蓝塘猪和大白猪消减cDNA文库与差异基因分析

 【目的】寻找肉质性状候选优势表达基因,研究猪肉质优良性状的遗传基础和分子机制。【方法】利用抑制性消减杂交技术构建蓝塘猪和大白猪肌肉组织差异表达的消减cDNA文库,利用实时荧光定量PCR法研究基因的差异表达。【结果】获得61个有效克隆。对整个文库进行测序分析,获得47条有效序列。用BLAST在线软件与GenBank 和GenBank EST等数据库进行同源序列比较,发现其中有2条未知序列。对文库中所包含的MYL1、LDHA、KPNA3、TPM3、HUMMLC2B、GNTN和Oaz等基因进行了实时荧光定量PCR检测,结果显示MYL1、LDHA、KPNA3、TPM3和HUMMLC2B这5个基因在蓝塘猪肌肉组织的表达量显著高于大白猪（P＜0.05）;GNTN和Oaz基因在大白猪肌肉组织中的表达量显著高于蓝塘猪（P＜0.05）。【结论】很多EST与肉质有关的重要基因具有很高的同源性,这些基因在蓝塘猪和大白猪中表达差异显著（P＜0.05）。     

不同品种猪PBD-119基因的克隆与差异表达研究

为获得猪β防御素-119(PBD-119)基因mRNA序列以及在不同品种猪体内组织表达量模式,该试验以民猪、大白猪和野杂猪为试验动物,采用RT-PCR方法扩增PBD-119基因mRNA并进行生物信息学分析,利用qRT-PCR的方法检测该基因在不同品种猪组织中的差异表达情况。RT-PCR扩增结果表明:在3个群体猪3种类型组织(肝脏,脾脏和血液)中均能扩增出特异性片段,测序结果显示片段长度为408bp,通过对PBD-119基因序列的比对分析,该基因在第263位碱基上存在多肽位点的改变(C263T),并在第53氨基酸位点发生改变,由脯氨酸变为丝氨酸(P-S),但并不影响二硫键结构;进化树分析表明,猪与人、倭黑猩猩和马的亲缘关系较近,与羊驼和双峰驼亲缘关系较远。qRT-PCR结果显示,PBD-119基因在3个品种猪的各组织中均有表达,且表达存在差异,以品种为研究对象比较相同组织的差异表达,PBD-119基因在肝脏中的表达为野杂猪民猪大白猪,在脾脏中表达为大白猪民猪野杂猪,而在血液中的表达为民猪野杂猪大白猪;以相同品种为目标,考察不同组织间PBD-119基因差异表达,结果发现大白猪不同于民猪和野杂猪在肝脏、脾脏和血液中的表达,表现为脾脏最高,其次为肝脏、血液,而民猪和野杂猪的表达为肝脏和血液中较高,脾脏最低。该试验结果为进一步探究PBD-119基因的生物学功能及免疫防御相关的候选基因提供基础依据。     

蓝塘猪和长白猪leptin和leptin受体基因表达的变化

用实时荧光定量PCR方法研究了蓝塘猪和长白猪1、27、90、150和180日龄阶段脂肪组织中leptin基因mRNA和下丘脑中leptin受体基因mRNA的变化,并对2个品种不同生长阶段血液中leptin含量的变化规律进行了探讨。结果表明:(1)蓝塘猪180日龄时皮下脂肪中leptin基因表达量显著高于其它各阶段,而与长白猪相比,蓝塘猪除1日龄低于长白猪外,其它各个阶段均高于长白猪,180日龄两者差异极显著;长白猪各阶段间差异不显著;(2)蓝塘猪180日龄时下丘脑中leptin受体基因的表达量显著高于其它各阶段,长白猪180日龄时最高,且显著高于1日龄和27日龄,蓝塘猪与长白猪1日龄时差异显著;(3)蓝塘猪血清中leptin浓度各阶段均高于长白猪,两品种均是150日龄时最高,蓝塘猪150日龄显著高于27日龄和180日龄,长白猪各阶段差异不显著。     

用RAPD方法分析六个品种猪的亲缘关系

用１４０个１０碱基随机引物对外来猪种杜洛克猪、斯格猪、长白猪、大约克夏猪及地方猪种蓝塘猪、大花白猪的基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ分析，其中２３个引物无扩增产物，６６个引物的扩增产物表现为多态，５１个引物的扩增产物表现为单态，扩增产物的电泳条带数在１～１１条之间，平均为４２条。从相似系数及聚类分析结果可以看出，斯格猪与长白猪、蓝塘猪与大花白猪的相似系数较高，亲缘关系也较近，而２个地方猪种与４个外来猪种之间则相应地较低、较远；在４个外来猪种中，除杜洛克猪外，另３个外来猪种又因曾直接或间接地引用过中国地方猪种作为育种素材，因而表现出与地方猪种相对较近的亲缘关系。     

猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性分析

为探究猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性,在DNA水平上对藏猪、大白猪ARID5B(AT-rich interaction domain 5B)基因5′侧翼区进行了单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选;在mRNA水平上对两猪种的肝脏、背脂和背最长肌组织中的ARID5B基因表达量进行了RT-qPCR检测;并对两猪种的背膘厚和背最长肌组织中IMF(Intramuscular fat)含量进行测定。结果表明:在ARID5B基因5’侧翼区,存在T-2 216C和In-2 029Del缺失2个连锁突变位点,藏猪与大白猪呈极显著差异(P0.01);在相同组织不同品种间,ARID5B基因在肝脏、背脂和背最长肌中mRNA相对表达量趋势完全一致,且藏猪ARID5B基因表达量均极显著低于大白猪(P0.01);藏猪背膘厚和IMF含量均极显著高于大白猪(P0.01);经DNA、mRNA水平、背膘厚和IMF含量相关性分析发现,ARID5B基因mRNA相对表达量与背膘厚和IMF含量呈显著负相关(P0.05)。     

不同类型猪小肠组织差异EST的鉴定及其SNPs分析

采用DDRT-PCR技术,对中国地方猪种和杜长大（大白×长白×杜洛克）猪的小肠组织进行差异EST分析。试验提取了地方猪和杜长大猪小肠组织的总mRNA,反转录成cDNA,利用3条锚定引物和6条随机引物组成18个引物对其进行PCR扩增,对特异性差异条带进行测序分析和鉴定其EST;针对EST序列特征,在不同产脂能力猪种中开展SNPs分析。结果表明,18个引物对共得到180多条EST序列,其中地方猪种个体间差异EST为6条,杜长大猪个体间差异EST为12条,地方猪与杜长大猪间差异EST为8条。选取具有代表性的3条种群间差异EST进行序列研究,结果显示,G24-300在种群之间的表达量存在明显的差异,是在杜长大猪群中高表达的EST;G01-360具有丰富的SNPs,并且其基因频率分布在不同类型猪群中存在明显的差异。     

中外猪种CRYAB基因的SNP分析

采用RT-PCR的方法对蓝塘猪、大花白猪、杜洛克猪、大白猪、长白猪5个中外猪种CRYAB基因的4个SNP进行分型,统计了各SNP的基因型频率和基因频率.结果表明,4个SNP位点在不同猪种中的基因型频率和基因频率具有不同程度的差异,其中308、1663位点SNP在蓝塘、大花白这2个中国地方猪种中,基因频率呈现极端分布,为猪CRYAB基因功能的进一步研究提供理论基础.     

MEF2a基因在肌肉组织中的表达研究

分别取90日龄、180日龄和270日龄大白猪心肌、背肌和腿肌,提取总RNA,设计并合成猪MEF2a引物,以β肌动蛋白作为内参,利用Real-time PCR方法检测不同日龄大白猪肌肉组织中MEF2a基因mRNA的表达.结果表明,不同日龄大白猪的心肌和背肌中,MEF2a基因mRNA的表达水平无显著差异,在腿肌中有显著差异(P<0.05).从90日龄到270日龄,MEF2a基因在心肌、背肌和腿肌的表达水平均差异显著(P<0.05),腿肌最高,其次是背肌,心肌最低.据此推测,MEF2a基因在猪成体后的肌肉组织中,主要是促进I型肌纤维的生成,而不再是介导细胞分化.     

不同类型猪小肠组织差异EST的鉴定及其SNPs分析

采用DDRT-PCR技术,对中国地方猪种和杜长大(大白×长白×杜洛克)猪的小肠组织进行差异EST分析。试验提取了地方猪和杜长大猪小肠组织的总mRNA,反转录成cDNA,利用3条锚定引物和6条随机引物组成18个引物对其进行PCR扩增,对特异性差异条带进行测序分析和鉴定其EST;针对EST序列特征,在不同产脂能力猪种中开展SNPs分析。结果表明,18个引物对共得到180多条EST序列,其中地方猪种个体间差异EST为6条,杜长大猪个体间差异EST为12条,地方猪与杜长大猪间差异EST为8条。选取具有代表性的3条种群间差异EST进行序列研究,结果显示,G24-300在种群之间的表达量存在明显的差异,是在杜长大猪群中高表达的EST;G01-360具有丰富的SNPs,并且其基因频率分布在不同类型猪群中存在明显的差异。     

The Developmental Patterns of Somatostatin Gene Expression in Gastric Tissue of Erhualian and Large White Pigs

In present study, the developmental patterns of somatostatin (SS) gene expression in gastrictissue were compared between Erhualian and Large White pigs. A semi-quantitative RT-PCR was applied todetermine the levels of SS mRNA. The results indicated that : (1) The gastric SS mRNA expression was high atbirth, followed by a significant decrease (P＜0.05) at 3 days of age in both breeds of pigs; (2) From 3 to 30days of age, the expression of SS mRNA in gastric tissue exhibited remarkable up-regulation in both breeds,after which a strain difference in the developmental pattern was observed. In Erhualian pigs, SS mRNA ex-pression reached a peak at 90 days of age, declined thereafter towards 180 days of age. In Large White pigs,however, the expression of SS mRNA remained constant from 30 days of age onwards; (3) In general, Erhual-ian pigs expressed higher levels of SS mRNA in gastric tissue compared with Large White pigs at the same age.The strain difference was significant from birth to 90 days of age, but vanished at 120 and 180 days of age.The results suggest that the gastric expression of SS in the pig is regulated following an instinct timetable in astrain-specific manner, its relationship with the development of gastric function as well as its interactions withenvironmental factors are to be elucidated.     

二花脸猪和大白猪睾丸生长激素受体基因表达的发育性变化

随机选取0、3、20、30、90、120和180日龄二花脸公猪和大白公猪各4头，用相对定量RT-PER法研究睾丸组织中生长激素受体（GHR）基因表达的发育性变化。结果表明，二花脸猪与大白猪睾丸GHR mRNA表达的发育模式不同，二花脸猪GHR mRNA相对表达量从0到30日龄逐渐上升，在90和120日龄呈阶段性降低（P〈0．05），之后在180日龄又再次上调；大白猪GHR mRNA相对表达量在出生当日最高，3日龄显著下降（P〈0．05），随后直至180日龄维持在较低水平并相对恒定。总的来说，二花脸猪睾丸GHR mRNA相对表达量显著高于大白猪（P〈0．05）。提示：不同品种猪睾丸GHR mRNA表达具有特定的发育模式，并可能与性成熟的早晚有关。     

猪品种随机扩增多态DNA指纹分析

从 2 0个 10碱基随机引物中筛选出 12个引物对长白猪、哈白猪、大白猪、民猪、香猪、香哈杂交猪及长哈杂交猪共 4 1个个体的核 DNA遗传差异进行了 RAPD分析 ,共获得了 97个RAPD标记。品种内遗传相似度总体看来呈引入猪种→培育猪种→地方猪种递减的趋势 ,品种间遗传距离和聚类分析的结果是 :香哈杂交猪与香猪聚为一类 ,长哈杂交猪与长白、哈白、大白聚为一类 ,民猪单独聚为一类。本实验得出的结果与品种的形成历史及采样的实际情况是相吻合的     

猪精子黏合分子1（SPAM1）基因新SNPs的鉴别及其在12个中外猪中的遗传变异研究

精子黏合分子1 (SPAM1)是一种在受精过程中起重要作用的精子抗原,以10 个中外猪种的20个无遗传相关公猪个体的基因组DNA为模板,扩增猪SPAM1基因的部分第二外显子和第三内含子2 个DNA片段,经PCR产物直接测序并作序列比较分析后在外显子2和内含子3上分别鉴别到1个新的单核苷酸多态(SNPs)位点,其中外显子2上的T>A碱基颠换(M191T-A)可导致其编码的苯丙氨酸突变为酪氨酸.SMART软件分析显示M191T-A处在SPAM1蛋白糖基水解酶保守域的编码区.建立PCR- TasI -RFLP方法检测了4个西方商业猪种以及8 个中国地方猪种791个个体在M191T-A位点的遗传变异情况,结果在八眉猪、莱芜黑猪、米林藏猪、杭猪、剑河白香猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪中检测到突变型等位基因A;而在二花脸猪、民猪、五指山猪和皮特兰猪中仅存在TT基因型,表现为极端的单态分布.     

不同品种猪肌肉脂肪酸和氨基酸含量

对莆田黑猪、杜洛克、大约克3个纯种及其二元杂种杜莆(杜洛克♂×莆田黑猪♀)和大莆(大约克♂×莆田黑猪♀)背最长肌脂肪酸和氨基酸含量进行了测定与分析.杜莆的饱和脂肪酸、单不饱和脂肪酸、必需氨基酸以及鲜味氨基酸含量最高(分别为42.09%、51.14%、9.26%和7.45%),表明杜莆有效地保留了莆田黑猪肉质优良的特点;莆田黑猪与杜洛克(杜洛克♂×莆田黑猪♀)二元组合的杂交效果较好.     

猪SLA-DQA一个新SNP的发现及其遗传效应的研究

 采用PCR-RFLP方法对新发现的一引起氨基酸改变的SNP位点(读码框第722位碱基)进行了检测，初步探讨了DQA基因作为影响经济性状候选基因的可能性。经在6个中国地方猪种及大白猪中PCR-RFLP检测，发现除小梅山和大白猪外，其它几个猪种均存在多态性,同时对6个地方猪种间的基因型频率的差异进行了χ2检验。在通城猪、长白猪、大白猪及其三元杂种猪长大通和达长通猪中检测了该位点的基因型，并运用GLM进行基因型与生长、胴体性状间关联分析，发现该SNP位点与平均背膘厚、6-7肋间背膘厚存在显著相关(P＜0.05)，与胸腰椎间背膘厚也接近显著性水平(P=0.06)，与内脂率、眼肌高、肌肉失水率亦存在显著相关(P＜0.05),但未发现与生长性状间的相关。     

Analysis of Genetic Diversity and Relationships of Seven Chinese Indigenous Pig Breeds and Three Exotic Pig Breeds Using the DNA Differential Display Technique

The genetic diversity and relationships of seven Chinese indigenous pig breeds （Meishan, Erhualian, Hezuo, Bamei, Qingping, Tongcheng, and Huainan） and three exotic pig breeds （Large White, Landrace, and Duroc） were analyzed using the DNA differential display technique by means of eight primer combinations. A total of 123 reproducible bands were used to calculate mean Nei＇s gene diversity, and mean Shannon＇s information index for each pig population. Based on these the Nei＇s standard genetic identity and distance were estimated, which was used to construct a dendrogram tree for the 10 pig breeds. The experimental results obtained and the method used in this study for evaluating the genetic diversity and relationships of pigs were also discussed.     

猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

猪H-FABP基因内含子1的遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）,3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量的差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

二花脸猪和大白猪背最长肌中肌肉生长抑制素和生肌调节因子基因的表达及其性别特点

用相对定量RT—PCR方法研究大白猪和二花脸猪背最长肌中肌肉生长抑制素（Myostatin）和生肌调节因子（Myo—genin）基因表达的发育性变化并进行品种及性别间比较。研究结果表明：大白猪公猪Myostatin mRNA表达水平在20日龄时达到高峰且显著高于相同日龄二花脸公猪（P〈0．05），而二花脸公猪在45日龄时才显著升高，其他日龄品种间差异不显著。二花脸公猪和母猪出生后Myostatin mRNA表达水平均表现为上升，45日龄时达到高峰，120日龄时公母猪间差异显著（P〈0．05）。二花脸公猪与大白猪公猪Myogenin mRNA的表达发育模式基本相同，均在20日龄达到最高值，品种问差异不显著。90日龄二花脸母猪Myogenin mRNA表达水平较公猪显著下调（P〈0．05）。结果提示，猪背最长肌中Myostatin和Myogenin基因表达水平在猪出生后早期均较高，但没有出现随着日龄的增加而一直升高或降低的趋势；两种基因的表达在20日龄出现品种间差异；性成熟前后二花脸公母猪间表达有差异。