利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。     

团头鲂红体色突变体的发现及其种质遗传分析

以自然环境下发现的5尾红色鳊鱼(雌鱼3尾,雄鱼2尾)为材料,进行种质遗传鉴别。形态可数性状测定显示,红色鳊鱼胸鳍条数为14,背鳍和臀鳍棘数均为2,而其他6群体鳊鲂鱼类(东江三角鲂、钱塘江三角鲂、广东鲂、团头鲂、厚颌鲂和长春鳊)的胸鳍条数为16-19,背鳍和臀鳍棘数均为3。对9项形态学可量比例参数和20项框架参数进行主成分分析,显示红色鳊鱼突变体在这些形态上与团头鲂较近。微卫星聚类分析发现,红色鳊鱼突变体首先与团头鲂聚类,遗传距离最近,为0.309 4,与长春鳊的遗传距离最远,为3.743 9。最后,通过线粒体COX1和COX2基因序列分析,发现这5尾突变体与团头鲂的遗传相似度高达99%,与三角鲂、长春鳊、大眼华鳊、翘嘴鲌、蒙古鲌、鲫、鲤和斑马鱼的遗传相似度分别为95%、95%、94%、94%、93%、86%、86%和82%,聚类分析结果也显示红色鳊鱼突变体首先与团头鲂聚类,表明红色鳊鱼突变体与团头鲂间存在极近的亲缘关系,应属于团头鲂的体色突变类型。团头鲂红色突变体可为团头鲂的遗传育种研究提供宝贵的研究材料。     

不同鳊鲂属鱼类群体的形态差异分析

运用3种多元统计方法对我国鳊属长春鳊(Parabramis.pekinensis)、鲂属团头鲂(Megalobrama.amblycephala)、东江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、钱塘江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、厚颌鲂(Megalobrama.pellegrini)和广东鲂(Megalobrama.hoffmanni)6个群体的可数性状、可量性状和框架性状的形态学差异进行了分析。结果显示,鳊鲂属鱼类6群体在侧线鳞数、侧线上鳞数、侧线下鳞数、背鳍条数、胸鳍条数、腹鳍条数、臀鳍条数等7项形态可数性状上的差异不显著(P0.05)。对9项可量比例参数和20项框架比例参数的聚类分析结果表明,团头鲂与同属的厚颌鲂、三角鲂亲缘关系较近,这3个鲂属种群与鳊属长春鳊形态差异较大,与同为鲂属的广东鲂形态差别最大;另外,聚类分析表明三角鲂的2个地理群体(东江三角鲂、钱塘江三角鲂)也存在一定的形态差异。判别分析构建了鳊鲂属鱼类6群体的判别函数,其综合判别率为93.7%。主成分分析提取的前2个主成分的累积贡献率为77.9%,其中主成分1的贡献率为70.9%,对鳊鲂属鱼类群体间形态学差异起决定性作用的特征集中在背腹轴方向。     

红鲐属三种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

本文测定了红珀属的翘嘴红约、青梢红铂和蒙古红铂细胞色素b基因片段序列（1091bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析。并以红鳍珀为外类群,用NJ法和UPGMA法构建系统关系树。结果表明：（1）四种鱼（包括外类群）Cytb基因片段序列碱基平均差异为6．2％,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7．4;（2）本文测定的红鲐属三种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红珀与青梢红珀亲缘关系较近。     

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp), 对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析, 并以红鳍鲌为外类群, 用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树. 结果表明: ① 4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%, 变异位点184个, 具有简约性信息位点141个, 平均转换颠换比为7.4; ②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群, 其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、二代测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser~((UCN))、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser~((AGY))外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与㊣属、半㊣属和细鳊属亲缘关系上较远。     

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列（1 091 bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接（NJ）法和非加权算术平均对数（UPGMA）法构建系统关系树.结果表明：①4种鱼（包括外类群）Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7.4;②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

三角鲂IGF-I基因的分子克隆及其序列分析

 采用RT-PCR技术首次从钱塘江三角鲂肝脏组织克隆了IGF-Ⅰ基因(GenBank No.AY247412)，序列分析表明钱塘江三角鲂IGF-ⅠcDNA序列由486个核苷酸组成，编码包括B、C、A、D和E 5个区域的161个氨基酸，为Ea-2亚型。同源性分析发现，钱塘江三角鲂IGF-ⅠcDNA与团头鲂、草鱼和鲤鱼的同源性分别为99.8%、88.8%和85.8%，钱塘江三角鲂IGF-Ⅰ前蛋白氨基酸序列与团头鲂、草鱼和鲤鱼的同源性分别为99.4%、88.8%和85.4%。在鲤科鱼类中，亲缘性越近鱼种，IGF-Ⅰ及其基因的同源性越高。试验结果为三角鲂种质研究和开发高效生物饲料添加剂提供基础资料。     

鳊鲂鱼类的染色体核型及DNA含量分析

为了解我国主要鳊鲂鱼类细胞遗传学特征,用肾细胞体内培养法分析鳊鲂鱼类染色体核型,并首次测定了广东鲂、三角鲂、长春鳊等的DNA含量。结果显示团头鲂核型为2n=24m+20sm+4st,NF=92,DNA含量为2.66 pg;广东鲂核型为2n=26m+18sm+4st,NF=92,DNA含量为2.57 pg;厚颌鲂核型为2n=26m+18sm+4st,NF=92,DNA含量为2.81 pg;三角鲂核型为2n=24m+20sm+4st,NF=92,DNA含量为2.60 pg;长春鳊核型为2n=26m+22sm,NF=96,DNA含量为2.34 pg。鲂属鱼类在进化过程中染色体核型存在着趋同性,与长春鳊核型差异明显。无论是DNA含量还是总臂数(NF)鳊鲂鱼类差异都很显著。此外,按总臂数多少划分,长春鳊为特化类群,鲂属鱼类为较原始类群。这些结果可为鳊鲂鱼类的染色体组操作和基因组学研究提供必要资料。     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser^(UCN)、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser^(AGY)外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与属、半属和细鳊属亲缘关系上较远。