基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。     

团头鲂野生、驯养、选育3类遗传生态群体遗传变异的线粒体DNA分析

通过对线粒体DNA控制区和COⅠ基因序列的联合分析,研究了团头鲂(Megalobrama amblycephala)3类遗传生态群体(包含4个野生群体、2个驯养群体、1个选育良种"浦江1号"群体)的遗传多样性和遗传分化情况.结果表明:(1)在所分析的7个群体中,共确定了64种单倍型,群体间无共享单倍型.(2)4个野生群体内线粒体DNA的单倍型多样度(Hd)在0.857～0.943之间,核苷酸变异位点数在31～40之间,核苷酸多样性指数(π)在0.275%～0.461%之间,平均核苷酸差异数(K)的范围为4.043～6.800;2个驯养群体的相应参数变化范围分别为0.714～0.800、18～21、0.122%～0.175%、1.800～2.586,均低于野生群体;选育群体的相应参数分别为0.843、23、0.193%、2.843,低于4个野生群体,但高于2个驯养群体.以上4种多样性参数在7个群体中的变化趋势一致.(3)7个群体之间的平均遗传距离在0.000 6～0.003 5之间,遗传分化指数(FST)在0.010 9～0.133 1之间.4个野生群体间FST值差异不显著(P＞0.05),而2个驯养群体间FST值差异显著(P＜0.05),它们与选育群体间的FST值差异也显著(P＜0.05).以上结果表明,生存环境的殊异(敞开的天然水体,封闭的驯养池塘)和人工选择(严格有序的科学选育)对种群遗传结构影响巨大,导致鱼类不同遗传生态类型群体间产生遗传变异和遗传分化.     

中国沿海脉红螺群体遗传多样性及其遗传结构

我国脉红螺自然资源日趋衰减,为制定相应保护措施需要对脉红螺遗传多样性及遗传结构进行分析研究。利用9个微卫星标记分析了我国沿海9个脉红螺群体的遗传多样性和遗传分化水平。遗传多样性分析结果显示,群体平均等位基因丰度（AR）为8.6~9.5,期望杂合度（HE）为0.705~0.777,观测杂合度（HO）为0.498~0.626。遗传分化分析结果显示,群体间遗传分化指数（FST）范围为0.012 2~0.093 6,各群体间没有显著的遗传分化,遗传距离（DC）为0.212~0.349。本研究结果表明,我国沿海脉红螺群体具有较高的遗传多样性,各群体间没有显著分化。     

金草鱼与中国4个草鱼群体的微卫星多态性比较分析

20世纪90年代,中国引进了一批体色呈金黄色的草鱼(Ctenopharyngodon idellus),生产上俗称金草鱼。为了解金草鱼群体的遗传结构和遗传多样性,利用15个微卫星DNA标记对金草鱼群体与中国草鱼群体(长江水系的沅江群体、宁乡群体、洪湖群体和珠江水系的西江群体)进行遗传结构和系统进化分析。结果表明15个微卫星位点均具有较高的多态性,多态信息含量(PIC)为0.763~0.939。金草鱼群体的遗传多样性水平[期望杂合度(HE)=0.662]低于中国草鱼群体[HE=0.852~0.885]。遗传分化指数(FST)分析显示,金草鱼群体与沅江群体之间的遗传分化属于高度分化(0.15FST0.25),与其他3个草鱼群体之间属于中度分化(0.05FST0.15)。遗传距离分析显示,金草鱼群体与西江群体遗传距离(DA)最小(0.476 3),与沅江群体最大(DA=0.810 7)。基于遗传距离构建的NJ系统进化树显示,4个中国草鱼群体聚为一支,金草鱼群体单独为另一支。研究结果显示金草鱼群体的遗传多样性低于中国的草鱼群体,亲缘关系也较远。     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

北部湾光裸星虫3个地理群体遗传多样性

利用微卫星DNA分子标记对广东湛江乌石(ZJ)、广西北海山口(BH)与越南锦普(JP)3个光裸星虫(Sipunculus nudus)野生群体的遗传多样性进行分析。结果表明,20个微卫星座位中有3个位点(Snu08、Snu10、Snu14)呈现单态,17个多态微卫星座位中的等位基因数介于2～9之间,多态信息含量(PIC)介于0.097～0.797之间。每个群体中有5个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡,在位点Snu18上3个群体均偏离Hardy-Weinberg平衡。3个光裸星虫野生群体均表现出中等程度的遗传多样性水平,锦普群体遗传多样性水平高于北海和湛江群体。群体间F-统计量分析表明,群体遗传分化处于低等分化水平,差异不显著(Fst=0.019～0.049,P>0.05);基于DA遗传距离构建的NJ和UPGMA聚类树均显示,地理位置相邻的群体聚在一起。研究表明,3个光裸星虫地理群体均具有中等的遗传多样性,杂合度均偏低,群体间存在较大的基因流,杂合子明显缺失;群体间已产生遗传分化,但分化水平还较低。     

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。     

基于COⅠ序列的海南岛8个弹涂鱼群体遗传多样性研究

使用线粒体COⅠ基因部分序列作为遗传标记,分析了中国海南岛8个弹涂鱼(Periophthalmus modestus)地理群体的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态,以为更好的保护弹涂鱼种质资源提供依据。采集的236尾弹涂鱼样本的COⅠ基因片段序列共检测到59种单倍型,总体单倍型多样性较高(0.861±0.019),核苷酸多样性偏低(0.004 39±0.000 24);基于单倍型的邻接关系树没有呈现与地理群体成谱系的结构;分子方差分析表明,遗传变异主要来自群体内(99.36%);遗传分化指数(F_(st))显示,三亚与临高、东方两个群体存在中等程度遗传分化;群体间基因交流频繁,核苷酸不配对分布和中性检验表明,部分地方群体曾经发生过扩张。海南岛弹涂鱼整体遗传分化程度不高(F_(st)=0.006 37),是一个随机交配的群体,遗传多样性较低,建议加强弹涂鱼资源的保护。     

翘嘴鲌四个育种群体的遗传差异分析

利用微卫星(SSR)标记对翘嘴鲌(Culter alburnus)4个育种群体(黑龙江水系群体、淮河水系群体、长江上游水系群体和长江下游水系群体)的遗传差异进行了分析。结果显示:4个育种群体均存在杂合子缺失现象,群体内近亲繁育程度较高,群体遗传多样性水平较低;群体间遗传差异的分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间的变异为17.58%(FST=0.1758,P0.001);NJ聚类树显示,黑龙江水系群体与淮河水系群体的遗传关系最远,长江上游水系群体与长江下游水系群体的遗传关系最近;而STRUCTURE遗传聚类分析显示,4个育种群体各自单独聚为一类为其最佳遗传分组。综合分析结果表明,4个育种群体的遗传变异较小,遗传多样性水平均较低,在育种时,应进一步扩大亲本来源,增加亲本数量,充实育种群体的遗传多样性。     

基于线粒体COⅠ序列比较长江口中华绒螯蟹放流与野生群体的遗传多样性

为探讨长江口中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)放流亲蟹与野生群体的遗传多样性和遗传结构的差异,对77个放流和野生亲蟹个体进行了线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列的比较分析,结果表明:所检测的样本共计77个COⅠ基因序列(630 bp)中,变异位点(V)41个,简约信息位点(P)37个,A+T(61.7%)的含量明显高于C+G(38.3%),表现出较为明显的碱基组成偏倚性;两个群体共检测出15种单倍型,其中单倍型Hap-1出现频率最大,为两个群体所共享,放流和野生群体各具有5种独有单倍型;两个群体的单倍型多样性指数(H)为0.825,核苷酸多样性指数(π)为0.004 66,平均核苷酸变异数(K)为2.910,其中野生群体的单倍型多样性指数(0.833)和核苷酸多样性指数(0.007 70)均高于放流群体(0.810和0.002 11)。AMOVA分子方差分析表明,长江口中华绒螯蟹放流与野生群体总的遗传变异主要来自群体内,其中96.53%遗传变异来自各群体内部,3.47%遗传变异来自群体间。群体内遗传分化指数(FST)野生群体(0.034 75)高于放流群体(0.034 57),两个群体间遗传分化指数(FST)为0.034 66(P0.05),两个群体遗传分化不显著。两个群体间的基因流(Nm)为13.93(Nm1),表明放流群体和野生群体的基因交流较为频繁。     

大菱鲆4个引进地理群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星分子标记对大菱鲆Scophthalmus maximus 4个引进地理群体进行遗传多样性分析.结果表明,等位基因数(A)为2～10个,平均等位基因数为4.3,有效等住基因数(M)为1.6～6.1,平均有效等位基因数为2.7,各位点的杂合度观测值(Ho)为0.000 0～0.562 5,杂合度期望值(He)为0.382 3～0.841 6.各群体之间无偏倚杂合度期望值由小到大依次为丹麦群体、英国群体、法国群体、挪威群体,运用SPSS软件对无偏倚杂合度期望值进行Kruskal-Wallis检验,其结果(H=4.438,df=3,P-0.218)表明,4个群体的遗传多样性差异不显著.群体间平均遗传分化指数(Fz)为0.111 7,各群体之问存在中度遗传分化.用UPGMA法进行聚类分析,4个群体聚为两类,挪威群体和丹麦群体聚为一类,法国群体和英国群体聚为一类.结合Hardy-Weinberg平衡和遗传偏离指数(d),4个群体都不同程度的偏离平衡.4个群体具有一定的遗传分化、较好的遗传多样性,适合作为大规模家系选育的基础群体.     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

兰州鲇野生群体和人工繁育群体遗传结构的比较研究

采用19对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星引物对兰州鲇(Silurus lanzhouensis)野生和人工繁育2个不同群体进行微卫星标记的遗传结构分析,结果显示:(1)2个不同种群检测出11个有效微卫星位点,共94个等位基因;各基因座位间除DQ223153与DQ223150,DQ223177与DQ223182,DQ223164与DQ223176存在一定程度连锁(P<0.05),其余连锁关系不显著。(2)2个种群平均有效等位基因数为7.28,平均观测杂合度为0.8873,平均期望杂合度为0.7732,PIC值0.7055,均为高度多态,但人工繁育群体的总扩增位点数和遗传多样性均低于野生群体;(3)两群体间的遗传相似性指数(I)为0.9915,遗传距离(D)为0.0086;各位点F-统计量分析结果表明,群体遗传分化系数(FST)为-0.0392～0.0754,平均值为0.0205;基因流(Nm)为1.6625。综合结果说明,虽然兰州鲇人工繁育群体的遗传多样性降低,但两群体遗传多样性丰富,亲缘关系较近,遗传分化较低,属于同一个种内水平遗传变异。     

珠江流域9个大鳞副泥鳅群体遗传多样性的微卫星分析

为探索我国珠江流域大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)群体的遗传分化及亲缘关系，本研究采用8个微卫星分子标记，对我国珠江流域9个大鳞副泥鳅群体(佛山、高要、封开、肇庆、乳源、乐昌、韶关、河源和惠州)进行了遗传多样性分析。结果显示，8个微卫星位点共检测到 69个等位基因，平均等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)分别为8.6和4.0个，平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.4426和0.7030。9个大鳞副泥鳅群体间的遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.2452和0.7697，表明群体间遗传分化水平较高，遗传交流水平低。采用UPGMA法，对 9个群体基于遗传距离进行聚类，可分为两大支，韶关、佛山和乳源群体聚为一支；另一支包含了其余的6个大鳞副泥鳅群体，分为3个小分支，分别为乐昌与肇庆群体、河源与惠州群体及高要与封开群体。研究表明，珠江流域的9个大鳞副泥鳅群体具有较高的遗传多样性，且群体间存在着一定的遗传分化，具有进一步选育的价值。     

长江不同江段青虾的遗传多样性

利用20个微卫星分子标记对长江不同江段共6个青虾群体进行了遗传多样性分析,采样点包括重庆、万州、宜昌、武汉、九江和江阴。结果表明,6个青虾群体平均等位基因数(A)为5.25,平均有效等位基因数(Ne)为3.4622;20个位点平均多态信息含量(PIC)为0.5894;期望杂合度(He)由高到低依次为江阴群体(0.6308)、九江群体(0.6096)、宜昌群体(0.5945)、武汉群体(0.5934)、万州群体(0.5844)、重庆群体(0.5821),平均值为0.6296。分子方差分析(AMOVA)结果表明长江青虾6群体间遗传变异6.92%来自群体间,93.08%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0253～0.0838(P<0.05)之间,表明群体间已明显出现分化,但分化程度中等,与湖泊青虾群体相比,长江各群体间遗传分化程度较弱,可能是由于流动的江水增加了群体间的交流。Hardy-Weinberg遗传平衡分析表明,6群体均出现杂合子缺失现象,可能是由于稀有等位基因缺失或无效等位基因造成;6群体间遗传距离为0.0620～0.1809,UPGMA聚类分析表明,江阴群体单独聚为一类,其余5个群体聚为另一类,其中...     

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区序列的长麦穗鱼遗传多样性研究

为研究长麦穗鱼(Pseudorasbora elongata)的遗传多样性现状,本研究利用线粒体Cyt b基因和D-loop区序列,分析了长江中下游安徽境内皖南山区的闪里(SL)、历口(LK)和石台(ST) 3个长麦穗鱼群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,基于Cyt b和D-loop序列定义的单倍型数分别为18和27,整体单倍型多样性指数(H_d)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.792和0.01332、0.777和0.01140,2个标记均显示ST群体遗传多样性相对最低;群体间的遗传距离为0.00173～0.03615 (Cyt b)、0.00193～0.02639 (D-loop);遗传分化指数(F_st)和基因流(N_m)均表明ST群体和SL及LK群体间存在显著的遗传分化;分子方差分析(AMOVA)表明,长麦穗鱼群体间的遗传变异(94.60%、90.69%)远高于群体内(5.40%、9.31%),遗传变异主要来自群体间;单倍型系统进化树及网络结构图分析显示,SL和LK群体遗传关系较近,聚为一支,而ST群体单独聚为一支,...     

吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性

用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。     

中国和匈牙利白斑狗鱼群体遗传变异的微卫星标记分析

本研究应用18个微卫星分子标记,对白斑狗鱼(Esox lucius L.)3个中国新疆群体(乌伦古湖、吉力湖和6号湖)和1个匈牙利巴拉顿湖群体的遗传结构进行了分析.结果表明,3个中国白斑狗鱼群体的平均等位基因丰富度(AR)、平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(HE)均显著低于匈牙利巴拉顿湖群体(P＜0.05),而匈牙利群体的平均近交系数(FIS)高于中国群体;经SMM和TPM模型检测,匈牙利白斑狗鱼群体存在显著的遗传瓶颈信号(P＜0.001);AMOVA和群体两两比较的FST值表明,中国与匈牙利白斑狗鱼的遗传分化十分显著(P＜0.01);NJ树、主成分分析(PCA)进一步证实中国白斑狗鱼与匈牙利白斑狗鱼群体间存在显著的遗传差异和分化.此外,贝叶斯遗传聚类结果表明,中国新疆6号湖白斑狗鱼群体极可能来源于乌伦古湖,而非吉力湖.     

大竹蛏5 个野生群体遗传多样性的微卫星分析

运用微卫星标记对大竹蛏(Solen grandis)辽宁丹东(DD)、河北秦皇岛(QHD)、山东日照(RZ)、江苏吕四(LS)和广西北海(BH)近海5个不同地理野生群体共计150个样品进行了遗传多样性分析。结果表明:14个位点多态信息含量范围为0.696~0.853,均呈现高度多态性,每个位点检测到的等位基因数8~22个,共检测到199个等位基因,平均等位基因数为14.2,等位基因丰富度为11.05,5个群体的期望杂合度分别为0.769(DD),0.791(QHD),0.826(RZ),0.815(LS),0.785(BH),观察杂合度分别为0.837(DD),0.812(QHD),0.875(RZ),0.809(LS),0.858(BH),表明各群体处于较高的遗传多样性水平。Hardy-Weinberg平衡检验显示,仅有Sg16位点在丹东群体显著偏离平衡,其余位点在5个群体均正常,表明各群体遗传较稳定,处于平衡状态。5个群体间的遗传距离在0.141 2~0.340 9,DD和QHD的遗传距离最小,DD和BH的遗传距离最大;基于Da遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,距离相邻的DD、QHD渤海湾群体聚为一支,RZ、LS黄海群体聚为另一支,最后与南海群体BH聚在一起,聚类结果与地理位置密切联系,基于贝叶斯遗传聚类得到了相同的结果。分析群体间的Fst值可知,两两群体间的Fst值在0.039 1~0.094 7,群体间产生了中等程度的遗传分化,并且达到了极显著水平(P=0.000 1)。由此可见,中国沿海各地理群体野生大竹蛏种质遗传多样性较为丰富,但不同群体间存在显著的遗传分化,故各增殖放流海区应当加强对放流苗种及繁殖亲本的种质检测,防止异地繁养等人为因素对大竹蛏各野生种群遗传结构造成破坏。