斑点叉尾鮰养殖池塘底泥微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用，深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征，并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示，斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化，冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria），与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示，冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富，冬季和春季分布较为集中，分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门，秋季特异性优势菌群分布特别分散，而夏季优势细菌类群最少，只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中，透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05），对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。     

中华绒螯蟹生态育苗池塘细菌群落分析

为探究江苏省射阳地区沿海滩涂中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)生态育苗池塘细菌群落结构,分别对养殖池塘水体(S7,S8,S9)和池塘底泥(N7,N8,N9)细菌群落16SrDNA的V3、V4、V5可变区进行扩增,检测合格的文库进行高通量测序;利用Qiime(v1.7)软件,对序列阈值97%相似性水平进行聚类分析;分别以门、纲、目、科和属的分类水平对样本进行α-多样性指数分析;以Chaol指数和Shannon指数评估菌种丰富度和多样性。结果表明,3个生态育苗池塘得到OTU分别为8 881、7 406、8 566个。S7微生物归属于16门、29纲、58目、97科、191属;S8为9门、18纲、38目、68科、132属;S9为17门、32纲、60目、111科、227属。N7为41门、103纲、198目、325科、572属;N8为42门、103纲、203目、318科、534属;N9为40门、99纲、196目、323科、578属。养殖水体优势菌群以变形菌门(Proteobacteria)为主,其次是拟杆菌门(Bacteroidetes);池塘底泥优势菌群以变形菌门为主,其次为拟杆菌门、绿弯菌门(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes)。养殖池塘底泥中细菌群落的丰富度和物种多样性明显高于养殖水体,水体中细菌群落的丰富度S9S7S8,物种的多样性S7S9S8。池塘底泥中细菌群落的丰富度N7N9N8,物种的多样性N7 N9N8。     

生态调控技术对异育银鲫养殖池底泥菌群多样性的影响

为探讨菌藻调控技术、底质改良技术及投饵区微孔增氧技术对异育银鲫养殖池塘底泥微生物群落结构多样性的影响,在江苏大丰地区选择3口总面积约42.93hm~2的异育银鲫精养池塘实施以上技术,同时两口总面积约30hm~2的池塘作为对照池,采用PCR-DGGE方法比较分析4—7月池塘底泥中的细菌多样性。试验结果显示,试验塘底泥细菌多样性指数为3.15~3.52,明显高于对照塘的2.20~2.74,表明了三大技术的实施有利于提高底泥中细菌多样性指数,同时底泥菌群多样性指数的平均值与异育银鲫的损失率呈正相关,一定程度上反应了三大技术的联用有利于提高精养池塘生态稳定能力,间接增加养殖效益。     

池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析

为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。     

尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性

为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。     

主养草鱼池塘底泥微生物群落多样性研究

为研究主养草鱼池塘底泥微生物多样性,采用细菌通用引物27F和1492R扩增了湖北石首一草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖池塘底泥细菌16S rDNA片段,构建了底泥细菌16S rDNA克隆文库,并对该文库中的微生物群落进行了分析.结果显示,该文库的Shannon多样性指数(H′)为3.85,S...     

暗纹东方鲀不同养殖模式下的微生物群落结构

为探究暗纹东方鲀不同养殖模式下的细菌群落结构特征，本实验采用Illumina Miseq 高通量测序方法对传统养殖与立体种养2种模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3-V4)进行测序分析，利用冗余分析(redundancy analysis, RDA)水体菌群与环境因子的关系，典型关联分析(canonical correlation analysis, CCA)肠道菌群与环境因子的关系。结果显示：立体种养模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌群落的丰富度及多样性大于传统养殖模式。立体种养模式下水体及底泥的细菌群落结构与传统养殖模式的较为类似，其中水体的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门。传统养殖模式下肠道的主要优势菌属为红球菌属Rhodococcus，立体种养模式下肠道主要优势菌属为葡萄球菌属Staphylococcus、弓形杆菌属Arcobacter、norank_f_norank_o_Chloroplast、Elizabethkingia和支原体属Mycoplasma。环境因子关联分析结果显示：pH对水体细菌群落具有显著影响。不同养殖模式下水体的优势菌属红球菌属与总悬浮固体(TSS)、总磷(TP)、总氮(TN)、pH和硝酸盐呈正相关。总氨氮(TAN)对暗纹东方鲀肠道细菌群落影响最大，暗纹东方鲀肠道的优势菌属红球菌属、弓形杆菌属与TSS、TP呈正相关；不动杆菌属Acinetobacter、支原体属与TAN、亚硝酸盐、硝酸盐呈正相关；魏斯氏菌属Weissella、葡萄球菌属与TSS、COD、TP、TN、硝酸盐、亚硝酸盐和TAN呈负相关。研究表明，采用立体种养模式可提高养殖系统的细菌多样性，降低病害爆发风险，有助于抑制蓝细菌生长，减小养殖对象的氧化应激损伤。此外，养殖模式能够通过改变水体中氮、磷的含量对水体和暗纹东方鲀肠道的微生物群结构产生一定的影响。     

光合细菌对水产养殖环境细菌群落结构的影响

为了解光合细菌(Photosynthetic bacteria)在水产养殖应用中的作用机制,采用PCR-DGGE技术研究不同浓度光合细菌对养殖水体和底泥两个微环境细菌群落的影响。结果显示:水样菌群和底泥菌群有显著差异,各聚为一簇,水样菌群多样性比底泥丰富且波动性更大,泥样菌群则相对稳定,受外源菌群影响较小;添加光合细菌可显著增加水体菌群多样性,促使SAR11族未培养α-变形菌等固有菌群数量增加,从而影响水样菌群结构;同一阶段不同处理水样菌群多聚在一起,显示出较高结构相似性,不同处理并未造成组间菌群结构明显差异;光合细菌投加12 d后出现浓度减少。鉴定分析发现水样中46个菌群归属21个属,底泥11个菌群归属6个属,其中水样和底泥共同含有3个属,水样和底泥菌群主要隶属于蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)。     

三峡大坝对香溪河底栖微生物群落结构和多样性的影响

为了研究三峡大坝修建后库区生态环境的变化,探究大坝修建对库区底泥细菌群落结构和多样性的影响,2013年夏季在香溪河回水区(河口、中游)与河流区(上游)依次选取6个采样点,通过构建16S r DNA基因克隆文库,分析底栖微生物群落结构和多样性的变化规律。结果表明,香溪河调查水域共检出细菌类群15门、87属。在门水平上,回水区和河流区的优势菌门均为变形菌门;在属水平上,回水区和河流区的优势菌属存在显著差异(P0.05),很可能是由于受长江回水和支流高岚河影响所致。芽孢杆菌属所占的比例,从回水区的河口处至中游处逐渐减少至河流区消失,结合芽孢杆菌属易生活在底泥深处的特性,很可能由于大坝的修建,香溪河的上游(即河流区)底泥冲刷至下游(即回水区)河段,被三峡大坝拦截而沉积下来,导致越靠近大坝处,芽孢杆菌属的含量越高。在底泥细菌群落多样性中,Simpson、Shannon和Margalef多样性指数空间分布总体上呈"中间高、两头低"的规律;3种多样性指数最高的采样点均出现在回水区,且回水区的多样性指数均高于河流区,很可能是因其还与旧州河、卜庄河以及周溪河这些支流的交汇,导致河流区底泥细菌群落多样性不稳定。三峡大坝对香溪河底栖微生物的群落结构和多样性产生了显著影响,而大坝修建导致库区回水区水深增加、流速降低、底层水温变化、泥沙沉积增加等因素是造成这种差异的可能原因。     

凡纳滨对虾养殖环境及肠道微生物群落特征分析

为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化，本实验采用Illumina MiSeq测序平台，基于16S rRNA基因的测序结果，对46和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水样、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示，86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d，水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道；有35个门、70个纲、152个目、274个科以及420个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到，其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间增加发生变化，46与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6，相对丰度随时间增加而增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群，在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门，优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲，除此以外，虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲；从目、科、属的分类水平上看，水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异，鲜有明显重叠的优势菌类，在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位，水样中优势属为hgcI_clade，底泥和虾肠道中优势属为Ambiguous_taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。     

宁夏地区不同模式养殖池塘夏季浮游微藻群落特征

为研究宁夏地区夏季不同模式养殖池塘的浮游微藻群落结构特征,采集了当地棚塘接力养殖(PT)、稻渔种养(DY)、土池养殖(TC) 3种模式的池塘水体样品,分析了其浮游微藻群落组成及其与水质因子的相关性。结果显示,共检出浮游微藻5门27属,总数量为1.52×104~2.39×108 ind./L,生物量为0.16~97.78 mg/L,数量多样性为0.03~3.31,生物量多样性为0.29~3.58。不同模式池塘的浮游微藻群落结构差异显著。PT模式池塘的微藻群落无明显共性特征,蓝藻(Cyanophyta)、绿藻(Chlorophyta)和硅藻(Bacillariophyta)占优势情况均有出现,如拟鱼腥藻(Anabaenopsis sp.)、鱼腥藻(Anabaena sp.)、颤藻(Oscillatoria sp.)、盘星藻(Pediastrum sp.)、卵囊藻(Oocystis sp.)、小环藻(Cyclotella sp.)等;TC模式池塘的微藻优势属单一,分别以盘星藻、小球藻(Chlorella sp.)和微囊藻(Microcystis sp.)占优势;DY模式池塘的微藻多样性丰富,以小球藻、栅藻(Scenedesmus sp.)、盘星藻、卵囊藻、刚毛藻(Cladophora sp.)等绿藻和小环藻、菱形藻(Nitzschia sp.)等硅藻为优势藻。蓝藻生物量与水体中硝酸盐氮(NO3–-N)、亚硝酸盐氮(NO2–-N)、化学需氧量(COD)浓度呈显著正相关(P<0.05)。研究表明,宁夏地区夏季温度高、光照时间长,池塘水体中C、N营养高,易形成以微囊藻、拟鱼腥藻等有害蓝藻优势种群;调控池塘水质时应将其作为关键控制点之一,防控有害藻华暴发而导致减产降效的不良状况发生。     

中国牡蛎分类方法研究进展

牡蛎(Oyster)为世界性广布种,是我国重要的海水养殖对象.由于牡蛎的贝壳随其生活环境的变化而发生极大的变化,导致了牡6的物种组成及分布问题存在很大的分歧.采用传统的形态学、解剖学等方法已不能完全解决牡蛎的分类问题.近年来,随着分子生物学技术在牡蛎分类方面的广泛应用,通过采用形态分类和分子生物学技术相结合已成为了解决...     

泾河宁夏段夏季浮游生物群落结构特征

2010年7-8月对泾河宁夏段浮游生物群落组成进行了调查.结果表明,该河段浮游植物种类有6门、81种(属),密度为1.1万～11.6万个/L,平均密度为4.37万个/L.生物量为0.024 ～0.210 mg/L,平均生物量为0.083 mg/L.浮游动物有4门、54种(属),密度为60 ～ 185个/L,平均密度为107.73个/L.生物量为0.02～0.66 mg/L,平均生物量为0.24 mg/L.浮游植物多样性指数表明,该河段水质良好,浮游生物群落结构不稳定,易受外界的干扰.     

温州市珊溪水库鳙营养成分分析与评价

本研究采用国标方法分析了温州市珊溪水库鳙(Aristichthys nobilis)肌肉的基本营养成分(水分、粗脂肪、粗蛋白质和灰分)、氨基酸、脂肪酸及矿物质等含量。研究表明4龄和6龄温州市珊溪水库鳙肌肉中(鲜样)水分、粗蛋白、粗脂肪和灰分的含量分别为(78.74±0.98)%和(78.84±1.16)%、(16.87±0.86)%和(16.50±0.80)%、(1.35±0.66)%和(1.36±0.83)%、(1.65±0.82)%和(1.76±1.47)%。鳙肌肉中18种氨基酸总量分别为(17.90±1.50)%和(16.87±0.86)%,其中,必需氨基酸占总氨基酸比值分别为41.38%和41.46%,4种鲜味氨基酸总量分别为8.24%和7.75%。温州市珊溪水库鳙肌肉的氨基酸种类齐全,比例适宜,第一限制性氨基酸为色氨酸。温州市珊溪水库鳙肌肉中检测出23种脂肪酸,多不饱和脂肪酸含量较其他淡水鱼丰富,EPA+DHA含量在22.69%和22.24%之间。本研究可为温州市珊溪水库鳙的营养价值进行了全面评估并对人类合理膳食营养提供参考。     

庙湖水华过程中浮游细菌丰度与多样性的变化

藻类的过度繁盛(水华)将产生大量有机质,并由此造成严重危害,而浮游细菌在有机质分解过程中的作用尚未得到充分研究。描述了2010年4-8月武汉庙湖叶绿素与不同形态氮和磷的浓度,分析了不同形态细菌的丰度和多样性(以DNA的DGGE图谱为表征)及其与胞外水解酶活性的关系。结果表明,庙湖叶绿素a与总磷浓度显著正相关(P<0.05),4月与7月的叶绿素浓度均超过120μg/L。在水华间隔期内,自由生活菌的数量大幅度升高(1.39×106～2.72×107个/mL),而附着细菌的数量则大体相近(7.77×105～4.49×106个/mL)。水华衰亡初期,二者的群落结构基本相似,并随时间逐渐分化至显著不同的程度;附着细菌的数量直接或间接地明显正比于胞外水解酶活性,在水华有机碎屑分解过程中的作用更为重要。     

中华绒螯蟹血细胞体外吞噬能力的研究

通过体外制备血细胞单层的方法,研究了中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)血细胞对蜡状芽孢杆菌(Bacil-luscereus)及鼠红细胞的吞噬能力,并探讨了血清孵育对血细胞吞噬能力的影响。结果表明,以vanHARREV-ALD氏液配制的浓度为100.0mg·mL-1的L-cysteine溶液可以作为中华绒螯蟹血淋巴的抗凝剂,中华绒螯蟹血细胞在20℃下培养1h的存活率可维持在(92.5±0.9)%。中华绒螯蟹血细胞贴壁后呈扁平状,胞质可沿玻片表面迅速伸展并伸出类似于伪足的原生质突起,具有吞噬能力,对蜡状芽胞杆菌吞噬率为(5.1±1.4)%,不能吞噬鼠红细胞,血清孵育不能增强中华绒螯蟹血细胞的吞噬能力。     

青岛地区贝类产品中诺如病毒的感染和流行初探

从2006年1月至2007年1月，在青岛市内3区5个主要水产品批发市场连续采集贝类样品，其中太平洋牡蛎Crassostreagi gas 208个、毛蚶Scapharca subcrenata 169个、杂色蛤Venerupis variegata 169个，采用RT—PCR方法检测诺如病毒（Novoviruses，NV）的感染，旨在为贝类食品的安全监控提供基础数据资料。研究结果表明，太平洋牡蛎和毛蚶样品中NV检出率分别为10．1％和5．3％，而杂色蛤未检出，NV流行的季节主要是11月至次年3月，感染部位主要分布于贝类的消化道。     

弧菌属细菌及其所致海水养殖动物疾病

弧菌病 (Ｖｉｂｒｉｏｓｉｓ)是由弧菌属细菌 (Ｖｉｂｒｉｏｓｐｐ .)引起的一类细菌性疾病 ,该病在全球范围内广泛发生 ,其暴发性流行不仅给海水养殖鱼类、贝类及甲壳类等经济动物的养殖业造成巨大的经济损失 ,还导致野生的海水鱼类、贝类及甲壳类大量死亡 ,因此 ,对该类疾病的研究一直备受国内外研究工作者的关注 ,是海水养殖动物病害的主要研究领域之一。本文主要介绍病原弧菌所致养殖动物疾病及其流行情况。收稿日期 :2 0 0 0 -0 6-0 5基金项目 :中国科学院九五重点项目资助 (ＫＺ95 2 Ｓ1 415号 )作者简介 :吴后波 ( 1967-) ,男 ,中国…     

秦皇岛城市河流浮游植物初步调查

首次对秦皇岛市中心的护城河和马坊河分别进行了水样采集,对河水中的浮游植物作了初步调查研究。结果表明:护城河两个采样点的浮游植物分别属于硅藻、绿藻、蓝藻、裸藻和隐藻等5门中的12属,优势种群为隐藻;马坊河两个采样点的浮游植物分别属于上述5门中的15属,优势种群为硅藻和绿藻。初步判定两河受到了一定程度的有机物和氮磷等营养物的污染。     

鱼类肠道菌群的研究概况

鱼类肠道存在着正常的细菌群落,这些微生物群为宿主创造生存的微环境,同时宿主也为它们提供生长繁衍的条件,两者相互依赖、相互制约,形成了统一的整体。综述了鱼类肠道菌群的研究意义、肠道菌群的形成、肠道菌群的数量和组成、肠道菌群的作用。肠道菌群的作用主要包括辅助消化作用、肠道菌群的变化和免疫机能的相关性、对外来菌群和寄生虫的作用、提供营养物质等。