利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记 在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在 79.31%~100%,平均为 93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I） 和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于 SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类 分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在79.31%~100%,平均93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

中国西藏芥菜型油菜遗传多样性研究

利用8对SRAP (sequence－related amplified polymorphism) 引物,结合20个表型性状对73份中国西藏及35份包含中国西南地区、西北地区和印度的芥菜型油菜进行了遗传多样性分析。8对SRAP引物共扩增出139个带谱,34个多态性条带,多态性带的比例为24.5%;SRAP分子标记结果的聚类分析将材料分为4个大类,材料按地区聚集现象明显;中国西藏地区材料的遗传多样性指数最高。对西藏材料的8个重要表型性状的变异程度分析显示,变异系数最高的性状为全株角果数,达41.29%。表型性状聚类结果表明除中国西北材料外,其它材料按地区聚集现象明显。综合分子标记和表型性状分析结果表明,中国西藏芥菜型油菜具有丰富的遗传多样性,其程度与地理环境和气候条件有十分重要的关系。不同地区芥菜型油菜遗传多样性程度从大到小依次为：中国西藏、中国西南地区、中国西北地区、印度。       

我国常规稻主栽品种的遗传变异分析

 采用40个SSR标记,分析了329份我国近50年来常规稻主栽品种的遗传变异。结果显示,39个SSR标记具有多态性,在多态性位点共检测到223个等位基因,每个位点2～11个,平均57个;平均Nei基因多样性指数（He）为0632。籼粳亚种间的SSR变异差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 54,He = 0440）均高于粳稻品种（Na = 44,He = 0397）。Nei遗传相似系数表明总体样本具有较小的遗传相似度（I = 0366）,而骨干亲本具有较高的遗传相似度（籼:I = 0590;粳:I = 0590）。这导致了籼粳亚种内较高的遗传一致性（籼:I = 0558;粳:I = 0600）。早、中、晚稻各类型遗传相似度差异明显,晚籼和早粳类型具有较高的遗传变异。籼粳稻品种尤其是粳稻的聚类结果显示出较强的季节型和地域特征。这些均提示育种家应选择更广泛的亲本源以拓宽选育品种的遗传基础。     

47份菠萝种质遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记对来自9个不同国家或区域47份菠萝种质的遗传多样性进行分析，结果表明，RAPD标记在菠萝种质中具有较好的多态性，引物多态性条带百分比平均达到82.26％，引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）和多态性信息含量（PIC）表现都较好，其平均值分别为1.46、0.26、0.39和0.24。基于RAPD分子检测数据对菠萝种质进行聚类分析，在GS=0.66水平上，47份菠萝种质被划分为4大类群。菠萝种质的主成分分析获得了与聚类分析基本一致的结论。     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

姬松茸种质资源多样性SRAP分析

对从国内收集的16个姬松茸菌株的基因组DNA进行SRAP分析,4对引物共获得31条明显的多态性扩增条带,其中多态性位点数为30,多态性位点百分比为96.77％;平均等位基因位点数为1.967 7,平均有效等位基因位点数为1.408 6,物种水平上Nei's基因多样度指数为0.246 8,Shannon遗传多样性指数为0.384 0。采用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示不同姬松茸菌株间的遗传背景呈现一定的差异性,产地差异性大,种内差异性小;在相似系数约为0.7的水平上,16个菌株可以分为4大类。SRAP分子标记适合姬松茸的DNA遗传多样性分析,可以作为姬松茸菌种鉴定的依据之一。     

花生序列相关扩增多态性(SRAP)标记的研究

研究了分属3个市场型的10个中国花生栽培种的序列相关扩增多态性（SRAP）。结果表明，SARP技术可以揭示花生栽培种的遗传差异。在所试验的51对SRAP引物中，2对只获得了单态性条带，其余49对总共产生了1087条带，其中503条（46．27％）为多态性带，每对引物组合平均获得22．18条总带、10．26条多态性带。在这49对引物组合中，总带数和多态性条带的数目分别为7～63和2～32条。 10个花生栽培种间的简单匹配相似系数为0．7712～0．9250不等，根据SRAP指纹图谱进行聚类分析可将这10个品种分为4类。另外一项采用作图亲本24-3和B4的研究中，40对SRAP引物共计获得了160条多态性带。本研究为花生品种鉴定和遗传研究提供了新的DNA分子标记技术手段。     

海南石斛属植物亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对海南9种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。从30对SRAP引物中筛选获得18对多态性引物,对石斛属9个种的基因组DNA进行扩增。共获得285条多态性条带,平均每个引物产生15．8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0．179～0．636,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。根据SRAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析。将石斛属的9个种分为4类。结果表明：密花石斛和华石斛之间的亲缘关系最近,美花石斛和海南石斛之间亲缘关系最远;同时也说明海南省内分布的石斛具有丰富的遗传多样性,SRAP标记技术很好地从分子水平上揭示了石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。     

木薯种质资源的遗传多样性分析与评价

采用SRAP分子标记对134份木薯种质资源进行的遗传多样性分析,36对多态性引物对全部材料进行扩增,共获得348个稳定的谱带,其中多态性谱带306条(占87.9%),平均每对引物扩增条带数和多态性带数分别为9.7个和8.5个。应用Nei’s相似系数法估算了134份材料间的相似系数为0.536～0.971,说明木薯种质资源间的遗传基础一般。聚类分析将全部材料划分为8个组群,结合PCA分析说明,分组群体构成与其品系的地理来源具有一般相关性。平均遗传多样性指数为0.4630,各个组内存在差异,以第1、5组较高,分别由我国的自育品种和来自南美洲的品系构成。研究结果较全面反映了中国现有木薯种质资源遗传多样性特点,为我国进一步引进木薯优良资源,以及优异木薯基因资源挖掘和育种利用提供了理论借鉴。     

芥蓝种质资源遗传多样性的SRAP分析

调查56份芥蓝种质的植物学性状,并利用SRAP标记分析其遗传多样性。结果表明,从312对引物中筛选出24对引物,共扩增出稳定清晰的条带747条,其中多态性条带147条,多态性位点比例为19.6%。基于SRAP扩增结果 ,应用NTSYSpc2.1构建聚类树状图谱,供试材料间的遗传相似系数的变化范围是0.524～0.884,在相似系数为0.66的水平上,可将56份芥蓝分为6大类。由于芥蓝原产华南地区,其遗传多样性要小于芸薹属其它蔬菜。     

Evaluation of Population Structure,Genetic Diversity and Origin of Northeast Asia Weedy Rice Based on Simple Sequence Repeat Markers

Weedy rice exerts a severe impact on rice production by competing for sunlight, water and nutrients. This study assayed the population structure, genetic diversity and origin of Northeast Asia weedy rice by using 48 simple sequence repeat markers. The results showed that weedy rice in Northeast Asia had a high genetic diversity, with Shannon's diversity index(I) of 0.748 and the heterozygosity(He) of 0.434. In each regional population, I value varied widely. The widest range of I(0.228–0.489) was observed in the weedy rice of Eastern China, which was larger than that of Northeast China and Korea(0.168–0.270). The F-statistics of regional populations(Fis, Fit and Fst) also showed higher values in the weedy rice of Eastern China than those of Northeast China and Korea. All weedy rice accessions were grouped into two clusters in the unweighted pair group method with arithmetic mean cluster analysis dendrogram, namely Eastern China branch and Northeastern China plus Korea branch. There was significant differentiation in genetic characteristics in weedy rice of northeastern and eastern Asia, especially in Eastern China.     

武夷岩茶种质资源遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

本研究利用SRAP-PCR反应体系,从88对SRAP引物组合中筛选出43对引物组合,对武夷岩茶主要的30份种质资源进行SRAP分析,共扩增出385条带,其中具有多态性的有236条带,占总数的61.30%,表明30份武夷岩茶种质呈现一定的遗传多样性。武夷岩茶种质资源间遗传距离变幅在0.31~0.98之间,平均为0.63,基于SRAP标记利用系统聚类法把武夷岩茶分为三大类,为武夷岩茶遗传研究、品种选育与资源保护提供参考。     

Genetic Diversity and Relationship of Weedy Rice in Taizhou City, Jiangsu Province, China

Microsatellite markers and morphological charactedstics were used to explore the genetic diversity and possible origin of weedy dce in Taizhou City, Jiangsu Province, China. Fifty-two weedy rice (Oryza sativa L.) accessions were compared with two wild rice, four hybdd rice and five cultivars using 22 simple sequence repeat (SSR) primer pairs. A total of 107 fragments were amplified, averaging 5.6 alleles per primer pair. The polymorphic index content (PIC) values ranged from 0.3077 to 0.7951, averaging at 0.5870. The average genetic distance of all samples ranged from 0.02 to 0.46 with an average of 0.262. The genetic distance among Taizhou weedy rice ranged from 0.03 to 0.44 with an average of 0.224. Cluster analysis showed that all the weedy rice accessions from Taizhou City were indica, and could be subdivided into different genotypes. The majority (86%) of weedy rice was most closely related to hybrid rice. The Taizhou weedy dce accessions were morphologically similar, but still could be delineated into indica or japonica group by some morphological traits. it is suggested that the levels of genetic and morphological diversities of weedy rice in Taizhou City are low and these weedy rice plants originated from the segregating progenies of hybrid rice that had naturally introgressed with cultivated rice.     

基于SSR标记的海南栽培槟榔遗传多样性分析

槟榔是海南重要的热带特色经济作物,具有很高的药用价值,被列为“四大南药”之首。但其基础研究落后,缺乏对种质资源的系统研究,遗传多样性尚不明确。利用SSR分子标记技术对海南岛58份栽培槟榔资源进行遗传多样性分析,旨在明确槟榔栽培种的亲缘关系,为槟榔杂交育种、功能基因的挖掘提供理论依据。结果表明：从500对SSR引物中筛选出32对多态性好、条带清晰的引物,在58份种质资源中共检测到79个等位基因,每个SSR位点2~5个,平均2.4688个,其中有效等位变异占观测等位变异的58.92%。各引物PIC值变幅为0.0169~0.5969,平均值为0.2254,Shannon信息指数（I）为0.0496~1.2552,平均值为0.4496;Nei’s遗传多样性指数（Nei）变幅为0.0171~0.6492,平均值为0.2596,说明所选SSR引物在供试样品中检测等位基因遗传多样性偏低。利用UPGMA构建58份栽培槟榔的遗传聚类树状图,第V组材料遗传多样性最丰富,其他分组群体遗传多样性较低,聚类结果说明海南栽培槟榔品种无明显的区域划分,表明海南槟榔不同地区间的种苗交流频繁,总体遗传多样性水平较低,该研究为槟榔遗传育种亲本选择提供依据,也为今后引进种质增补差异资源提供参考。     

中国栽培稻等位酶的遗传结构及地理分布

对我国6330份栽培稻品种进行了5种等位酶12个位点的遗传结构分析,共检测到53个等位基因,平均等位基因数为4.41,多样性指数值为0.269,表明中国栽培稻具有丰富的等位酶遗传多样性。地方农家品种和现代育成品种遗传多样性指数差异不大,但现代育成品种等位基因较少,共有13个稀有等位基因仅存在于地方农家品种中。比较我国六大生态稻区的等位酶分布,发现西南稻区的等位酶基因最为丰富,为我国稻种资源的多样性中心,但华北和华中稻区在某些等位酶基因上的多样性以及某些稀有等位基因的存在暗示着淮河流域和长江流域可能与栽培稻的起源有关。利用等位基因聚类分析基本可以把地方农家品种分成两大类,分别是籼稻和粳稻,籼稻的遗传多样性大于粳稻。籼粳稻在等位酶位点上的差异不仅表现为单个等位基因形式和频率的不同,还表现为多位点非随机组合的遗传差异。     

杂草稻资源表型多样性分析及综合评价研究

杂草稻是生长形态与栽培稻相似,而稻米质量、落粒性和休眠性等性状不符合栽培稻生产需求的一类杂草。江苏省是我国杂草稻危害最严重的省份之一,大量研究主要集中在杂草稻的起源、性状和防控,杂草稻群体作为种质资源用于栽培稻品种改良尚无系统研究。丰富的遗传多样性和优良种质资源是栽培稻育种以及品种改良中最重要的物质基础,本研究收集21个江苏省不同地区的杂草稻群体、6个栽培稻品种和2个杂草稻对照群体为材料,通过在海南同质园种植,测定18个表型性状,分析其性状的多样性,并进行相关性分析、主成分分析、聚类分析和综合评价研究。结果表明：杂草稻的齐穗期和齐花期均明显早于栽培稻,杂草稻的实粒数和总粒数均较优于栽培稻,杂草稻资源群体表型性状变异系数为2.99%~196.29%,多样性指数为0.27~2.06,多样性指数最高的是结实率,其次为实粒数、剑叶长/宽和总粒数。相关性分析表明,18个表型性状之间大部分存在显著或极显著相关,始穗期和始花期与株高、穗长、剑叶长宽比、总粒数、实粒数、千粒重、分蘖数间均呈极显著正相关,千粒重与穗长、剑叶长宽比、分蘖数、始穗期、始花期呈极显著正相关。主成分分析将18个表型性状集中在累计贡献率为70.57%的6个主成份,其中正相关影响最大的性状是杂草稻的始穗期、始花期、齐穗期、齐花期、总粒数、实粒数等性状。聚类分析将23个杂草稻群体在欧式距离为5时分为5大类。18个指标综合评价D值>0.68的有3个群体,其中,来自南通如皋WJ-NJ1的D值最高（0.715）,其次是来自常州金坛WJ-CZ1（0.698）和盐城市辖区WJ-YC2（0.682）。本研究为杂草稻种质资源在未来的辅助育种以及栽培稻品种改良等方面提供了重要的理论依据。