3种鲳属鱼类线粒体COI 基因序列变异及系统进化

对采自东海的银鲳（Pampus argenteus）、翎鲳（P.punctatissimus）和中国鲳（P.chinensis）3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定，得到603bp的基因片段，编码201个氨基酸，碱基T、C、A、G平均含量分别为34．2％、22．3％、25．9％和17．6％。所得序列共定义12个单倍型，中国鲳只有1个单倍型，银鲳3个单倍型，翎鲳8个单倍型，在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性，且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大（0．165～0．168），与翎鲳的遗传距离次之（0．151～0．162），翎鲳和中国鲳的遗传距离最小（0．058～0．065）。由进化树可知，翎鲳和中国鲳的进化关系最近，它们与银鲳的进化关系较远，银鲳是最早形成的种。分子水平自然选择的检验结果表明，自然选择在银鲳和翎鲳线粒体COI基因差异形成过程中起一定的作用。本研究从分子水平研究中国东海海域鲳属鱼类的分类、遗传关系和系统进化，以其了解鲳属鱼类以及与鲳科之间的亲缘关系，又为鲳属鱼类保护生物学和系统进化提供分子生物学依据。[中国水产科学，2008，15（3）：392-399]     

银鲳全人工繁育技术达到国际领先水平

<正>2月,农业部科技教育司组织专家对东海水产研究所主持完成的"银鲳人工繁育关键技术研究"进行了科技成果鉴定。鉴定委员会一致认为,该项成果总体上达到国际先进水平,其中银鲳全人工繁育技术达到国际领先水平。该项目历时近10年的时间,在上海市科技兴农重点攻关项目、上海市自然科学基金以及我所基本科研业务费等项目资助下:阐明了银鲳亲鱼性腺发育过程的组织学、细胞学特征、性激素水平变化规律以及关键营养素的需求,描述了鲳鱼生殖细胞的超微结构和受精生物学过程,丰富了银鲳繁殖生物学研究;运用分子标记技术分析了我国近海鲳属鱼类(银鲳、灰鲳、翎鲳、中国鲳、珍鲳)的种质资源特性,为我国鲳属鱼类资源保护和人工繁育亲本选择提供了理论依据。确立了银鲳及灰鲳     

基于线粒体全基因组结构的鲳属鱼类分子分类研究

为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P.cinereus、银鲳P.argenteus、珍鲳P.minor、翎鲳P.punctatissimus)的线粒体全基因组序列,并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示:1)鲳属线粒体基因组全序列长度在16551 bp到18062 bp之间,其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致;比较特别的是,银鲳和镰鲳具有两个tRNA;结构,珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2)银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构,灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3)ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开,可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4)东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种,灰鲳可能为翎鲳的同物异名。     

利用CO Ⅰ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构

通过对CO Ⅰ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构.在62个鲳属鱼类样本中分别检出CO Ⅰ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个.东海区的3种鲳属鱼类种...     

鲳鱼刺网生产试验技术总结

<正> 鲳鱼是一种深受群众欢迎的经济鱼类,具有分布广、价值高等特点。渤海区的鲳鱼主要是鲳亚目、鲳科的银鲳(S.argenteus),还有少量鲈亚目、乌鲳科的乌鲳(F.niger)。为了开发渤海区的鲳鱼资源,今年在省局支持下,我区利用黄骅县歧口公社渔业指导船进行了鲳鱼(银鲳下同)刺网生产试验,并初步取得成功。现将试验情况和体会,总结如下:     

灰鲳卵子和早期仔鱼形态特征的观察

<正> 鲳鱼类是东海区的重要经济鱼类,近年来产量逐年增加。1973年以来,东海水产研究所在调查开发外海底鱼资源时,经鉴定发现所捕的鲳鱼类中大部分为灰鲳pampuscinereus(Bloch)。在江、浙近海主要为灰鲳与银鲳pampus argenteus(Euphrasen)两种。对于鲳鱼类鱼卵、仔鱼的形态特征,以往报道甚少。日本水户敏、千田哲资(1967)曾报道在濑户内海进行银鲳人工授精试验,     

银鲳与翎鲳肌肉必需氨基酸组成模式的比较分析

比较分析了相同规格银鲳与翎鲳幼鱼肌肉必需氨基酸的组成模式。结果显示,银鲳与翎鲳肌肉中氨基酸均以谷氨酸含量最高,分别为2.91、2.77 g/100 g湿物质,色氨酸含量最低,分别为0.17、0.18 g/100 g湿物质;银鲳肌肉中氨基酸总量、必需氨基酸总量及呈味氨基酸总量分别为18.08、9.32与6.84 g/100 g湿物质,翎鲳肌肉中氨基酸总量、必需氨基酸总量及呈味氨基酸总量分别为17.25、8.80与6.60 g/100 g湿物质;银鲳肌肉中必需氨基酸的组成比例为缬氨酸∶蛋氨酸∶异亮氨酸∶亮氨酸∶苏氨酸∶苯丙氨酸∶组氨酸∶赖氨酸∶精氨酸∶色氨酸=6.02∶3.12∶5.66∶9.45∶4.33∶4.50∶2.56∶11.15∶7.06∶1.00,翎鲳肌肉必需氨基酸中缬氨酸∶蛋氨酸∶异亮氨酸∶亮氨酸∶苏氨酸∶苯丙氨酸∶组氨酸∶赖氨酸∶精氨酸∶色氨酸=5.64∶2.42∶5.18∶8.74∶4.12∶4.13∶2.46∶10.28∶6.65∶1.00。统计分析表明,银鲳与翎鲳间肌肉中氨基酸总量、必需氨基酸总量、呈味氨基酸总量以及必需氨基酸的组成模式并无显著性差异(P0.05)。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

浅谈银鲳鱼文化

正银鲳(Pampusargenteus),鲈形目、鲳科、鲳属,是俗称"鲳鱼"的众多鱼类中的一种。因其背部呈淡墨青色,腹部呈银白色,皆具银白色光泽,故称其为银鲳,宁波市当地称之"白扁""鲳扁鱼",河北省、天津市一带多称"镜鱼""平鱼"等。银鲳属暖水性中上层集群性经济鱼类,广泛分布于印度洋至西太平洋,包括波斯湾、伊朗、泰国、菲律宾、印度尼西亚等海域,在中国的吕泗渔场和舟山渔场分布较为集中。     

灰鲳孵子和早期仔鱼形态特征的观察

鲳鱼类是东海区的重要经济鱼类，近年来产量逐年增加。1973年以来，东海水产研究所在调查开发外海底鱼资源时，经鉴定发现所捕的鲳鱼类中大部分为灰鲳Pampus cineretts(Bloch)。在江、浙近海主要为灰鲳与银鲳pampus argenteus(Euphrasen)两种。     

基于3种线粒体基因的珠母贝属系统进化关系

为了研究珠母贝属的分类地位和系统演化情况,通过聚合酶链式反应技术(PCR)扩增并直接测序出雷州半岛珠母贝属中的马氏珠母贝、大珠母贝、珠母贝、斑珠母贝和黑珠母贝的3种线粒体基因(12S r RNA、16S r RNA和COⅠ)部分序列,分析其碱基组成和种间遗传距离。同时结合Gen Bank上发表的白珠母贝序列,构建珠母贝属的分子系统树。结果显示,5种珍珠贝的3种基因部分序列碱基AT含量大于GC含量,与其他无脊椎动物线粒体DNA序列基本一致,序列都处于高度饱和的状态。系统分析显示,构建的分子系统树与传统的形态分类基本一致。在黑珠母贝和白珠母贝亲缘关系上,3种线粒体DNA片段在碱基组成、种间遗传距离和系统进化树上都显示黑珠母贝和白珠母贝非常相近,可以认为是同一种中的2个亚种。在斑珠母贝的亲缘关系上,系统分析显示斑珠母贝与黑珠母贝和白珠母贝更为接近。研究表明,大珠母贝和珠母贝在系统进化中较早的分离出来,是一个比较原始的种类。3种分子标记对马氏珠母贝亲缘关系分析上存在一定差异,根据现有的数据尚不足以得出结论,需进一步做分子系统研究并结合形态特征和解剖结构进行分析。     

Interspecific genetic divergence in three pomfret species from the Goa region

Abstract. Genetic divergence and phylogenetic relationships among Parastromateus niger (Bloch), Pampus argenteus (Euphrasen) and Pampus chinensis (Euphrasen) were investigated by examining the electrophoretic patterns of nine enzymes and sarcoplasmic proteins. Among the 16 loci detected, four were polymorphic in P. niger and seven in P. argenteus. The allele frequencies of 16 loci were estimated to calculate the genetic distances (D). The average D value among the species increased in proportion to the level of taxonomic category. The relationship estimated by genetic markers accorded well with that estimated from anatomical characters. The three species were clearly divided into two distinct groups at a D value of 6·51.     

鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系

为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析.结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2％、C 24.5％、A 30.0％、G 23.3％;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009 ～0.125,种间遗传距离为0.000 ～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类.结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先分化的原始单系群;无齿鲳科和方尾鲳科为单系群,它们与非单系群的双鳍鲳科有较近的亲缘关系;鲳科为并系群,内部存在与地理区系相对应的2个分支,提示了该科鱼类早期的分化模式.同时,也对16S rRNA基因在鲳亚目鱼类系统进化研究中的适用性进行了剖析.     

利用16S rRNA和COI基因序列对三疣梭子蟹不同群体遗传特征的比较分析

采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为两大支:三疣梭子蟹不同的单倍型先聚在一起,再和梭子蟹属的远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚为一支;而青蟹属的3种蟹先聚在一起,再和日本蟳聚为一支。而基于COI基因片段构建的系统树显示,梭子蟹属先与青蟹属的两种蟹聚为一支,然后再与日本蟳聚在一起。本研究共发现19种单倍型,我国会场群体与日本北海道群体、韩国东海岸群体均有共享单倍型,表明我国会场群体与国外两个野生群体的遗传背景相似。这些资料为我国三疣梭子蟹的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据。     

新疆两种裂腹鱼形态学和COI基因的比较分析

运用多变量形态度量学方法结合线粒体COI基因序列,比较分析了新疆和田河两支流（喀拉喀什河、玉龙喀什河）塔里木裂腹鱼（Schizothorax biddulphi）和厚唇裂腹鱼（S.irregularis）的遗传差异。对这两种鱼67尾的31个测量指标进行分析,其中5个性状表现出极显著差异（P〈0.01）,6个性状表现出显著差异（P〈0.05）。在主成分散点图中,这两种裂腹鱼个体间存在交叉现象,没有明显界限,二者外部形态差异较小,难以有效区分。分析了627bp的COI基因序列碱基组成,均表现为G碱基含量最低而C碱基含量最高,A＋T含量大于C＋G含量。26尾塔里木裂腹鱼和厚唇裂腹鱼共检测到6种单倍型和5个核苷酸多态位点,其单倍型多样度分别为0.733和0.556,核苷酸多样度分别为0.00158和0.00089,其中417bp处的C/T转换为二者特有。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。     

5种经济海胆线粒体16SrRNA基因片段的序列分析

对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。