“吉富”系列罗非鱼生长性状的配合力、杂种优势与遗传相关分析

"吉富"系列罗非鱼是中国当前养殖的主要罗非鱼种类。该研究以3个品系"吉富"尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)(新吉富、吉富、吉诺玛)为研究材料,应用3×3完全双列杂交设计构建了9个组合,采用数量遗传学方法对各组合子一代的体质量、全长、体长、体高和体宽5个生长性状的配合力、杂种优势与遗传相关进行了分析。结果表明:5个生长性状均未检测到一般配合力,而特殊配合力效应达62%以上,表明这些性状主要受到特殊配合力的影响;进一步的杂种优势分析发现吉诺玛♀×新吉富♂、新吉富♀×吉诺玛♂、吉富♀×新吉富♂这3个组合的杂种效果明显,其中以吉诺玛♀×新吉富♂为最佳组合;5个生长性状之间均存在显著的遗传相关与表型相关(P0.05),可进行多性状的聚合利用。该研究结果为"吉富"系列罗非鱼的配套利用提供了有益的资料和数据,同时为开展罗非鱼配套系育种提供了依据。     

AFLP分析3个不同体色花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异

通过AFLP技术对中国东南沿海的3个不同体色花尾胡椒鲷（Plectorhinchus cinctus）养殖群体进行了遗传分析。6对引物组合从3个群体中扩增出370个位点，其中多态位点比例为49．5％，每对引物组合扩增的片段为51～71条，平均6113条，每对引物组合多态位点检出率为39．4%-56．5％。正常群体、白色和灰色变异群体的多态位点比例分别为41．4％、36．3％、34．3％，平均杂合度分别为0．1145、0．0887和0．0837。遗传多样性衡量指标表明，正常花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异量相对最大，遗传多样性相对较高，白色变异群体次之，而灰色变异群体最低，白色变异群体和灰色变异群体两者间遗传多样性差异并不显著（P〉0．05），显示变异群体的遗传多样性降低。正常群体与白色群体之间的遗传距离（0．0354）最大，遗传相似系数最小（0．9652）。同时，遗传分化系数只（0．1362）和AMOVA方差分量百分比（10．68％）也表明群体间存在着一定程度的遗传结构分化，说明对体色这一特定表型性状的人为定向选育对花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异产生一定的影响。     

橙色莫桑比克罗非鱼微卫星遗传多样性分析及其与尼罗罗非鱼差异位点的筛选

用33对在尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）中能有效扩增的微卫星引物，对橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）进行PCR扩增，结果有32对引物能获得稳定的特异性条带，占总数的97．0％，其中15个微卫星位点具多态性，表明大部分尼罗罗非鱼的微卫星位点存在于橙色莫桑比克罗非鱼中。用具多态性的15个微卫星位点，对橙色莫桑比克罗非鱼30尾个体进行扩增分析，结果共检测到44个等位基因，大小在113～232bp之间，平均多态信息含量（PIC）为0．4308，平均观测杂合度（鼠）为0．5489，平均期望杂合度（垃）为0．5248，个体间平均遗传距离为0.3132，表明所选橙色莫桑比克罗非鱼群体遗传多样性较丰富，种群结构比较合理。本研究还对尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼间特异位点进行了分析，发现有7个位点（UNH899、UNH208、UNH853、UNH876、UNH222、UNH933、UNH773）可有效区分莫桑比克罗非鱼和尼罗罗非鱼，可作为罗非鱼种质鉴定的分子标记。[中国水产科学，2008，15（3）：400-406]     

海南省6个养殖罗非鱼群体遗传差异的微卫星分析

利用筛选的20对微卫星引物对海南省6个养殖罗非鱼群体进行遗传多样性研究,分析各群体内的遗传变异和各群体间的遗传关系,比较不同群体的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、Shannon’s多态性指数、平均多态性信息含量等遗传参数,并利用遗传距离构建6个罗非鱼群体的系统聚类图。结果表明:1)6个罗非鱼群体等位基因数为68个,平均等位基因数为1.992 2~2.255 8,平均观测杂合度为0.572 5~0.745 0,平均期望杂合度为0.469 2~0.532 3,Shannon’s多样性指数为0.719 3~0.848 6,多态信息含量为0.25PIC0.50,其中莫桑比克罗非鱼的遗传多样性指数最高,奥尼罗非鱼最低。2)采用邻接法(NJ)对6个罗非鱼群体进行聚类分析,表明6个罗非鱼群体分为2大支,吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、红罗非鱼、莫桑比克罗非鱼聚为一大支,其中吉富罗非鱼和尼罗罗非鱼聚为一小支,红罗非鱼与莫桑比克罗非鱼聚为一小支;奥尼罗非鱼和泰奥罗非鱼聚为一支。综上所述,海南省6个养殖罗非鱼群体的遗传多样性较高,但不同群体之间存在差异;尼罗罗非鱼与泰奥罗非鱼亲缘关系最远,吉富罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系最近。     

吉富品系尼罗罗非鱼抗病性状分子标记筛选及遗传多样性分析

文章采用微卫星标记技术,对吉富品系尼罗罗非鱼(GIFT strain Oreochromis niloticus)抗病群体和易感病群体进行了遗传差异分析。结果显示:在30个微卫星位点中20个能扩增出多态性高、重复性好和扩增条带清晰;抗病群体和易感病群体的平均等位基因数分别为2.5和2.4个;观测杂合度和期望杂合度分别为0.476和0.453,0.44和0.457;多态信息含量PIC分别为0.359和0.379;UNH845和UNH189位点在抗病群体中偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),GM180位点在易感病群体偏离Hardy-Weinberg平衡,两个群体间的遗传距离和遗传分化指数0.055和0.054。此外GM251和GM462位点的差异等位基因片段(135bp和198bp)与抗病性状存在一定的连锁关系。以上结果表明,吉富品系尼罗罗非鱼抗病群体与易感病群体之间的遗传多样性差异不明显,筛选出2个与抗病性状相关的微卫星标记,为开展吉富品系尼罗罗非鱼抗病品种分子标记辅助选育奠定了基础。     

吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和4个近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析

以1个新型杂交鱼-吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）群体，4个近缘遗传型罗非鱼群体[奥尼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料，采用RAPD和SSR技术，比较分析这两个杂交种间及它们同亲本间的遗传差异。RAPD方面：①群体多态座位比例（P）-吉奥（20．4％）〉新吉富（18．5％），但〈奥利亚（21．4％）〈奥尼（21．7％）〈尼罗（22．3％）；②Nei’S平均遗传相似系数（Jp）-吉奥（0．9086）〈新吉富（0．9231），但〉奥利亚（0．8895）〉尼罗（0．8588）〉奥尼（0．8069）；③香农多样性指数（Ho）-吉奥（0．1326）〉新吉富（0．1103），但〈奥利亚（0．1514）〈尼罗（0．1742）〈奥尼（0．2410）；④群体两两间遗传相似系数（Ipop）-吉奥-奥尼（0．9444）〈吉奥-尼罗（0．9496）〈吉奥-新吉富（0．9544），但〉吉奥-奥利亚（0．9383）。SSR方面：①平均有效等位基因数（Ne）-吉奥（2．43）〉新吉富（2．31）〉尼罗（1．94）〉奥利亚（1．18），但〈奥尼（2．82）；②平均遗传杂合度（H）-吉奥（0．700）〉尼罗（0．570）〉奥利亚（0．497）〉新吉富（0．398），但〈奥尼（0．816）；③群体的多态信息含量（PIC）-吉奥（0．661）〉尼罗（0．568）〉奥利亚（0．513）〉新吉富（0．420），但〈奥尼（0．692）；④依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树，奥利亚罗非鱼单独为一支，吉奥等4种罗非鱼为一支。总的说来，RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致。这表明，无论是吉奥还是奥尼，两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近，这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致。     

以色列红罗非鱼与其他罗非鱼群体杂交子一代在海水中生长性能分析

利用以色列红罗非鱼品系(Israel strain of red tilapia,R)、吉富品系(GIFT strain of Nile tilapia,J)(Oreochromis niloticus)、奥利亚罗非鱼(Blue tilapia,A)(O.aureus)、尼罗罗非鱼(Nile tilapia,N)(O.niloticus)等群体,构建了具有广泛遗传变异罗非鱼育种基础群体。采用人工定向交尾技术,获得了15个以色列红罗非鱼群体内和65个以色列红罗非鱼群体及其他群体间杂交全同胞家系。待家系平均体重5-8 g时进行标记,每个家系随机取样40尾标记个体放入养殖池中,采用逐渐提高盐度驯化至养殖盐度为28,养殖150 d后进行生长性能测试以及杂交和体重生长遗传参数分析。结果显示,在研究的所有群体内和群体间的交配组合中,以色列红罗非鱼品系(♀)与尼罗罗非鱼(♂)杂交的杂交组合(R×N)子一代生长速度最快,优于其他杂交组合,其平均体长、平均体重和绝对增重率分别为24.44 cm、385.23 g和4.94 g/d;ANOVA和LSD多重比较分析结果显示,杂交组合间在体长、体重指标上均达到差异极显著(P<0.01),R×N与除J×R杂交组合外的其他3个杂交和1个群体自繁组子一代两两间存在显著差异(P<0.05)。利用实验构建的80个家系共2496个个体体重数据,考虑家系标记时的平均体重、池塘、雌、雄等因子,建立了遗传参数分析模型,估计体重的遗传力为0.46±0.07,属于中等遗传力。因此,利用本研究收集的罗非鱼基础群体,开展罗非鱼在海水中生长性状选育,具有很大的遗传改良潜力。     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体，2个养殖群体）150个个体进行扩增，共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％，总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634；群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248，群体间的遗传距离为0．0394～0．1609，群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体，辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示，辽宁庄河野生群体单独成为一支，辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起，辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起，但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示，所有个体基本是随机交叉聚类，不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明，文蛤群体94．04%的变异来源于群体内，群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明，文蛤群体内遗传多样性非常丰富，群体间相似性较大，且存在较强的基因交流。[中国水产科学，2008，15（2）：215-221]     

尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼及其正反杂交后代的微卫星分析

微卫星（microsatellite）技术是近年来广泛应用的DNA标记，具有重复性好、较易操作和共显性的特点。在硬骨鱼类中表现出高度多态性，已在家系鉴定、遗传作图、群体遗传分析、育种以及系统发生研究等多个领域得到应用。尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）是我国主要淡水养殖鱼类，生长快，耐盐能力一般；萨罗罗非鱼（Sarotherodon melanotheron）耐盐能力强，适合咸淡水养殖，但生长较慢。[第一段]     

黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析，5对选择性引物在两个群体47个个体中，共扩增出461个位点，多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%，0.1022、0.0996，0.1643、0.1622；两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数G_st、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间，而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明，黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异，群体间有明显的基因交流。     

辽宁沿海海蜇与沙海蜇遗传多样性的AFLP分析

海蜇和沙海蛰均为腔肠动物门的大型食用水母,采用AFLP分子标记技术对辽宁沿海的海蜇野生群体、养殖群体和沙海蜇野生群体共90个个体进行了遗传多样性分析.10对引物共得到560个稳定扩增位点.3个群体的多态性位点比例为海蜇野生群体82.05%.海蜇养殖群体78.46%,沙海蜇野生群体74.10%;平均杂合度分别为0.2072,0.1850和0.2116,Shannon多样性指数分别为0.3248、0.2954和0.3262,海蜇野生群体与海蜇养殖群体和沙海蜇野生群体的遗传距离分别为0.0300和0.2702.分析结果表明,3个群体的遗传多样性均保持了相对较高的水平.     

Application of amplified fragment length polymorphism markers to assess molecular polymorphisms in gynogenetic haploid embryos of turbot (Scophthalmus maximus)

Among the variety of cultured marine species, the turbot Scophthalmus maximus is a fish of growing importance in European aquaculture. In this paper, an advanced application of AFLPs to estimate the genetic diversity of haploid gynogenetic families with the aim of obtaining a preliminary genetic map is presented. Ten EcoRI/TaqI primer combinations were tested in four families comprising diploid mothers and their haploid progenies. The amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis revealed an average of 6.8 polymorphic bands per primer combination and a total number of 88 polymorphisms out of 579 fragments. Among various primer pairs, seven combinations were selected in relation to the quality of profiles and number of polymorphic fragments, to be used in the determination of genetic linkage relationship between AFLP markers within the largest haploid family. Co‐migration of non‐homologous fragments was also investigated in one primer combination adding a fourth selective nucleotide to the three used in the classic TaqI AFLP protocol. Surprisingly, a rate of 38.7% of non‐homologous fragments co‐migrating with monomorphic bands was identified, due to the combined effect of homoplasy and the protocol used. Additional polymorphic markers discovered by this protocol were included in the linkage map. The turbot AFLP linkage map comprises 52 AFLP markers distributed in 12 linkage groups. On the basis of this map, turbot expected total genome length sums up to 1225.6 cM. The results confirm the usefulness of AFLPs in revealing genome segregation in haploid turbot progeny.     

大口黑鲈选育群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对大口黑鲈(Micropterus salmoides)F3、F4代选育群体的遗传结构进行分析,并计算2个选育群体和一个对照养殖群体的遗传多态度、遗传距离及分化系数。结果显示,8对AFLP引物共扩增到262条带,其中多态性条带有80条,每对引物检测到的多态性条带在5～13之间。F3、F4代选育群体和对照养殖群体的多态性位点比例分别为29.36%、29.20%、30.29%。Shannon多样性指数分别为0.2017,0.1955,0.2042。结果表明,选育群体相较于对照养殖群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降。群体间的遗传变异平均为0.0752,由此可见,92.48%的遗传变异来自于群体内,而只有7.52%的遗传变异来自于群体间,这初步显示了大口黑鲈在遗传上的稳定性,群体尚具有一定的选育潜力,可继续进行人工选育。     

罗非鱼雌、雄群体遗传差异的RAPD分析

从40个随机引物中分别筛选出15和18个,对奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼雌、雄群体进行RAPD分析,结果显示:奥利亚罗非鱼雌性群体的多态位点比例为56.25%,基因多样性指数为0.2358,Shannon氏指数为0.3417,群体内的遗传相似指数为0.8625;雄性群体的多态位点比例为57.50%,基因多样性指数为0.2356,Shannon氏指数为0.3418,群体内的遗传相似指数为0.8375。尼罗罗非鱼雌性群体的多态位点比例为47.44%,基因多样性指数为0.1788,Shannon氏指数为0.2637,群体内的遗传相似指数为0.7667;雄性群体的多态位点比例为64.10%,基因多样性指数为0.2347,Shannon氏指数为0.3486,群体内的遗传相似指数为0.6769。试验结果表明,奥利亚罗非鱼雌、雄性群体的遗传多样性程度接近,而尼罗罗非鱼雄性群体的遗传多样性要比雌性群体丰富,遗传变异比雌性群体大。     

利用AFLP指纹技术研究中国沿海真鲷群体的遗传变异和趋异

用AFLP指纹技术在中国沿海真鲷群体进行遗传学变异和趋异分析，使用了6对引物：E－ACC／M－CAT、E－AGG／M－CTG、E－AGG／M－CTT、E－AAC／M－CTA、E－ACA／M－CTG、E－AAC／M－CAA，在威海、厦门和北部海湾海区三个野生群体区42个体中检出646个扩增位点（片段大小50－400bp)，其中70％位点在群体内或群体间呈现多态。三个群体的多态位点比例变化在58．4％－64．0％，遗传相似系数变化在0．8425－08200，以威海群体的遗传变异量最大，北部湾群体的最小。三群体空遗传距离和UPGMA谱系图显示，厦门海区与北部湾的真鲷差异较小，可以认为是同一个亚种群的不同群体，黄海真鲷与前二个群体差异比较大，属于另一个不同的亚种群。     

光棘球海胆3个地理亚群的遗传多样性AFLP分析

应用AFLP技术对光棘球海胆的大连长海县群体、大连旅顺群体及日本青森县群体进行遗传多样性分析。试验结果表明,4对引物组合扩增得到231个扩增位点,其中168个多态位点,多态位点总比例为72.73%;3个群体的遗传多样性指数分别为0.3020±0.1925、0.2995±0.1977和0.2945±0.1935;Shannon多样性指数分别为0.4390±0.2767、0.4344±0.2820和0.4298±0.2766;群体内遗传变异系数为0.2987±0.0366,群体间遗传分化系数为0.0230,说明群体内的遗传多样性比较丰富。3个群体之间的遗传距离无显著差异,遗传相似度基本一致,用UPGMA方法对3个群体的143个个体的聚类分析显示,3个群体的个体交互混杂在一起,3个群体间没有因为地理隔离而产生明显的遗传分化。     

半滑舌鳎DNA的群体遗传变异

采用AFLP、RAPD和线粒体细胞色素b基因(Cytb)片段序列分析技术对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)群体遗传变异进行研究。分别采用5对选择性引物和18条随机引物对半滑舌鳎3个群体(黄海野生群体、渤海野生群体、养殖群体)进行分析。AFLP和RAPD分析结果表明,黄海群体的遗传多样性高于渤海群体,养殖群体的遗传多样性最低。利用Shannon多样性指数和基因分化系数进行遗传变异来源估算,结果表明,遗传变异主要来自于群体内。同其他鱼类相比,半滑舌鳎群体遗传多样性水平较低。对黄海、渤海野生群体共37个个体的线粒体Cytb基因片段序列进行分析,共检测出5种单倍型,渤海群体内个体序列完全相同,共享单倍型H1;在黄海群体中除检测到单倍型H1外,还检测到其余4种单倍型。Cytb序列分析结果表明,黄海群体遗传多样性较渤海群体丰富,个体间序列变异很小,个体间核苷酸差异数在0~1之间,两群体间无显著遗传差异。通过比较3种分子标记对半滑舌鳎群体间遗传差异的检测和群体间遗传距离的计算,显示AFLP标记对群体间遗传差异的检测最为灵敏,是一种理想的分子标记。     

吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性

用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。     

方斑东风螺2个养殖群体遗传变异的RAPD分析

运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,平均遗传距离为0.2380。群体内遗传变异占种内遗传变异的76.81%,群体间遗传变异占23.19%。以上分析表明,方斑东风螺泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性水平仍较高,但海南群体的遗传多样性水平比泰国群体要高。