2015年中国典型对虾养殖区WSSV流行株高变异区序列的分析比较

为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年4~10月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元(Repeat unit, RU)数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530、5908和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大片段的缺失,ORF75的45 bp的RU数目分别为1、2和3,102 bp的RU数目均为1,而ORF94的RU数目分别为4、5、10和12不等,ORF125的RU数目为3、5和6。结果表明,WSSV在部分开放型阅读框上表现出明显的变异差异,而在某些开放型阅读框上的缺失情况则有显著的稳定性。     

2013年中国典型对虾养殖区白斑综合征病毒流行株高变异区序列的分析比较

为了解中国不同地区白斑综合征病毒的流行变异情况,本研究取用2013年3—12月从7个省市发病地区采集到的64份WSSV阳性样本,以特异的引物扩增目的片段,通过测序分析不同样本的缺失及变异差异。结果显示,在开放阅读框ORF14/15的扩增中,分别有6530 bp、6533 bp和5138 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中有12070bp大片段的缺失,不同地区样本中未能成功扩增ORF75,而ORF94的重复单元数目分别为0、3、4、12不等,ORF125的重复单元数目为0、7。SNP分析表明,含有3个重复单元的ORF94在48位的碱基为T、T、T,重复单元数为4的在48位的碱基为T、T、T、T,重复单元数为12的在48位的碱基分别为T及11个A。而ORF125所有重复单元数为7的情况在8、18、25、66、69位置的碱基均为G、G、G、G、A,在9、50、53、61位的碱基也普遍出现了变异。结果表明,WSSV在中国不同地区存在一定程度的变异,其在序列中的缺失、重复单元数目以及SNP的差异较为明显。     

白斑综合征病毒2014年中国毒株变异区的序列比较

为研究白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在中国不同地区的分子流行病学变异特征,对2014年1-8月期间在病害暴发区采集到的48份PCR检测阳性样本,用ORF75、ORF94和ORF125引物扩增目的片段,连接转化已克隆目的片段,测序分析不同样本ORF75、ORF94和ORF125重复序列数目的差异.结果显示,不同地区毒株ORF75的重复单元数目有4、10、11、12、13不等,ORF94的重复单元数目有4和14,而ORF125的重复单元数目有0、3、5、6、7不等.结果表明,流行在中国大部分地区的WSSV存在一定程度变异,毒株间的变异在ORF75、ORF94和ORF125上比较明显.     

2014年中国不同地区对虾白斑综合征病毒ORF14/15和ORF23/24缺失区序列比较

对虾养殖面临诸多病害威胁,对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus, WSSV)是养殖对虾主要病原之一,WSSV不同地理株的变异可能导致WSSV毒力的变化。为了解2014年中国大部分地区WSSV ORF14/15和ORF23/24的变异情况,本研究选择2014年1月–8月期间采集的48份WSSV阳性样本,用特异引物扩增ORF14/15和ORF23/24片段,连接于T载体,转化至Top10中,筛选阳性克隆,测序分析不同样本之间的缺失差异。结果显示,能够扩增ORF14/15和ORF23/24样品的比例分别为43.75%和33.33%。在ORF14/15扩增中,分别扩增出1260 bp、1270 bp、1892 bp和2662 bp片段,与TH-96-Ⅱ比对共有4种缺失情况,即缺失6540 bp、6530 bp、5908 bp和5138 bp。而在ORF23/24扩增中,分别扩增出1140 bp和1146 bp片段,与中国台湾株(TW)比对有两种缺失情况,即缺失12070 bp和12064 bp。研究结果表明,WSSV在中国大部分地区存在一定程度的变异,而不同毒株之间在ORF14/15可变区差异比较明显,在ORF23/24可变区差异不大,但均具有大片段缺失。     

湖北地区克氏原螯虾白斑综合征病毒变异区ORF14/15、ORF23/24基因序列比较分析

试验扩增、克隆了在湖北地区采集的19份克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)阳性样品的变异区ORF14/15和ORF23/24基因,通过测序比较分析了湖北各WSSV毒株与Gen Bank公布的标准毒株间在变异区ORF14/15及ORF23/24基因的差异性。结果显示,19份WSSV阳性样品中有部分样品在变异区扩增出ORF14/15、ORF23/24基因片段,变异区基因序列分析发现,与Gen Bank已公布的标准毒株相比,存在大片段缺失。在变异区ORF14/15,有3个毒株扩增出1 442 bp的片段,4个毒株扩增出630 bp的片段,基于变异区ORF14/15构建的系统进化树显示,这些毒株归属两个不同的分支。在变异区ORF23/24,有2个毒株扩增出大小为2 096 bp的片段,进化分析发现这2个毒株在变异区ORF23/24的遗传距离较近。     

安徽省克氏原螯虾白斑综合征病毒缺失区序列分析

为了解安徽省克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)缺失区ORF23/24和ORF14/15的遗传差异及其与世界各地WSSV的遗传进化关系,2016年4月—8月,在安徽省6个市采集了9个养殖克氏原螯虾样本进行WSSV套式PCR检测,扩增病毒缺失区ORF23/24和ORF14/15,将获得的序列进行比较分析。结果显示,9个样本均在第1轮PCR扩增中获得阳性结果,其ORF23/24区与中国台湾株(TW)比对,缺失5 892 bp或9 310 bp,其ORF14/15区与WSSV祖先株(TH-96-Ⅱ)比对,缺失5138 bp或5948 bp。其中8个样本中WSSV与2008至2010年在江苏的克氏原螯虾中检测到的一些毒株的ORF23/24和ORF14/15区缺失情况相同,且这些病毒ORF14/15区均缺失5 138 bp,与TW株缺失情况相同。     

罗氏沼虾白斑综合症病毒WSSV ORF147片段的克隆、表达与序列分析

白斑综合症病毒WSSV(White Spot Syndrome Virus),是严重危害虾类养殖业的主要病原之一.本实验根据已知南美白对虾WSSV ORF147序列设计1对特异性引物,从患疑似白斑病毒病的罗氏沼虾中提取总DNA,用PCR法扩增得到1特异性片段.将该片段克隆进pET-28a( )载体,测序表明该片段全长1 475 bp,最大开放式阅读框为1 380 bp,编码459个氨基酸,预计其相对分子质量为51.9 kDa;与GenBank登录的WSSV ORF147序列(登录号AF369029)进行比对,核苷酸同源性为99%,证实为WSSV ORF147片段.将该片段在大肠杆菌E coli中进行表达,能获得相应的特异多肽条带.根据测序结果推导WSSV ORF147多肽在N端有信号肽序列,并且在氨基酸序列的122～144区间形成跨膜螺旋区.     

多重RT-PCR体系检测4种虾病毒的方法

根据多重RT-PCR的技术原理,利用对虾传染性表皮与造血组织坏死症病毒、白斑综合征病毒、黄头病毒和桃拉综合征病毒的基因序列分别设计了4对特异引物,建立多重RT-PCR体系用于虾4种病毒的检测。多重RT-PCR体系能特异地扩增出IHHNV、WSSV、YHV和TSV的目的片段:TSV特异性扩增片段508 bp,WSSV 特异性扩增片段435 bp,IHHNV 特异性扩增片段301 bp 和YHV。特异性扩增片段614 bp。结果表明,多重PCR虾病毒检测系统具有较高的特异性和敏感性,并对其它对虾病原呈阴性。IHHNV、TSV、WSSV和YHV模板在多重PCR虾病毒检测体系中的检测下限分别为0.1,1,0.02和0.2 pg。病毒感染病料检测试验中,该检测体系的检测结果与单纯PCR的检测结果呈现出较好的吻合度。     

以WWSV ORF234片段诊断罗氏沼虾白斑病毒病及片段分析

根据GenBank中登录的对虾白斑综合症病毒(WSSV)全基因组序列中和ORF234.相应的序列来设计1对引物,从疑似病例的罗氏沼虾中提取总DNA,并以此为模板,经PCR扩增出约885 bp的特异性片段,克隆进质粒载体pET-28a(+),进行序列测定和分析.结果显示:扩增序列共编码294个氨基酸.预测的相对分子质量为34kDa,与GenBank中登录序列的对应区域同源性达99%,由此确认该罗氏沼虾患有白斑综合病毒病.该序列所编码的蛋白在22～96氨基酸位置有一段球状结构,在142～272氨基酸位置有一个与DUF1335蛋白同源的将近130个氨基酸残基的保守区,其功能未知.同时还对克隆出的片段进行序列分析和蛋白预测,以进一步深入开展蛋白的功能及对该病毒病的防治的研究.     

以 WWSV ORF234片段诊断罗氏沼虾白斑病毒病及片段分析

根据GenBank中登录的对虾白斑综合症病毒(WSSV )全基因组序列中和ORF234相应的序列来设计1对引物, 从疑似病例的罗氏沼虾中提取总DNA, 并以此为模板, 经PCR扩增出约885 bp的特异性片段, 克隆进质粒载体pET- 28a( + ), 进行序列测定和分析。结果显示: 扩增序列共编码294个氨基酸, 预测的相对分子质量为34kDa, 与G enBank中登录序列的对应区域同源性达99%, 由此确认该罗氏沼虾患有白斑综合病毒病。该序列所编码的蛋白在22~ 96氨基酸位置有一段球状结构, 在142~ 272 氨基酸位置有一个与DUF1335 蛋白同源的将近130个氨基酸残基的保守区, 其功能未知。同时还对克隆出的片段进行序列分析和蛋白预测, 以进一步深入开展蛋白的功能及对该病毒病的防治的研究。     

重庆5个地区PRRSV ORF7基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR方法,对来自重庆合川、长寿、綦江、大足、开县等5个区县的5个猪场的PRRS病料进行了ORF7基因的扩增,并克隆、测序和序列比对。结果发现,这5株与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性为98.5%,其推导的氨基酸序列同源性为92.6%;与已发表的ORF7序列CQ0703、JX0602、HB0602比对,核苷酸同源性为99.6%,其推导的氨基酸同源性为98.0%;与疫苗株RespPRRSMLV核苷酸同源性为98.6%,氨基酸同源性为94.3%,与欧洲型代表株LV株ORF7基因序列差异较大,核苷酸同源性仅有56.6%,而且推导的氨基酸数比LV株少5个,二者同源性仅为58.1%。结果表明5个区县流行的PRRSV与VR-2332和RespPRRSMLV亲缘关系很近,均为美洲型毒株。     

锦鲤疱疹病毒CJ株ORF27基因克隆及生物信息学分析

为了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株（KHV-CJ）ORF27基因编码蛋白的结构特征和进化关系,采用镜鲤尾鳍原代细胞增殖KHV-CJ,提取其DNA,经PCR扩增,获得ORF27基因,将其克隆在pMD18-T载体中,构建重组质粒。应用生物信息学方法初步分析KHV-CJ ORF27基因的结构和功能,并与GenBank上公布的三株KHV构建系统进化树。结果显示：获得207bp的ORF27基因,编码69个氨基酸;预测ORF27编码蛋白的理论分子质量为7366.62Da,等电点为4.487;抗原表位预测显示抗原性良好;编码蛋白存在1个N-糖基化位点、4个O糖基化位点和5个磷酸化位点;系统进化树分析表明与锦鲤疱疹病毒美国株（KHV-U）属同一分支。     

锦鲤疱疹病毒ORF72基因克隆及结构功能分析

于辽宁丹东采集感染锦鲤疱疹病毒的活鲤Cyprinus carpio样品,经DNA提取、PCR扩增、重组质粒构建步骤成功克隆锦鲤疱疹病毒ORF72基因,并利用生物信息学软件分析ORF72蛋白结构与功能,构建系统进化树。结果显示:ORF72基因开放阅读框共1113bp,编码蛋白由370个氨基酸组成,理论相对分子质量为40.5KD;ORF72蛋白主要由α螺旋、β折叠、无规则卷曲3种二级结构组成;N端35个氨基酸序列为信号肽序列。跨膜结构分析表明:ORF72蛋白无跨膜区,保守结构域预测表明ORF72含有一个保守结构域,抗原表位分析表明,抗原性较好。结构预测显示:ORF72氨基酸序列存在2个潜在的N-糖基化位点、1个潜在的O-糖基化位点、19个潜在的磷酸化位点。系统进化树分析发现,其与锦鲤疱疹病毒美国株、以色列株属同一分支。     

鲤疱疹病毒3型ORF148 DNA疫苗对建鲤鱼苗的免疫保护

鲤疱疹病毒3型(Cyprinid herpesvirus 3, CyHV-3)又称为锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus, KHV),是一种高传染性、致死性病毒。为开发新型CyHV-3 DNA疫苗,前期研究中将CyHV-3 ORF148基因插入pEGFP-N1构建重组质粒,在此基础上,本研究通过转染试验、间接免疫荧光试验证实pORF148-EGFP融合蛋白可以在CCB-J细胞系和建鲤体内表达;将重组质粒作为DNA疫苗,肌肉注射免疫建鲤鱼苗,ELISA检测表明免疫pEGFP-ORF148重组质粒可以显著提高建鲤血清特异性抗体水平; RT-qPCR检测显示,免疫pEGFP-ORF148重组质粒后,建鲤脾脏和头肾中的免疫相关基因如IFN-a1、Mx-1、CXCa、CXCR1、TNF-α、IL-1β及IgM基因表达量均显著提高。攻毒实验显示, CyHV-3攻毒21 d后, PBS组、pEGFP-N1组和pEGFP-ORF148组的建鲤存活率分别为30%、35%和85%,免疫pEGFP-ORF148可以显著提高建鲤的存活率(P0.01)。本研究旨在为CyHV-3 DNA疫苗的应用提供理论依据。