基于SRAP分子标记的特早熟荔枝种质资源遗传多样性分析

以22份特早熟、6份早熟及2份中熟荔枝种质资源为材料,利用SRAP分子标记进行遗传多样性分析,探索特早熟荔枝种质资源的亲缘关系。结果表明：对182对SRAP引物组合进行筛选,获得16对多态性高、条带清晰的SRAP引物组合,共计产生扩增条带182条,其中多态性条带140条,占76.9%。材料间遗传相似系数为0.47~0.99,根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.73处可将30份荔枝样本分成4类,其中第Ⅰ类20份,占66.7%,包括绝大多数特早熟荔枝资源;第Ⅱ类4份,占13.3%,包括‘妃子笑’与部分杂交早熟资源;第Ⅲ类和第Ⅳ类各3份,分别占10%。以上研究结果为特早熟荔枝种质资源发掘、评价及新品种培育提供理论参考。     

文心兰种质遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记分析文心兰部分种质资源的遗传多样性，采用30对引物组合对33份文心兰种质进行扩增，从中筛选出19个多态性较高的引物组合，共产生277条多态性条带，平均每个引物组合产生14.6个多态性条带，相似系数在0.280～0.927。通过聚类分析发现，在值为0.37时，可将33份文心兰种质划分为4大类群。第Ⅰ类厚叶大花品种，第Ⅱ类为厚叶小花品种，第Ⅲ、第Ⅳ类均为类薄叶品种。 结果表明，文心兰种质的聚类与其遗传背景有很大的关系。     

菠萝蜜种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记技术，对46份菠萝蜜种质资源进行遗传多样性研究。结果表明：20对SRAP引物组合共扩增出257条带，其中多态性条带194条，多态位点比率为75.5％，平均每对引物扩增条带数和多态性条带数分别为12.9条和9.7条。Shannon 遗传多样性指数I为0.365 7，Nei’s基因多样性指数H为0.241 4，表明供试样品遗传多样性不丰富。46份菠萝蜜种质间的遗传相似系数在0.674 8～0.975 5之间，平均为0.775 8，说明种质资源的亲缘关系较近。通过UPGMA构建树状图，当相似系数为0.771 0时，菠萝蜜种质资源可分为6个类群，我国的种质资源和东南亚来源的种质相对分开聚类，来源地相同或较近的种质表现出了较为亲密的亲缘关系。     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析

采用SRAP（sequence related amplified polymorphism）技术对154份国兰（杂交兰）种质资源的亲缘关系进行分析。从168对SRAP引物中筛选出16对条带多、带型清晰、多态性强的引物组合对所有样品进行扩增,共获得874条带,其中多态性条带857条,多态性比率为98.1%,平均每对引物每个样品产生5.74条带。UPGMA聚类分析表明:Me6-Em3引物能较好地揭示154份国兰种质间的遗传多样性与亲缘关系,在遗传相似系数0.818处将它们分为8个类群,遗传相似系数变化范围为0.772~1.000。此外,发现引物Me8-Em4、Me11-Em2和Me12-Em11可以较可靠地联合鉴定建兰。该研究结果可为国兰种质资源利用及杂种后代鉴定提供参考。     

利用SRAP标记分析油莎豆遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对14份不同地理来源的油莎豆资源进行分析,研究其遗传基础和遗传多样性.结果表明,38对具有多态性的SRAP引物组合共扩增出375条带,其中多态性带共306条,多态性条带比率为81.6％,平均每对引物组合的多态性条带为8.1条.UPGMA聚类分析表明,14个参试材料间的遗传距离在0.09至0.72...     

18份杨梅种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记技术对18份来自福建和浙江的杨梅种质资源进行遗传多样性分析。从56对引物组合中筛选出8对多态性较好、扩增清晰的引物组合，共扩增出 89个谱带，其中43个多态性谱带，多态性百分率48.6％。采用NTSYS-PC2.0分析软件对统计数据进行聚类分析，在结合距离0.820处可将18份杨梅种质资源划分为3大类；其中15份福建杨梅资源的亲缘关系与地理来源相关性不甚明显，多数来源相同的种质资源遗传关系近，但15份福建杨梅资源可与3份浙江杨梅资源依地理来源进行区分。同时检测到1条浮宫1号的特异条带，可作     

22份余甘子核心种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记检测资源圃中保存的代表南方湿润分布区(福建、广东、广西)的22份余甘子种质材料遗传多样性。结果表明:8对SRAP引物组合共产生167条扩增带,其中135条为多态性条带。多态性条带比率为68.8%~90.0%,平均为80.8%。分析计算余甘子种质间的遗传相似度(GS),22份材料GS的范围为0.641~0.964。UPGMA法聚类分析结果表明,22份种质可分为两大类,其中福建地区15份余甘子间的遗传相似系数为0.641~0.964,广东地区5份余甘子的遗传相似系数为0.707~0.952。此研究结果表明,余甘子基因型具有丰富的遗传多样性,SRAP技术可有效运用于余甘子资源的遗传多样性分析。     

基于SRAP分子标记的13份贵州芒果种质资源遗传多样性分析

探索贵州芒果种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为芒果种质资源的鉴定、创新与利用提供理论依据。利用SRAP标记对13份芒果种质资源进行遗传多样性分析。对108对引物组合进行筛选,其中有17对引物扩增的条带多且多态性好。17对引物共产生扩增带161条,多态性条带为133条,多态性比率为82.61%,显示较高的遗传多态性。遗传相似系数在0.602～0.820,其中桂热芒10号与攀西红芒的相似系数最大,而桂热芒82号和红象牙芒两者之间的相似系数最小。UPGMA聚类分析结果显示,Mi-8与桂热芒82号的亲缘关系较近,Mi-9与红芒6号的亲缘关系较近,野生种质资源Mi-5与串芒、桂热芒10号和攀西红芒的亲缘关系较近,野生种质资源Mi-6与凯特芒和金煌芒的亲缘关系较近。以上研究结果说明SRAP技术能用于贵州芒果种质资源遗传多样性分析,也表明了贵州地区芒果种质资源遗传背景的复杂性。     

结缕草属植物种质资源遗传变异研究

利用SRAP标记技术研究45份结缕草属植物的遗传变异情况。从100对引物中筛选出13对扩增带型清晰、多态性较好的引物对其进行扩增,共扩增出113条条带,平均每对引物扩增出8.69条条带,多态性条带数为96条,多态性条带所占比例为84.16%,遗传相似性范围为0.54~0.96,平均为0.75。基于UPMAG(unweighted pair-group method with arithmetic means)法,在遗传相似性系数为0.74时,可将45份结缕草属种质分为4个类群,生态地理条件相似的种质优先聚在一起。本研究结果说明结缕草属植物种质间遗传变异比较广泛,为结缕草属植物种质资源的开发利用及新品种选育奠定了良好基础。     

基于SRAP的辣木种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

为探讨辣木（Moringa spp.）种质资源间的遗传关系,采用相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism, SRAP）分子标记方法对18份辣木种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从170对引物中筛选出13对多态性较高的引物组合,共扩增出104条清晰稳定的条带,平均多态性条带百分率达62.50%。遗传多样性参数分别为等位基因数（Na）为1.6250,有效等位基因数（Ne）为1.4777,基因多样性指数（H）为0.2632,香农信息指数（I）为0.3797,说明18份辣木种质资源间有较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,18份辣木种质资在遗传相似系数0.732水平上,可分了3个群,来自非洲卢旺达的狭瓣辣木[M. stenopetala (Baker f.) Cufod.]具有较远的亲缘关系,单独聚类为一个类群Ⅲ;其余样品则分别聚类为类群Ⅰ和类群Ⅱ,类群Ⅰ共11份材料,主要为来源于印度的多油辣木（M. oleifera Lam.）及其改良种‘PKM1’和‘PKM2’,类群Ⅱ共6份材料,主要为来源于我国云南和海南的多油辣木及其改良种‘PKM1’和’PKM2’。SRAP标记反映了辣木种质资源间的遗传关系,本研究结果为辣木杂交育种的亲本选择提供了科学基础。     

SCoT标记分析陕西茶树资源的遗传多样性

选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条SCo T引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究。结果表明,SCo T标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4~17个等位位点,平均为11个,38条SCo T引物共扩增出414条DNA片段,其中400条具有多态性,多态性比率(PPB)为96.62%。每个SCo T位点的遗传多态性信息含量在0.56~0.99之间,平均为0.90。供试材料的遗传相似系数集中在0.59~0.71之间。研究表明,SCo T标记可以用来对茶树进行遗传基础研究,基于SCo T标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性较高。     

乌龙茶种质资源种群遗传多样性AFLP评价

以银染法AFLP分子标记技术用5对引物组合对来自福建武夷山市、安溪县、台湾省和广东潮安县45份乌龙茶品种资源进行遗传多样性分析。结果表明,5对引物扩增出208条多态性条带,多态性为92.03%;最大遗传距离为0.481,最小遗传距离为0.124,种质资源间遗传多样性估值较高,达0.311。按照地理分布分组分析表明,种群内遗传多样性以武夷山最高,其次为安溪乌龙茶种质资源,以台湾的乌龙茶种质资源遗传多样性最小;种群间遗传相似性,以武夷山与安溪种群间最高,达0.9505,以台湾和潮安县类型间的相似性最低,相似性系数为0.77。构建的种间和种群间进化树表明,可将45份乌龙茶品种划分为二大类型,福建类型和广东潮安类型。结合种群间相似系数,提出乌龙茶种质资源与其加工工艺的演化路径是一致的,也是由武夷山向安溪再向台湾传播。     

海南龙血树种质遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对96份海南龙血树种质的遗传多样性进行研究。从100个ISSR引物中筛选出10个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出134条谱带,平均每个引物能扩增出13.4条带,多态性条带比率达99.25%。材料间遗传相似系数为0.589 6～0.985 1,POPGENE结果分析表明,平均Shannon信息指数(I)为0.370 2,平均Nei’s基因多样性(H)为0.232 1,每位点平均有效等位基因(NE)为1.369 2。用UPGMA法将96份海南龙血树种质分为4大类。     

基于DNA条形码和SRAP的太子参种质遗传多样性分析

应用DNA条形码和SRAP分子标记技术,开展15份太子参种质资源遗传差异分析。太子参DNA条形码显示：ITS1序列的突变位点占比最多为2.16%,rbcL6序列的突变位点占比最少为1.23%;psbA-trnH序列缺失位点占比最多为4.88%;ITS1序列的GC含量最高,达55.52%;psbA-trnH序列的GC含量最低,仅为24.71%。太子参SRAP标记筛选出9对引物,扩增出215个位点,其中42个为多态性位点,多态性位点百分率（PPL）为19.53%;从扩增位点总数看,多态性条带丰富、清晰,既有共同位点又有特异性位点;7个居群Nei’s遗传多样性指数（H）范围为0.3466~0.4985,Shannon信息指数（I）范围为0.5301~0.6917,显示出较高的遗传多样性水平,太子参种群基因多样性（H_t）为0.4004,其中种群内基因多样性（H_s）和遗传分化系数（G_st）分别为0.0901、0.3103,分别占H_t的77.50%、22.50%。种源间G_st为0.7506,即有75.06%的遗传变异存在于种源间,24.94%的遗传变异存在于种源内,表明太子参种源间遗传变异大于种源内遗传变异,存在较低程度的遗传分化。太子参种源的平均基因流（N_m）为0.1929,表明太子参各种源之间的基因交流顺利。15份太子参种质间的K2P遗传距离范围为0.0005~0.0056,而遗传相似系数在0.3913~0.8695之间,遗传相似系数在0.5900时,可将15份种质分为3个类群,其中杂交种质为独立类型。15份不同种质太子参DNA条形码和SRAP分子标记的遗传距离、遗传相似系数及聚类分析结果相近,以这2种方法相结合,能更准确有效鉴定太子参种质,这对太子参种质资源的利用及杂交新品种的选育具有重要意义。     

利用SRAP分子标记分析47份杂草稻样品遗传多样性

 利用SRAP分子标记分析了采集于杂草稻多发地区的47份样本的遗传多样性,旨在从基因的开放式阅读框区域（ORFs）深入研究杂草稻的遗传背景,为进一步揭示其来源提供依据。结果表明,参试的我国杂草稻材料在110对引物组合中共扩增出845种类型的谱带,多态性谱带590种,多态率为6982%,平均每对引物可以检测到54条多态性谱带。说明SRAP分子标记对于杂草稻基因组开放式阅读框区域序列的多态性具有很高的检测效率,适用于遗传多样性研究。我国杂草稻材料Shannon Weaver多样性指数（I）为063,且南北方杂草稻多样性指数（I）相当,分别为063和062。聚类分析结果表明,南方收集的杂草稻与北方收集杂草稻群体间遗传分化较大,遗传差异明显。程氏指数判定结果也表明杂草稻呈南籼北粳的分布状态。     

利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记 在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在 79.31%~100%,平均为 93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I） 和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于 SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类 分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在79.31%~100%,平均93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

大豆抗旱种质资源遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对45个不同抗旱程度的大豆种质进行遗传多样性分析.从115条随机引物筛选出10条重复性好、扩增条带清晰的引物,然后对45个品种基因组DNA进行扩增,结果共扩增出86条片段,其中同源片段17条,占带总数的19.8%,多态性片段69条,占片段总数的80.2%,平均每条引物扩增出多态性片段6.9条,大部分片段介于200～2000 bp之间.利用NTSYS-Pc软件计算品种间遗传相似系数(GS)和遗传距离(GD),45个品种之间的遗传相似系数介于0.3818～0.9038之间.在GD=0.38处,将45份抗旱性不同的大豆品种分成3大类,第一类有40个品种,占品种总数的90%,第二类包含2个品种,分别是低抗旱的6178和不抗旱的大白眉,第三类有3个品种,分别是不抗旱的Fayette、牛毛黄和90～1105.在GD=0.29处,第一大类群又按照抗旱性的高低分别聚成高抗旱、中抗旱、低抗旱、不抗旱等10个亚类群.聚类结果反映出品种间关系与地理起源、表型形态等具有一定的相关性.