猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

[目的]为确定影响肌内脂肪（IMF）沉积的主效基因奠定理论基础。[方法]以马身猪、大白猪、长白猪、杜洛克猪和山西白猪5个品种共383头猪为试验动物,应用PCR-SSCP方法分析猪H-FABP基因内含子3部分片段的多态性,并对每个多态片段进行测序分析。[结果]在猪H-FABP基因内含子3的346位上具有2个等位基因A和B,该位点的变异由碱基A→G的替换造成。[结论]在猪H-FABP基因内含子3发现1个多态位点,为进一步研究H-FABP基因与IMF含量的关系奠定了基础。     

野猪·家猪及其杂种猪ACSL4基因3′UTR区多态性分析

[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据。[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据GenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性。[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB)。在ACSL4基因3′UTR区3862 bp处发生T→C碱基突变。仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现。杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05)。[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据。     

野猪·家猪及其杂种猪 ACSL4基因3'UTR区多态性分析

[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据.[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据CenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性.[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB).在ACSL4基因3'UTR区3 862 bp处发生T→C碱基突变.仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现.杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05).[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据.     

猪催乳素受体基因3''-UTR多态性及其与产仔性能的关联分析

通过研究PRLR基因多态性与母猪产仔性能的关系,为该基因在标记辅助选择中的应用提供依据.采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪5个品种(系)共计323个个体PRLR基因3'-UTR的多态性,并采用单变量动物模型,分析了多态位点对母猪产仔性能的影响.结果表明,PRLR基因3'-UTR存在多态性,在所研究的群体中检测到A、B两个等位基因和AA、AB、BB三种基因型.在马身猪和山西白猪中,A等位基因占优势,频率分别为0.97和0.88;而在大白猪、长白猪和山西黑猪中,A、B两个等位基因的频率基本相似,分布在0.47～0.53之间.PRLR基因3'-UTR多态位点对母猪产仔性能无显著影响(P>0.05),不同基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数均没有显著差异,但均表现出AB>AA>BB的趋势.     

猪催乳素受体基因3′-UTR多态性及其与产仔性能的关联分析

通过研究PRLR基因多态性与母猪产仔性能的关系,为该基因在标记辅助选择中的应用提供依据。采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪5个品种(系)共计323个个体PRLR基因3′-UTR的多态性.并采用单变量动物模型,分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因3′- UTR存在多态性,在所研究的群体中检测到A、B两个等位基因和AA、AB、BB三种基因型。在马身猪和山西白猪中,A等位基因占优势,频率分别为0.97和0.88;而在大白猪、长白猪和山西黑猪中,A、B两个等位基因的频率基本相似,分布在0.47～0.53之间。PRLR基因3′-UTR多态位点对母猪产仔性能无显著影响(P>0.05),不同基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数均没有显著差异,但均表现出AB>AA>BB的趋势。     

BPI基因生物信息学分析及其在不同 猪群体中的遗传变异情况

[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.     

4个猪种H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的遗传变异

利用PCR-RFLP技术(限制性内切酶采用HaeⅢ,HinfⅠ,MspⅠ)检测了杜洛克、长白、大约克、湖北白猪等4个猪品种共计161头猪H-FABP基因位点的遗传变异。结果在4个猪品种H-FABP基因5’-上游区验证了HinfⅠ-RFLP,在该位点上,杜洛克猪和长白猪的基因型分布相似,二者与湖北白猪、大白猪之间的差异达到显著水平,湖北白猪与大白猪的基因型分布差异达到极显著水平;在4个猪品种H-FABP基因第二内含子验证了HaeⅢ-RFLP和MspⅠ-RFLP,在HaeⅢ-RFLP位点上,杜洛克猪、长白猪、湖北白猪3个品种的基因型分布差异不显著,大白猪与上述3个品种的基因型分布存在极显著差异;在MspⅠ-RFLP位点上,长白猪、湖北白猪、大白猪的基因型分布差异不显著,三者与杜洛克猪之间的差异达显著水平。     

ADD1基因多态性与乌金猪肌内脂肪含量的关系

 利用PCR-单链构型多态性（PCR SSCP）技术检测75头乌金猪和41头长白猪脂肪细胞定向和分化因子1（ADD1）基因第2外显子区的遗传变异,并用最小二乘法模型分析ADD1 基因对乌金猪和长白猪肌内脂肪含量的遗传效应。结果表明：在所检测的样本中均在乌金猪和长白猪ADD1基因的第2外显子上发现多态性,有2个等位基因（A和B）,2种基因型（AA和AB）,缺少BB基因型。AA和AB基因型在乌金猪中的频率分别为0.240和0.760,在长白猪中的频率分别为0.634及0.366。两种猪的优势等位基因均为A,其基因频率在乌金猪和长白猪分别为0.620和0.820。通过对两种猪不同基因型与肌内脂肪含量的相关分析,发现ADD1基因多态性对乌金猪和长白猪肌内脂肪含量的影响显著,且AB>AA (P<0.05),可通过提高AB基因型的频率来增加肌内脂肪含量,达到改善猪肉品质的目的。     

猪Nramp 1基因多态性与免疫功能的相关性

【目的】探讨Nramp1基因第6内含子多态在大白猪和松辽黑猪（是由杜洛克、长白猪和民猪合成）中的分布及其与猪免疫抗病的关系。【方法】采用PCR-RFLP法对165头大白猪和109头松辽黑猪Nramp 1基因第6内含子多态性与免疫功能（中性粒细胞还原力和单核细胞细胞毒百分率）的相关性进行了研究。【结果】两个品种在该位点均存在多态性,品种间、合并基因型间免疫功能差异不大,但同一品种内不同基因型间差异显著;大白猪BB基因型个体的单核细胞细胞毒百分率显著高于AB基因型个体（P＜0.05）,BB基因型个体的中性粒细胞NBT还原力值极显著高于AB基因型个体（P＜0.01）,而在松辽黑猪中则是AB基因型个体的中性粒细胞NBT还原力值显著高于BB基因型个体（P＜0.05）;从断奶到出栏的死亡率分析显示大白猪BB基因型个体死亡率明显低于AB基因型个体,松辽黑猪则是AB基因型个体的死亡率明显低于BB基因型个体。【结论】品种内不同Nramp1基因型与免疫功能间存在着显著相关,Nramp1基因可作为抗病力性状的一个主要候选基因。     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析(英文)

[Objective] The aim of this study was to provide a theoretical basis for exploring the major genes affecting intramuscular fat (IMF) deposition. [Method] Taking 383 pigs from five breeds including Mashen Pig, Large White Pig, Landrace, Duroc and Shanxi White Pig as the experimental animals, polymorphisms of partial fragments in the third intron of porcine H-FABP gene were detected by PCR-SSCP method, and then the polymorphic fragments were sequenced. [Result] Two alleles, designated as A and B, were found at the locus 346 in the third intron of porcine H-FABP gene, and the mutation was caused by a A→G substitution. [Conclusion] A polymorphic locus was discovered in the third intron of porcine H-FABP gene in this experiment, laying a foundation for the further study on the relationship between H-FABP gene and IMF content.     

OPN基因多态性与猪繁殖性状相关分析

研究长白猪、大白猪、杜洛克猪及槐猪的骨调素(OPN)基因多态性及其与猪繁殖性状的关系.研究表明:OPN基因在6136 bp处发生同义突变(C→A),发现大白猪、长白猪和槐猪群体中存在3种OPN基因型(CC、CA和AA),而在杜洛克群体中仅发现AA型.在槐猪群体中,CC、AA型初产母猪个体的总产仔数(TNB)均显著高于CA型(P<0.05),不同基因型初产母猪的产活仔数(NBA)差异均不显著(P>0.05);CC、AA型经产母猪个体的TNB均极显著高于CA型(P<0.01),CC型经产母猪的NBA极显著高于CA型(P<0.01),AA型经产母猪的NBA显著高于CA型(P<0.05),但无论是初产母猪还是经产母猪,CC型和AA型的TNB和NBA差异均不显著(P>0.05).在大白猪、长白猪和杜洛克猪群体中,OPN基因对其TNB和NBA均无显著影响(P>0.05).     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

据研究,肌内脂肪（IMF）含量是影响猪肉品质的决定因子之一。鉴于心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）在脂肪酸生成过程中的生物学功能,H-FABP基因可作为影响IMF含量的候选基因。目前,关于H-FABP基因的研究多集中在5′-上游区和第2内含子的PCR-RFLP及其与IMF的关系等方面。笔者首次对H-FABP基因内含子3多态片段进行序列分析,确定变异位点的位置及引起变异的原因,为确定影响肌内脂肪沉积的主效基因奠定理论基础。     

利用微卫星标记分析4个猪品种的遗传结构

利用5个微卫星标记对4个猪品种(山西马身猪、大白猪、长白猪和太原花猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数,得到了由Nei氏标准遗传距离为基础的NJ聚类图。结果表明:大白猪与马身猪以及大白猪与太原花猪的遗传关系较远,而山西马身猪与太原花猪的遗传关系较近;山西马身猪与太原花猪的进化历史相近,大白猪与山西马身猪组合及大白猪与太原花猪的组合,可能产生较大的杂种优势。     

猪BMP15和BMPR-IB基因的遗传变异及其与产仔性能的关系

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东地方/培育猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共8个猪种481头繁殖母猪进行BMP15和BMPR-IB基因的多态性分析,并采用最小二乘法分析其对产仔数的遗传效应.结果表明:2个基因的3个位点在8个猪种的测定群体中均存在多态性,但山东地方/培育猪种与引进猪种间在基因型频率上存在较大差异;BMP15和BMPR-IB基因对产仔数性状有显著影响(P0.05).对于BMP15基因,AA基因型母猪中,引进猪种比山东地方/培育猪种母猪的总产仔数和活产仔数平均多产1.20头和1.64头(P0.05);CC基因型母猪中,引进猪种比山东地方/培育猪种母猪的总产仔数和活产仔数平均多产1.20头和0.82头(P0.05).对于BMPR-IB基因,山东地方/培育猪种内AA基因型母猪的总产仔数和活产仔数比BB基因型母猪平均多产0.49头和0.51头(P0.05);引进猪种中BB基因型母猪比AA基因型母猪总产仔数和活产仔数平均多产1.05头和0.90头(P0.05).     

FSHβ基因多态性及对不同品种猪繁殖性状的影响

选取FSHβ基因为影响猪繁殖性状候选基因,对8个猪种906头猪进行FSHβ基因的多态性分析,并采用最小二乘法分析了其对总产仔数、产活仔数和妊娠期的遗传效应。结果显示,FSHβ基因在嘉兴黑猪、巴马香猪、金华猪和八眉猪中几乎只有A等位基因,在美系杜洛克和嵊县花猪中以B等位基因为主,只有在大约克、长白、台系杜洛克中A,B等位基因均衡分布。遗传效应分析表明,在初产美系杜洛克猪中,BB基因型妊娠期比AB型缩短0.94 d（P<0.01）;在初产大约克猪中,BB基因型妊娠期比AA型缩短1.61 d（P<0.01）;在经产长白猪中,AB型产仔数和产活仔数分别比BB型多了227头（P<0.05）和231头（P<0.05）。总体而言,FSHβ基因对不同品种母猪繁殖性能效应各有差异,在初产美系杜洛克和大约克中BB基因型妊娠期更短,在经产长白猪中AB型产仔数和产活仔数更多。