不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

瓦氏雅罗鱼达里湖群体和乌苏里江群体的遗传多样性和遗传结构分析

选用5个瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)微卫星标记和13个草鱼微卫星标记,对分别采自内蒙古境内的达里湖和乌苏里江抚远江段的各15尾野生瓦氏雅罗鱼个体进行STR-PCR分析。结果显示,18个微卫星标记共检测到111个等位基因,平均每个基因座扩增得到6.1667个等位基因,观测杂合度(H o)0.1000～0.9333,平均为0.5315;期望杂合度(H e)0.0966～0.9328,平均为0.6298;多态信息含量(PIC)0.0905～0.9113,平均为0.5774;乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度分别为5.5556和0.5778,达里湖群体的平均等位基因数和平均观测杂合度均低于乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度,分别为4.3889和0.4852。2个群体间的遗传距离(D c)为0.2550。个体聚类结果显示,达里湖雅罗鱼所有个体聚为一簇,乌苏里江雅罗鱼所有个体聚为一簇。群体间的遗传分化指数(F st)为0.0855,数值介于0.05～0.15,N m值为2.6749,表明这2个群体处于中等分化,存在一定程度的基因交流。对2个群体的基因型进行了Hardy-Weinberg平衡的卡方检验,结果表明两群体均在一定程度上偏离了平衡。     

微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性

为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7～23个,平均等位基因数13.73,大小在88～318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981～0.6893,期望杂和度(He)为0.7319～0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138～0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数（Ne）为1.3721～3.8278,平均观察杂合度（Ho）为0.3235～1.0000,平均期望杂合度（He）为0.3464～0.7442,平均多态信息含量（PIC）为0.4754。结果表明：该镜鲤家系的遗传多样性处于中等水平,但在较大的选择压力下已严重偏离Hardy-Wenberg平衡。利用SPSS程序下的GLM过程对15个微卫星位点与主要经济性状的相关性进行分析,结果发现：HLJ021、HLJ354、HLJ551共3个微卫星位点对镜鲤体重显著影响（p〈0.05）,其中,位点HLJ021、HLJ044、HLJ551、HLJ1330还对体高存在显著影响（p〈0.05）,HLJ354对体长、体厚、全长存在显著影响（p〈0.05）。本研究所鉴定的与生长性状相关的标记可为德国镜鲤分子标记辅助育种提供重要信息。     

西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析

西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10～30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0～0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2～0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。     

半滑舌鳎生长相关基因的微卫星及其在种群遗传结构分析中的应用

利用在生长激素(GH)、生长激素释放激素(GHRH)和垂体腺苷酸环化酶激活多肽(PACAP)基因中发现的7个微卫星位点,分析了半滑舌鳎两个野生群体(渤海群体和黄海群体)和1个养殖群体间以及各群体内雌雄个体间的遗传多态性差异。结果表明,7个位点中有4个位点表现出多态性,在3个群体中的等位基因数的分布范围为2～37,平均为9.5;有效等位基因数分布范围为2～28.9,平均为8.4。各位点的平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均多态信息含量分布范围分别为0.5145～0.7738、0.5690～0.8671和0.4829～0.8314。群体间的成对FST值及个体分配分析的结果表明,半滑舌鳎野生群体和养殖群体之间存在显著性遗传差异,而在两个野生群体之间差异不显著。此外,等位基因分布和双倍体基因型分布的差异性检测结果表明,这4个多态性位点在3个群体的雌、雄性别间均不存在显著性差异。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

长江宜宾江段圆口铜鱼遗传多样性的微卫星分析

选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。     

鲤回交群体4种生长性状的相关性分析

利用132对SSRs(simple sequence repeat)标记和63对在EST(expressed sequence tag)上的微卫星标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到565个等位基因,各等位基因数2～4个,片段长度72～484 bp,平均等位基因数为2.897 4,平均多态信息含量为0.584 9,平均杂合度为0.592 8。利用统计软件SPSS的GLM程序对195个微卫星标记与鲤体重、体长、头长和尾柄长的相关性进行分析,其中HLJ133、HLJ346、HLJ360与体重具有极显著相关；HLJ133,HLJ368,HLJ390,HLJ673,HLJE96与体长具有显著相关；HLJ133,HLJ346,HLJ360与头长极显著相关；HLJ529,HLJE538,HLJE586与头长具有显著相关；HLJ673,HLJE282与尾柄长具有极显著相关；HLJ348,HLJ368,HLJ382,HLJ437,HLJ483,HLJ752,HLJE169,HLJE586与尾柄长具有显著相关,并对同一标记不同基因型间进行了多重比较。根据实验求出的体重与体长、头长、尾柄长之间的相关系数和通径系数,可得知体重与尾柄长的直接相关性非常小。     

大黄鱼22个微卫星标记在F1家系中的分离方式及与生长性状的相关分析

研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),其中等位基因A(165 bp)对应的生长性状表型值最大,可以作为选育快长性状的有效分子标记;LYC0015和LYC0243与体高呈显著相关(P<0.05),与体长、体质量的相关不显著(P>0.05),LYC0015位点的等位基因C(110 bp)和LYC0243位点的等位基因A(160 bp)为有利的等位基因。对LYC0015、LYC0077和LYC0243进行不同基因型个体表型值的多重比较,找到3种对生长性状有利的基因型,分别为BC、AA和AB。同时,以体质量性状为参照,对3个位点不同基因型组合进行比较,找到一个最优基因型组合(BC/AA/AB),与3个位点单独分析对应的最优基因型完全一致,符合加性作用模型。     

翘嘴鳜微卫星标记及其与主要经济性状的相关分析

利用筛选出的7对具有较高多态性的微卫星标记,检测106尾翘嘴鳜Siniperca chuatsi选育个体的基因组DNA,分析这些微卫星标记与翘嘴鳜体长、体质量和体高的相关性。结果获得67个等位基因,各位点的等位基因数为3~19,片段大小在147~530bp之间;期望杂合度0.5092~0.9207,均值为0.7574;各位点的多态信息含量在0.4639~0.9101之间,均值为0.7197,表明所选择的SSR标记识别力较高,适用于翘嘴鳜选育群体遗传分析和标记辅助育种研究。相关性分析结果表明,G4位点中含有的片段为219bp等位基因的基因型(229/219或219/219)个体的体质量、体长和体高的表型效应显著高于其他的基因型,G10位点中246/246基因型的体质量和体高表型效应显著高于其他基因型,可作为未来翘嘴鳜分子标记辅助育种的重要参考位点。     

微卫星分子标记辅助镜鲤家系构建

用微卫星标记辅助进行镜鲤(Cyprinus carpio L.)家系的建立及选育,通过对亲本遗传结构及遗传差异的分析,预测产生优良家系的最佳配组。用28个微卫星分子标记评估松浦镜鲤亲本群体的遗传潜力,结果显示,群体的多态信息含量(PIC)达到0.5627,处于高度的遗传多样性水平,具备进一步繁育筛选优良群体的潜质。用x2检验和遗传偏离指数(d)估计Hardy-Weinberg平衡,结果表明群体处于平衡状态,但在16个位点表现出杂合子缺失,这可能跟长期的人工选择有关。依据个体间的遗传距离,连续2年共建立1对1亲本的繁育家系70个,用网箱分别养殖,2月龄家系体长均值为7.24～10.60cm,体质量均值为14.02～40.63g,方差分析显示家系间体长、体质量差异均极显著;对其中4个家系1龄鱼种生长情况及遗传结构分析也表明家系间的遗传分化较大,近交系数(Fst)达到0.1537,家系的多态信息含量在0.3056～0.4077之间,保持中度多态水平。由子代家系的生长和遗传结构两方面的实验结果证实了微卫星在辅助家系建立尤其是亲本选配方面具有较好的预测性,所获得的家系差异较大,具备进一步选育优良家系的潜力,从而证实了用此方法对现有镜鲤种质进行遗传改良是可行的。     

性状相关微卫星标记分析黄河鲤群体的遗传潜力

利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2~10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0.6578,平均多态信息含量为0.6108,分析结果表明:该群体的多样性水平较高。经X2检验,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中,标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关(P0.01),标记CAFS1603与吻长极显著相关(P0.01),标记CAFS1639与尾柄高极显著相关(P0.01)。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。     

三疣梭子蟹微卫星标记与生长相关性状的相关性分析

选用35个多态性微卫星标记,对三疣梭子蟹人工选育快速生长自交家系F2代(以2008年莱州湾群体雄蟹为父本和海洲湾群体雌蟹为母本交配产生F1代,随机选取F1代后代进行交配产生F2代自交家系)的110个个体进行遗传多样性研究。结果表明:35个位点共检测出87个等位基因,各位点等位基因数为2~4个不等,平均有效等位基因数为2.2个,观测杂合度平均值为0.646 5,期望杂合度平均值0.513 0,多态信息含量平均值0.449 1。经卡方检验,多数位点显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)偏离Hardy-Weinberg平衡。采用SAS 9.1中的一般线性模型(general linear model,GLM)对微卫星标记与生长相关性状(全甲宽、甲宽、甲长、体高、体质量、第Ⅱ侧齿间距、第Ⅰ步足长节长、大螯长节长)进行连锁分析。结果表明,Pot08位点与体质量、全甲宽、甲长、体高、第Ⅱ侧齿间距显著相关(P<0.05),Pot42位点与体质量、甲长、大螯长节长、第Ⅰ步足长节长显著相关(P<0.05),Pot53位点与全甲宽、甲宽、大螯长节长显著相关(P<0.05),与第Ⅱ侧齿间距极显著相关(P<0.01),Pot57位点与第Ⅰ步足长节长显著相关(P<0.05),PTR8a位点与第Ⅰ步足长节长、体高、甲长显著相关(P<0.05),与体质量、第Ⅱ侧齿间距、全甲宽、甲宽极显著相关(P<0.01),PTR30位点与体质量和甲长显著相关(P<0.05),PTR131位点与体质量、全甲宽、甲宽显著相关(P<0.05)。其中,位点PTR8a可作为以体质量为选育目标的首选标记。     

中国明对虾单个家系中与生长性状相关微卫星标记的初步筛选

以1个人工授精获得的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)F2家系为材料,对其中80尾中国明对虾进行正态分布检验,选择19个稳定扩增的微卫星位点对每一个体进行扩增和基因分型,分析家系遗传信息.利用最小二乘法对微卫星位点与中国明对虾体长、全长、体质量性状进行关联性分析.采用SPSS 11.5软件作微卫星分子标记与经济性状的方差分析,考察各微卫星位点对体长、全长、体质量3个经济性状的影响程度.结果表明,中国明对虾体长、全长、体质量3个性状均呈正态分布(P＞0.05);相关分析得到,19个微卫星位点中RS0683和FC019两个微卫星位点与体长、全长、体质量呈显著相关(P＜0.05);同时对差异显著的位点进行不同基因型间经济性状的多重比较,RS0683标记座位AA基因型在体长、全长、体质量的表型效应上极显著高于AB、BB基因型(P＜0.01),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状正相关;FC019标记座位的AA基因型体长、全长、体质量显著低于AB、BC基因型(P＜0.05),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状呈负相关.     

ENU诱变草鱼家系生长特性及肌肉生长抑制素基因SNP筛选的研究

经过175 d养殖,对4个N-乙基-N-亚硝基脲(ENU)诱变草鱼家系进行生长对比,采用显著性比较,偏相关分析和因子分析统计方法对草鱼体质量、全长、体长、头长、体高、尾柄长、尾柄高、体厚性状进行分析,进而运用双向测序法对MSTN1、MSTN2基因在具有明显差异家系中进行SNP位点筛选。试验结果显示,家系4的生长速度明显大于家系3,家系4的8个性状明显大于其他3个家系;家系1中体长、尾柄长、体厚与体质量密切相关,家系2中体长、头长、体厚与体质量密切相关,家系3中全长、体长、尾柄高与体质量密切相关,家系4中全长、体长、体厚与体质量密切相关。由此可知,家系4和家系3具有明显的生长差异。对于MSTN1基因,家系3在465位点C/G、467位点G/A,家系4在465位点C/G均发生错义突变;对于MSTN2基因,家系3和4在912位点C/T均发生同义突变,家系3在1027位点G/A、家系4在366位点A/G均产生错义突变,位于非编码区1390位点A/T和1401位点G/A在两个家系均发现SNP位点。试验结果表明,MSTN1、MSTN2基因的不同SNP位点与ENU诱变草鱼的生长性状存在紧密联系。     

刺参微卫星标记与生长性状体重、体长的相关分析

运用单标记分析法分析了10个微卫星位点与控制体重、体长数量性状的QTL的连锁关系。10对微卫星引物在8月龄具有生长性状差异的60个刺参个体基因组DNA中扩增得到50个等位基因,每个微卫星位点等位基因数3~7个,平均有效等位基因个数5.0。10个微卫星位点的多态信息含量为0.268 0~0.825 6不等,观测杂合度为0.083 3~0.666 7。采用SPSS软件对刺参的体重、体长生长性状和微卫星位点相关性进行分析,结果显示,微卫星位点AjSSR02基因型AB、AD、CD与体重和体长相关,AjSSR04标记中等位基因A对生长性状有正面影响,位点AjSSR06基因型FF个体仅平均体重与其他基因型个体显著差异,AjSSR09标记的A和B等位基因分别对生长性状具有正面和负面不同影响。