红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列（1 091 bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接（NJ）法和非加权算术平均对数（UPGMA）法构建系统关系树.结果表明：①4种鱼（包括外类群）Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7.4;②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp), 对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析, 并以红鳍鲌为外类群, 用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树. 结果表明: ① 4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%, 变异位点184个, 具有简约性信息位点141个, 平均转换颠换比为7.4; ②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群, 其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。     

[鱼骨]属三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚／氯仿提取法提取了唇[鱼骨]、花[鱼骨]和长吻[鱼骨]鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCyt b基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3．1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明：（1）三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13．7％,变异位点201个,转换颠换比为4．6;（2）[鱼骨]属三种鱼类成一单系群,唇[鱼骨]与花[鱼骨]亲缘关系较近。     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究.为了阐明翘嘴红鲐与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲐的414 bp细胞色素b基因片段序列.所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点(14.73%),大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换.翘嘴红鲐与鳊之间的序列同源性最高,为93.48%,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分剐为90.58%,90.82%,91.30%.以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树.该结果显示,翘嘴红鲐和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲐与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远.     

蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼细胞色素b（Cytb）基因序列片段分析

用酚／氯仿提取法提取了蓝鳃太阳鱼、绿色太阳鱼肌肉组织的总DNA，利用特异引物进行PCR扩增，得到1119bpCyt b基因片段，纯化后送上海生工测序。所得序列用Mega3．1软件分析，并结合GenBank中其余9种太阳鲈属鱼类Cytb基因序列用NJ法构建太阳鲈属鱼类系统发育树。结果表明：（1）蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼序列相似度为82．3％，变异位点198个，平均转换／颠换比为2．1；（2）蓝鳃太阳鱼与L．humilis亲缘关系较近，绿色太阳鱼与L．symmetricus亲缘关系较近，蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼遗传距离为0．206。     

5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析

对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

多环境下野生大豆染色体片段代换系群体农艺性状相关QTL/片段的鉴定

【目的】改进染色体片段代换系群体,挖掘野生大豆（Glycine soja Sieb. et Zucc.）中蕴藏的农艺性状优异等位变异,为拓宽栽培大豆（Glycine max (L.) Merr.）的遗传基础提供材料和依据。【方法】通过标记加密和剔除部分单标记型片段的方法,改进以野生大豆N24852为供体,栽培大豆NN1138-2为受体的染色体片段代换系（CSSL）群体SojaCSSLP1;对改进后的群体（SojaCSSLP2）进行3年2点田间试验,通过单标记分析、区间作图、完备复合区间作图和基于混合线性模型的复合区间作图等4种定位方法,结合与轮回亲本有显著差异的染色体片段代换系间相互比对,检测与大豆开花期、株高、主茎节数、单株荚数、百粒重和单株粒重相关的野生片段。【结果】改进后的群体（SojaCSSLP2）由150个CSSL构成,其中,有130个家系与SojaCSSLP1相同;在原遗传图谱上,新增40个SSR标记,相邻标记间平均遗传距离由16.15 cM变为12.91 cM,大于20 cM的区段由32个减少至17个,标记覆盖遗传距离总长度较原图谱（2 063.04 cM）增加103.52 cM;群体NN1138-2背景回复率变幅为79.45%-99.70%,平均为94.62%。利用SojaCSSLP2群体,分别鉴定到与开花期、株高、主茎节数、单株荚数、百粒重和单株粒重相关的4、5、5、7、14和3个工作QTL（working QTL）/片段,其中有15个工作QTL/片段能在多个环境下检测到,属共性工作QTL（joint working QTL）;除片段Sct_190-Sat_293上的主茎节数位点外,野生等位变异具有的加性效应方向与双亲表型差异方向一致;单个位点分别能解释5%-64%的表型变异;同时,分别检测到3、2和2个与地点存在互作的株高、主茎节数和单株荚数QTL/片段,其中与凤阳环境的互作均具有增加表型的效应,这可能与凤阳较南京所处纬度高有关;这些位点/片段分布在26个染色体片段上,其中有7个片段与2个及以上性状相关,可能是性状相关的遗传基础;与前人结果比较,有3个开花期、3个株高、2个主茎节数、2个单株荚数、8个百粒重、2个单株粒重位点能在其他遗传背景栽培大豆中检测到,说明在这些位点上野生大豆和栽培大豆间及栽培大豆间均存在遗传差异;另外18个位点（片段）为本研究利用野生大豆的新发现。【结论】大豆开花期、株高和主茎节数的遗传基础较百粒重简单,前者均存在效应较大位点/片段,后者多由小效应位点控制,遗传基础极为复杂;野生大豆中蕴藏着新的等位变异,能拓宽栽培大豆遗传基础。     

基于转录组测序开发糜子SSR标记

【目的】 以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1 000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记。【方法】 用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数。【结果】 200对引物中97对呈单态性,80对呈多态性。单碱基序列重复引物有20对,10对具多态性,其重复基元是A（50%）和T（50%）。二碱基序列重复引物有36对,15对具多态性,其碱基重复类型有7种（AG最多,TC、GC和GA次之,CA、TA和AC最少）。三碱基序列重复引物有144对,55对具多态性,其碱基重复类型有24种（GGC、GCG和GCC最多,GAA、GCT和CGC等次之,ACC、AGG、CAG、CGT、AAG、AAC、TCG、CGA、ATT、CAA和CCA最少）。就引物分辨率(Rp)值而言,1—3碱基序列重复引物分别为0.67—4.67（平均2.07）、1.33—4.33（平均2.73）和0.67—4.00（平均1.83）。基于Rp值分析SSR分布频次,发现80个标记分布在5个区间：0—1、1—2、2—3、3—4和4—5,分别包含17（21.25%）、36（45.00%）、11（13.75%）、14（17.50%）和2个（2.50%）。就$\overline{\text{Rp}}$值而言,1—3碱基序列重复引物分别为0.33—0.67（平均0.51）、0.40—0.78（平均0.59）和0.33—0.83（平均0.59）。单碱基序列重复标记共检测到22个等位变异,每个位点为2—3个（平均2.2000）,其中8个和2个位点分别具2和3个变异;二碱基序列重复标记共检测到38个等位变异,每个位点为2—3个（平均2.5333）,其中7个和8个位点分别具2和3个变异;三碱基重复标记共检测到136个等位变异,每个位点为2—3个（平均2.4727）,其中29个和26个位点分别具2和3个变异。就多态性信息含量而言,1—3碱基序列重复引物分别为0.3750—0.5355（平均0.4293）、0.2392—0.7438（平均0.4293）和0.2392—0.7438（平均0.3989）。就多样性指数而言,1—3碱基序列重复分别为0.6365—1.0776（平均0.7497）、0.5623—1.0986（平均0.8339）和0.5623—1.0889（平均0.8312）。【结论】 基于转录组测序结果,检测200对SSR引物的多态性,发现177对（88.5%）可以扩增出完整条带,其中80对具多态性,多态率为40%。     

南方鲇细胞色素b基因序列的保守性

对5个种群的南方鲇（Silurus merdionalisChen）的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400 bp序列,结果发现：南方鲇种群内碱基的变异很低,雅砻江、岷江、乌江种群均为0,宜宾种群为0.25%,洞庭湖种群为1%;雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型,宜宾种群有2种单倍型,洞庭湖种群有5种单倍型,且单倍型间变异位点很少,雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点,宜宾种群仅有1个变异位点,洞庭湖种群有4个变异位点.表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的.     

鸭科部分类群分子钟的标定

 【目的】估计鸭科鸟类间的分歧时间,了解鸭科不同鸟类的遗传背景。【方法】测定鸿雁家鹅15个品种、灰雁家鹅2个品种共44个个体的细胞色素b基因的全序列。将获得的鸿雁家鹅和灰雁家鹅的一致序列（2条）与GenBank中已知的鸟类细胞色素b基因部分序列（共13条;其中,鸡形目4条、鸭科鸟类9条）一起组成共15条序列作为本研究的数据集,并以鸡形目与雁形目（鸡/绿头鸭）的分歧时间（89.8 MYA）为锚定点,对鸭科的分子钟进行顺序标定。【结果】雉科（Gallus gallus和Coturnix japonica1、Coturnix japonica4、Coturnix chinensis）与鸭科（Anas platyrhynchos、Anas poecilorhyncha;Bucephala clangula;Chloephaga picta;Cairina moschata;Somateria mollissima和 Anser anser、Anser cygnoides、Anser albifrons,共6个属）间的分歧时间的估计值为101.798 MYA（泊松模型）和129.461 MYA（Г模型）;雁属（Anser anser、Anser cygnoides和Anser albifrons）与5个鸭属（Anas platyrhynchos、Anas poecilorhyncha;Bucephala clangula;Chloephaga picta;Cairina moschata和Somateria mollissima）间的分歧时间为55.1225 MYA（泊松模型）和62.5223 MYA（Г模型）。【结论】雉科与鸭科、雁属与鸭属两个接近基部类群的分歧时间发生在白垩纪（146—65 MYA）,支持鸟类早期历史发生在白垩纪的观点。     

黑龙江流域黑斑狗鱼遗传多样性的Cytb基因初探

[目的]了解黑龙江流域黑宽狗鱼不同地理群体的遗传多样性,为其种质资源的保护和开发提供分子的依据。[方法]从4尾来自黑龙江、17尾来自乌苏里江和5尾来自牡丹江的黑斑狗鱼中提取DNA,测定其线粒体DNA细胞色素b基因序列,采用Kirmra2-parameter模型计算各群体间和单倍型间的遗传距离;以白斑狗鱼为外类群,用邻接法构建系统发育树,构建单倍型的简约性网络图;根据单倍型多样性和核苷酸多态性等信息评估种群的遗传多样性。[结果]获得黑斑狗鱼细胞色素b（Cytb）基因1053bp序列,其中G含量最低,仅14．2％,A＋T含量（57．7％）高于G＋C含量（42．3％）;变异位点有8个,总变异率为0．76％,其中简约信息住点有3个;序列中无插入和缺失,转射颠换为7／1,26尾黑癍狗鱼中共有7个单倍型,单倍型多样性（H）较高（0．76308±0．00315）,但核苷酸多态性（π）极低（0．00126）;3个地理群体黑斑狗鱼群体间遗传距离小（0．067％～0．143％）。[结论]黑龙江流域3个群体的26尾黑斑狗鱼属于同一个种群,其遗传多样性极为贫乏,种质资源亟需得到有效保护。     

紫外诱导下麦长管蚜细胞色素b基因和SOD基因的克隆与序列分析

【目的】证实前期消减文库的研究结果,揭示紫外诱导条件下麦长管蚜的生态遗传机理。【方法】根据前人研究证明的细胞色素b基因和SOD基因的保守性区域,设计特异性引物,采用RT-PCR方法,扩增紫外线照射24,48h和对照麦长管蚜变异基因的部分序列,进行测序及核苷酸分析,并推导氨基酸序列。【结果】RT-PCR扩增分别得到长度420bp的细胞色素b基因cDNA片段和357bp的超氧化物歧化酶(SOD)基因cDNA片段。序列分析表明,细胞色素b基因编码140个氨基酸残基,30W紫外辐射48h处理的麦长管蚜细胞色素b基因突变位点为3个,其编码的氨基酸序列变异位点为2个;SOD基因编码119个氨基酸残基,且对照与处理的序列一致,未发现变异位点。【结论】紫外诱导条件下,麦长管蚜细胞色素b基因发生突变部分的具体位点已经找到,其突变方式为转换和颠换;SOD基因未发现变异位点。     

南方鲇细胞色素b基因序列的保守性

对5个种群的南方鲇(Silurus merdionalis Chen)的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定, 经Clustal X同源排序后得400 bp序列, 结果发现: 南方鲇种群内碱基的变异很低, 雅砻江、岷江、乌江种群均为0, 宜宾种群为0.25%, 洞庭湖种群为1%; 雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型, 宜宾种群有2种单倍型, 洞庭湖种群有5种单倍型, 且单倍型间变异位点很少, 雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点, 宜宾种群仅有1个变异位点, 洞庭湖种群有4个变异位点. 表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的.     

翘嘴鲌生长激素(GH)基因与侧翼区的克隆及分析

采用保守引物进行PCR成功扩增了编码翘嘴鲌生长激素的基因,该基因全长5 966 bp,其中转录单元长1 648 bp,由5个外显子和4个内含子组成。5'端和3'端侧翼序列长度分别为2 282 bp和2 036 bp,分别包含(AAT)8和(TTC)5T(TAA)8的微卫星序列。上游区域包含TATA框,还有一些重要的转录因子结合位点,如Pit-1、Pit-1a、CREB、AP1、GR、HNF-3、HNF-3B等转录因子。翘嘴鲌的5个外显子长度分别为64、140、117、162和255 bp。推测的阅读框为603 bp,编码由22个氨基酸的信号肽和178个氨基酸成熟肽组成的多肽。在这个多肽中发现了5个保守的半胱氨酸残基(Cys~(71)、Cys~(135)、Cys~(173)、Cys~(190)和Cys~(198))和2个可能的N-糖基化位点(145th和197th)。翘嘴鲌GH氨基酸序列与团头鲂完全相同,与草鱼只有一个氨基酸残基的差异,构建的鱼类进化树符合基本分类地位。翘嘴鲌生长激素基因4个内含子长度分别为229、103、565和103 bp。相对外显子来说,种间内含子变异较大,其中第三内含子变异最大。该结果为进一步研究翘嘴鲌GH基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

雌核发育一代翘嘴鲌抑制素β_B基因SNP筛选及其与生长性状的关联性分析

【目的】抑制素属于转化生长因子β(transforming growth factorβ,TGF-β)超家族成员,该超家族的多个基因均已证明直接或间接与肌肉生长发育相关。研究探讨了翘嘴鲌(Culter alburnus)抑制素βB基因(inhibinβB,INHBB)的多态性及其与雌核发育一代翘嘴鲌群体生长性状的关联性,为揭示抑制素βB基因对翘嘴鲌生长发育的影响奠定基础。【方法】实验通过翘嘴鲌转录组数据库设计引物,扩增抑制素βB基因的外显子序列,利用直接测序法获得2个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。然后通过四引物扩增受阻突变体系PCR(tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,tetra-primer ARMS PCR)技术,对144个雌核发育一代翘嘴鲌样本的SNP位点进行分型,并将SNP位点基因型与翘嘴鲌7个形态性状(体长、体质量、体厚、体高、全长、尾柄长、尾柄高)进行关联性分析。【结果】优化PCR反应条件后,在退火温度为61.5℃,内、外引物各浓度比例为2∶1时,c.717GT位点得到良好的分型结果;在退火温度为58.8℃,内、外引物各浓度比例为1∶1时,c.778GA位点得到良好的分型结果。抑制素βB基因c.717GT位点和c.778GA位点不同基因型与7个生长性状之间都存在显著差异(P0.05)。其中,c.717GT位点GG基因型和c.778GA位点GG基因型是与翘嘴鲌生长性状有关的有利突变。一般线性模型分析了这2个SNP位点的3种高频率双倍型(分别为双倍型D1、D2和D3),结果表明双倍型D1和D2的7个生长性状指标均显著高于双倍型D3(P0.05)。【结论】抑制素βB基因c.717GT位点和c.778GA位点均具有作为雌核发育一代翘嘴鲌分子标记辅助选育的潜力,而且c.778GA位点GG基因型对雌核发育一代翘嘴鲌生长性状的影响更加显著,研究可以为翘嘴鲌分子育种提供新的分子标记。     

基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

为探讨中国南海裸胸鳝属（Gymnothorax）鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列（504bp）。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明：（1）504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异（37.1%）;（2）序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;（3）细斑裸胸鳝（Gymnothorax fimbriatus）与黑斑裸胸鳝（G.favagineus）之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;（4）在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。