大黄鱼22个微卫星标记在F1家系中的分离方式及与生长性状的相关分析

研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),其中等位基因A(165 bp)对应的生长性状表型值最大,可以作为选育快长性状的有效分子标记;LYC0015和LYC0243与体高呈显著相关(P<0.05),与体长、体质量的相关不显著(P>0.05),LYC0015位点的等位基因C(110 bp)和LYC0243位点的等位基因A(160 bp)为有利的等位基因。对LYC0015、LYC0077和LYC0243进行不同基因型个体表型值的多重比较,找到3种对生长性状有利的基因型,分别为BC、AA和AB。同时,以体质量性状为参照,对3个位点不同基因型组合进行比较,找到一个最优基因型组合(BC/AA/AB),与3个位点单独分析对应的最优基因型完全一致,符合加性作用模型。     

白斑狗鱼F1代微卫星标记及其与生长性状的相关性

用8对微卫星标记分析白斑狗鱼Esox lucius人工繁育的PIT标记F1代群体的遗传结构,并分析其与5个形态性状的相关性。结果表明:8对微卫星位点平均有效等位基因数为2.8943,平均观测杂合度为0.5473,平均预期杂合度为0.6084,多态信息含量平均为0.5572,遗传偏离指数平均为-0.1634。白斑狗鱼F1代的遗传多样性略低于亲本,但仍具有较高的遗传多样性。对形态性状与基因型的相关分析,找到一个与全长、体高、体厚相关的位点P2。多重比较结果显示:P2位点基因型AA、BC、BB对生长起正面作用,而基因型AB、AC起负面作用。     

刺参微卫星标记与生长性状体重、体长的相关分析

运用单标记分析法分析了10个微卫星位点与控制体重、体长数量性状的QTL的连锁关系。10对微卫星引物在8月龄具有生长性状差异的60个刺参个体基因组DNA中扩增得到50个等位基因,每个微卫星位点等位基因数3~7个,平均有效等位基因个数5.0。10个微卫星位点的多态信息含量为0.268 0~0.825 6不等,观测杂合度为0.083 3~0.666 7。采用SPSS软件对刺参的体重、体长生长性状和微卫星位点相关性进行分析,结果显示,微卫星位点AjSSR02基因型AB、AD、CD与体重和体长相关,AjSSR04标记中等位基因A对生长性状有正面影响,位点AjSSR06基因型FF个体仅平均体重与其他基因型个体显著差异,AjSSR09标记的A和B等位基因分别对生长性状具有正面和负面不同影响。     

白斑狗鱼F_1代微卫星标记及其与生长性状的相关性

用8对微卫星标记分析白斑狗鱼Esox lucius人工繁育的PIT标记F1代群体的遗传结构,并分析其与5个形态性状的相关性。结果表明:8对微卫星位点平均有效等位基因数为2.8943,平均观测杂合度为0.5473,平均预期杂合度为0.6084,多态信息含量平均为0.5572,遗传偏离指数平均为-0.1634。白斑狗鱼F1代的遗传多样性略低于亲本,但仍具有较高的遗传多样性。对形态性状与基因型的相关分析,找到一个与全长、体高、体厚相关的位点P2。多重比较结果显示:P2位点基因型AA、BC、BB对生长起正面作用,而基因型AB、AC起负面作用。     

半滑舌鳎生长相关的微卫星标记及优势基因型

本研究利用SPSS 19.0的GLM模型分析28个微卫星标记与半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis生长性状的相关性,结果获得14个与半滑舌鳎体质量(BWe)、体长(BL)或体宽(BWi)显著相关的微卫星标记。与雄性个体生长性状显著相关的7个标记中,cse56与体质量、体长和体宽3个性状均显著相关(P0.05);csou24、hncyse68、hncyse147和hncyse148与体质量和体宽显著相关(P0.05)。与雌性个体生长性状显著相关的10个标记中,cse151和csou56与3个性状均显著相关(P0.05);csou33、csou39和hncyse108等5个标记与其中2个性状显著相关(P0.05)。csou24、hncyse147和hncyse148在雄、雌群体中均表现出与生长性状的相关性。本研究共筛选出17个对雄性个体生长具有显著正面影响的优势基因型,29个雌性个体的优势基因型。     

草鱼醛缩酶A3'-UTR突变与生长性状相关研究

采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为0.723,处于Hardy-weinberg平衡,多态信息含量是0.32,此突变在所测群体中属于中等遗传变异。利用一般线性模型分析基因型与草鱼群体生长性状(体重、体长、体高、体宽)的相关性,结果表明:醛缩酶A 3'-UTR突变与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体比AA基因型个体的体重增加8.37%,在全长、体长、体高、尾柄长等生长性状也表现出比AA和AB基因型个体好。可将醛缩酶A 3'-UTR上的这段插入突变位点作为草鱼生长性状的候选分子标记用于草鱼的选育。     

哲罗鱼微卫星标记与性状的相关性分析

利用22个微卫星标记对野生哲罗鱼(Hucho taimen)F1代4个家系、176个个体的基因组进行分析。首先利用SPSS软件对体长、叉长、头长、吻长、口裂长、口裂宽和眼径等7个性状进行正态分布检验,7个性状都显示出连续变异的特点,属典型的数量性状或者多基因遗传,符合正态分布;其次用GLM程序对22个微卫星标记与性状进行相关性分析,并将与性状显著相关的标记进行基因型之间的多重比较,结果显示22个微卫星座位中,有10个标记至少与一种性状显著相关,其中与口裂长和眼径相关的标记最多的为7个;多重比较可知每个标记中同一性状均有部分基因型差异达到显著水平。这些标记为哲罗鱼进一步的分子标记辅助育种提供了基础。     

大口黑鲈HSC70-1基因多态性及其双倍型与生长性状的关联分析

为了探讨HSC70-1基因对大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状的影响作用,开发与生长性状相关的分子标记,该研究采用PCR技术扩增得到HSC70-1基因的cDNA和DNA全序列,编码区cDNA序列长1 953 bp,编码650个氨基酸,其DNA全序列长3 390 bp,包含8个外显子和7个内含子。采用直接测序法在该基因上筛选到4个单核苷酸多态性(SNP)位点,分别位于核苷酸序列中的第821、第1 105、第1 200和第2 804碱基处,且处于内含子上。SNP标记与性状的关联分析结果表明,C-821G位点上CC基因型个体的体质量和全长均显著高于CG和GG基因型(P0.05)。A-2804T位点上TT基因型个体的体质量和全长均显著高于AT和AA基因型(P0.05)。其他位点不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异(P0.05)。通过合并基因型发现,双倍型D1 (CC--CCTT)的各个生长性状表现最优,在体高和全长上显著高于D5。C-821G、A-2804T和D1与生长性状显著相关,可作为大口黑鲈分子标记辅助育种的候选标记。     

鲤的微卫星标记与体质量、体长、体高和吻长的相关分析

利用24个鲤(Cyprinus carpio L.)EST-SSRs标记和41个SSRs标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到182个等位基因,各座位等位基因数2～4个,片段长度142～329bp,有效等位基因数1.391 3～3.935 3,观察杂合度0.321 4～1.0000,期望杂合度0.2829～0.753 5,平均位点多态信息含量0.5120.利用统计软伺FSPSS的GLM程序对65个微卫星标记与鲤鱼体质量、体长、体高和吻长的相关性进行了分析,其中与体质量、体长显著相关的标记是HLJE365;与体质量、体高显著相关的标记是HLJ816;与体质量显著相关的标记是HLJ726,与体长显著相关的标记是HLJ107、HLJ1098;与体高显著相关的标记是HLJ111、HLJ817;与吻长显著相关的标记是HLJE331、HLJ906、HLJ1330.对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型,并运用数学建模的思想定位等位基因对性状的影响.     

草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证

生长性状是水产动物遗传育种中的重要经济性状,利用与性状相关的分子标记与育种相结合的手段,可以大大加速育种进程。在对草鱼生长性状的前期研究中,采用数量性状位点(QTL)定位的方法,在1号连锁群中发现了2个与生长相关的QTL。在此基础上,实验利用这2个QTL侧翼的2对微卫星标记(CID391_2、CID1512、CID973_1和CID254_1),对长江草鱼选育群体的480个个体进行分析,以期基于草鱼QTL定位结果,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中进行验证。结果显示:(1)4个微卫星标记在该群体中均具有高度多态性,其中各位点观测等位基因数(N_a)为12～23个,有效等位基因数(N_e)为4～12个,观测杂合度(H_o)为0.607～0.904,期望杂合度(H_e)为0.751～0.902;(2)利用方差分析及多重比较对4个多态性的微卫星标记与选育草鱼群体的生长性状(体质量和体长)进行关联分析,发现CID391_2在雌性个体中,各基因型与体质量和体长之间均无显著差异;而在雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间差异显著。CID1512、CID973_1和CID254_1在雌性或雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间均具有显著差异。研究表明,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证结果,为进一步开展草鱼生长性状QTL定位研究和基于QTL结果的分子标记辅助育种(MAS)实践奠定理论基础。     

翘嘴鳜微卫星标记及其与主要经济性状的相关分析

利用筛选出的7对具有较高多态性的微卫星标记,检测106尾翘嘴鳜Siniperca chuatsi选育个体的基因组DNA,分析这些微卫星标记与翘嘴鳜体长、体质量和体高的相关性。结果获得67个等位基因,各位点的等位基因数为3~19,片段大小在147~530bp之间;期望杂合度0.5092~0.9207,均值为0.7574;各位点的多态信息含量在0.4639~0.9101之间,均值为0.7197,表明所选择的SSR标记识别力较高,适用于翘嘴鳜选育群体遗传分析和标记辅助育种研究。相关性分析结果表明,G4位点中含有的片段为219bp等位基因的基因型(229/219或219/219)个体的体质量、体长和体高的表型效应显著高于其他的基因型,G10位点中246/246基因型的体质量和体高表型效应显著高于其他基因型,可作为未来翘嘴鳜分子标记辅助育种的重要参考位点。     

鲤 IGF-I 基因 2 个高度多态微卫星位点的鉴定及其与生长相关性 状的关联分析

??利用PCR结合测序方法, , 在鲤(Cyprinus carpio)类胰岛素生长因子-I (insulin-like growth factor-I, , IGF-I)基因内含子1和内含子2中各鉴定1个微卫星多态性位点, , 分别命名为intron1189和intron2310, , 这两个位点均以4碱基为重复单元。以黑龙江鲤(Cyprinus cario haematopterus, , YL)(n=263)、德国镜鲤选育系(Cyprinus carpio L. mirror, , JL)(n=229), 及荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var. wuyuanensis, , HL)(n=255)为研究对象, , 评估了这两个位点不同基因型(频率>3%)与鲤4个生长时段(135 d 、325 d、335 d和445 d)生长表型的关联。结果显示, , 2个位点在3个鲤群体中均表现为高度多态(PIC>0.5)。intron1189位点多态性主要对YL的135 d、325 d体长和325 d、385 d体质量有显著影响(P<0.05), , 而intron2310位点多态性对JL各检测时段的体长和体质量均有显著影响(P<0.05)。对不同基因型个体的体长和体质量性状进行多重比较, , 结果显示, , 在intron1189位点, , 185/229基因型YL的135 d、325 d体长和325 d、385 d体质量最低, , 而205/221基因型YL的135 d、325 d体长和325 d体质量最高。在intron2310位点, , 290/350基因型JL在各检测时段的体长及135 d、325 d、385 d体质量最低, , 而318/350基因型JL的135 d、325 d、385 d体长和体质量均为最高。上述结果表明, , 鲤IGF-I基因内含子中的这两个高度多态微卫星位点潜在影响鲤的生长性能。

     

源于鳞被相关基因的微卫星标记与鲤 4 种生长性状的相关性分析

选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2～4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC＜0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61％标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28％)、7(19％)、7(19％)和11个(31％)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性.     

一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数（Ne）为1.3721～3.8278,平均观察杂合度（Ho）为0.3235～1.0000,平均期望杂合度（He）为0.3464～0.7442,平均多态信息含量（PIC）为0.4754。结果表明：该镜鲤家系的遗传多样性处于中等水平,但在较大的选择压力下已严重偏离Hardy-Wenberg平衡。利用SPSS程序下的GLM过程对15个微卫星位点与主要经济性状的相关性进行分析,结果发现：HLJ021、HLJ354、HLJ551共3个微卫星位点对镜鲤体重显著影响（p〈0.05）,其中,位点HLJ021、HLJ044、HLJ551、HLJ1330还对体高存在显著影响（p〈0.05）,HLJ354对体长、体厚、全长存在显著影响（p〈0.05）。本研究所鉴定的与生长性状相关的标记可为德国镜鲤分子标记辅助育种提供重要信息。     

Parentage assignment in Haliotis midae L.: a precursor to future genetic enhancement programmes for South African abalone

The establishment and evaluation of family lines using pedigree information provides an advanced understanding of the variability that exists for complex, economically valuable traits and is a necessary step in the execution of an effective breeding programme. The aim of this study was to assign parentage to mass‐spawned Haliotis midae juveniles using species‐specific microsatellite markers. Screening of wild abalone individuals revealed that the nine loci selected complied with the minimum requirements for parentage analyses: a null allele frequency <5% as well as a high number and frequency of alleles per locus. A total of 598 individuals were genotyped (198 breeding individuals and 400 F1 progeny) from two farms, with parentage results yielding 91% and 90% successful assignment for Farms A and B respectively. This study, therefore, provided the necessary pedigree information required for controlled breeding of individual adult abalone and indicated the usefulness of the panel of microsatellite markers selected for parentage assignment.     

一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数(Ne)为1.3721～3.8278,平均观察杂合度(Ho...     

微卫星QTL标记分析豫选黄河鲤群体遗传结构及生长性状相关性

用35个镜鲤微卫星QTL标记评估了豫选黄河鲤(Cyprinus carpio var.haematopterus)群体的遗传结构,并评估了不同基因型与生长性状(体重、体长、体高和体厚)的相关性,筛选了在群体中具有性状优势的基因型。35个微卫星标记在288个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示,各标记等位基因数为3~13,平均每个标记6.828 6个;平均有效等位基因数为4.520 8;平均观测杂合度为0.603 0;平均期望杂合度为0.701 9;平均多态信息含量为0.665 6,群体整体处于高度多态水平(PIC0.5)。利用SPSS19.0的GLM模型分析标记与性状的相关性,共17个微卫星标记与性状表现出不同程度的相关性,其中HLJ2456、HLJ2387和CA1677 3个标记与相应的性状相关性达极显著水平。用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型,下一步可根据优势基因型指导豫选黄河鲤家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。