数、总产仔数均无显著联系。     

萨×哈杂交母羊GHRH基因与生长性状关联分析

为探讨GHRH基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记,对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊GHRH基因rs400079090和rs419322328位点的多态性及其与生长性状的关联性进行了研究。结果表明：rs400079090位点检测到3个基因型,rs419322328位点TT基因型缺失;rs419322328位点GG基因型个体胸宽显著大于GT基因型个体（P〈0.05）,体斜长极显著小于GT基因型个体（P〈0.01）。说明GHRH基因2个SNP位点多态性对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因。