新疆喀什地区安格斯犊牛腹泻主要病毒性病原调查及牛诺如病毒全基因序列分析

【目的】 调查新疆喀什地区安格斯犊牛腹泻主要病毒性病原流行情况及牛诺如病毒（Bovine norovirus,BNoV）全基因组遗传关系。【方法】 采用RT-PCR技术分别对2021年不同季节在喀什4个牛场采集的363份犊牛腹泻粪便样品进行牛轮状病毒（Bovine rotavirus,BRV）、牛冠状病毒（Bovine coronavirus,BCoV）、牛病毒性腹泻病毒（Bovine viral diarrhea virus,BVDV）和BNoV 4种病毒性病原检测,并对扩增获得的BNoV全基因序列进行分析。【结果】 BCoV和BNoV检出率较高,分别为36.09%（131/363）和25.07%（91/363）,混合感染中BCoV＋BNoV检出数量最多,阳性率为44.00%（22/50）。对喀什地区4个场区进行检测,其中A场主要检测出BCoV和BNoV,检出率分别为43.52%（47/108）和32.41%（35/108）;B场主要检测到BCoV,检出率为52.21%（71/136）;C、D场病原检出率普遍较低。秋、冬季检出量最多的病毒分别为BNoV和BCoV,检出率分别为66.67%（50/75）和77.59%（90/116）。对BNoV全基因序列分析显示,本试验检测到的新疆喀什地区BNoV Bo/XJ-KS/01/CHN株（登录号：ON076888）属于GⅢ.2型BNoV,与中国CN/HB-SJZ和CH/HB/BD/2019毒株在进化树中处于同一分支,且与CN/HB-SJZ-2毒株核苷酸相似性最高,为93.70%;与英国分离到的Jena/1999/UK毒株核苷酸相似性最低,为72.49%。进一步对3个开放阅读框（ORF）比对分析发现,测得的BNoV全基因组序列与国内参考株CN/HB-SJZ-2的核苷酸和氨基酸相似性主要是在ORF1区域最高,分别为94.24%和98.69%;与国外参考株Jena/1999/UK的核苷酸和氨基酸相似性主要是在ORF3区域最低,分别为63.59%和64.57%。与国内外毒株比对结果显示,未出现基因重组现象。【结论】 南疆地区犊牛腹泻流行情况因季节、场区不同有一定的差异。病毒性病原主要在秋、冬季感染率较高,以单一BCoV、BRV和BNoV感染为主。本研究测定分析的BNoV GⅢ.2型Bo/XJ-KS/01/CHN全基因序列与中国CN/HB-SJZ-2参考株亲缘关系最近,与国内外全基因组参考序列比对未出现基因重组现象。     

云南某奶牛场犊牛腹泻的病原学检测

云南省某奶牛场1～3月龄犊牛暴发以腹泻为主要症状的疾病，本试验对该场送检的16份犊牛腹泻粪便样本进行牛A群轮状病毒（BRVA）、牛病毒性腹泻病毒（BVDV）、牛冠状病毒（BCoV）、牛诺如病毒（BNoV）、牛凸隆病毒（BToV）、牛纽布病毒（BNeV）、沙门氏菌（Salmonella）、产肠毒素大肠杆菌（ETEC）、安氏隐孢子虫（C.andersoni）9种病原的PCR检测。结果得出：16份样本中BNeV、BRVA、BToV和BNoV的检出率分别为62.5%(10/16)、37.5%(6/16)、18.75%(3/16)和6.25%(1/16)，其他病原体未检出。结合临床检查结果，可以确定BRVA、BNoV、BNeV和BToV这四种病原的混合感染是引起该养殖场犊牛腹泻的主要原因，本结果为该场犊牛腹泻疾病的针对性防控提供了依据。     

牛诺如病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

牛诺如病毒(BNoV)是国内新发的犊牛腹泻病原,笔者拟建立检测BNoV的Real-time PCR方法。根据BNoV流行株的RNA聚合酶(RdRp)基因序列设计引物,通过优化反应条件和体系,成功建立基于EvaGreen检测BNoV的Real-time PCR方法。该检测方法的Ct值与标准品模板在2.24×10~2～2.24×10~8拷贝·μL~(-1)线性关系良好,相关系数R~2=0.997,扩增效率为98.44%;该方法可特异性检出BNoV,对其他犊牛腹泻相关病原呈阴性;最低检测限为22.4拷贝·μL~(-1);批间和批内的变异系数均小于2%,重复性好。对2017年9月—2019年5月采自河南省的221份犊牛腹泻样本中BNoV的检出率为11.31%(25/221),采样场阳性率为92.86%(13/14)。本试验所建方法灵敏度高、特异性强、稳定性好,为BNoV的检测和流行病学调查提供了有力手段。     

新疆部分地区致犊牛腹泻轮状病毒的检测及VP6基因序列分析

为了调查新疆部分地区规模化奶牛场致犊牛腹泻轮状病毒的感染情况,查明该病毒在致犊牛腹泻中的作用,试验采用双抗体夹心ELISA、RT-PCR的方法检测轮状病毒抗原及VP6基因,并对该基因进行序列分析以比较其同源性。结果表明:各牛场腹泻犊牛粪便的轮状病毒阳性检出率为23.08%~90.91%;在健康犊牛粪便中,仅从石河子某奶牛场检出轮状病毒,检出率为38.89%;RTPCR扩增得到大小为383 bp的片段;8份克隆毒株序列的同源性为97.9%,同源性较高。说明新疆部分地区犊牛感染轮状病毒十分普遍,轮状病毒是引起犊牛腹泻的主要病原之一,部分健康犊牛带毒但未发病。     

新疆地区奶牛6种腹泻相关病毒的检测

为了解新疆地区奶牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、纽布病毒(NeV)、牛诺如病毒(BNoV)、牛库布病毒(BKV)的感染情况,用RT-PCR方法对采集自新疆昌吉和石河子等地区的10个奶牛场共计86份腹泻犊奶牛粪便样本进行分子流行病学调查。86份样品中,BRV检出率为60.5%(52/86),NeV检出率为51.2%(44/86),BKV检出率为39.5%(34/86),BCoV检出率为26.7%(23/86),BNoV检出率为12.8%(11/86),BVDV检出率为9.3%(8/86)。另外,腹泻粪便样本中BRV、BCoV、NeV、BNoV、BKV和BVDV混合感染严重。研究结果为新疆地区奶牛腹泻的综合防治提供了依据。     

西昌市某奶牛场犊牛腹泻的病原学检测

犊牛腹泻是犊牛常见的疾病之一,影响犊牛生长发育和成活率。2021年1月,西昌市某奶牛场发生犊牛腹泻,为确定病因,笔者运用PCR和RT-PCR方法对该场22份犊牛腹泻粪便样本进行10种腹泻病原检测,结果得出：22份样本均检测到牛病毒性腹泻/黏膜病病毒（BVDV）;16份样本显示牛诺如病毒（BNoV）阳性;12份样本显示纽布病毒（NeV）阳性;8份样本显示牛轮状病毒（BRV）阳性;4份样本为牛细小病毒（BPV）阳性;牛冠状病毒（BCoV）和环曲病毒（BToV）各1份样本显示阳性;而大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌等细菌性病原均未检出。本调查结果表明引起该场犊牛腹泻的原因主要是多种病毒的混合感染,其中牛病毒性腹泻/黏膜病病毒的感染率高达100%。     

牛诺如病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

牛诺如病毒（BNoV）是国内新发的犊牛腹泻病原,笔者拟建立检测BNoV的Real-time PCR方法。根据BNoV流行株的RNA聚合酶（RdRp）基因序列设计引物,通过优化反应条件和体系,成功建立基于EvaGreen检测BNoV的Real-time PCR方法。该检测方法的Ct值与标准品模板在2.24×10²~2.24×10⁸拷贝·μL^-1线性关系良好,相关系数R²=0.997,扩增效率为98.44%;该方法可特异性检出BNoV,对其他犊牛腹泻相关病原呈阴性;最低检测限为22.4拷贝·μL^-1;批间和批内的变异系数均小于2%,重复性好。对2017年9月-2019年5月采自河南省的221份犊牛腹泻样本中BNoV的检出率为11.31%（25/221）,采样场阳性率为92.86%（13/14）。本试验所建方法灵敏度高、特异性强、稳定性好,为BNoV的检测和流行病学调查提供了有力手段。     

宁夏地区肉牛腹泻相关病毒感染状况的分析

本研究旨在了解宁夏地区肉牛病毒性腹泻病原感染现状及流行特点，为牛腹泻病的防控工作提供科学依据。本研究采用RT-PCR方法对宁夏地区293份肉牛拭子样本进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛诺瓦病毒(BNoV)、牛星状病毒(BAstV)检测，并对其进行遗传进化分析。研究表明，该地区肉牛普遍存在腹泻病毒的感染及混合感染；散养模式下肉牛腹泻病毒的感染及混合感染情况较规模化养殖严重；病毒性腹泻在不同地区、不同病毒差异明显；遗传进化分析发现宁夏地区BVDV流行株为1e亚型，BRV流行株为G1亚型，BNoV流行株为GⅢ.2亚型，BCoV流行株与法国株遗传进化关系较近。结果显示，宁夏地区肉牛普遍存在腹泻相关病毒的感染，不同养殖模式、不同地区、不同病毒之间存在差异，且混合感染严重。     

牦牛源牛冠状病毒部分基因的扩增、序列分析及病毒分离鉴定

本试验的目的是对青藏高原地区牦牛进行牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)的分子流行病学调查,并分离牦牛源BCoV。采用RT-PCR方法检测西藏、青海、四川、云南的犊牦牛腹泻粪便中BCoV,并扩增其S、HE及N基因片段;选取阳性样本进行BCoV分离。结果显示:从336份犊牦牛腹泻粪便中检出232份BCoV阳性,检出率为69.05%。序列分析和系统发育分析显示,本试验克隆的32个BCoV阳性样本中的S1亚基序列、HE基因片段和N基因片段均有独特的遗传进化趋势;首次成功分离到1株牦牛源BCoV,蚀斑纯化后病毒TCID50为10-7.17·0.1mL-1,鉴定结果显示该毒株S基因发生了重组事件。本试验结果表明青藏高原牦牛源BCoV感染率很高,且有独特的遗传进化趋势。     

重庆肉牛腹泻相关病毒的检测及遗传进化分析

为了解重庆市肉牛病毒性腹泻的病原流行情况,本研究对重庆市8个肉牛养殖场的81份腹泻粪便样本中牛病毒性腹泻-黏膜病病毒（bovine viral diarrhea virus,BVDV）、牛冠状病毒（bovine coronavirus,BCV）、牛轮状病毒（bovine rotavirus,BRV）和牛星状病毒（bovine astrovirus,BAstV）4种致腹泻病毒进行了RT-PCR检测,对PCR产物进行测序,用Mega 6.0软件进行系统发育分析。结果显示,BRV、BAstV和BVDV检出率分别为66.7%、8.6%和7.4%,BCV未检出。遗传进化分析结果表明,测序的5个BRV单独聚为一小支,与GenBank中其他VP6序列有明显的遗传距离;BVDV与中国株和丹麦株聚为一支,遗传关系最近;5个BAstV单独聚为一支,与中国香港株遗传关系最近,但仍有明显的遗传距离。本试验结果表明,重庆地区肉牛腹泻主要发生在6月龄以下犊牛,BRV是该地区肉牛腹泻的重要原因,BRV、BAstV和BVDV 3种病毒的遗传多样性值得进一步关注。     

家兔矮小同源盒基因(Shox2)的克隆和表达分析

为了研究新西兰白兔矮小同源盒基因(Shox2)序列,预测其结构和功能,以及研究Shox2基因的时空表达特征,本研究克隆了新西兰白兔Shox2基因全长CDS区,分析其编码蛋白的同源性、亲疏水性、二级和三级结构特点、系统进化树等生物信息学特征,并用Western blot法验证融合蛋白TrxA-Shox2。分别在胚胎中期(E20.5d)、胚胎后期(E28.5d)、幼龄期(出生后10d)、成年期(A)4个时间点采集3只动物的肾、大血管、真皮、心、大脑、肝、肺、脾、肌肉、胆囊共10种组织,采用实时荧光定量PCR技术研究Shox2基因的时空表达图谱。结果,成功克隆了新西兰白兔Shox2基因(登录号:KP726285)。Shox2基因CDS区全长666bp,翻译221个氨基酸。生物信息学分析显示,Shox2为碱性、不稳定蛋白,Shox2蛋白氨基酸二级结构中α-螺旋区域占61.99%,无规则卷曲区域占33.48%,延伸链占4.52%。Western blot验证了融合蛋白TrxA-Shox2的表达。家兔Shox2蛋白氨基酸序列与眼镜猴、猩猩、褐家鼠、人的氨基酸序列同源性较高,说明Shox2蛋白在进化中较保守。Shox2基因mRNA在很多器官都有表达,在E20.5d的家兔胚胎中,Shox2mRNA在肾、肌肉和胆囊的表达量高,在E28.5d时表达量较高的是脾、心,幼龄期时表达量较高的是真皮、肝,成年期时表达量较高的是真皮、脾。本研究成功克隆了新西兰白兔Shox2基因,预测了其结构和功能。Shox2基因mRNA在很多器官都有表达,不同的组织和不同时间特征的表达量变化可能与Shox2功能高度相关,并受到严格的调控。     

一起猪非典型瘟病毒感染的诊断

2017年8月四川省某规模化猪场出现临产母猪产弱子、发抖、死胎,且死胎率达30%,哺乳仔猪成活率明显降低,其中以全身性或局部性阵发痉挛为典型症状。用RT-PCR扩增及序列分析确诊该猪场感染了一种新型的猪非典型瘟病毒(APPV)。这是四川省首次检测到并报道APPV,可为该病的研究和防控提供了一定的参考。     

小鼠卵巢组织定量PCR分析中内参基因的筛选

旨在选择小鼠卵巢组织中合适的内参基因,为研究卵巢发育过程中基因表达提供可靠数据。以不同年龄(0日龄、3周龄、5周龄、8周龄)小鼠卵巢组织为试验材料,Trizol法提取样本总RNA,并合成cDNA,根据已报道的小鼠(Mus musculus)各组织中相对稳定表达的8个常见内参基因(Gapdh、β-actin、β-tubulin、18S rRNA、16S rRNA、H2afz、Ubc、Rpl13a)的GenBank登录序列设计引物,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法构建卵巢cDNA等梯度(1∶10)稀释后的标准曲线;利用geNorm分析候选内参基因的表达稳定性(M);NormFinder筛选表达最稳定的内参基因;BestKeeper计算qRT-PCR结果的标准差(SD)和变异系数(CV),从而预测候选内参基因的稳定性。结果表明,8个内参基因的引物特异性较强,具有良好的线性关系;候选内参基因的表达稳定度排序:Gapdh=β-actin>18S rRNA>Ubc>16S rRNA> H2afz>Rpl13a>β-tubulin;其中Gapdh表达稳定性最好,且标准差及方差系数最小(SD:0.32,CV:1.95),H2afz标准差及方差系数最大(SD>1.0,CV:5.76)。综上表明,本研究成功获得出生后小鼠卵巢发育过程中稳定表达的内参基因(Gapdh和β-actin),可作为其基因表达研究中的最佳候选内参。     

检测纽布病毒的Real-time RT-PCR方法的建立与应用

纽布病毒(nebovirus, NeV)是国内新发的犊牛腹泻病原,本试验目的是建立检测NeV的real-time RT-PCR方法。根据国内NeV流行株的聚合酶基因(RdRp)序列设计引物,通过反应条件和体系优化,成功建立基于TB Green检测NeV的real-time RT-PCR方法。结果显示:该方法在2.9×10~1～2.9×10~9copies·μL^-1之间呈现良好的线性关系,线性相关系数R^2=0.999 4,扩增效率为98%;该方法只特异性检出NeV,不检出常见无关病原;最低检测下限为29 copies·μL^-1;批内和批间的变异系数分别为0.89%～1.89%和0.83%～1.15%;该方法对临床样本的检出率高于文献报道的三种检测方法(P<0.05)。对2018年8—11月采自新疆和辽宁的135份奶犊牛腹泻样本中NeV的检出率为67.41%,场阳性率为100%(15/15)。所建方法的特异性和稳定性好、灵敏度高,为NeV的检测和流行病学调查提供了有力的手段。     

一株牦牛源G6P[11]型牛轮状病毒的分离鉴定及部分基因的序列分析

本研究的目的是分离、鉴定牦牛源牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)。将经RT-PCR检测BRV阳性的牦牛腹泻粪便样本接种MA-104细胞,进行病毒分离和鉴定,并对其VP4、VP6和VP7完整基因进行测序,分析其分子特征。结果显示:病毒盲传3代后出现细胞病变,至第7代后出现细胞病变的时间稳定,经蚀斑纯化后测得病毒滴度为10^8.39TCID₅₀·mL^-1。分离株经RT-PCR、间接免疫荧光和电镜观察证实为BRV,命名为HY-1株;扩增HY-1株VP4、VP6和VP7完整基因序列,分析表明HY-1株为G6P[11]I2型;系统发育树显示,HY-1株VP4、VP6和VP7节段分别与中国牛源DQ-75株和印度牛源M-1和RUBV319株遗传演化关系最近,可能为重配毒株。与国内的G6型和P[11]型BRV毒株相比,HY-1株的VP4和VP7蛋白重要氨基酸位点变化较大。成功分离得到一株牦牛源BRV,基因型为G6P[11]型,为我国首次报道。     

牛传染性鼻气管炎病毒恒温隔绝式荧光PCR检测方法的建立

为建立检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的恒温隔绝式荧光PCR(iiPCR)方法,本研究采用文献报道的引物和探针,通过优化反应体系,首次建立了检测IBRV核酸的iiPCR方法。结果显示该方法仅特异性检测出IBRV,而对牛病毒性腹泻-黏膜病病毒、牛副流感3型病毒、牛呼吸道合胞体病毒、牛腺病毒3型、牛冠状病毒、牛支原体、多杀性巴氏杆菌和溶血性曼氏杆菌等病原则不能检出。该方法的检测下限为2.4拷贝/μL质粒标准品,并具有良好的重复性。对临床样品的检测结果与OIE推荐的荧光定量PCR方法的检测结果一致;该方法配合PetNAD核酸萃取试剂盒,从核酸提取到报告检测结果仅需1h,具有操作简便、快速、可现地化的特点。对9个省29份商品化冻精检测结果显示,IBRV阳性率为24%(7/29),表明我国流通的商品化冻精携带IBRV情况普遍。本研究为IBRV的现地检测提供了一个可靠的方法。     

全放牧与舍饲育肥对牦牛肉品质及安全性的影响

比较了全放牧饲养与舍饲育肥2种饲养方式对牦牛肉的理化性质、营养品质以及安全品质的影响,旨在为优质安全牦牛肉的生产和制定优质牦牛肉的评价标准提供理论依据。随机选择4头舍饲育肥100 d、平均体重(243. 00±21. 43) kg的麦洼公牦牛和6头全放牧饲养、平均体重(297. 17±65. 65) kg的麦洼公牦牛,屠宰后取背最长肌与后腿半腱肌,测定其理化性质、营养品质及卫生安全指标。结果:舍饲育肥牦牛肉的pH_(24 h)显著高于全放牧牦牛肉(P<0. 05)、蒸煮损失率和红度值(a*值)极显著低于全放牧牦牛肉(P<0. 01),而2种饲养方式牦牛肉的pH_(45 min)及滴水损失、亮度值(L*值)和黄度值(b*值)无显著差异(P>0. 05),饲养方式对牦牛肉干物质、粗蛋白和灰分含量的影响差异不显著(P>0. 05);背肌和腿肌2个部位牦牛肉的理化指标及营养指标均无显著差异(P>0. 05);在卫生安全指标方面,2种饲养方式牦牛肉中均未检出兽药残留以及重金属铬、镉和汞,挥发性盐基氮以及重金属砷和铅的含量均达到绿色食品标准。研究表明,舍饲牦牛肉与放牧牦牛肉的营养品质无差异;舍饲牦牛肉有更高的pH_(24 h)值和更低的蒸煮损失,是更为优质的牦牛肉产品;两种方式生产的牦牛肉均达到绿色食品标准,均为优质安全的畜产品。     

宏基因组学揭示AFB1对牦牛瘤胃微生物多样性及CAZy谱影响

采用宏基因组学方法探讨黄曲霉毒素B1(AFB1)对牦牛瘤胃微生物多样性及碳水化合物酶类(CAZy)功能谱的影响。试验设E1、E2两个试验组和对照组C,日粮中添加AFB1量分别为20μg·kg^-1、60μg·kg^-1和0。采集瘤胃液,提取DNA,进行宏基因组分析。结果表明,AFB1降低拟杆菌门及厚壁菌门的丰度,在属水平上较高水平的AFB1对普雷沃氏菌具有抑制作用。牦牛瘤胃中降解植物纤维素主要的CAZy是糖苷水解酶(GH)和糖基转移酶(GT)。AFB1对CAZy中6类酶以及3种纤维小体构成组分均产生影响,且高水平影响更大。研究揭示,AFB1降低瘤胃细菌多样性,影响CAZy功能。研究结果有利于探讨AFB1影响反刍动物瘤胃微生态的机制,为饲料安全使用及牦牛健康养殖和产品安全生产提供参考。     

绵羊肺炎支原体恒温热隔绝式PCR方法的建立

为建立绵羊肺炎支原体(Mo)感染疾病的现场便捷化诊断方法,本研究选择Mo高度保守区域tuf基因设计合成一对特异性引物和探针,建立了恒温热隔绝式PCR(iiPCR)方法并对其特异性、灵敏性进行评价。结果显示,建立的iiPCR方法仅对Mo的典型菌株和其临床分离菌株的DNA呈阳性结果,具有较强的特异性;对Mo基因组DNA的检出下限为24fg/μL,具有较高的敏感性。利用该方法检测临床样品,结果显示该方法可以从临床采集的羊鼻拭子及支气管拭子中检测出MoDNA,对扩增产物的测序表明检测结果具有较高的准确性。本研究建立的iiPCR方法为Mo的检测及其感染疾病的诊断提供了快速、便捷的技术手段。