狐源犬瘟热病毒的分离鉴定及H基因遗传变异分析

为分离鉴定以及分析我国毛皮动物中流行的犬瘟热病毒(CDV),本研究采用Vero-SLAM细胞从山东省荣成市某养殖场疑似CDV感染狐狸的肺脏样品中分离到1株病毒,经RT-PCR、病毒形态观察、间接免疫荧光试验、动物回归试验等鉴定,确认该分离株为CDV野毒株,命名为SD(14)7。对其H基因进行克隆和测序分析,结果表明,SD(14)7与其他Asia-1型野毒株H基因的相似性为97.1%~99.6%,其中与SD(12)1和SD(13)5的相似性最高,分别为99.5%和99.6%,与CDV强毒株He Bei株的相似性为97.8%,与疫苗株CDV3、Onderstepoort、Snyder Hill以及ConvacH基因的相似性为90.4%~90.9%。H基因系统发育树分析表明,SD(14)7株属于Asia-1型,为我国当前流行的野毒株。氨基酸序列分析显示,SD(14)7株H蛋白发生了I542N和Y549H突变,在aa542~aa544位增加了1个潜在的N-糖基化位点,潜在的N-糖基化位点数增加至10个。本研究为CDV毒力变化和宿主嗜性的研究提供了参考依据。     

2012~2015年H9N2亚型AIV分离株HA基因的克隆及序列分析

为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。     

犬瘟热病毒山东株的分离及N蛋白基因的克隆与序列分析

本试验采用Vero细胞从临床疑似患犬瘟热的犬组织病料中分离出一株病毒,通过观察细胞病变,提取细胞培养物RNA并扩增克隆分析N蛋白基因部分序列进行了鉴定。结果表明,该毒株接种于Vero细胞后,出现了典型的细胞病变;对接种病料后的Vero细胞培养物提取总RNA进行RT-PCR扩增,得到了287 bp的目的片段;序列分析表明该分离株与犬瘟热病毒弱毒(Onderstepoort和Snyder Hill)的同源性为95.5%~96.9%,与标准强毒株(A75/17和2544/Han95)及野毒株(XJ-4、ZJ7、98-2646等)的同源性较高,为97.2%~99.0%,证明该毒株为犬瘟热病毒野毒株,命名为QD10。     

济南市犬瘟热病毒H基因遗传进化分析

为了解济南市犬瘟热病毒(CDV)的流行情况,通过随机采集7份济南市2019年1月-6月份宠物医院疑似感染CDV的临床样品,提取病毒RNA,扩增CDV H基因全长序列,连接至载体,测序后进行H基因序列的氨基酸及核苷酸同源性分析、进化树分析、主要氨基酸位点突变分析以及H基因抗原表位预测分析。结果显示,7个野毒株均为Asia-Ⅰ型,H基因核苷酸同源性为98.7%～99.9%,氨基酸同源性为98.7%～100%,与疫苗株相比差异较大,核苷酸、氨基酸同源性分别为90.0%～90.9%和88.8%～91.4%。主要氨基酸位点突变分析表明,除SD-07为8个潜在天冬酰胺糖基化位点,其余6株均为9个潜在天冬酰胺糖基化位点。H基因抗原性预测分析表明,7个野毒株与疫苗株相比存在明显的差异。研究结果表明,济南市犬瘟热病毒株以Asia-Ⅰ型为主,野毒株同源性与疫苗株相比差异较大,不同毒株间存在遗传多样性。     

辽宁部分地区宠物犬犬瘟热病毒分子流行病学调查与分析

为了解犬瘟热病毒(CDV)遗传变异情况,先后从辽宁省沈阳、锦州、辽阳等地区的9个宠物医院收治的临床疑似犬瘟热(CD)病犬中采集了165份拭子样品及组织病料。利用CD抗原检测试纸条、RT-PCR检测方式筛选到8份阳性样品。H基因序列分析结果显示该8株CDV野毒株之间的H基因同源性为97.6%~99.9%,与疫苗(Onderstepoort)同源性为89.1%~90.9%;基因遗传进化显示,该8株毒株属于国内当前流行的Asia-1型,来源于沈阳的SY-35株与在北京发现的CDV强毒株BJ-09在同一进化分枝,其余来源于沈阳、锦州和辽阳的7株与东北地区流行的CDV在同一进化分枝;氨基酸序列比对结果显示,H蛋白在氨基酸235~245,415~425,595~605等处存在高变异,H蛋白3 555位置氨基酸的非同义置换概率相对比较高;糖基化位点以及抗原表位预测分析显示该8株CDV的H基因糖基化位点和抗原表位方面均与Asia-1型CDV野毒株相似,但与疫苗株相比变异较大,特别是我们发现JZ-6株丢失了1个潜在N-糖基化位点。结果表明:辽宁地区宠物犬CD流行以Asia-1型CDV为主,不同病毒株间存在遗传多样性。     

犬瘟热病毒YD株的分离鉴定及其H基因序列分析

从疑似犬瘟热(CD)病犬的脏器中分离到1株病毒,经间接免疫荧光试验、RT-PCR鉴定、红细胞凝集试验和对不同动物致病性试验,证实该病毒为犬瘟热病毒(CDV)强毒株,命名为CDV YD株。对H基因序列的测定和分析表明,YD株H基因与国内强毒株更接近,核苷酸同源性为98.4%~99.7%,氨基酸同源性为97.8%~99.7%,而与疫苗株核苷酸同源性较远为91.2%~91.5%,氨基酸同源性为90.3%~91.2%。推导的H蛋白氨基酸序列中有9个潜在的N连接糖基化位点(N-X-S/T),可能与病毒体外复制和中和抗体有关,另外有12个保守的半胱氨酸(Cys)残基,对H蛋白二级结构起重要作用;根据H基因核苷酸序列绘制的进化树表明,CDV YD株属于国内流行基因型:Asia-1型。该研究为了解当前中国CDV流行变异情况和犬瘟热疫苗的研发提供了数据。     

猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。     

2006-2007年云南流行H9N2禽流感病毒血凝素全基因序列分析

为调查云南省H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学情况,对2006年6月至2007年4月从云南省16地州随机采集了各种家禽、家猪的5 728份喉气管和口腔棉拭子样品进行RT-PCR检测,276份样品呈H9N2阳性.将具有代表性的17份阳性样品的HA全长基因序列测定和分析.结果表明:株间HA基因同源性为91%～100%,推导氨基酸同源性95%～100%,所测序列与云南1999年分离H9N2毒株ackynkenxie-1-99的同源性仅为93%.根据HA基因同源性,可将17个毒株可分为2个亚群,一个亚群的12株HA基因同源性高达97%以上,与Qa/ST3143/05和C/Bei1/94同源性是97%和93%,其中的11株毒株HA基因全长1 671,编码556aa,存在第6～9位4 aa缺失,只有AC/Yndq/06株HA基因1 683.编码560 aa.另外一个亚群的其余5株,同源性98%以上,HA基因全长1683 bp,编码560 aa.17个毒株中3个存在218～220 aa糖基化位点变异,1个毒株551～553 as糖基化位点发生变异.所有毒株在HA裂解位点处没有连续性碱性氨基酸插入,受体结合位点处的氨基酸没有变异.     

区分犬瘟热病毒Asia-Ⅰ型野毒株及疫苗株的AS-PCR方法

犬瘟热是一种接触性传染病,可侵害免疫系统、呼吸系统、消化系统,甚至神经系统,导致全身性的病理变化,对宠物犬、毛皮动物等存在巨大威胁。目前常用的胶体金检测法不能有效区分疫苗免疫与动物自然感染。为建立一种高效准确的鉴别犬瘟热病毒野毒株和疫苗株的检测方法,本试验对从武汉地区收集已确诊犬瘟热的6只犬分离得到的野毒株以及3株广泛使用的CDV疫苗株进行全基因组测序,从氨基酸水平和碱基水平比对分析后,确定H基因为AS-PCR引物设计的靶基因。通过对H基因进行分型,发现武汉地区流行的CDV均为Asia-Ⅰ型,而疫苗株Y2为America-I型,疫苗株Y1和Y3均为America-Ⅱ型。对比179株Asia-Ⅰ型（6株野毒株样品+173株GenBank Asia-Ⅰ型）与3株疫苗株的CDV-H基因序列,采用AS-PCR技术（3'端错配）设计出1对能有效区分犬瘟热Asia-Ⅰ型野毒株和疫苗株的特异性引物,上游引物序列为5'-TTAAATGATAATGACATAGTG-3',下游引物序列为5'-CCTGGCAAGGCAAGA-3'。结果显示该引物有较强的特异性,6株样品野毒株均可扩增出长894 bp的片段,疫苗株不能扩增,且野毒株的H基因上存在9个较为规律的碱基（氨基酸）变异位点,而疫苗株在第277位氨基酸上均为天冬酰胺,这些变异可能导致N-糖基化位点的增加,从而对犬瘟热病毒疫苗株的毒力产生影响。本研究建立的AS-PCR方法能有效区分犬瘟热疫苗和Asia-Ⅰ型野毒株。     

H9N2亚型禽流感病毒糖基化位点突变株的构建与生物学特性研究

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)HA蛋白第200位N-糖基化位点的功能,利用流感病毒8质粒反向遗传系统拯救出重组病毒r-WZP株(缺失HA基因第200位N-糖基化位点)和r-WZP200株(含有HA基因第200位N-糖基化位点)。两株病毒的内部基因来自病毒株A/Puerto Rico/8/34(H1N1),HA基因与NA基因均来自H9N2AIV流行毒株。结果表明,两株病毒均能够在SPF鸡胚中稳定增殖,这一位点的缺失致使病毒与鸡红细胞的结合能力下降,HA效价热稳定性提高,对SPF鸡胚的致死能力增强,对进一步研究H9N2亚型AIV HA蛋白N-糖基化位点的功能具有重要的参考价值。     

犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析

为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。     

小熊猫源犬瘟热病毒株H、F基因的克隆及序列分析

为了解1株圈养小熊猫源犬瘟热病毒（CDV）GD-1的遗传变异情况,通过RT-PCR方法对该株CDV进行H、F基因的克隆、测序及序列分析。结果显示：该分离株的H基因序列与GenBank中丹麦报道的登录号为GU266280的犬源CDV毒株的核苷酸序列相似性最高,为96%;F基因序列与巴西报道的登录号为KY057355的犬源CDV的核苷酸序列相似性最高,为95.7%。下载CDV代表毒株序列进行遗传演化、氨基酸序列比对及分子特征分析。结果显示：H蛋白共有8个潜在的N-糖基化位点,分别位于19、149、309、391、422、456、587、603位点;H蛋白的SLAM受体结合位点氨基酸序列与欧亚野生型毒株一致,与疫苗株相比,530、549位氨基酸不同,与其他CDV参考毒株H蛋白相比还存在24、41等9处氨基酸位点发生明显变异,与标准强毒株A75/17的氨基酸相似性为95.2%,与Onderstepoort、Convac等5株疫苗株的氨基酸序列相似性为88.2%~89.3%;F蛋白共有6个N-糖基化位点,分别位于62、108、141、173、179、517位,与Onderstepoort等疫苗株氨基酸相似性为89.1%~89.7%;与其他参考毒株相比还存在115、130等11处氨基酸发生变异;构建基于H、F基因的遗传进化树,结果显示：该毒株位于Asia-4型的一个小的进化分支,这与目前我国流行毒株主要位于Asia-1型存在明显不同。本研究首次报道了小熊猫源的Asia-4基因型CDV野毒株,并对毒株的H及F基因进行了序列分析,对于了解我国CDV流行株的遗传变异情况、流行病学调查、疾病防控及疫苗研发等具有重要意义。     

基于H蛋白基因的犬瘟热病毒遗传变异分析

犬瘟热是犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)感染犬和其他食肉动物造成的多发性、致死性传染病,本文从分子水平上探讨CDV遗传进化特性、变异情况与流行规律之间的关系.通过收集2002-2010年在中国地区分离的14株CDV野毒株、2006-2007年在全球各地分离的12株CDV野毒株以及从不同宿主分离的12株CDV野毒株和4株疫苗株,将其分为4组,将前3组野毒株分别与国内外正在使用的4株疫苗株的H基因进行遗传变异分析.分析发现,CDV野毒株与疫苗株间H蛋白基因的核苷酸相似性为86.2％～92.1％,其氨基酸相似性为89.1％～91.9％;H基因的584位的天冬酰胺糖基化位点是Asia-Ⅰ型CDV所特有的;H蛋白3555区域的非同义氨基酸替换概率较高.作者推测H蛋白抗原变异可能造成弱毒疫苗免疫效力降低,不能为某些CDV株的感染提供完全有效的保护.     

鉴别犬瘟热病毒疫苗株和野毒株RT—PCR—RFLP方法的建立及应用

根据Onderstepoort株H基因序列,设计1对引物建立RT-PCR-RFLP检测方法,对不同宿主来源的疑似犬瘟热临床样品进行检测,并对检出的犬瘟热病毒野毒山东株PCR产物进行克隆和序列分析,验证RT—PCR—RFLP检测方法。结果RT—PCR扩增片段为1921bp,产物经RFLP分析,野毒株的PCR产物能被NdeI酶切为1282、345和294bp3个片段,弱毒疫苗株则不能被切开;病毒RNA的最小检出量为2．15ng。临床检测共检出19份样品为犬瘟热阳性,其中15份为野毒株感染,其H基因编码区全长为1824bp,均在1279和1543处有NdeI酶切位点,推导氨基酸与野毒株的同源性在92．9％～96．9％,与疫苗株的同源性在89．0％～90．8％,进化树分析显示这些毒株在基因型上属于Asia-1型,为野毒株谱系。该方法的建立为临床上犬瘟热病毒的鉴别检测和诊断提供了依据。     

2018年四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的分子流行病学调查研究

为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF5基因序列分析结果显示,ORF5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。     

Phylogenetic analysis of the haemagglutinin gene of canine distemper virus strains detected from breeding foxes,raccoon dogs and minks in China

Canine distemper virus (CDV) infects a variety of carnivores, including wild and domestic Canidae. Genetic/antigenic heterogeneity has been observed among the various CDV strains, notably in the haemagglutinin (H) gene, that appears as a good target to gather epidemiological information. Based on sequence analysis of the H gene, wild-type CDV strains cluster into distinct geographic lineages (genotypes), irrespective of the species of isolation. The sequence of the H gene of 28 CDV strains detected from both vaccinated and non-vaccinated breeding foxes, raccoon dogs and minks from different geographical areas of China during the years 2004–2008 was determined. All the CDV strains but two (strains HL and HLJ2) were characterized as Asia-1 genotype and were highly similar to each other (96.2–99.7% at the amino acid [aa] level) and to other Asia-1 strains (96.1–99.5% aa) previously detected in China. The CDV strains HL and HLJ2 were both collected from foxes in Heilongjiang province in 2005. Strain HL resembled CDVs of the Arctic genotype (GR88-like) and displayed high aa identity (98.0%) to the Chinese canine strain Liu. By converse, strain HLJ2 was barely related to CDVs of the Asia-2 genotype (88.7–90.3% aa identity), and could represent a novel CDV genotype, tentatively proposed as Asia-3. These results suggest that at least three different CDV genotypes, distantly related (81.8–91.6% aa identity) to the vaccine strains, Onderstepoort-like (America-1 genotype), are currently circulating in breeding foxes, raccoon dogs and minks in China, and that the genotype Asia-1 is predominant. Whether the diversity between wild-type CDVs and the vaccine strains may affect, to some extent, the efficacy of the vaccines deserves further investigations.     

国产IBV疫苗株核衣壳蛋白基因的亲缘关系

利用自行设计的引物Cx和Cs，通过RT－PCR方法分别扩增出鸡传染性支气管炎病毒（IBV）D41株，H120GD株、H120SH株、H52GD株等4个国产疫苗株和标准强毒M41－E4株完整的N基因cDNA,然后将其分别克隆到pGEM T-Easy或pMD 18-T载体中并测序。测序结果表明，这5个IBV毒株可分2组，其中D41株，H120GD株和H120SH株为一组，它们的核苷酸和推导氨基酸序列同源性为99．7％－99．8％和99．0％－99．5％，而H52GD株与M41－E4株构成另一组，其核苷酸和推导氨基酸序列同源性为99．7％和99．5％；而2组之间的最大同源性仅为91．0％和93．2％。在系统发生进化树上，这2组分别位于不同的分支簇上。值得注意的是，国内的H52GD株与国外报道的H52株不在同一分支簇上，相反却与国内强毒M41－E4株以及国外报道的M41株在同一分支簇上。这一结果表明，国内的H52GD疫苗株与国外报道的H52疫苗株不同，它们在亲缘关系上更靠近M41－E4株和M41株。     

水貂和狐犬瘟热病毒F基因的克隆与序列分析

为探寻免疫失败的原因,对山东某养殖场免疫后的发病水貂和狐犬瘟热组织病料分别提取RNA进行RT-PCR扩增。将PCR得到的部分F基因克隆到pMD18-T载体上测序,并与疫苗株ND进行序列分析。结果表明,水貂和狐的CDV与OND的核苷酸同源性为98.6%9、8.6%,氨基酸同源性为98.0%9、8.0%。水貂和狐两者核苷酸同源性为98.0%,氨基酸同源性为95.9%。     

犬瘟热病毒N基因和M基因的克隆与序列分析

以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白（N）、基质膜蛋白（M）基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onderstepoort疫苗株更近。