皖南黑猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的多态性分析及克隆测序

对皖南黑猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-上游区和第二内含子的多态性进行分析及克隆测序,为开展皖南黑猪肉质性状分子育种奠定理论基础。采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了184头皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区和第二内含子区的遗传变异情况,并对该基因的多态片段进行克隆和测序分析。结果显示:(1)在5’-上游区,HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.62,表现为中度多态(PIC=0.359 6);在第二内含子区,HaeⅢ位点上存在多态性,等位基因D的基因频率为0.92,表现为低度多态(PIC=0.130 7);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型;HinfⅠ*位点上也存在多态性,等位基因B的基因频率为0.78,表现为中度多态(PIC=0.282 4);(2)χ2检验表明,除5’-上游区HinfⅠ多态位点外,其他3个位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);(3)对H-FABP基因3个多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1811bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。本试验确证了皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区的多态位点并在第二内含子区检测到了HaeⅢ和Hinf*Ⅰ多态位点,这可为进一步分析H-FABP基因不同基因型与IMF含量的关系,以及确定影响IMF沉积的主效基因提供一定的数据基础。     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

[目的]为确定影响肌内脂肪（IMF）沉积的主效基因奠定理论基础。[方法]以马身猪、大白猪、长白猪、杜洛克猪和山西白猪5个品种共383头猪为试验动物,应用PCR-SSCP方法分析猪H-FABP基因内含子3部分片段的多态性,并对每个多态片段进行测序分析。[结果]在猪H-FABP基因内含子3的346位上具有2个等位基因A和B,该位点的变异由碱基A→G的替换造成。[结论]在猪H-FABP基因内含子3发现1个多态位点,为进一步研究H-FABP基因与IMF含量的关系奠定了基础。     

猪H-FABP基因PCR-RFLP分子标记研究

利用PCR-RFLP(Hinf 、Hae 和Msp 3种限制性内切酶)分子标记技术,检测了杜洛克猪、长白猪、大白猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪、汉白猪、八眉猪和野猪等8个猪种,共计265头猪心脏脂肪酸结合蛋白基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异。结果表明,在Hinf -RFLP位点上,上述猪种和野猪均存在多态性,等位基因H的频率分别为0.7500,0.7188,0.9167,0.3333,0.1250,0.6909,0.1167,0.8500和0.9375;除汉江黑猪(P<0.05)和野猪(P<0.01)外,其余猪种的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinderg平衡状态(P>0.05);大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉白猪和野猪表现为低度多态性(PIC<0.25),杜洛克猪、长白猪、内江猪和荣昌猪为中度多态性(0.25相似文献   

猪H-FABP基因内含子1的遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）,3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量的差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

五指山猪H-FABP基因与生长性状的关联分析

以五指山猪为试验材料,采用PCR-SSCP和测序技术相结合,对五指山猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行多态检测,并分析其与生长性状(体质量、体高、体长、胸围)的相关性.在五指山猪H-FABP基因Exon2中发现了3种基因型,分别命名为AA、AB、BB,对其中的纯合子AA、BB进行测序,发现Exon2的第30、120位点处发生了突变,都是由碱基C→T的转换造成的,并且导致脯氨酸突变为亮氨酸,苏氨酸突变为异亮氨酸.AA、AB、BB三种基因型频率分别为15.2%、66.7%、18.1%,A、B等位基因频率分别为48.6%和51.4%.不同基因型与生长性状的方差分析表明,8月龄体质量、体长和10月龄胸围AB与AA、BB基因型差异显著(P<0.05),其余分析无显著差异(P>0.05).     

猪H-FABP基因intron3全序列测定

[目的]为将H-FABP基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]根据GenBank数据库上公开发表的相关的猪H-FABP基因序列设计特异性扩增引物,对H-FABP基因内含子3的PCR产物纯化后直接进行测序。[结果]成功扩增出猪H-FABP基因intron 3的全序列,全长为1 350 bp,已向GenBank数据库提交,检索号为DQ 002993。[结论]该研究为确定影响肌内脂肪沉积的主效基因奠定了理论基础。     

反向PCR技术克隆猪H-FABP基因5''侧翼序列

H-FABP被作为猪肥胖性状的候选基因之一.利用反向PCR技术克隆得到猪H-FABP 5'侧翼启动子远端上游174 bp序列,将获得的序列与已有的相关序列进行核苷酸序列同源性比对,获得71 bp新序列,为猪H-FABP基因功能的进一步研究提供理论基础.     

苏姜猪H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性

本试验探究苏姜猪心脏脂肪酸结合蛋白质(H-FABP)基因的多态性及其与肉质性状的相关性,采用2种内切酶HinfⅠ和HaeⅢ的PCR-RFLP分子标记技术,分析了40头苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的遗传变异情况。结果显示,试验猪群5'-上游区HinfⅠ酶切位点存在多态性,酶切得到HH、Hh、hh 3种基因型,H等位基因频率为0.65,表现为中度多态(PIC=0.351 5),第2内含子区HaeⅢ酶切位点存在多态性,酶切得到DD、Dd、dd 3种基因型,D等位基因频率为0.70,表现为中度多态(PIC=0.331 8);苏姜猪群的HinfⅠ位点等位基因频率和基因型频率都处于哈迪温伯格平衡状态(P0.05);H-FABP基因对肌内脂肪含量的影响表现为HH基因型﹥Hh基因型﹥hh基因型及dd基因型﹥Dd基因型﹥DD基因型(P0.05),对大理石纹的影响表现为HH基因型﹥Hh基因型﹥hh基因型及Dd基因型﹥dd基因型﹥DD基因型(P0.05)。表明苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的多态性对其肉质性状有重要的影响。     

H-FABP和HSL基因多态性对苏淮猪胴体性状的影响

应用PCR—RFLP方法检测了H-FABP、HSL基因在83头苏淮猪中的多态性分布。结果表明：H-FABP基因的3个变异位点和HSL基因都存在多态性。H-FABPHinfI位点HH基因型个体的背膘厚为19．81mm,极显著低于hh基因型个体（20．16mm）（P〈0．01）,Hh基因型个体的背膘厚为19．86mm,显著低于hh基因型个体（P〈0．05）。HH基因型个体的瘦肉率为59．69％,极显著高于hh型个体（54．84％）（P〈0．01）,Hh基因型个体的瘦肉率为58．69％,显著高于hh型个体（P〈0．05）。HH—Dd—Aa单倍型背膘最薄（19．73mm）、瘦肉率最高（60．92％）,但没有达到显著水平。HSL基因GG基因型个体的背膘厚为19．79mm,极显著低于AA基因型个体（20．23mm）（P〈0．01）,AG基因型个体的背膘厚为19．88mm,显著低于AA基因型个体（P〈0．05）。GG基因型个体的瘦肉率为59．89％,极显著高于AA型个体（54．04％）（P〈0．01）,AG基因型个体的瘦肉率为58．52％,显著高于AA型个体（P〈0．05）。提示：H-FABP、HSL基因可以作为胴体性状的候选基因用于猪的辅助选育。     

圩猪H-FABP基因多态性分析及其与IMF含量的相关性

 【目的】探究圩猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性,及其与IMF含量的相关性【方法】采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ及MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了123头圩猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子区的遗传变异情况。【结果】()在5'-上游区：HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.6545,表现为中度多态(PIC=0.3500);第二内含子区：HinfⅠ*位点上存在多态性,等位基因B的基因频率为0.7195,表现为中度多态(PIC= 0.3222);Hae Ⅲ位点上也存在多态性,等位基因D的基因频率为0.6301,表现为中度多态(PIC=0.3575);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型。(2)被测猪群的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);(3)所检测的基因型对肌内脂肪(IMF)含量影响的趋势为：HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,BB＞Bb＞bb;遗传效应值分别为：4.6918、4.2665、3.7712、4.6124、4.3167、3.8173、4.3042、4.2358、4.1970;(4)对H-FABP基因3个PCR-RFLP多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1 811 bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在T→C的突变引起。测序结果与GenBank公布的X98558和Y16180序列有97.9%及98.3%的同源性。【结论】圩猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子区的多态性对其IMF含量有一定影响,但是否可作为研究该基因与圩猪IMF含量相关的重要遗传标记还需做进一步研究。     

藏猪心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)组织表达差异性研究

采用半定量RT-PCR法,以GAPDH基因为内参,研究藏猪背最长肌、心肌、肝脏和脂肪组织中H-FABP基因mRNA组织表达差异性。结果显示,H-FABP基因mRNA组织表达差异性显著,脂肪组织表达量高于其他组织(P<0.01);心肌表达量高于背最长肌(P<0.05);背最长肌表达量高于肝脏(P<0.01)。     

圩猪H-FABP基因多态性分析及其与IMF含量的相关性

 【目的】探究圩猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性,及其与IMF含量的相关性【方法】采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ及MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了123头圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异情况。【结果】(1)在5′-上游区：HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.6545,表现为中度多态(PIC=0.3500);第二内含子区：HinfⅠ*位点上存在多态性,等位基因B的基因频率为0.7195,表现为中度多态(PIC=0.3222);Hae Ⅲ位点上也存在多态性,等位基因D的基因频率为0.6301,表现为中度多态(PIC=0.3575);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型。(2)被测猪群的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);(3)所检测的基因型对肌内脂肪(IMF)含量影响的趋势为：HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,BB＞Bb＞bb;遗传效应值分别为：4.6918、4.2665、3.7712、4.6124、4.3167、3.8173、4.3042、4.2358、4.1970;(4)对H-FABP基因3个PCR-RFLP多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1 811 bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。测序结果与GenBank公布的X98558和Y16180序列有97.9%及98.3%的同源性。【结论】圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的多态性对其IMF含量有一定影响,但是否可作为研究该基因与圩猪IMF含量相关的重要遗传标记还需做进一步研究。     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

据研究,肌内脂肪（IMF）含量是影响猪肉品质的决定因子之一。鉴于心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）在脂肪酸生成过程中的生物学功能,H-FABP基因可作为影响IMF含量的候选基因。目前,关于H-FABP基因的研究多集中在5′-上游区和第2内含子的PCR-RFLP及其与IMF的关系等方面。笔者首次对H-FABP基因内含子3多态片段进行序列分析,确定变异位点的位置及引起变异的原因,为确定影响肌内脂肪沉积的主效基因奠定理论基础。     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析(英文)

[Objective] The aim of this study was to provide a theoretical basis for exploring the major genes affecting intramuscular fat (IMF) deposition. [Method] Taking 383 pigs from five breeds including Mashen Pig, Large White Pig, Landrace, Duroc and Shanxi White Pig as the experimental animals, polymorphisms of partial fragments in the third intron of porcine H-FABP gene were detected by PCR-SSCP method, and then the polymorphic fragments were sequenced. [Result] Two alleles, designated as A and B, were found at the locus 346 in the third intron of porcine H-FABP gene, and the mutation was caused by a A→G substitution. [Conclusion] A polymorphic locus was discovered in the third intron of porcine H-FABP gene in this experiment, laying a foundation for the further study on the relationship between H-FABP gene and IMF content.     

Genetic Variation of EPAS1 Gene in Tibetan Pigs and Three Low-Altitude Pig Breeds in China

Endothelial PAS domain protein 1（EPAS1）, also called hypoxia-inducible factor-2, is a key regulatory factor of hypoxic responses and plays an essential role in high-altitude adaptation in mammalian species. In this study, polymorphisms of EPAS1 were detected in 217 individuals from 2 Tibetan pig populations and 3 low-altitude pig breeds by DNA pooling, PCR-SSCP, PCR-RFLP and DNA sequencing methods. A total of 14 synonymous polymorphisms were identified in the coding region. The analysis suggested that SNP1（G963A）, SNP7（C1632T）, SNP10（G1929A） and SNP11（G1947A） showed potential association with high-altitude environment because of their particular variation patterns in Tibetan pigs. Linkage disequilibrium（LD） of these SNPs was analyzed. One common LD block including 5 SNPs clustering in exon 12 was identified in all studied pig populations. Haplotype H1（AGGTC） in LD block was dominant in Tibetan pigs（76.6 and 74.2% in Linzhi（LZ） and Chayu（CY） pigs, respectively） and segregated at higher frequency than that in low-altitude pig breeds（52.3, 58.7 and 56.2% in Wuzhishan（WZS）, Min（M） and Laiwu（LW） pigs, respectively）, indicating that H1 may relate to adaptation to high altitude in Tibetan pigs. These findings raise hope that EPAS1 gene can be a candidate gene that involved in adaptation of high altitude in Tibetan pigs.