湖南洞庭湖区12株H9N2亚型AIV全基因序列的进化分析

【目的】从分子生物学角度了解H9N2亚型禽流感病毒在湖南省洞庭湖区的变异特点和进化规律。【方法】对近年来洞庭湖区分离的12株H9N2亚型禽流感毒株的全基因进行分段克隆测序,应用Mega 5软件包对病毒基因进行多序列比对和进化树的绘制与分析。【结果】12株H9N2亚型禽流感毒株HA裂解位点均没有多个连续的碱性氨基酸插入,属于低致病性病毒。12株H9N2亚型禽流感病毒HA、NA基因进化比较同步,均处于DK/HK/Y280/97分支,而6个内部基因(M、PB2、PB1、PA、NA、NS)与高致病性禽流感H5亚型毒株呈现不同程度重组现象,且与H7N9亚型毒株基因的核苷酸同源性很高,很有可能为其提供内部基因。【结论】湖南省洞庭湖地区H9亚型禽流感病毒的遗传演化较为复杂,存在广泛的基因重组现象。     

江苏H9N2亚型禽流感病毒HA和NA的遗传进化分析

为了解江苏H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的变异情况,采用RT-PCR技术对10株从江苏不同地区分离的H9N2亚型禽流感病毒的HA和NA基因进行了扩增、克隆、测序和遗传进化分析。结果显示:10株H9N2病毒间HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别是94.3%~99.0%、93.8%~99.6%,NA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别是94.9%~99.9%、95.2%~100.0%,它们均属于欧亚分支中的A/Duck/Hong Kong/Y280/97亚群;10株病毒的HA裂解位点均为RSSR-GLF,受体结合位点第198位有8株为苏氨酸,2株为丙氨酸,第191位有1株为组氨酸;10株病毒NA基因在62~64位均存在缺失的现象,从而导致61位的糖基化位点缺失,NA基因第402位均出现了由天冬酰胺(N)到天冬氨酸(D)的变异,8株病毒只具有6个糖基化位点。     

江苏H9N2亚型禽流感病毒HA和NA的遗传进化分析

为了解江苏H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的变异情况,采用RT-PCR技术对10株从江苏不同地区分离的H9N2亚型禽流感病毒的HA和NA基因进行了扩增、克隆、测序和遗传进化分析。结果显示:10株H9N2病毒间HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别是94.3%⁹9.0%、93.8%99.0%、93.8%⁹9.6%,NA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别是94.9%99.6%,NA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别是94.9%⁹9.9%、95.2%99.9%、95.2%¹00.0%,它们均属于欧亚分支中的A/Duck/Hong Kong/Y280/97亚群;10株病毒的HA裂解位点均为RSSR-GLF,受体结合位点第198位有8株为苏氨酸,2株为丙氨酸,第191位有1株为组氨酸;10株病毒NA基因在62100.0%,它们均属于欧亚分支中的A/Duck/Hong Kong/Y280/97亚群;10株病毒的HA裂解位点均为RSSR-GLF,受体结合位点第198位有8株为苏氨酸,2株为丙氨酸,第191位有1株为组氨酸;10株病毒NA基因在62⁶4位均存在缺失的现象,从而导致61位的糖基化位点缺失,NA基因第402位均出现了由天冬酰胺(N)到天冬氨酸(D)的变异,8株病毒只具有6个糖基化位点。     

H9N2亚型禽流感病毒广东2009年分离毒株的HA基因功能进化

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法,对A/chicken-Guangdong/E8/2009等4株H9N2亚型禽流感病毒广东分离株的HA基因进行克隆、测序和遗传衍化分析,并与国内疫苗毒株进行比较,力图从分子水平探讨广东H9N2亚型禽流感病毒的演化和变异规律。研究结果显示:4株分离毒株与3株国内疫苗毒株的氨基酸同源性在91.3%~93.3%之间,与09年其他地区分离得到的H9N2亚型禽流感毒株同源性在95.0%~99.2%之间。4株H9N2亚型禽流感病毒比国内所使用的3株疫苗毒株都在第295位新增一个潜在糖基化位点。此外,研究还发现4株分离毒株共有7处氨基酸位点发生突变,其中A316S突变正好位于HA切割位点,而Q216L则位于受体结合位点。本研究从一定程度上反映出2009年国内流行H9N2禽流感优势毒株与国内一些疫苗毒株有一定的进化距离。     

11株H9N2亚型禽流感病毒神经氨酸酶基因遗传分析

[目的]本文旨在了解H9N2亚型禽流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传特点和变异情况。[方法]选择2008—2013年从江苏、安徽和浙江省家禽中分离的11株H9N2亚型禽流感病毒,用RT-PCR方法对NA基因片段进行扩增、克隆和序列测定,并对其核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性及遗传进化分析。[结果]11株毒株的NA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为86.2%~99.5%和86.9%~99.1%,均属于欧亚分支。其中9株鸡源毒株属于Y280-like亚系,在NA蛋白颈部63~65位点缺失了3个氨基酸;2株鸭源毒株属于G1-like亚系,在颈部39~40位点缺失了2个氨基酸。11株分离株除了69、146、200、234位点处潜在的N-糖基化位点比较保守以外,其余的糖基化位点都出现了变异情况。红细胞结合位点(HB)在431~433位点区域比较保守,但在366~373和399~404位点区域的氨基酸发生了明显的变异。抗原决定簇中部分氨基酸序列变异也较为活跃,推测与使用疫苗后的抗体选择有关。NA蛋白酶活性位点处的氨基酸非常保守,没有发生与抗神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。[结论]江苏、安徽、浙江等省养殖鸡群中的H9N2亚型禽流感病毒仍以Y280-like分支较为常见,鸭群中出现G1-like分支应引起人们的注意。NA基因存在一定的变异,应加强对该类病毒的分子流行病学监测。     

华东地区H9N2亚型禽流感病毒HA基因的遗传演化分析

为了解华东地区H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传特点和流行规律,利用RT-PCR方法扩增华东地区2008~2013年分离的17株H9N2亚型AIV血凝素(HA)基因片段,进行序列测定和遗传进化分析,并对HA蛋白质的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型AIV HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为84.6%~99.3%和86.0%~99.5%,均属于欧亚分支。其中15株鸡源病毒属于Y280-like亚系,2株鸭源病毒属于G1-like亚系。HA裂解位点都是非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA受体结合位点149、150、191、198和234位氨基酸存在变异,尤其是234位氨基酸有14株毒株变为L,表现出人流感病毒受体结合特性。有2株毒株在145位氨基酸出现新的糖基化位点,5个毒株在218位氨基酸缺失1个糖基化位点,13个毒株在313位氨基酸增加了一个新的糖基化位点。研究结果表明华东地区近年来H9N2亚型AIV存在一定的变异,应加强对该类病毒的分子流行病学监测。     

1998-2021年我国人感染H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化规律

【目的】 通过分析1998—2021年间我国人感染H9N2亚型禽流感病例的发病时间、所在省份、年龄和性别等信息,明确H9N2亚型禽流感病毒的流行病学特征;通过分析人源H9N2亚型禽流感病毒的基因特征,阐明人源H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化规律;为H9N2亚型禽流感病毒跨种间传播的预警和防控提供数据支撑。【方法】 基于流感基因数据库、病例报道和文献资料,获得1998—2021年我国人感染H9N2亚型禽流感病毒的病例信息和毒株序列数据。从时间、空间、性别和年龄的分布对感染病例进行分析,明确人源H9N2亚型禽流感病毒感染的流行病学特征。通过DNASTAR中的MegAlign软件对人源H9N2病毒的各基因片段的核苷酸序列进行同源性分析,利用MEGA7.0软件构建系统进化树和分析病毒蛋白关键位点,揭示遗传演化趋势和病毒蛋白关键氨基酸位点的变异情况。通过GISAID网站下载2019—2021年间我国H9N2亚型禽流感病毒的核苷酸序列,利用mafft比对后在MEGA7.0中查看人源与禽源H9N2病毒关键氨基酸位点的突变差异,揭示当前人源和禽源H9N2病毒可能引起的风险。【结果】 1998—2021年我国人感染H9N2亚型禽流感病毒病例共71例,从空间分布分析,病例分布于16个省市,其中91.55%的病例来自于南方12个省市;从时间分布分析,2013年以后,我国报道的感染病例呈增长趋势,2013—2021年累计感染病例数占总病例数的61.97%;从性别和年龄分布分析,男、女性别比为 1﹕1.68,感染病例主要见于幼儿和少儿,占总病例的74.14%。对人源H9N2病毒进行基因组比对分析,发现这些病毒均属于欧亚分支,但是这些病毒各基因片段的核苷酸序列同源性差异较大,HA、NA、PB2、PB1、PA、NP、M和NS的同源性分别为75.3%—100%、80.1%—100%、78.7%—100%、82.5%—100%、72.6%—100%、74.1%—100%、65.5%—100%、82.0%—100%;22株具有完整基因片段的病毒分为8个基因型,2003、2008和2013年的基因型与1999年的基因型有明显差异。1998—2021年共有42株人源H9N2病毒株上传HA序列,其中有38株病毒的HA蛋白发生Q226L的突变;共有30株人源H9N2病毒株上传PB2序列,其中9株病毒的PB2蛋白发生E627V突变,1株病毒的PB2蛋白发生E627K突变;1株病毒的PB2蛋白的701位点发生D701N突变,共有31株人源H9N2病毒株上传 NS与M序列,NS1蛋白的42位点均为S,M1蛋白的30和215位点的氨基酸分别为D和A。2019-2021年人源H9N2病毒的HA蛋白183与190位点、NS1蛋白42位点均发生突变,人源与禽源H9N2病毒的PB2蛋白701位点均未发生突变。【结论】 自2013年以来,我国人感染H9N2亚型禽流感病例数量呈增长趋势,且具有显著的地域、年龄和性别差异。1998年至今,人源H9N2病毒的基因同源性差异较大,不同分支间病毒基因重排频繁,形成了复杂的基因型,提示H9N2亚型禽流感病毒在不断地进化。人源H9N2病毒的关键氨基酸位点出现突变,且在2019—2021年人源比禽源H9N2病毒的关键位点突变率高,提示H9N2亚型禽流感病毒的跨种感染人的潜力逐渐增强。该结果丰富了对人源H9N2病毒认知,为H9N2亚型禽流感病毒防控提供参考。     

5株H9N2亚型禽流感病毒HA、NA基因的序列分析

为了从分子生物学角度了解H9N2亚型禽流感病毒（AIV）在广西的遗传变异情况,对5株不同年代的广西H9N2亚型AIV的HA和NA基因进行克隆测序及同源性、遗传进化分析。结果表明,5株分离株均为低致病性AIV（LPAIV）,HA、NA基因均属于欧亚谱系中的DK/HK/Y280/97（第I亚群）,与我国代表株CK/BJ/1/94HA基因核苷酸、氨基酸同源性为93.5%～95.9%,NA基因核苷酸、氨基酸同源性为93.8%～95.8%。分离株DK/GX/51/05、CK/GX/55/05HA基因第226位氨基酸由谷氨酰胺（Gln）突变为亮氨酸（Leu）,具备人类流感病毒的受体特征,而在糖基化位点方面,除了CK/GX/6/00HA基因的第218位发生变异以外,5株分离株HA基因上其余各糖基化位点均未发生变异;分离株DK/GX/51/05、CK/GX/55/05、QA/GX/B1/06NA基因均缺失第63、64、65位3个氨基酸,导致1个糖基化位点缺失,而CK/GX/6/00、WB/GX/A1/06NA基因则未发生缺失。     

1株H7N9亚型禽流感病毒的遗传进化和分子特征分析

对1株H7N9亚型禽流感毒株A/environment/Hebei/621/2017(H7N9)简称EN621进行基因测序和序列分析,研究其遗传进化趋势和分子生物学特征。结果显示,该毒株血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)分别与人源流感毒株的HA和NA属于同一进化支进化而来,EN621毒株HA蛋白的裂解位点存在多个连续碱性氨基酸,符合典型高致病性AIV特征;HA蛋白上有4个糖基化位点与人源流感毒株HA蛋白糖基化位点一致,且第226位氨基酸为Q,优先与禽类α-2,3唾液酸受体结合;NA蛋白上有6个潜在糖基化位点与人源流感毒株NA蛋白糖基化位点一致;NP蛋白第184氨基酸位点由A突变为K,对于AIV的复制和致病性有着密切联系。本研究提示EN621毒株存在感染人的潜在可能性,应加强H7N9亚型禽流感病毒的监测,建立相应的防范机制,保障公共安全。     

四株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆与分子特征分析

对分离自北方地区发病鸡群中的四株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)进行了血凝素(HA)基因的全长扩增和序列测定.将其核苷酸序列及推定的氨基酸序列与GenBank中已有的参考序列进行比较并绘制了系统进化树.结果表明基于HA基因多个不同的核苷酸区段所做的系统发育分析结果基本一致.尽管分离时间不同,但这四株AIV的HA基因同源性很高,均属于A/DK/HK/Y280/97-like病毒.四株病毒在HA裂解位点、受体结合位点以及推测的糖基化位点的氨基酸序列均与上述亚系相似,但是其中的两株病毒由于一个核苷酸的变异,缺失了HA上298～300位的一个潜在的糖基化位点.     

2株广西猪源H9N2亚型流感病毒遗传进化及生物学特性分析

[目的]明确广西猪源H9N2亚型流感病毒的遗传特征及分子生物学特性(抗原性、耐药性和致病性),为广西猪源H9N2亚型流感病毒的防控提供科学依据.[方法]以分离自广西百色地区的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)为研究对象,运用RT-PCR扩增其全基因组的8个基因片段(HA、NA、NP、M、NS、PB1、PB2和PA基因),经克隆测序后进行核苷酸序列及氨基酸位点分析.[结果]2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的核苷酸序列开放阅读框(ORF)分别是PB2:2280 bp、PB1:2274 bp、PA:2151 bp、HA:1683 bp、NP:1497 bp、NA:1410 bp、M:982 bp和NS:838 bp.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒全基因组仅M基因核苷酸序列与猪源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,而HA、NA、NP、NS、PA、PB2和PB1基因核苷酸序列均与禽源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,在基因型分类上属于G57基因型,为我国广泛流行的H9N2亚型基因型.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的HA蛋白发生R180Q、T213A、D216E、M224L、N285S和V287T突变,NA蛋白抗原决定簇S331V、W403S和Q431K也发生突变;NA蛋白在N2亚型的耐药性关键位点119E、151D、292R、276E和294N位点未发生突变,但在NA蛋白抗原区存在S331V、K367E和Q432K突变,且M2氨基酸位点发生S31N突变.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒HA蛋白连接HA1和HA2的氨基酸均为RSSR↓GLF;HA蛋白存在1个因P315S突变而新增的潜在糖基化位点(NCS);NA蛋白未缺失NA潜在糖基化位点,也未出现NA蛋白颈部杆状结构63~65 aa缺失现象,在NA潜在糖基化位点中69、86、146、200和234 aa处非常保守,但发生W402S突变.[结论]从广西百色分离获得的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)虽为低致病力毒株,但在流感病毒基因重组过程中发挥重要作用,且其致病性有增强趋势,已对金刚烷胺类药物产生耐药性.因此,应加强广西地区哺乳动物H9N2亚型流感病毒的监控,并警惕其跨种间传播.     

两株鸡源H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定和遗传进化分析

为了解湖北鸡源禽流感病毒的遗传进化和氨基酸变异情况,将分离到的2株禽流感病毒进行全基因组测序及遗传进化分析。利用RT-PCR扩增流感病毒基因组片段,PCR扩增流感病毒片段、克隆至pMD18-T载体,并对序列特征进行生物信息学分析。结果表明:分离到的2株病毒高度同源,其HA和NA基因属于Y280谱系,PB1、PA、NP和NS基因属于SHF98-like谱系,PB2和M基因属于G1-like谱系;HA裂解位点均为-RSSR↓GLF-,具有低致病性流感病毒的分子特征;在HA蛋白上比当前流行株Y280多了一个潜在糖基化位点313(NCS);在234位点(对应H3编号中的226)产生了从Q到L的突变;在M2蛋白的31位点均产生了从S到N的突变。该2株H9N2亚型流感病毒为Y280谱系的病毒,这提示湖北地区可能也流行Y280-like分支禽流感病毒,虽然属于低致病性禽流感病毒(Low pathogenic AIV,LPAIV),但具有感染哺乳动物的潜在风险。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的遗传变异

连续3年对某鸡场禽流感感染鸡群进行跟踪监测,对使用疫苗前与使用疫苗后不同时段分离的H9N2亚型禽流感病毒的血凝素(HA)基因进行全序列分析,研究其H9N2亚型禽流感病毒在同亚型灭活疫苗的选择压力下的遗传变异。结果表明:在使用第1次分离的病毒株制备的疫苗后8个月分离该病毒株,其HA基因仅有1个氨基酸发生变异;继续使用该疫苗第2年分离的该病毒株,其HA基因有20个氨基酸发生变异。     

H9N2禽流感病毒陕西分离株HA基因的遗传变异分析

【目的】对H9N2禽流感病毒HA基因全序列进行分析,了解H9N2禽流感分离毒株HA基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank已发表的H9N2毒株的基因序列,设计了2对H9N2禽流感病毒HA基因特异性引物,运用RT-PCR方法对XL、LF和WN分离株进行了扩增,然后将PCR产物送出进行测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行了分析。【结果】XL、LF和WN 3株H9N2分离株间HA基因的核苷酸同源性为99.7%~99.9%,推导氨基酸的同源性为99.1%~99.6%;分离株与参考毒株HA基因核苷酸的同源性为96.2%~99.0%,推导氨基酸的同源性为96.2%~98.6%。通过对3个H9N2分离株间HA基因核苷酸序列的比较,发现共有5个位点的核苷酸发生突变,其中4个位点核苷酸的改变导致相应的氨基酸发生突变。HA蛋白的7个受体结合位点比较保守,但是其在551~553位缺失了潜在的糖基化位点。【结论】3株H9N2分离株裂解位点氨基酸序列完全符合低致病性禽流感的特征RSSR↓G,但是LF裂解位点附近333位脯氨酸(Pro)突变为组氨酸(His),即非极性氨基酸向极性带正电氨基酸(碱性氨基酸)转变,裂解位点的变化可能是H9N2禽流感病毒生物学特性改变的分子基础。     

贵州H9N2亚型禽流感病毒NA基因的遗传演化特征

为探明贵州H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化特征,为其科学防控提供参考,通过GenBank登载H9N2亚型AIV参考毒株的神经氨酸酶(NA)基因设计引物,进行RT-PCR扩增,然后克隆测序,并进行生物信息学分析。结果表明:H9N2亚型禽流感病毒贵州分离株的NA基因全长为1 414bp,可编码467个氨基酸,与国内外参考毒株相应序列的核苷酸同源性在87.5%~98.1%;含有6个潜在的糖基化位点;在63~65位缺失T、E和I等3个茎部氨基酸,导致第61位糖基化位点丢失;从NA基因系统发育树看,该毒株属于欧亚种系Y280分支。     

不同H9N2亚型禽流感病毒分离株致病力研究及HA抗原性变异分析

 【目的】了解近年来中国H9N2亚型禽流感病毒毒力变化和抗原性变异的特点,【方法】对分离于1998—2008年间的25株H9N2亚型禽流感病毒分离株进行了EID50、ELD50、MDT、ICPI、IVPI和8周龄SPF鸡人工感染排毒试验,测定了部分分离株与抗H9N2亚型禽流感病毒Hp参考株HA蛋白单抗2A4和F6的血凝抑制（HI）和中和反应特性,对具有不同反应特性分离株的HA基因进行了序列分析。【结果】不同分离株呈现致病力差异,具多态性特征,3#、12#和14#分离株致病力偏强,能引起部分SPF鸡发病和死亡,人工感染8周龄SPF鸡排毒时间更早,排毒期更长。3#和12#分离株与单抗2A4和F6呈现特殊的反应特性,单抗不能抑制3#和12#的血凝特性,也不能中和病毒感染CEF细胞。HA蛋白氨基酸序列分析表明,3#和12#分离株145位氨基酸发生漂变（S→N）,导致与单抗的血凝抑制反应特性丢失,说明该位点（S145）为H9N2亚型禽流感病毒HA蛋白的一个抗原表位,是血凝抑制抗体结合位点。S145N的漂变导致在145—147位氨基酸多出一个糖基化位点NGT,可能是分离株毒力增强的原因。【结论】本研究结果表明,H9N2亚型禽流感病毒呈现变异趋势,出现了有致病力和抗原性变异流行毒株。S145为H9N2亚型禽流感病毒HA蛋白的一个抗原表位,但有该位点漂变导致的抗原变异毒株出现,并可逃避免疫作用,对该病的防控提出了新的挑战。     

低致病性与高致病性H7N9亚型禽流感病毒分子特征及受体结合能力分析

对2017年从鸡病料中分离到的2株H7N9亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)A/chicken/Hubei/093/2017(H7N9)和A/chicken/Hubei/207/2017(H7N9)(CK93和CK207)进行了全基因组测序。对血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)序列保守性、HA糖基化位点、NA耐药位点和6个内部基因的关键氨基酸位点进行了分析,同时测定了2株毒株的受体结合能力。结果显示,CK93毒株HA裂解位点为PEIPKGR↓GLF,为低致病性AIV特征;而CK207毒株裂解位点为PKPKRTAR↓GLF,为高致病性AIV特征。HA第226位氨基酸在CK93毒株为亮氨酸(226L),而在CK207毒株为谷氨酰胺(226Q)。但受体结合能力测定发现,CK93和CK207都具有结合α-2,3唾液酸受体和α-2,6唾液酸受体的特性,说明Q226L并非影响病毒受体结合特性的决定性因素。本研究结果提示应加强对H7N9亚型禽流感病毒变异监测预防其突变可能造成流行的风险。     

河南地区一株鸡源H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA基因变异分析

由发病蛋鸡体内分离得到一株禽流感病毒,经PCR、血凝试验和免疫荧光鉴定为H9N2亚型,命名为A/Chicken/henanxy/2010(H9N2),病毒对SPF鸡无致病性,对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点为PSRSSRGLF,符合低致病性禽流感的分类标准;并将HA基因和自GenBank读取的H9N2病毒的HA基因序列比较,表明河南分离株属于欧亚分支中的Y280-like分支,与A/Chicken/shandongHL/2010(H9N2)氨基酸同源性94.8%,可能是Y280-like个别核苷酸突变的一株。     

一株鸭源H4N8亚型禽流感病毒的全基因测序及遗传进化分析

【目的】禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)根据其表面糖蛋白血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸(neuraminidase, NA)的不同,可分为16种HA和9种NA亚型。根据其致病力的差异可分为高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus, HPAIV)和低致病性禽流感病毒(low pathogenic avian influenza virus, LPAIV)。虽然H4亚型禽流感病毒为低致病性AIV,感染家禽表现为无症状感染,但其对禽类甚至是哺乳动物是一个潜在的威胁,因此必须要加强对H4亚型禽流感病毒的调查监控。【方法】为了探讨H4亚型禽流感病毒的分子特征及遗传演化规律,对2010年在中国华东地区某活禽市场进行流行病学监测时分离到的一株H4N8亚型禽流感病毒A/duck/Nanjing/1102/2010（简称DK/NJ /1102）进行了全基因组序列测定及遗传进化分析。通过常规的血清学试验确定其HA亚型,提取病毒总RNA,并通过RT-PCR方法分别扩增出其各基因片段,连接 pGEM-Teasy载体上后进行序列测定。利用GenBank中的BLAST工具进行核苷酸序列的同源性分析,并与GeneBank 中的H4亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。【结果】DK/NJ/1102的HA基因与Mongolia 分离株A/duck/Mongolia/274/2007(H4N3)的核苷酸同源性最高,为98.9%。推导的氨基酸剪切位点序列为“P-E-K-A-S-R-G”,符合典型的低致病性禽流感病毒特征;NA基因与华东地区分离的鸭源毒株A/Duck/Eastern China/n91/2009(H3N8)核苷酸同源性最高,达99.4%;PB1、PA和NP基因均与H1亚型禽流感病毒亲缘关系最近;M基因与A/wild duck/Korea/CSM4-12/2009(H5N1)核苷酸同源性最高,高达99.9%;NS基因与韩国2009年分离的H7N7亚型流感病毒遗传距离最近。NS1蛋白的80-84处氨基酸没有发生氨基酸缺失。【结论】该H4N8亚型禽流感病毒基因组构成比较复杂,可能是一株多基因重组病毒。     

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为探明贵州H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化特征,为其科学防控提供参考,通过GenBank登载H9N2亚型AIV参考毒株的神经氨酸酶(NA)基因设计引物,进行RT-PCR扩增,然后克隆测序,并进行生物信息学分析.结果表明:H9N2亚型禽流感病毒贵州分离株的NA基因全长为1 414 bp,可编码467个氨基酸,与国内外参考毒株相应序列的核苷酸同源性在87.5％～98.1％;含有6个潜在的糖基化位点;在63～65位缺失T、E和Ⅰ等3个茎部氨基酸,导致第61位糖基化位点丢失;从NA基因系统发育树看,该毒株属于欧亚种系Y280分支.