钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser^(UCN)、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser^(AGY)外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与属、半属和细鳊属亲缘关系上较远。     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究.为了阐明翘嘴红鲐与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲐的414 bp细胞色素b基因片段序列.所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点(14.73%),大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换.翘嘴红鲐与鳊之间的序列同源性最高,为93.48%,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分剐为90.58%,90.82%,91.30%.以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树.该结果显示,翘嘴红鲐和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲐与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远.     

不同鳊鲂属鱼类群体的形态差异分析

运用3种多元统计方法对我国鳊属长春鳊(Parabramis.pekinensis)、鲂属团头鲂(Megalobrama.amblycephala)、东江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、钱塘江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、厚颌鲂(Megalobrama.pellegrini)和广东鲂(Megalobrama.hoffmanni)6个群体的可数性状、可量性状和框架性状的形态学差异进行了分析。结果显示,鳊鲂属鱼类6群体在侧线鳞数、侧线上鳞数、侧线下鳞数、背鳍条数、胸鳍条数、腹鳍条数、臀鳍条数等7项形态可数性状上的差异不显著(P0.05)。对9项可量比例参数和20项框架比例参数的聚类分析结果表明,团头鲂与同属的厚颌鲂、三角鲂亲缘关系较近,这3个鲂属种群与鳊属长春鳊形态差异较大,与同为鲂属的广东鲂形态差别最大;另外,聚类分析表明三角鲂的2个地理群体(东江三角鲂、钱塘江三角鲂)也存在一定的形态差异。判别分析构建了鳊鲂属鱼类6群体的判别函数,其综合判别率为93.7%。主成分分析提取的前2个主成分的累积贡献率为77.9%,其中主成分1的贡献率为70.9%,对鳊鲂属鱼类群体间形态学差异起决定性作用的特征集中在背腹轴方向。     

温州光唇鱼线粒体基因组结构及系统发育分析

采用已公布的鱼类线粒体基因组全序列,设计8对引物扩增、测定并注释温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)线粒体基因组(GenBank登录号:KC_495074)。序列全长16 591 bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致;37个基因中,1个蛋白质编码基因(ND6)和8个tRNA基因(tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu和tRNAPro)由L链编码,其余的均由H链编码。A、T、G、C碱基组成分别为30.92%、24.86%、16.41%、27.81%;除tRNASer(AGN)外,其它21个tRNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子,而COⅡ、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其它10个基因均具有完整的终止密码子。利用鲤科共17属18种线粒体基因组13个蛋白质基因的氨基酸序列,从线粒体基因组水平探讨了温州光唇鱼在鲤科鱼类中的系统进化地位,为光唇鱼属乃至鲤科鱼类的系统分类学研究提供基础资料。     

紫貂线粒体基因组全序列结构及其进化

利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结果表明:鼬科7个物种分成3大支系,分别为水獭亚科和臭鼬亚科群、日本貂和貂熊群以及紫貂和狗獾群,说明鼬科并非是一个单系群,紫貂与鼬科中的獾亚科亲缘关系较近,而与貂属中的美洲貂和石貂亲缘关系最近。     

珠江三种亚科鱼类微卫星鉴别技术的建立

应用微卫星标记技术鉴别珠江3 种主要鲌亚科鱼类广东鲂（Megalobrama terminalis）尧鳊（Parabramis pekinensis）尧海南红鲌（Culter recurviceps）。从GenBank 和文献资料中初选3 种鲌亚科鱼类的微卫星标记、设计108 对微卫星引物、用PCR 扩增3 种鱼的基因组DNA、并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测选出每种鱼的特异微卫星标记、共 获得16 个特异性标记。其中、微卫星标记F-524 在广东鲂和海南红鲌中扩增的目的片段为309~320 bp、在鳊中无扩 增条带;微卫星标记L-4 在鳊和海南红鲌中扩增目的片段为160~201 bp、在广东鲂中无扩增条带;微卫星标记L-7 在广东鲂和鳊中扩增的目的片段为160~190 bp、在海南红鲌中扩增的片段为123~143 bp。3 个微卫星标记、单独使用 1 个特异性标记或几种特异性微卫星标记相结合、可快速从分子水平鉴别出广东鲂尧鳊尧海南红鲌、从而解决3 种鲌 亚科鱼类早期发育过程中形态比较相似、通过形态鉴定比较困难的问题。     

三角鲂IGF-I基因的分子克隆及其序列分析

 采用RT-PCR技术首次从钱塘江三角鲂肝脏组织克隆了IGF-Ⅰ基因(GenBank No.AY247412)，序列分析表明钱塘江三角鲂IGF-ⅠcDNA序列由486个核苷酸组成，编码包括B、C、A、D和E 5个区域的161个氨基酸，为Ea-2亚型。同源性分析发现，钱塘江三角鲂IGF-ⅠcDNA与团头鲂、草鱼和鲤鱼的同源性分别为99.8%、88.8%和85.8%，钱塘江三角鲂IGF-Ⅰ前蛋白氨基酸序列与团头鲂、草鱼和鲤鱼的同源性分别为99.4%、88.8%和85.4%。在鲤科鱼类中，亲缘性越近鱼种，IGF-Ⅰ及其基因的同源性越高。试验结果为三角鲂种质研究和开发高效生物饲料添加剂提供基础资料。     

团头鲂红体色突变体的发现及其种质遗传分析

以自然环境下发现的5尾红色鳊鱼(雌鱼3尾,雄鱼2尾)为材料,进行种质遗传鉴别。形态可数性状测定显示,红色鳊鱼胸鳍条数为14,背鳍和臀鳍棘数均为2,而其他6群体鳊鲂鱼类(东江三角鲂、钱塘江三角鲂、广东鲂、团头鲂、厚颌鲂和长春鳊)的胸鳍条数为16-19,背鳍和臀鳍棘数均为3。对9项形态学可量比例参数和20项框架参数进行主成分分析,显示红色鳊鱼突变体在这些形态上与团头鲂较近。微卫星聚类分析发现,红色鳊鱼突变体首先与团头鲂聚类,遗传距离最近,为0.309 4,与长春鳊的遗传距离最远,为3.743 9。最后,通过线粒体COX1和COX2基因序列分析,发现这5尾突变体与团头鲂的遗传相似度高达99%,与三角鲂、长春鳊、大眼华鳊、翘嘴鲌、蒙古鲌、鲫、鲤和斑马鱼的遗传相似度分别为95%、95%、94%、94%、93%、86%、86%和82%,聚类分析结果也显示红色鳊鱼突变体首先与团头鲂聚类,表明红色鳊鱼突变体与团头鲂间存在极近的亲缘关系,应属于团头鲂的体色突变类型。团头鲂红色突变体可为团头鲂的遗传育种研究提供宝贵的研究材料。     

三倍体虹鳟线粒体基因组结构与系统进化分析

【目的】获得三倍体虹鳟线粒体基因组（mtDNA）全序列,揭示其序列的主要结构特征,探究三倍体虹鳟系统发育相关信息,丰富鲑科鱼类mtDNA数据库,为三倍体虹鳟进化和系统发育研究提供参考。【方法】选取健康状况良好且规格相似的三倍体虹鳟3条,采集其背脊上部肌肉组织,提取基因组DNA,检测DNA质量后通过Illumina测序技术对三倍体虹鳟mtDNA进行测序、组装和注释,并进行生物信息学分析;基于已报道的27种鲑科鱼类的mtDNA,运用邻接法（neighbour joining,NJ）构建鲑科鱼类系统发育树。【结果】三倍体虹鳟mtDNA全长为16 655 bp;A+T含量较高（54.06%）,G+C含量较低（45.94%）,其碱基组成有明显的A/T偏向性。三倍体虹鳟mtDNA包括13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区（D-loop区）。13个蛋白编码基因中,除cox1的起始密码子为GTG外,其他12个基因的起始密码子均为ATG,终止密码子均为TNN;2个rRNA基因总长度为2 606 bp,22个tRNA基因中除trnS1外,其余21个基因均能形成典型的三叶草结构;D-loop区在环状的DNA分子中位于trnF和trnP之间。系统发育树结果显示,28个物种明显分为2个大的支系,鲑亚科的麻哈鱼属、副哲罗鱼属、细鳞鲑属、哲罗鱼属、红点鲑属、鳟属的鱼种聚为一支,其中三倍体虹鳟和虹鳟最先聚为一支,表明其亲缘关系最近;茴鱼亚科茴鱼属和白鲑亚科的白鲑属、柱白鲑属鱼种聚为另一支。【结论】获得了三倍体虹鳟mtDNA,三倍体虹鳟与虹鳟亲缘关系最近。     

鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了鲂属4种鱼类及长春鳊的Cyt b片段序列,并运用MEGA 3.1软件进行了序列分析,通过NJ法、UPGMA法构建了系统发育树。结果表明:鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支,但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异;三角鲂与厚颌鲂的聚类不明确。该研究结果可为深入探讨鲂属鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

三角鲂与团头鲂鱼体营养成分比较分析

三角鲂Megalobramaterminalis(Richardson),主要分布于长江中下游、黄河、黑龙江、珠江及东部沿海诸水系。以钱塘江所产三角鲂最负盛名。团头鲂隶属硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、鳊亚科,是一种原产于长江中游的经济鱼类,近年来广为养殖,是市场上较受欢迎的常见养殖鱼类品种之一[1,2     

7种金鱼线粒体基因组比较

为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。     

三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析

[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(O_L区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNA^Ser(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型...     

建昌鸭线粒体基因组全序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得建昌鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示:建昌鸭线粒体基因组全长16 606 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为29.21%、22.19%、15.77%、32.83%,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(D-loop),基因组结构和已知雁形目鸟类的完全相同.基于线粒体13个蛋白质编码基因序列,采用邻接法构建雁形目8个物种的系统进化树,所得结果与传统的系统分类基本一致.     

钢鹅mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

【目的】探究钢鹅的遗传多样性和系统进化的关系。【方法】参照NCBI上近缘物种线粒体基因组序列设计18对引物,运用DNA克隆和测序技术获得钢鹅mtDNA基因组序列,对其进行生物信息学分析。【结果】钢鹅mtDNA基因组序列总长16 739bp,其中含有22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区域(D-loop区),基因组成及排列顺序与其他鸟类类似,A、T、C和G碱基含量分别为30.18%,22.54%,32.18%和15.10%。tRNAScan-SE Search Server在线软件分析表明,tRNA均是4个恒定臂的三叶草二级结构。对钢鹅mtDNA D-loop区序列的分析发现,其中含有LSP/HSP、ETAS1-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、CSB1-box及CSB-like保守框。用MEGA 6.0采用最大似然法基于D-loop区和线粒体全序列构建进化树,遗传进化分析表明,钢鹅与鸿雁、灰雁的亲缘关系最近。【结论】获得了钢鹅mtDNA全序列,进一步明确了其生物学信息。     

小片蝽线粒体基因组及蝽科系统发育分析

为了从线粒体基因组水平探讨小片蝽Sciocoris lateralis在蝽科的分类地位,丰富蝽科线粒体基因组基本数据,为蝽科系统发育进化研究提供一定的理论依据,通过高通量测序,首次测定并分析了小片蝽完整线粒体基因组（Genbank登录号：OP531920）,提取蝽科物种的13个蛋白编码串联序列（PCGs）,使用最大似然法、贝叶斯法构建系统发育树。结果显示,小片蝽昆虫的线粒体全基因组长度为15 445 bp,包括13个蛋白编码基因（Protein-codinggenes,PCGs）、2个rRNA基因（ribosomeRNAs,rRNAs）、22个tRNA基因（transferRNAs,tRNAs）和1个控制区（Control region）。小片蝽线粒体基因组结构排序与其他蝽科物种一致,均无基因重排现象。小片蝽线粒体全序列AT含量为74.26%,GC含量为25.74%。13个蛋白编码基因中,cox1、nad1和nad6的起始密码子为TTG,其余10个蛋白编码基因的起始密码子是ATT、ATA、ATG。在所测得的tRNA基因中,trnS1和trnV缺失DHU臂,其他20个tRNA均能折叠形成...     

绍兴鸭线粒体基因组全序列测定与分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计15对引物,通过PCR扩增、测序、拼接,获得绍兴鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列并进行序列分析。绍兴鸭线粒体基因组全长16 604 bp,碱基组成为29.20%A,22.19%T,15.78%G,32.83%C,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop),基因组成及排列顺序与其他鸟类相似,表明鸟类线粒体DNA进化上有较高的保守性。     

东北野猪线粒体DNA序列的测定与分析

通过PCR扩增获得东北野猪(Northeastern wild boar)线粒体全基因组序列,研究表明东北野猪线粒体全基因组序列全长16581bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-loop区。利用MEGA4软件构建系统进化树,推测东北野猪在分类上属于亚洲群,是亚洲猪种中最为古老的。     

基于Illumina Hiseq 4000高通量测序平台的暗色唇鲮线粒体基因组特征分析

【目的】研究暗色唇鲮(Semilabeo obscurus)的分子遗传学特性,为暗色唇鲮种质资源遗传多样性分析和分子标记研究提供基础数据。【方法】利用高通量第二代测序技术,构建暗色唇鲮线粒体基因组全序列,分析序列的结构特征。【结果】暗色唇鲮的线粒体基因组全序列长度16 598～16 599 bp,GC含量42.65%～42.7%,共含有13个蛋白编码基因、22个t RNA、2个rRNA(12S-rRNA和16S-rRNA)以及1个控制区。线粒体基因组除ND6外,GC-skew值均为负值,COXI、ND3以及ND6的AT-skew值为负值,其余基因的AT-skew值均为正值。暗色唇鲮的13个蛋白编码基因氨基酸总长为3 794 aa,偏好密码子(RSCU2)分别是终止密码子Arg(CGA)、Gly(GGA)、Leu(CTA)、 Pro(CCA)、 Ser(TCA)以及终止密码子Stp(TAA)。暗色唇鲮(唇鲮属Semilabeo)与泉水鱼Pseudogyrinocheilus prochilus的亲缘关系最近,和卷口鱼Ptychidio jordani、直口鲮Rectoris posehensis、异华鲮Parasinilabeo assimilis存在较高的亲缘关系。【结论】暗色唇鲮的线粒体基因组结构和基因排列顺序与鱼类基因组典型结构和排列一致。