饥饿及恢复喂食对花鲈肠道菌群多样性的影响

为了研究饥饿及恢复摄食对花鲈肠道壁及内容物微生物菌群的影响,实验运用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析了花鲈经2周饥饿,恢复喂食1周和恢复喂食2周后肠道壁及其内容物菌群特征及多样性的变化。结果显示:饥饿会导致花鲈肠道壁细菌群落发生明显变化,引起差异的主要细菌为T-RFs 496、437、450、155 bp等所代表菌;经2周饥饿,肠壁T-RF 496 bp大肠杆菌(Escherichia)相对丰度从实验开始的43.11%±3.95%(C0肠壁组)下降为21.25%±9.97%(S2R0肠壁组),细菌多样性指数H′、E′和1/D均增大;恢复喂食2周后,肠道壁菌群结构逐渐恢复,T-RF 496 bp大肠杆菌的相对丰度逐渐上升到55.49%±8.37%(S2R2组),3个多样性指数均减小至原有水平;花鲈肠道壁和内容物的菌群有较大不同,但是两者的主要细菌类群都是变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其中,γ-变形菌纲是花鲈肠道的最主要细菌群。本研究为进一步阐述消化道微生物功能奠定了基础,也为海水鱼类肠道菌群研究提供基础数据。     

人工养殖下达氏鳇幼鱼肠道菌群组成分析

为了解达氏鳇肠道微生物组成特征,采集6尾喂养人工配制饲料4周的达氏鳇后肠内容物分别提取DNA,并利用16S r RNA V3-V4变异区扩增子高通量测序的方法分析达氏鳇幼鱼肠道微生物组成与多样性。结果显示:6个样本共获得541575条有效序列,73个操作分类单元(OTUs)。73个OTUs隶属于7个门,其绝对优势菌群在门、目、科、属分类水平上分别为厚壁菌门(98.253%)、梭菌目(98.216%)、梭菌科(98.137%)、狭义梭菌属(92.892%)。序列注释发现,梭菌属中绝大部分为具有降解糖类为短链脂肪酸功能的Clostridium colicanis。此外,还分布有少量的分节丝状菌(3.99%)、鲸杆菌属(1.22%)等菌群。     

福建与山东、辽宁养殖仿刺参肠道菌群结构的差异分析

该研究基于MiSeq高通量测序技术对大连、烟台、霞浦和莆田地区养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,大连、烟台、霞浦和莆田地区养殖仿刺参肠道测得的分类操作单元(OTUs)分别为455、542、440和242。四个样品菌群的物种丰度和优势菌种存在较大差别,其中莆田池塘养殖的仿刺参的肠道菌群比霞浦海上吊笼养殖高2倍多。烟台的仿刺参的丰富度最高,Simpson/Shannon指数达到4.78。四个产地仿刺参肠道中共检测到317个细菌种属。大连养殖仿刺参肠道的主要优势菌群为Lutibacter(10.13%),属拟杆菌门的黄杆菌科,是一种兼性厌氧菌。烟台养殖仿刺参肠道的主要优势菌群为Haliea(21.34%)和Halioglobus(12.58%)。莆田养殖仿刺参肠道中乳球菌属(Lactococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)所占比例较高。在霞浦养殖仿刺参肠道中Formosa含量最高,占细菌总数的比例为87.06%,其次为乳球菌属(Lactococcus),占细菌总数比例为7.71%。文章利用Miseq高通量测序技术对仿刺参肠道菌群结构进行分析,为今后进一步研究仿刺参肠道菌群与其摄食、消化、免疫等之间的关系提供了新的资料。     

基于镜检和高通量测序技术的铜锈环棱螺胃含物分析

以养殖的铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)为研究对象，采用镜检和高通量测序技术分析其胃含物情况。结果显示：铜锈环棱螺的摄食率为86.87%,其胃含物以浮游植物和碎屑为主，其中胃内主要的食物成分是小球藻(Chlorella)和裸藻(Euglena),后肠中则以隐藻和颤藻为主；铜锈环棱螺胃内微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等23门和盐单胞菌属(Halomonas)、乳球菌属(Lactococcus)、肉杆菌属(Carnobacterium)等88属组成，其中真菌类群主要由子囊菌门、担子菌门等5门和马拉色氏霉菌属(Malassezia)、曲霉菌属(Aspergillus)、被孢霉属(Mortierella)等50属组成。研究结果可为铜锈环棱螺饵料生物学和生态食物网研究提供基础资料，为开展其人工养殖提供基础生物学基础。     

达氏鳇和施氏鲟生长差异群体肠道菌群特征

同塘生长差异常常导致鲟养殖产量受损, 而肠道菌群是影响鱼类生长性能的关键因素之一。为揭示肠道菌群与鲟科鱼类个体生长差异之间的关系, 本研究对同批次繁育、同条件养殖的生长速率差异大于体重 50%的达氏鳇 (Huso dauricus)和施氏鲟(Acipenser schrencki)群体进行了肠道菌群特征研究。结果表明, 达氏鳇和施氏鲟肠道菌群多样性和组成在种属间及生长差异群体间均具有明显差异。其中, 生长快速达氏鳇群体(LH)肠道优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas, 67.0%), 生长慢速达氏鳇群体(SH)肠道优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(29.5%)和狭义梭菌属 1 (Clostridium sensu stricto 1, 54.2%); 而生长快速施氏鲟群体(LA)肠道优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(33.5%)和鲸杆菌属(Cetobacterium, 38.1%), 生长中速施氏鲟群体(MA)肠道优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(42.6%)、狭义梭菌属 1 (14.3%)和鲸杆菌属(33.0%)。鞘氨醇单胞菌属和梭菌科(Clostridiaceae)细菌是不同生长速率鲟肠道中的主要差异类群。综上可知, 鲟科鱼类肠道菌群的多样性和组成具有种属差异性和群体差异性, 鞘氨醇单胞菌属和梭菌科细菌可能是影响鲟科鱼类生长速率的关键细菌类群。     

周期性缺氧应激对花鲈肠道菌群结构的影响

该研究基于Illumina MiSeq高通量测序技术,对周期性缺氧应激下花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群结构的变化进行分析,为研究其幼鱼肠道菌群对环境缺氧的适应机制提供参考依据。结果显示,周期性缺氧导致花鲈肠道菌群多样性和丰富度显著增加(P0.05),群落结构复杂化,缺氧组和常氧组群落组成存在较大差异。缺氧组肠道菌群分类操作单元相比常氧组显著增加(P0.05),其特有操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数达1 003个。门分类水平上,变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为2组肠道菌群的主要组成菌门。与常氧组相比,缺氧组变形菌门相对丰度显著降低(P0.05),而拟杆菌门相对丰度显著升高(P0.05);纲水平上,缺氧组α变形菌纲和芽孢杆菌纲相对丰度显著降低(P0.05),梭菌纲、γ变形菌纲和拟杆菌纲相对丰度显著升高(P0.05)。此外,周期性缺氧应激还引起花鲈肠道内厌氧绳菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科等厌氧或兼性厌氧菌和绿硫菌科等光合产氧菌类相对丰度升高。     

北方吊笼养殖刺参肠道及其养殖环境菌群结构特征及其相关性分析

为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。     

投喂鲍内脏多糖对罗非鱼肠道菌群结构的影响

利用PCR-DGGE和Illumina测序技术研究了罗非鱼(Oreochromisniloticus)肠道菌群结构及饲喂鲍内脏多糖后罗非鱼肠道菌群的动态变化。在罗非鱼肠道中检测到13个门的细菌,其中梭杆菌门(Fusobacteria,77.84%)为优势菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes, 8.59%)、衣原体门(Chlamydiae, 6.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 5.84%)和放线菌门(Actinobacteria, 1.20%)为次优势菌门,还检测到Saccharibacteria等8个菌门和一些未知类群。在属的水平上,优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)、Neochlamydia、邻单胞菌属(Plesiomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),分别占77.84%、5.796%、2.64%和1.13%,还有一个紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的未知属,占8.29%。此外还有分枝杆菌属(Mycobacterium)等6个菌属和一些未知属。投喂添加鲍多糖的饲料对罗非鱼肠道微生物的构成造成了明显影响,饲喂鲍多糖的处理组和饲喂普通饲料的对照组样品分别聚为两大类。投喂添加鲍多糖饲料后,放线菌门、Saccharibacteria、疣微菌门和TM6_Dependentiae的丰度显著下调;在属的水平上,邻单胞菌属、鲸杆菌属的丰度上调;Neochlamydia、不动杆菌属、分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella、假单胞菌属、气单胞菌属、Alpinimonas等属的丰度下调。其中分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella和邻单胞菌属的丰度与对照差异显著(P0.05)。在种水平上,一些潜在致病菌,如鲍曼不动杆菌(Acinetobabacterbaumannii)、龟分枝杆菌(Mycobacteriumabscessus)、Aeromonas sharmana、耐酪酸冢村菌(Tsukamurella tyrosinosolvens)、铜绿色假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等的丰度下调,其中龟分枝杆菌和耐酪酸冢村菌与对照差异显著(P0.05),而鲸杆菌属等有益菌的丰度上调。本研究从肠道微生物的角度来研究鲍内脏多糖对宿主的影响,为海洋生物活性物质的功效评价提供了新思路,也为鲍内脏活性物质的开发利用、益生元的研制等奠定理论基础。     

应用RFLP和DGGE技术分析工厂化养殖凡纳滨对虾肠道微生物群落特征

本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性的覆盖率分析结果表明,所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为97.5%。10月样品中克隆子为8个,其中以不可培养细菌、芽孢杆菌属Bacillus spp.和弧菌属Vibrio spp.为主要优势菌属,其次为Photobacterium spp.和Neptunomonas spp.;所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为90.8%。应用DGGE分析8月和10月对虾肠道样品,菌群以不可培养细菌和弧菌属为主,其次为Streptomyces spp.、Ruegeria spp.、Enterococcus spp.和Photobacterium damselae。     

尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性

为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。     

南移池塘养殖仿刺参肠道菌群结构分析

本文基于MiSeq高通量测序技术对南移福建池塘养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,仿刺参前肠(1 C_1)、中肠(1 C_2)和后肠(1C_3)测得的分类操作单元(OTUs)分别为424、444和414;三组样品的菌群物种丰度没有较大差别,但优势菌种存在较大差异;优势菌群方面,后肠的优势菌群为Haliea属和乳球菌属(Lactococcus)(分别占后肠总菌数的11.97%和10.37%),而前肠和中肠的优势菌群均是乳球菌属和芽孢杆菌属(Bacillus),两者在前肠菌落中的占比分别为27.91%和6.08%,在中肠中的占比分别为33.24%和6.97%。在重复性方面,三组样品的菌落组成都有重叠,重叠率为74.35%,其中前肠与中肠相似度较高,菌株种类有90%以上重叠。本文研究为仿刺参肠道益生菌的开发利用提供基础资料。     

水体中泼洒复合乳杆菌对尼罗罗非鱼养殖池塘环境、肠道和鳃健康的影响

研究在尼罗罗非鱼养殖池塘中添加复合乳杆菌对养殖池塘环境、尼罗罗非鱼肠道和鳃健康的影响,为乳杆菌在尼罗罗非鱼健康养殖中的应用提供基础。在尼罗罗非鱼养殖池塘水体中泼洒复合乳杆菌(对照组:0;实验组:1.0×104 CFU/mL),实验周期为10周。复合乳杆菌的成分为干酪乳杆菌和酸鱼乳杆菌,比例为1:2.2。监测池塘水质指标、罗非鱼肠道和鳃的免疫及抗氧化指标,并运用高通量测序技术(Illumina MiSeq),比较对照组和实验组水体、底泥、尼罗罗非鱼肠道和鳃黏膜共生菌群落结构差异。结果显示,从第7周开始,实验组水体中的硝酸盐含量始终低于对照组,实验组比对照组降低了72.68%、72.00%、26.27%和21.46%;实验组水体中的总氮含量在从第6周开始低于对照组,分别降低了43.39%、44.64%、15.64%、37.57%和34.49%;实验组水样中的总磷含量从第4周开始低于对照组,分别降低了40.91%、33.33%、50.00%、33.33%、17.39%、39.29%和25.71%。与对照组相比,实验组尼罗罗非鱼肠道的碱性磷酸酶(AKP)活性提高了45.04%,实验组尼罗罗非鱼鳃的总超氧化物歧化酶(SOD)和AKP分别提高了58.26%和60.99%。复合乳杆菌的添加对尼罗罗非鱼养殖池塘水体菌群结构影响较大,并未影响池塘底泥的菌群结构,影响了尼罗罗非鱼肠道和鳃的菌群结构,其中条件致病菌不动杆菌属、泛菌属细菌的相对丰度降低,而有益细菌鲸杆菌属的相对丰度增加。因此,在养殖水体中泼洒适当浓度的复合乳杆菌可以改善池塘水质,提高尼罗罗非鱼肠道和鳃的免疫力、抗氧化能力,同时调节养殖水体、尼罗罗非鱼肠道和鳃的菌群结构。     

暗纹东方鲀不同养殖模式下的微生物群落结构

为探究暗纹东方鲀不同养殖模式下的细菌群落结构特征，本实验采用Illumina Miseq 高通量测序方法对传统养殖与立体种养2种模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3-V4)进行测序分析，利用冗余分析(redundancy analysis, RDA)水体菌群与环境因子的关系，典型关联分析(canonical correlation analysis, CCA)肠道菌群与环境因子的关系。结果显示：立体种养模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌群落的丰富度及多样性大于传统养殖模式。立体种养模式下水体及底泥的细菌群落结构与传统养殖模式的较为类似，其中水体的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门。传统养殖模式下肠道的主要优势菌属为红球菌属Rhodococcus，立体种养模式下肠道主要优势菌属为葡萄球菌属Staphylococcus、弓形杆菌属Arcobacter、norank_f_norank_o_Chloroplast、Elizabethkingia和支原体属Mycoplasma。环境因子关联分析结果显示：pH对水体细菌群落具有显著影响。不同养殖模式下水体的优势菌属红球菌属与总悬浮固体(TSS)、总磷(TP)、总氮(TN)、pH和硝酸盐呈正相关。总氨氮(TAN)对暗纹东方鲀肠道细菌群落影响最大，暗纹东方鲀肠道的优势菌属红球菌属、弓形杆菌属与TSS、TP呈正相关；不动杆菌属Acinetobacter、支原体属与TAN、亚硝酸盐、硝酸盐呈正相关；魏斯氏菌属Weissella、葡萄球菌属与TSS、COD、TP、TN、硝酸盐、亚硝酸盐和TAN呈负相关。研究表明，采用立体种养模式可提高养殖系统的细菌多样性，降低病害爆发风险，有助于抑制蓝细菌生长，减小养殖对象的氧化应激损伤。此外，养殖模式能够通过改变水体中氮、磷的含量对水体和暗纹东方鲀肠道的微生物群结构产生一定的影响。     

大黄鱼消化道菌群结构、消化酶和非特异性免疫酶活力分析

为研究大黄鱼(Larimichthys crocea)消化道的菌群结构、消化酶和非特异性免疫酶活力特征，本研究采用高通量测序技术系统分析大黄鱼胃、幽门盲囊和肠道中菌群组成及分布，并对比研究工厂化养殖和网箱养殖模式下的消化道菌群；同时，结合生化分析方法解析2种模式下消化道消化酶和非特异性免疫酶活力特征。结果显示，2种养殖模式下，菌群多样性随消化道延伸呈下降趋势；乳杆菌科(Lactobacillaceae(f))、Fructobacillus、黄杆菌属(Flavobacterium)等代表的菌属为共有优势菌群。其中，拟杆菌属(Bacteroides)和Anaerostipes等的丰度随消化道延伸呈下降趋势，而乳杆菌科、E01_9C_26_marine_group(o)所代表的菌属及黄杆菌属等则相反；普氏菌属(Prevotella_9)、乳杆菌科代表的菌属为2种模式养殖大黄鱼的主要差异菌属。工厂化养殖条件下，幽门盲囊和肠道中的菌群组成及其参与营养和免疫相关代谢通路的基因数目差异不显著(P>0.05)，但与胃部的菌群组成和相关代谢通路基因数目存在明显差异；而网箱养殖大黄鱼胃部与幽门盲囊和肠道的菌群结构及相关代谢通路基因数目差异相对较小。2种养殖模式下的大黄鱼消化道菌群与饲料菌群相近。另外，胃和幽门盲囊也具有非特异性免疫酶活性，说明，整个消化道还具有一定的化学免疫屏障作用。本研究结果将为大黄鱼健康养殖提供基础参考，并为消化道菌群生理功能探讨提供理论依据。     

稻田和池塘两种模式下金边鲤与建鲤肠道菌群 差异分析

利用MiSeq高通量测序技术测定16S rRNA基因序列,分析比较池塘金边鲤、稻田金边鲤、池塘建鲤和稻田建鲤4组鲤鱼肠道菌群的结构组成和丰度差异。试验结果显示,池塘金边鲤组、稻田金边鲤组、池塘建鲤组和稻田建鲤组分别获得了377、250、367和455个运算分类单元,其中运算分类单元聚类分析发现,稻田建鲤组与另外3组差异最大;菌群多样性分析发现,池塘金边鲤组的辛普森指数显著高于其他3组(P0.05),而稻田建鲤组及稻田金边鲤组的香农指数分别为1.56±0.22和2.53±0.82,均高于对应的池塘组,但差异不显著(P0.05);此外,池塘金边鲤组中变形菌门(89.56%)和气单胞菌属(82.68%)在其肠道菌群组成中占有绝对优势(P0.05),而另外3组在门分类水平和属分类水平的菌群结构和相对丰度较为相似,优势菌门均为变形菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,主要优势菌属为鲸杆菌属、气单胞菌属和乳球菌属;京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能预测比较分析发现,各组样品的肠道微生物富集到了多个相同的代谢途径以及部分信号传导、调节和修复机制相关信号通路。本研究结果发现,在稻田和池塘养殖模式下,金边鲤的肠道优势菌群种类、相对丰度以及参与的信号通路与建鲤无显著差异,提示金边鲤与其他鲤鱼一样可适应这两种养殖模式。     

5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较

为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及种间差异,本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼(Larimichthys crocea)、黄姑鱼(Nibea albiflora)、鮸状黄姑鱼(Nibea miichthyoides)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus))的肠道菌群进行了16S rDNA V3-V4区测序。各样本得到unique tags的数目在20351到43347之间,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units),分类注释结果显示,这些OUT隶属33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁的样品均以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群;在属水平上,Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。对养殖石首鱼类的肠道菌群多样性的分析表明,Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼;各种鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁;对不同鱼类间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼,而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼之间的相似度较高。综上所述,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在有自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,证明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。     

南美白对虾肠道细菌菌群分析

对健康养殖南美白对虾胃、肝胰腺、肠道、肌肉中的需氧菌群进行研究。结果表明:胃、肝胰腺、肠道、肌肉中的异氧细菌总菌数分别为5.3×105~6.5×107cfu/g、6.6×105~5.2×106cfu/g、1.4×108~4.5×109cfu/g和1.0×104~1.1×105cfu/g。对从其肠道中分离出来的111株菌株进行属(科)的鉴定。这些菌株分属于13个属(科),发光杆菌属、弧菌属、气单胞菌属、肠杆菌科、黄单胞菌属、土壤杆菌属、芽孢杆菌属、棒状杆菌属、小球菌属、黄杆菌属、产碱杆菌属、假单胞菌属和色杆菌属,还有一株未鉴定的革兰阳性菌。其中优势菌为发光杆菌属、弧菌属,气单胞菌属、肠杆菌科、黄单胞菌属,次优势菌为土壤杆菌属、芽孢杆菌属、棒状杆菌属、小球菌属。     

池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析

为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。     

红鳍东方鲀稚鱼肠道可培养细菌的多样性

使用2216E平板涂布法从肠道样品分离可培养细菌,通过16S r DNA测序鉴定细菌。所有分离的细菌分为变形菌门(包含γ-变形细菌纲和α-变形细菌纲)和厚壁菌门。其中以γ-变形细菌纲为优势(83.3%)。在属的水平,从肠道中共分离出弧菌属、希瓦氏菌属、假交替单胞菌属、亚硫酸杆菌属、芽孢杆菌属、Aliivibrio、发光杆菌属、科尔韦尔氏菌属8个属,其中弧菌属、希瓦氏菌属和假交替单胞菌属的种类占总数的70%。首次发现亚硫酸杆菌属和科尔韦尔氏菌属作为红鳍东方鲀稚鱼肠道菌群的一部分。     

不同养殖模式黄鳝胃肠道微生物群落结构分析

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。