健康和患病凡纳滨对虾幼虾消化道菌群结构的比较

凡纳滨对虾养殖过程中,早期阶段是病害易感阶段,而消化道菌群结构与对虾健康关系密切。因此,探讨幼虾的消化道菌群尤其是弧菌类细菌与对虾发病的关系对病害有效防治具有重要意义。本实验采用Illumina测序研究了凡纳滨对虾健康和患病幼虾的消化道细菌群落结构,并基于纯培养和16S r DNA,rec A和pyr H基因序列比对,分析了幼虾消化道中弧菌的主要种类组成。结果发现,健康幼虾消化道中α-变形菌纲和厚壁菌门丰度较高,而患病幼虾中γ-变形菌纲、拟杆菌门、放线菌门和β-变形菌纲较高,其中放线菌门丰度差异显著。基于科水平的响应比分析,发现患病幼虾消化道中动性球菌科和噬菌弧菌科的丰度显著降低,而弧菌科的丰度显著升高。相似度分析发现,驱动群落变异的OTU主要来源于弧菌属、海洋杆状菌属、冷杆菌属、假交替单胞菌属以及未分类至属的红杆菌科和微杆菌科。健康幼虾消化道弧菌组成以锡那罗亚州弧菌为主,而患病幼虾消化道弧菌组成以坎氏弧菌为主。尽管健康和患病幼虾消化道内细菌群落结构整体差异不显著,但一些重要类群丰度变化显著,其特征与已知的生态功能一致。     

Biolog-ECO方法探究饲喂益生菌对凡纳滨对虾肠道微生物代谢及有效作用时间的影响

以霍氏肠杆菌(E3)和乳酸菌(R3)2株益生菌对凡纳滨对虾进行为期4周的养殖饲喂实验，饲喂后期利用Biolog-ECO方法对实验组及空白组的凡纳滨对虾肠道微生物菌群多样性的差异进行比较分析，以评价益生菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群代谢功能的影响。结果显示，添加霍氏肠杆菌(E3)或乳酸菌(R3)的实验组，与空白组相比较，平均每孔颜色变化率显著上升，表明益生菌增强了肠道微生物活性；凡纳滨对虾肠道微生物利用各类碳源的整体能力显著增强，表明益生菌可以促进水产动物的代谢功能；肠道微生物多样性指数(包括Shannon、Simpson和McIntosh指数)有明显差异，表明饲喂2株益生菌可以提高凡纳滨对虾肠道菌群的丰富度。其中，停喂霍氏肠杆菌后第1天和第5天取样结果表明，Shannon指数显著降低，Simpson和McIntosh指数显著升高；停喂乳酸菌后的第1天和第5天取样结果表明，Shannon指数无显著差异，Simpson和McIntosh指数显著升高；二者在第10天取样的结果中均无显著差异，表明饲料中添加益生菌可以改变凡纳滨对虾肠道内原有菌群的数量和结构，促进对虾肠道内微生物群落间复杂的相互作用，进而在维持或者促进对虾健康方面发挥着重要的作用，同时也表明此两株益生菌在凡纳滨对虾肠道中停留时间最少为5 d。     

水解单宁对凡纳滨对虾生长性能和肠道微生物的影响

为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P0.05),肝体比均显著降低(P0.05)。(2)4组样品中共获得206192条优化序列,操作分类单元(OUT)总数达542个。对照组凡纳滨对虾肠道微生物以变形菌门和蓝细菌门为主,其次是放线菌门和拟杆菌门;试验组肠道主要菌群为变形菌门、软壁菌门。试验组与对照组相比,蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门的比例降低,变形菌门、软壁菌门和厚壁菌门比例增加。(3)Rank-Abundance曲线和多样性指数结果可见,实验组的物种丰度和均匀度大体上均高于对照组。PCoA分析发现, 0.1%和0.3%添加组的微生物群落较为接近,而与0.2%添加组差别较大,结合生长性能指标可知,饲料中水解单宁的最适添加量为0.1%。以上研究表明,饲料添加水解单宁可显著改变对虾肠道的微生物组成,提高对虾生长速度,影响凡纳滨对虾的生长性能。     

高通量测序法分析两株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响

为分析荚膜红细菌和蜡样芽孢杆菌2株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响,本实验对凡纳滨对虾进行为期30 d的养殖饲喂实验,饲喂后期利用高通量测序凡纳滨对虾肠道微生物的16S rDNA V4区,来分析不同益生菌饲喂后凡纳滨对虾肠道菌群的结构特征,并结合对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的宏观指标来进行分析。结果显示：①空白组（CK）、荚膜红细菌组（Rc）和蜡样芽孢杆菌组（Bc）样品OTU范围为374~506,其中CK组对虾肠道菌群OTU数量最低,饲喂益生菌后的2组对虾肠道菌群中OTU数量相对较高;②在门分类水平上,3组的变形菌门数均为最多,CK组主要为变形菌门和少量拟杆菌门,Bc组主要有变形菌门、拟杆菌门、无壁细菌门、厚壁细菌门和假单胞菌,Rc组主要是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门、放线细菌、梭杆菌门和蓝细菌;③稀释曲线和Shannon指数结果可见,CK组样品物种丰度和复杂度最低,且Bc组样品丰度和复杂度相对较高;④PCA分析发现,Rc组和CK组样品微生物组成较为接近,结合宏观对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的结果分析,可见相较于荚膜红细菌,蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群影响更显著,且益生效果更佳。研究表明,饲喂益生菌可以扩增对虾肠道微生物菌群丰度,并能抑制弧菌属等有害菌群的生长,提高对虾体质量增加率并降低死亡率,从而达到益生效果,其中以饲喂蜡样芽孢杆菌菌株效果更佳。     

养殖水体细菌菌群结构对凡纳滨对虾健康的指示作用

为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)可能的微生物致病原因，通过对养殖水体环境细菌16S rRNA基因进行高通量测序和生物信息学分析，研究比较了健康虾塘(HSP)、少量死虾塘(MinUH)和大量死虾塘(MajUH)水体细菌群落组成。结果表明，MajUH氨氮、亚硝酸盐、细菌总数均显著高于其他组(P<0.05),HSP细菌群落香农指数显著高于MajUH(P<0.05)。养殖水体中优势菌门为变形菌门、蓝藻门、放线菌门、拟杆菌门、绿菌门，其丰度在3类虾塘中有很大差异，其中，蓝藻门在HSP、MinUH、MajUH的丰度分别为6.17%、5.94%、46.85%。对虾的大量死亡伴随着细菌群落的变化，RDA分析表明，细菌群落的分布主要由亚硝酸盐氮和氧化还原电位决定。通过文献检索和方差分析对HSP与MajUH进行比较后发现，当微生物群落多样性下降时，其对高pH的抑制和调控作用将会减弱，从而影响对虾健康状况。此外，研究还确定了24个可区分健康和大量死亡虾塘主要细菌指示物，明确了水体细菌群落结构作为虾类健康状态指示指标的可行性。研究结果可为凡纳滨对虾养殖过程中的病害防治及...     

芽孢杆菌制剂对凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei肠道微生物群落的影响

应用Biolog方法和传统的平板培养方法分析比较了施用芽孢杆菌制剂的虾池(B)和没有施用任何有益菌的虾池(A)在养殖后期凡纳滨对虾肠道微生物群落结构,并用Shannon指数、Simpson指数和McIntosh指数分析了2种群落的代谢功能的差异。2个虾池对虾肠道微生物群落可培养细菌优势菌属都是革兰氏阴性菌;B虾池对虾肠道可培养细菌数量比A虾池的少;但B虾池对虾肠道微生物群落Shannon指数、Simpson指数和McIntosh指数及其微生物群落代谢功能均显著高于A虾池(P<0.05)。结果表明,虾池施用了芽孢杆菌制剂,可促进养殖对虾肠道微生物群落的代谢功能。     

凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因多样性分析

探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。     

四种糖作为碳源对凡纳滨对虾生长、肠道消化酶及肠道菌群的影响

为研究4种常见的糖源对凡纳滨对虾生长、肠道消化酶及肠道菌群的影响,选取初始体质量为(0.36±0.02) g的凡纳滨对虾为研究对象,从多种糖类中选择常见的4种糖(葡萄糖、果糖、淀粉、蔗糖)作为糖源配制饲料,实验共计4个处理,每个处理3个重复,每个重复40尾虾,养殖周期为56 d,每种糖源的添加量为20%。结果显示,(1)凡纳滨对虾的特定生长率和蛋白质效率均存在显著性差异,淀粉组显著高于其他3组,但各组间的肝体比和含肉率无显著差异。全虾体成分,蔗糖组的粗脂肪显著低于其他3组,葡萄糖组的灰分显著高于其他3组,粗蛋白与水分各组间无显著差异。(2)各组间对虾肠道的脂肪酶活性,淀粉组与蔗糖组显著高于葡萄糖组及果糖组,胃蛋白酶活性方面,淀粉组显著高于其他3组。(3)各组间凡纳滨对虾肠道的OTU、Ace指数及Chao指数无显著差异,Shannon指数淀粉组及蔗糖组显著高于葡萄糖组,Simpson指数淀粉组显著低于蔗糖组,而蔗糖组又显著低于葡萄糖组。门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)与放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度差异显著,但疣微菌门(Verrucomicrobia)相对丰度各组间无明显差异;在纲水平上,各处理组间的对虾肠道菌群的差异性较显著,淀粉组对虾肠道中黄杆菌纲(Flavobacteriia)、γ变形菌纲(Gammaproteobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)及噬纤维菌纲(Cytophagia)是明显高于蔗糖组与葡萄糖组。研究表明,凡纳滨对虾对淀粉和蔗糖的吸收利用优于葡萄糖和果糖,同时,淀粉和蔗糖对凡纳滨对虾肠道菌群多样性存在一定的影响,淀粉和蔗糖为凡纳滨对虾饲料中的适宜糖源。     

不同养殖模式对凡纳滨对虾肠道微生物群落的影响

为了探究不同养殖模式下凡纳滨对虾肠道微生物组的差异,本研究采用16S rRNA扩增子测序技术对4种不同养殖模式,如淡水池塘养殖模式（FWP）、海水池塘养殖模式（SP）、高位池养殖模式（HP）和生物絮团养殖模式（BFP）下凡纳滨对虾的肠道微生物多样性和群落结构进行了研究。结果显示,FWP和HP中肠道菌群的α多样性指数显著高于SP和BFP,4种养殖模式的肠道微生物群落结构存在显著差异。变形菌门（Proteobacteria）在SP、BFP和HP模式中具有较高丰度并且是造成4种养殖模式的肠道菌落差异的关键贡献类群,FWP模式中蓝藻门（Cyanobacteria）的丰度远高于其他养殖模式。弧菌科（Vibrionaceae）和支原体科（Mycoplasmataceae）是4种养殖模式的共有核心微生物中最丰富的两个科。此外,不同养殖模式的指示类群并不相同,FWP模式的肠道细菌指示类群为丙酸杆菌科（Propionibacteriaceae）,BFP养殖模式的指示类群为黄杆菌科（Flavobacteriaceae）。共现网络分析结果表明,HP模式中肠道微生物的相互作用高于其他3种养殖模式,而FWP养殖模式的肠道微生物菌群最稳定。     

饲料中补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物组成的影响

为了研究外源补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及对其肠道微生物组成的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌活菌作为实验组(活菌含量为108 CFU/g),每组4个平行,在养殖场对凡纳滨对虾自幼苗至成虾进行一个完整养殖周期的养殖实验。选取养殖场中8个光照、位置等条件基本相同的养殖池分为2组,空白组投喂基础饲料,实验组投喂免疫饲料,养殖周期95 d。期间在第45、52、59、66、73天采样,称重并计算生长速率,并取其肠道内容物提取DNA,用16S r DNA序列V4区高通量测序方法检测对虾肠道内微生物群落的结构及变化情况。结果显示:(1)投喂免疫饲料的实验组对虾生长速度比空白组平均快15.2%。(2)健康的凡纳滨对虾肠道微生物以变形菌门和拟杆菌门含量高,厚壁菌门、疣微菌门、浮霉菌门、放线菌门含量较低。(3)空白组变形菌门平均含量(68.30%),明显高于实验组平均含量(57.94%);空白组拟杆菌门平均含量(23.58%)明显低于实验组平均含量(30.06%)。(4)变形菌门中以弧菌属、Anaerospora、小红卵菌属为主,空白组弧菌属平均占总含量的5.40%,实验组平均占总含量的1.94%;拟杆菌门中以异养硝化菌属、粘着杆菌属为主,实验组异养硝化菌属平均占总含量的8.12%,空白组平均占含量的5.56%。研究表明,饲料中添加蜡样芽胞杆菌投喂凡纳滨对虾后可改变对虾肠道的微生物组成,提高对虾生长速度。     

Consistent features of the gut microbiota in response to diverse shrimp Litopenaeus vannamei diseases: A meta-analysis

Dysbiosis in the gut microbiota has been intimately implicated in shrimp (Litopenaeus vannamei, Penaeidae) diseases. However, considering the variety of shrimp diseases and the variability in experimental conditions, studies addressing common features of the gut microbiota−shrimp disease relationship are limited. Through an unbiased subject-level meta-analysis framework, 463 shrimp gut bacterial communities from 27 studies were re-analysed, including six lifestages and eight diseases of shrimp, with the causal agents of viral, bacterial, eukaryotic, and unknown pathogens. Shrimp lifestages and diseases were the predominant factors governing the gut microbiota. After ruling out the top lifestage- and disease-specific discriminatory amplicon sequence variants (ASVs) from the gut microbiota, the top 27 disease common-discriminatory ASVs were identified, contributing to an overall accuracy of 95.9% in diagnosing shrimp health status. By using these optimisation procedures, the accuracy of our diagnosis model was unbiased by shrimp lifestage, specific disease, sampling size, hypervariable region and sequencing platform. The shrimp eight diseases consistently and significantly increased the relative importance of stochasticity, the relative abundance of pathogenic potentials and diversified core ASVs, whereas decreased the diversity and stability of gut microbiota. Collectively, these findings illustrate the effectiveness of meta-analysis in determining the robust and common features of the shrimp gut microbiota in response to diverse diseases. In particular, disease common-discriminatory ASVs could accurately diagnose shrimp health status, although the data are divergent in biotic and technical variances.     

Ocular bacterial signatures of exophthalmic disease in farmed turbot (Scophthalmus maximus)

As is the case at other sites in the body (e.g. the gut, skin and mouth), the ocular microbiota plays a crucial role in their host, as disturbances of the composition and function of the ocular microbiota are known to be associated with ocular disorders. Exophthalmic disease (ED) is a significant cause of high mortality in fish species, including farmed turbot (Scophthalmus maximus). However, the relationship between alterations in the ocular microbiota and ED in turbot is unclear. In this work, we collected turbot samples from farmed ponds with ED and healthy samples to understand changes in the ocular microbiota of turbot suffering from ED. We compared the structural and metabolic differences of ocular bacterial communities from farmed turbot with exophthalmic disease and those of healthy controls. Besides less microbial diversity found in turbot with ED regarding the control group, we also found that Aeromonas was the dominant bacteria both in controls and ED samples, but the abundance of Aeromonas was significantly greater in ED individuals. Moreover, the results of correlation test further suggest that Aeromonas overgrowth was correlated with the progress of the disease and shifts in ocular microbiota functional pathways in turbot. These findings emphasize that an increased abundance of Aeromonas serves as an ocular bacterial signature associated with ED in turbot, which provide basic information useful for diagnoses, prevention and treatment of ocular diseases occurring in cultured fish.     

健康和患病卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异

为研究病害发生后卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异及其与养殖环境的关系,分析不同样品中的菌群组成和细菌多样性。实验采用Illumina HiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,分别构建了健康鱼水样、患病鱼水样、健康鱼肠道、患病鱼肠道和饵料颗粒5个样品中菌群的16S rRNA基因测序文库。研究表明,与健康鱼肠道细菌组成相比,患病鱼肠道中螺旋体门相对丰度显著升高,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著降低;患病后肠道中的细菌种类仅为健康鱼肠道细菌种类总数的54.94%;健康卵形鲳鲹肠道菌群中有73.46%的可操作分类单元(OTUs)与水体样品中OTUs一致,有70.58%与饲料样品一致,而患病后分别只有17.98%和38.95%的OTUs与水体和饲料样品一致。健康卵形鲳鲹肠道中黑海弧菌的相对丰度为17.19%,患病后该菌的相对丰度大幅提高,达到78.90%;健康鱼肠道中鳆发光杆菌占比54.53%,患病鱼肠道中不含鳆发光杆菌。健康和患病鱼肠道菌群种类组成类似,但存在一定差异,病害的发生会导致肠道细菌多样性显著降低。健康鱼肠道菌群与养殖环境和颗粒饲料中菌群组成关系密切,而患病后鱼肠道细菌多样性受环境中菌群的影响较小。黑海弧菌在患病鱼肠道中的大量增殖可能是引起其患病的重要原因。     

北方吊笼养殖刺参肠道及其养殖环境菌群结构特征及其相关性分析

为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。     

Microbial communities in sea cucumber (Apostichopus japonicus) culture pond and the effects of environmental factors

This study investigated microbial community composition as well as their correlation with environmental factors of Apostichopus japonicus culture ponds in northern China by 16S rRNA gene amplicon sequencing. The results showed that microbiota richness varied consistently with diversity in the pond ecosystem. Microbiota richness and diversity were highest in sediment, followed by gut of A. japonicus and water. The dominant bacterial phylum in the pond ecosystem is Proteobacteria. Gammaproteobacteriaeria and Flavobacteria are two dominant bacterial classes in the ecosystem. There is significant difference (p < 0.05) between dominant bacterial communities at the levels of order, family and genus. There is also remarkable regional difference (p < 0.05) between microbial community composition in the pond ecosystems. Specifically, microbial community composition in Changhai and Yingkou show a high similarity, so do those of Laoting and Rushan. According to the redundancy analysis of the microbial community composition and pond environmental factors, chemical oxygen demand is the dominant environmental factor determining microbial community composition in pond water; sulphide has the greatest influence on the microbial community composition in pond sediment; the rest of environmental factors have varied influence on microbial community composition in pond ecosystems.     

中国对虾病虾体内同工酶表型变化的初步研究

应用对流免疫电泳及核酸探针检测技术筛选感染病毒的中国对虾（Ｐｅｎａｅｕｓｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）病虾,采用不连续的聚丙烯酰胺凝胶电泳研究病虾体内同工酶的表型变化。用分光光度仪对电泳带扫描分析表明,病虾体内４种同工酶—酯酶（ＥＳＴ）、苹果酸脱氢酶（ＭＤＨ）、谷草转氨酶（ＧＯＴ）、超氧化物歧化酶（ＳＯＤ）的表型与健康虾比较存在显著差异。其中,ＭＤＨ、ＥＳＴ、ＧＯＴ的变化分别反映病虾体内糖类、脂类、氨基酸等３大物质代谢明显紊乱,ＳＯＤ活性下降,显示病虾免疫防御机能明显衰退。对虾体内同工酶表型变化规律稳定,重复性好,可作为对虾病害检测与诊断的生理生化指标     

养殖中国对虾暴发性流行病病虾现场快速诊断方法研究

通过人工投喂感染试验，观察了中国对虾感染暴发性流行病病原后出现的特殊外观病症，即与健康虾截然不同的空胃和拒食，在现场利用这种外观症状作排外诊断和鉴别诊断，可以简便，快速地判断出池虾群体中有无病虾，同时根据统计发病虾的概率，也可以了解群体的发病进程。     

长毛对虾海水养殖环境以及虾肠道微生物群落结构研究

为了研究长毛对虾养殖环境以及对虾肠道微生物种群结构的特征,实验分别采集养殖区进水口水体、养殖池底泥、养殖池水体以及长毛对虾肠道样品,采用构建16S rRNA基因克隆文库的方法对不同样品间的微生物群落组成进行了研究。结果表明,4组样品中共获得621条序列,操作分类单元(OTU)总数达212个,表明养殖环境微生物群落结构具有高度的多样性。从遗传进化树分析发现,进水口水体中细菌优势种群为蓝细菌(53.97%)、α-变形杆菌(13.76%)和γ-变形杆菌(10.58%);养殖池水体细菌优势种群为蓝细菌(33.55%)、γ-变形杆菌(14.84%)、厚壁菌(14.19%)、拟杆菌(12.26%)和α-变形杆菌(9.68%);养殖池底泥细菌优势种群大部分属于厚壁细菌(79.12%);对虾肠道细菌优势种群为厚壁细菌(75.79%)、梭杆菌(13.68%)和γ-变形杆菌(10.53%)。在目分类水平上,养殖池底泥、养殖池水体和对虾肠道中芽孢杆菌占有较高的比例,分别占克隆数的69.78%、13.55%和72.63%;进水口水体和养殖池水体中红细菌的比例较高,分别占克隆数的10.05%和9.68%。本研究分析了养殖环境以及对虾肠道微生物的群落结构,揭示微生物从水源到对虾肠道内的演替规律。总体上,本养殖系统微生物群落结构良好,但在养殖池水体和对虾肠道中也检测到黄杆菌类群和少量的弧菌。本研究有助于了解养殖环境对于对虾肠道微生物组成的影响,并为长毛对虾病害的预防提供参考。