白斑狗鱼F1代微卫星标记及其与生长性状的相关性

用8对微卫星标记分析白斑狗鱼Esox lucius人工繁育的PIT标记F1代群体的遗传结构,并分析其与5个形态性状的相关性。结果表明:8对微卫星位点平均有效等位基因数为2.8943,平均观测杂合度为0.5473,平均预期杂合度为0.6084,多态信息含量平均为0.5572,遗传偏离指数平均为-0.1634。白斑狗鱼F1代的遗传多样性略低于亲本,但仍具有较高的遗传多样性。对形态性状与基因型的相关分析,找到一个与全长、体高、体厚相关的位点P2。多重比较结果显示:P2位点基因型AA、BC、BB对生长起正面作用,而基因型AB、AC起负面作用。     

白斑狗鱼家系亲本遗传结构的微卫星分析

近年来,新疆土著鱼类白斑狗鱼（Esox lucius）已成为重要的养殖对象。本研究用8对微卫星标记扩增了190-360bp的2-7条带,分析构建了白斑狗鱼家系亲本的遗传结构。白斑狗鱼雌、雄亲鱼的观测杂合度和预期杂合度分别为0.6438、0.7066和0.6500、0.7076,表明白斑狗鱼亲本杂合度较高。雌、雄亲鱼平均多态信息含量分别为0.6464和0.6486。总体上8个微卫星位点具有较高的多态性,雌雄亲本间遗传距离为0.0426,适于分析白斑狗鱼亲本的遗传结构。F统计显示,白斑狗鱼近亲交配不严重,适合作为家系选育亲本。     

大黄鱼连续4代选育群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

利用13个多态性微卫星位点分析了大黄鱼官井洋优快01品系F1到F44个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F413个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(FST)渐次变小(F1～F2为0.0619,F2～F3为0.0511,F3～F4则为0.0475)。随着选育的进行,微卫星位点LYC0002和LYC0054等位基因频率有规律地发生变化,推测其可能与选育性状存在遗传上的相关。结果表明,经过连续4代的选育,部分不利基因遭到淘汰,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

草鱼EST-SSRs标记的筛选及其与生长性状相关分析

利用草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST(expressed sequence tags)数据库开发的18个EST-SSR标记,对草鱼群体进行基因型与生长性状关联分析和群体遗传多样性分析,结果表明:关联分析得到6个微卫星位点(13118、13305、24017、25085、35939和40698)与体重,体长和体高显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01)。对其进行多重比较获得有利基因型分别为13118位点的BB、13305位点的AD、24017位点的AC、25085位点的BE、35939位点的BB和40698位点的BB。将6个微卫星位点上的EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,其中24017序列与鲤鱼自然杀伤细胞增强因子(NCEF)同源性水平高达86%,25085序列与草鱼反应元件结合蛋白(CREB)的基因同源性水平达到80%。应用这18个微卫星位点对草鱼养殖群体进行遗传多样性分析,共检测到82个等位基因,平均等位基因4.556个,每个位点检测到的等位基因数为2～9个,群体的平均观测杂合度为0.452 9,平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.457 1和0.401 7,表明该群体遗传多样性处于低水平。     

建鲤、黄河鲤杂交后代微卫星标记多态性及其与体质量的关联性

为了解微卫星标记多样性与鲤杂交F1体质量的关联性,本研究以2个品种鲤(Cyprinus carpio)(建鲤、黄河鲤)双列杂交F1的4个群体为实验材料,应用25对微卫星引物进行遗传多样性分析,并检测不同基因型间体质量的差异。实验结果显示,不同组合单个位点的等位基因数为5.08～6.08,有效等位基因数为1.4～6.8,平均观测杂合度为0.62～0.77,平均期望观测杂合度为0.47～0.55,平均PIC为0.42～0.49。4个鲤群体中,黄河鲤纯繁群体(Hh)和黄建杂交群体(Hj)间的遗传相似性系数最大(0.979 5)。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统树显示,黄河鲤纯繁群体(Hh)和黄建杂交群体(Hj)亲缘关系最近。采用最小二乘法分析微卫星座位与体质量的关联性发现,HLJ13位点在纯繁组合不同基因型之间都检测到了显著性差异,Koi42位点只在建鲤纯繁组合内检测到基因型之间的差异;除此之外,只有Koi42AA型检测到的体质量值在杂交组合Hj和Jh中显著高于亲本建鲤和黄河鲤自繁组合。以上结果提示Koi42位点可能与杂种优势相关,这为下一步分子标记辅助选育奠定了基础。     

微卫星分析鲤鱼杂交系F2代家系群体遗传多样性

利用10个微卫星分子标记,对8个鲤鱼杂交系家系进行遗传多样性分析,结果显示:10对微卫星引物在鲤鱼杂交系F2代8个家系共240个个体中均获得了稳定、清晰的扩增条带,并在个体间表现出不同程度的多态性。共检测到59个等位基因,位点等位基因数在3~9个,平均等位基因数5.9个,片段长度在129~371 bp,有效等位基因在1.533~5.821,平均为3.452 5;观测杂合度在0.421~0.882,平均为0.647,期望杂合度在0.506~0.826,平均0.628;多态性信息含量(PIC)在0.452~0.815,平均多态信息含量0.675,为高度多态性;个体间遗传距离0.3586~0.8302,相似性系数在0.5012~0.7906。8个家系中,20号家系与59号家系的遗传距离最小,为0.357 3;20号家系与35号家系遗传距离最大,为0.830 2。实验结果表明:该鲤鱼杂交系F2代群体遗传多样性水平较高,等位基因数量较多,杂合度较高,多态信息含量丰富,家系间没有受到近交的影响,具有较大的选育潜力。     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

刺参微卫星标记与生长性状体重、体长的相关分析

运用单标记分析法分析了10个微卫星位点与控制体重、体长数量性状的QTL的连锁关系。10对微卫星引物在8月龄具有生长性状差异的60个刺参个体基因组DNA中扩增得到50个等位基因,每个微卫星位点等位基因数3~7个,平均有效等位基因个数5.0。10个微卫星位点的多态信息含量为0.268 0~0.825 6不等,观测杂合度为0.083 3~0.666 7。采用SPSS软件对刺参的体重、体长生长性状和微卫星位点相关性进行分析,结果显示,微卫星位点AjSSR02基因型AB、AD、CD与体重和体长相关,AjSSR04标记中等位基因A对生长性状有正面影响,位点AjSSR06基因型FF个体仅平均体重与其他基因型个体显著差异,AjSSR09标记的A和B等位基因分别对生长性状具有正面和负面不同影响。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)壳宽快速生长选育群体遗传多样性及遗传结构的微卫星标记分析

为了监测长牡蛎(Crassostrea gigas)在选育过程中的遗传变异、分析选育对其遗传结构的影响,本研究以选育目标为壳宽快速生长的长牡蛎为实验材料,利用微卫星(Simple Sequence Repeats)标记技术,对长牡蛎基础群体(P0)和连续两代选育群体(F1和F2)进行遗传多样性评估。结果发现,所有微卫星位点在3个群体中都表现出了较高的多态性,P0、F1和F2代群体的平均等位基因数分别为16.5、12.2和12.8;P0、F1和F2代群体多态性信息含量(Pic)的平均数值分别为0.9068、0.8982和0.8836。所有群体10个位点的观测杂合度值(Ho)均小于期望杂合度值(He),观测杂合度平均值的大小范围为0.5775–0.6484,期望杂合度范围为0.8594–0.9279。哈迪-温伯格平衡(HWE)结果显示,3个群体在10个位点上有24个群体的位点组合显著偏离HWE(P0.05),说明人工选育对选育群体的遗传结构有一定的影响。3个群体在10个位点上的Fis值均为正值,平均范围为0.1541–0.2341,表明群体内各位点上的杂合子比例有所下降;各群体间F_(st)值范围为0.0093–0.0245,遗传分化程度较弱。此研究表明,以壳宽快速生长为选育目的,长牡蛎连续选育群体仍具有很高遗传多样性,人工选育过程中保持一定选择压力,仍然会使长牡蛎的优良生长性状得到不断提高。     

基于微卫星标记的中华绒螯蟹遗传多样性分析

为了解中华绒螯蟹不同群体的遗传结构，利用微卫星分子标记，分析中华绒螯蟹单年系F5代选育群体、“长江2号”和长江野生群体的遗传多样性。结果表明，6个微卫星位点的等位基因数为7～11，有效等位基因数为4.539 4～9.529 4，观测杂合度为0.638 9～0.861 1，期望杂合度为0.790 7～0.907 7，多态信息含量为0.779 7～0.895 1,6个微卫星位点均具有高度多态性。3个河蟹群体的期望杂合度为0.817 6～0.847 8，多态信息含量为0.784 1～0.812 5，表明所有群体均具有高度遗传多样性。遗传分化指数值为0.052 69～0.084 82，表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。AMOVA分析显示，群体间变异占总变异的5.34%，群体内个体间的变异占总变异的94.66%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示，单年系F5代选育群体先与“长江2号”群体聚为一类，再与长江野生群体聚为一类。     

翘嘴鳜连续4代选育群体遗传多样性及遗传结构分析

利用微卫鳜星分子标记技术对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)选育群体世代F1至F4的遗传结构进行分析,并以长江中游野生翘嘴作为对照群体。结果显示:筛选出的7个微卫星位点在5个实验群体中共检测到了149个等位基因;随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性参数逐代下降,平均等位基因数从5.14下降到2.57,平均观测杂合度从0.405下降到0.229,平均多态信息含量从0.702下降到0.424。野生群体与选育群体间的遗传距离逐代增加(从0.345 4到0.751 7),遗传相似度逐代减小(从0.707 9到0.471 6),遗传分化指数逐代增大(从0.093 8到0.239 7)。结果表明,经过连续4代选育,部分位点的基因型逐渐趋向纯合,在多数位点上4代群体仍表现出较高遗传多样性。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)壳宽快速生长选育群体遗传多样性及遗传结构的微卫星标记分析

为了监测长牡蛎(Crassostrea gigas)在选育过程中的遗传变异、分析选育对其遗传结构的影响,本研究以选育目标为壳宽快速生长的长牡蛎为实验材料,利用微卫星(Simple Sequence Repeats)标记技术,对长牡蛎基础群体(P0)和连续两代选育群体(F1和F2)进行遗传多样性评估。结果发现,所有微卫星位点在3个群体中都表现出了较高的多态性,P0、F1和F2代群体的平均等位基因数分别为16.5、12.2和12.8;P0、F1和F2代群体多态性信息含量(Pic)的平均数值分别为0.9068、0.8982和0.8836。所有群体10个位点的观测杂合度值(Ho)均小于期望杂合度值(He),观测杂合度平均值的大小范围为0.5775–0.6484,期望杂合度范围为0.8594–0.9279。哈迪-温伯格平衡(HWE)结果显示,3个群体在10个位点上有24个群体的位点组合显著偏离HWE(P<0.05),说明人工选育对选育群体的遗传结构有一定的影响。3个群体在10个位点上的Fis值均为正值,平均范围为0.1541–0.2341,表明群体内各位点上的杂合子比例有所下降;各群体间Fst值范围为0.0093–0.0245,遗传分化程度较弱。此研究表明,以壳宽快速生长为选育目的,长牡蛎连续选育群体仍具有很高遗传多样性,人工选育过程中保持一定选择压力,仍然会使长牡蛎的优良生长性状得到不断提高。     

性状相关微卫星标记分析黄河鲤群体的遗传潜力

利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2~10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0.6578,平均多态信息含量为0.6108,分析结果表明:该群体的多样性水平较高。经X2检验,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中,标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关(P0.01),标记CAFS1603与吻长极显著相关(P0.01),标记CAFS1639与尾柄高极显著相关(P0.01)。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。     

尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼回交一代与回交二代群体遗传特征的微卫星分析

利用尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)第二代遗传连锁图谱中微卫星标记,对尼罗罗非鱼♀与萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)回交一代(BC1)和回交二代(BC2)群体遗传特征进行了分析。结果表明,从28个微卫星位点中筛选出9个在尼萨回交一代和回交二代中存在差异的扩增位点,这些多态性位点可作为尼萨回交一代和回交二代群体遗传鉴别的重要依据。尼萨回交一代群体的平均观测杂合度为0.670,多态信息含量为0.423;回交二代群体的平均观测杂合度为0.460,多态信息含量为0.365,回交二代群体的遗传多态性低于回交一代群体。与回交一代相比,尼萨回交二代群体的平均有效等位基因数较为一致(BC1:Ne=2.17,BC2:Ne=2.20),基因型数较为一致,但纯合基因型比例、优势等位基因频率均有明显提高,表明连续回交导致后代遗传同质性提高。     

微卫星QTL标记分析豫选黄河鲤群体遗传结构及生长性状相关性

用35个镜鲤微卫星QTL标记评估了豫选黄河鲤(Cyprinus carpio var.haematopterus)群体的遗传结构,并评估了不同基因型与生长性状(体重、体长、体高和体厚)的相关性,筛选了在群体中具有性状优势的基因型。35个微卫星标记在288个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示,各标记等位基因数为3~13,平均每个标记6.828 6个;平均有效等位基因数为4.520 8;平均观测杂合度为0.603 0;平均期望杂合度为0.701 9;平均多态信息含量为0.665 6,群体整体处于高度多态水平(PIC0.5)。利用SPSS19.0的GLM模型分析标记与性状的相关性,共17个微卫星标记与性状表现出不同程度的相关性,其中HLJ2456、HLJ2387和CA1677 3个标记与相应的性状相关性达极显著水平。用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型,下一步可根据优势基因型指导豫选黄河鲤家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。     

中国明对虾单个家系中与生长性状相关微卫星标记的初步筛选

以1个人工授精获得的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)F2家系为材料,对其中80尾中国明对虾进行正态分布检验,选择19个稳定扩增的微卫星位点对每一个体进行扩增和基因分型,分析家系遗传信息.利用最小二乘法对微卫星位点与中国明对虾体长、全长、体质量性状进行关联性分析.采用SPSS 11.5软件作微卫星分子标记与经济性状的方差分析,考察各微卫星位点对体长、全长、体质量3个经济性状的影响程度.结果表明,中国明对虾体长、全长、体质量3个性状均呈正态分布(P＞0.05);相关分析得到,19个微卫星位点中RS0683和FC019两个微卫星位点与体长、全长、体质量呈显著相关(P＜0.05);同时对差异显著的位点进行不同基因型间经济性状的多重比较,RS0683标记座位AA基因型在体长、全长、体质量的表型效应上极显著高于AB、BB基因型(P＜0.01),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状正相关;FC019标记座位的AA基因型体长、全长、体质量显著低于AB、BC基因型(P＜0.05),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状呈负相关.     

大黄鱼22个微卫星标记在F1家系中的分离方式及与生长性状的相关分析

研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),其中等位基因A(165 bp)对应的生长性状表型值最大,可以作为选育快长性状的有效分子标记;LYC0015和LYC0243与体高呈显著相关(P<0.05),与体长、体质量的相关不显著(P>0.05),LYC0015位点的等位基因C(110 bp)和LYC0243位点的等位基因A(160 bp)为有利的等位基因。对LYC0015、LYC0077和LYC0243进行不同基因型个体表型值的多重比较,找到3种对生长性状有利的基因型,分别为BC、AA和AB。同时,以体质量性状为参照,对3个位点不同基因型组合进行比较,找到一个最优基因型组合(BC/AA/AB),与3个位点单独分析对应的最优基因型完全一致,符合加性作用模型。     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%的遗传分化来自群体间,80.93%的遗传分化来自群体内。另外,对FIS值的计算显示,4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失,其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加,相邻世代间的遗传相似性逐步升高。经过连续4代的选育,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示，随着选育的进行，4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降，F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.6753 下降到0.4061，平均等位基因数从3.5下降到2.1333，平均观测杂合度从0.6435 下降到0.4774，平均等位基因纯合率从0.5669到0.4024。对各个位点进行H-W检验，每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验，各家系存在不同程度的遗传分化，结果表明，19.07％ 的遗传分化来自群体间，80.93％的遗传分化来自群体内。另外，对Fis值的计算显示，4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失，其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加，相邻世代间的遗传相似性逐步升高。随着选育的进行，结果表明，经过连续4代的选育，选育群体的遗传基础逐步得到纯化，基因型逐渐趋向纯合、稳定，经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

福建牡蛎选育群体的遗传多样性

利用8个微卫星标记对福建牡蛎(Crassostrea angulata)基础群体、‘金蛎1号’选育系F6和野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,每个位点在各群体的等位基因数为7~24个,各群体在所有位点的平均等位基因数为10.3~17.6个,平均等位基因丰度为9.8~16.8。平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.655~0.662和0.788~0.872。经邦弗朗尼校正,哈迪–温伯格平衡检验结果显示,在24个群体–位点组合中18个群体–位点组合显著偏离平衡(P0.01)。群体内近交系数F_(is)值介于0.0095~0.2874,平均值为0.1992,遗传分化系数F_(st)介于0.0224~0.1627,平均值为0.0767,暗示选育群体中存在较低水平的非随机交配现象,属于中度偏低分化。研究表明,连续的选育对群体的遗传分化产生了一定的影响,但是,选育群体仍然具有较高水平的遗传多样性。