一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数(Ne)为1.3721～3.8278,平均观察杂合度(Ho...     

微卫星QTL标记分析豫选黄河鲤群体遗传结构及生长性状相关性

用35个镜鲤微卫星QTL标记评估了豫选黄河鲤(Cyprinus carpio var.haematopterus)群体的遗传结构,并评估了不同基因型与生长性状(体重、体长、体高和体厚)的相关性,筛选了在群体中具有性状优势的基因型。35个微卫星标记在288个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示,各标记等位基因数为3~13,平均每个标记6.828 6个;平均有效等位基因数为4.520 8;平均观测杂合度为0.603 0;平均期望杂合度为0.701 9;平均多态信息含量为0.665 6,群体整体处于高度多态水平(PIC0.5)。利用SPSS19.0的GLM模型分析标记与性状的相关性,共17个微卫星标记与性状表现出不同程度的相关性,其中HLJ2456、HLJ2387和CA1677 3个标记与相应的性状相关性达极显著水平。用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型,下一步可根据优势基因型指导豫选黄河鲤家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。     

镜鲤肌肉品质性状的微卫星标记分析

利用233个微卫星标记检测镜鲤（Cyprinus carpio L.）一个家系的107尾个体的基因型,采用GLM方法对肌肉脂肪含量和蛋白质含量4种经济性状进行单标记回归分析。 Permutation检验结果显示：有17个标记分别与肌肉脂肪和蛋白质含量具有显著相关性（P〈0.05）,其中,有4个标记（HLJ030、HLJ2560、HLJ3633,和HLJ3554）与肌肉蛋白质含量呈极显著相关（P〈0.01）,表明这些标记与性状间可能存在连锁关系。对同一标记不同基因型之间进行了多重比较,找到了与这两种性状相关的优势基因型,为鲤的肌肉品质性状选育提供了有效的依据。     

鲤的微卫星标记与体质量、体长、体高和吻长的相关分析

利用24个鲤(Cyprinus carpio L.)EST-SSRs标记和41个SSRs标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到182个等位基因,各座位等位基因数2～4个,片段长度142～329bp,有效等位基因数1.391 3～3.935 3,观察杂合度0.321 4～1.0000,期望杂合度0.2829～0.753 5,平均位点多态信息含量0.5120.利用统计软伺FSPSS的GLM程序对65个微卫星标记与鲤鱼体质量、体长、体高和吻长的相关性进行了分析,其中与体质量、体长显著相关的标记是HLJE365;与体质量、体高显著相关的标记是HLJ816;与体质量显著相关的标记是HLJ726,与体长显著相关的标记是HLJ107、HLJ1098;与体高显著相关的标记是HLJ111、HLJ817;与吻长显著相关的标记是HLJE331、HLJ906、HLJ1330.对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型,并运用数学建模的思想定位等位基因对性状的影响.     

鲤雌核发育子代基因的杂合度分析

通过热休克法抑制第一次有丝分裂(抑制第一次卵裂)和减数分裂(抑制第二极体排除),分别获得鲤(Cyprinus carpio L.)的2个雌核发育家系.利用13对具有高多态性的微卫星分子标记,分别对2个雌核发育家系的观测杂合度(Ho、期望杂合度(He)、等位基因频率(P)和有效等位基因数(Ne等进行遗传背景调查.结果表明,抑制第一次有丝分裂家系的等位基因频率为0.063～1.000,平均观测杂合度为0.22,平均期望杂合度为0.24,平均有效等位基因数为1.41,该家系在6个微卫星座位上表现为纯合子,在7个微卫星座位上表现为杂合子,其中位点MFW4完全表现为杂合子;抑制减数分裂的等位基因频率为0.056～0.889,观测杂合度的平均值为0.37,期望杂合度的平均值为0.47,平均有效等位基因数为1.93,该家系中没有得到完全纯合的个体,其中在2个位点上全部表现为杂合子.在所分析的鲤雌核发育群体中,有3个基因座位(HLJ034、HLJ044和HLJ071)有重组现象,重组率为20.00%.综合上述结果推断,鲤2个雌核发育家系在个体和群体上都具有一定的基因杂合性.[中国水产科学,2009,16(1):47-53]     

鲤四种经济性状的微卫星标记分析

获得与经济性状相关的分子标记或基因是开展该性状分子育种的先决条件。本文利用300个微卫星标记检测了以柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系杂交F2代1个家系、92个个体的基因型,回归分析了其体长、体厚、体高和体重4种经济性状的GLM单标记。Permutation检验结果显示：有23个标记分别与体长、体厚、体高和体重具有显著相关性（P〈0.05）,其中,HLJ44、HLJE28、HLJ1148、HLJ1329、HLJ464与这4种性状极显著相关（P〈0.01）。对同一标记不同基因型之间进行了多重比较,找到了与这4种性状相关的基因型。此研究还发现75个微卫星标记发生了偏分离,其中11个偏分离标记与性状显著相关,偏分离指数分析表明,基因型的偏分离可能与性状的选择压力和选择方式有关。本研究获得的与鲤4种性状相关的标记及基因型,为鲤的分子标记辅助育种（MAS）和生长性状的遗传机制研究提供了有效的依据。     

不同模型估计黄河鲤生长性状遗传参数的比较分析

为精准评估黄河鲤生长性状的遗传参数，利用7对微卫星标记对1个黄河鲤家系混养群体的亲本和子代进行基因分型，利用分型信息进行亲子鉴定后，采用平均信息约束极大似然法算法开展黄河鲤20月龄体质量、体长的遗传参数估计。考虑到可能存在的非加性遗传效应，建立和比较分析3种动物模型：模型A只考虑加性效应，模型AM包含加性效应和母本效应，模型AF包含加性效应和全同胞效应。用似然比统计量检验不同模型间的差异显著性。结果显示：7个微卫星位点上共检测到64个等位基因，平均等位基因数为9.1个，变化为5～11个；平均观测杂合度为0.795,平均期望杂合度为0.801,平均多态性信息含量为0.771,所有位点表现高度多态性；实际亲子鉴定成功率为96.1%。模型分析结果显示：模型AM为最优模型，获得黄河鲤选育群体20月龄体质量和体长的遗传力分别为0.46和0.41,属于高遗传力；两个性状的母本效应值分别为0.14和0.11;采用两性状动物模型分析相关性发现，体质量和体长间的表型和遗传相关系数均达到高度正相关(0.75～0.85)水平。试验结果表明，在黄河鲤20月龄生长性状遗传参数评估模型中，应考虑母本效应，同时结合...     

性状相关微卫星标记分析黄河鲤群体的遗传潜力

利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2~10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0.6578,平均多态信息含量为0.6108,分析结果表明:该群体的多样性水平较高。经X2检验,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中,标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关(P0.01),标记CAFS1603与吻长极显著相关(P0.01),标记CAFS1639与尾柄高极显著相关(P0.01)。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。     

广西野生鲤与建鲤的遗传多样性分析

利用10个微卫星标记,对2代群体选育的建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和封闭水体的广西野生鲤鱼进行遗传多样性分析,共检测到53个等位基因,等位基因位点数在4~7个之间,平均等位基因数5.3个,片段长度在118~284 bp之间,有效等位基因在1.167 5~1.520 3,平均为1.360 2,广西野生鲤群体的有效等位基因数1.562,大于建鲤的1.388;位点观测杂合度在0.397~0.762之间,平均为0.562 6,期望杂合度0.301~0.629之间,平均0.463 3,广西野生鲤群体的期望杂合度0.581,大于建鲤的0.473;微卫星位点多态性信息含量(PIC)在0.289 7~0.685 0之间,平均多态信息含量0.438 8,为中度多态性,广西野生鲤群体多态信息含量0.685,大于建鲤的0.424,两个群体平均基因分化系数为0.106 9,广西本地野生鲤与建鲤的遗传距离为0.1463,相似性系数为0.828 4,表明广西野生鲤与建鲤之间存在明显的遗传异质性。     

斑节对虾7个全同胞家系间亲缘关系的微卫星分析

为了斑节对虾（Penaeus monodon）后续育种工作的需要,研究了斑节对虾7个全同胞家系的亲缘关系。从95对微卫星引物中筛选出16对,16个微卫星位点共发现79个等位基因（A）。每个位点的A为2～10个,平均4.9375,有效等位基因（Ne）1.7575～5.3980,平均3.3878,平均杂合度观测值（Ho）0.6679,平均杂合度期望值（He）0.6698。平均多态信息含量（PIC）0.6110。7个家系总近交系数（FIT）0.0099,家系内近交系数（FIS）-0.3725,家系间基因分化系数（FST）0.2709。根据遗传距离采用UPGMA法对7个家系进行聚类,F2和F6家系之间的遗传距离最小聚为一类,与F7家系遗传距离最远。结果表明,家系间基因交流较低,遗传分化程度较高,且很少发生近交,F7家系可以优先考虑与其他家系进行杂交选育。     

建鲤、黄河鲤杂交后代微卫星标记多态性及其与体质量的关联性

为了解微卫星标记多样性与鲤杂交F1体质量的关联性,本研究以2个品种鲤(Cyprinus carpio)(建鲤、黄河鲤)双列杂交F1的4个群体为实验材料,应用25对微卫星引物进行遗传多样性分析,并检测不同基因型间体质量的差异。实验结果显示,不同组合单个位点的等位基因数为5.08～6.08,有效等位基因数为1.4～6.8,平均观测杂合度为0.62～0.77,平均期望观测杂合度为0.47～0.55,平均PIC为0.42～0.49。4个鲤群体中,黄河鲤纯繁群体(Hh)和黄建杂交群体(Hj)间的遗传相似性系数最大(0.979 5)。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统树显示,黄河鲤纯繁群体(Hh)和黄建杂交群体(Hj)亲缘关系最近。采用最小二乘法分析微卫星座位与体质量的关联性发现,HLJ13位点在纯繁组合不同基因型之间都检测到了显著性差异,Koi42位点只在建鲤纯繁组合内检测到基因型之间的差异;除此之外,只有Koi42AA型检测到的体质量值在杂交组合Hj和Jh中显著高于亲本建鲤和黄河鲤自繁组合。以上结果提示Koi42位点可能与杂种优势相关,这为下一步分子标记辅助选育奠定了基础。     

凉山半细毛羊徽卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究，检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数，计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC），分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中，平均等位基因数为8.2778个（3～19个），平均多态信息含量为0．591（O.253～0.833），遗传杂合度均值为0．500（0.026～0.888）。表明该品种绵羊遗传多态性丰富，群体遗传变异较大，并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度...     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

鲤回交群体4种生长性状的相关性分析

利用132对SSRs(simple sequence repeat)标记和63对在EST(expressed sequence tag)上的微卫星标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到565个等位基因,各等位基因数2～4个,片段长度72～484 bp,平均等位基因数为2.897 4,平均多态信息含量为0.584 9,平均杂合度为0.592 8。利用统计软件SPSS的GLM程序对195个微卫星标记与鲤体重、体长、头长和尾柄长的相关性进行分析,其中HLJ133、HLJ346、HLJ360与体重具有极显著相关；HLJ133,HLJ368,HLJ390,HLJ673,HLJE96与体长具有显著相关；HLJ133,HLJ346,HLJ360与头长极显著相关；HLJ529,HLJE538,HLJE586与头长具有显著相关；HLJ673,HLJE282与尾柄长具有极显著相关；HLJ348,HLJ368,HLJ382,HLJ437,HLJ483,HLJ752,HLJE169,HLJE586与尾柄长具有显著相关,并对同一标记不同基因型间进行了多重比较。根据实验求出的体重与体长、头长、尾柄长之间的相关系数和通径系数,可得知体重与尾柄长的直接相关性非常小。     

微卫星分析鲤鱼杂交系F2代家系群体遗传多样性

利用10个微卫星分子标记,对8个鲤鱼杂交系家系进行遗传多样性分析,结果显示:10对微卫星引物在鲤鱼杂交系F2代8个家系共240个个体中均获得了稳定、清晰的扩增条带,并在个体间表现出不同程度的多态性。共检测到59个等位基因,位点等位基因数在3~9个,平均等位基因数5.9个,片段长度在129~371 bp,有效等位基因在1.533~5.821,平均为3.452 5;观测杂合度在0.421~0.882,平均为0.647,期望杂合度在0.506~0.826,平均0.628;多态性信息含量(PIC)在0.452~0.815,平均多态信息含量0.675,为高度多态性;个体间遗传距离0.3586~0.8302,相似性系数在0.5012~0.7906。8个家系中,20号家系与59号家系的遗传距离最小,为0.357 3;20号家系与35号家系遗传距离最大,为0.830 2。实验结果表明:该鲤鱼杂交系F2代群体遗传多样性水平较高,等位基因数量较多,杂合度较高,多态信息含量丰富,家系间没有受到近交的影响,具有较大的选育潜力。     

白斑狗鱼F1代微卫星标记及其与生长性状的相关性

用8对微卫星标记分析白斑狗鱼Esox lucius人工繁育的PIT标记F1代群体的遗传结构,并分析其与5个形态性状的相关性。结果表明:8对微卫星位点平均有效等位基因数为2.8943,平均观测杂合度为0.5473,平均预期杂合度为0.6084,多态信息含量平均为0.5572,遗传偏离指数平均为-0.1634。白斑狗鱼F1代的遗传多样性略低于亲本,但仍具有较高的遗传多样性。对形态性状与基因型的相关分析,找到一个与全长、体高、体厚相关的位点P2。多重比较结果显示:P2位点基因型AA、BC、BB对生长起正面作用,而基因型AB、AC起负面作用。     

白斑狗鱼F_1代微卫星标记及其与生长性状的相关性

用8对微卫星标记分析白斑狗鱼Esox lucius人工繁育的PIT标记F1代群体的遗传结构,并分析其与5个形态性状的相关性。结果表明:8对微卫星位点平均有效等位基因数为2.8943,平均观测杂合度为0.5473,平均预期杂合度为0.6084,多态信息含量平均为0.5572,遗传偏离指数平均为-0.1634。白斑狗鱼F1代的遗传多样性略低于亲本,但仍具有较高的遗传多样性。对形态性状与基因型的相关分析,找到一个与全长、体高、体厚相关的位点P2。多重比较结果显示:P2位点基因型AA、BC、BB对生长起正面作用,而基因型AB、AC起负面作用。     

散鳞镜鲤两个保种群体的遗传多样性

利用20个微卫星标记分析国内仅存的两个散鳞镜鲤（Cyprinus carpio）保种群体（SP、CJ）的遗传多样性。结果表明：共检测到147个等位基因,平均值为7.35,有效等位基因数（Ae）、期望杂合度（He）以及多态信息含量（PIC）的平均值分别为2.7828、0.6041和0.5386。SP群体的Ae、He以及PIC值分别为3.1126、0.6479和0.5948,大于CJ群体（2.4529、0.5602和0.4823）。在两个群体中,群体特有等位基因共53个,其中9个为低频等位基因。对20个引物在两个群体中等位基因的显著性分析表明：其中有16个引物可以作为区分两个群体的特异性分子标记。瓶颈效应分析结果显示：2个群体均经历了瓶颈效应。同胞率检测结果（SP 97.5%;CJ 96.7%）偏高说明群体内近交压力较大。哈迪-温伯格平衡检测表明：两个群体大部分位点偏离平衡并处于杂合子过剩状态。两个群体间的遗传距离（D）为0.5625,SP和CJ群体的个体均各聚为一支。群体间的遗传分化指数（Fst）为0.1138,Nm值为1.9462。该研究表明：散鳞镜鲤群体遗传多样性水平较高,其中SP群体的遗传多样性水平高于CJ群体,两群体处于中度遗传分化。     

牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析

采用微卫星标记分析技术，用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家（中国、日本和韩国）的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明，3个牙鲆群体平均等位基因在4．8～5．6之间，平均观测杂合度（H0）在0．3917～0．5643之间，平均期望杂合度（HE）在0．5981～0．6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明，中国群体与日本群体遗传距离最近，韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析（AMOVA）表明，群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92．44％和7．56％，固定系数（R）为0．0752（P〈0．001），表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。