马铃薯A病毒云南分离物外壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据马铃薯病毒A(Potato virusA,PVA)外壳蛋白(CP)基因序列设计合成的一对引物,以带病毒植株总RNA为模板,RT-PCR扩增得到长约800 bp的目的片段。将目的片段克隆至pGEM-T Easy载体并进行了序列测定,测得全长为807 bp的PVA CP基因。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较,其氨基酸同源性最高可达98.5%。根据GenBank中PVA CP氨基酸序列建立了病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性进行了分析。     

云南马铃薯A病毒分布及其外壳蛋白分子变异分析

为研究云南马铃薯A病毒(PVA)分布及其外壳蛋白的分子变异,2007年至2011年分别从云南滇西北、滇东北、滇中及滇南马铃薯种植区采集381份马铃薯样品,进行马铃薯A病毒DAS-ELISA检测,结果表明,PVA阳性样品共43份,其中滇西北22份,滇中17份,滇东北4份,滇南未检出。对带有PVA的部分样品进行电镜负染色观察,电镜下观察到长约750 nm、直径约15 nm的线状粒子。根据已报道的PVA外壳蛋白基因(cp基因)序列设计合成特异性引物,以带毒样品总RNA为模板,RT-PCR扩增得到807 bp目的片段,克隆测序并对其推导的外壳蛋白(CP)氨基酸序列进行同源性分析,并比较分析了不同地区PVA分离物CP氨基酸序列分子变异。结果表明,云南不同地区PVA分离物与GenBank中登录的部分PVA分离物CP氨基酸序列同源性为93.3%～100%,依据不同PVA分离物CP氨基酸序列构建系统进化树,云南PVA分离物与中国福建分离物(AF483279)亲缘关系较近,形成一个进化簇。PVA不同分离物CP氨基酸序列分子变异分析表明,不同分离物CP氨基酸变异位点主要分布在氨基酸序列的N端。     

沈阳市番茄褪绿病毒与番茄黄化曲叶病毒复合侵染的分子鉴定

在辽宁省沈阳市辽中设施蔬菜产区采集到疑似感染番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的番茄样品,利用ToCV的特异性引物ToC5/ToC6进行RT-PCR检测,结果从4份病样中检测到ToCV预期大小的特异片段。利用ToCV外壳蛋白(coat protein, CP)和热激蛋白(heat shock protein 70, HSP70)基因的特异性引物进行CP基因和HSP70基因扩增及序列测定,结果得到ToCV辽中分离物CP基因和HSP70基因全长分别为774bp(GenBank登录号:MF278016)和1665bp(GenBank登录号:MF278017),序列分析结果表明ToCV辽中分离物的CP核苷酸序列与北京ToCV分离物(KC887999)和河北的ToCV分离物(KP217196)的CP核苷酸序列的相似性最高,均为99.87%;HSP70核苷酸序列与山东ToCV分离物(KC709510)的HSP70核苷酸序列的相似性最高,为99.76%。同时该样品利用背靠背引物TY-F/TY-R对TYLCV的DNA-A分子进行全基因序列扩增及序列测定,结果得到TYLCV辽中分离物的DNA-A分子全基因长度为2784 bp,序列分析结果表明TYLCV辽中分离物与山东TYLCV分离物(GU199587)的DNA-A分子全基因核苷酸序列的相似性为99.64%。从而证实了沈阳市辽中区的番茄受到ToCV与TYLCV复合侵染。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒广东分离物的分子鉴定

采用RT-PCR方法,扩增并测定了黄瓜绿斑驳花叶病毒广东分离物(CGMMV-GD-GZ,CGMMV-GD-LZ,CGMMV-GD-LF)的外壳蛋白(coat protein,CP)和运动蛋白(movement protein,MP)基因序列。结果显示,CP基因序列全长486 bp,编码161个氨基酸;MP基因全长795 bp,编码264个氨基酸。CGMMV广东分离物与其他15个CGMMV分离物之间外壳蛋白基因核苷酸的同源性在90.9%～100%之间,运动蛋白核苷酸同源性为92.7%～100%;与同属其他13种病毒基因组核苷酸序列同源性分别仅为29.5%～56.2%和38.8%～61.8%。基于外壳蛋白和运动蛋白基因序列构建系统发育树显示,CGMMV不同分离物进化为亚洲和欧洲两大群体,3种CGMMV广东分离物与韩国、日本等亚洲分离物同源性极高,可能具有共同的侵染源。     

猪巨细胞病毒的PCR检测及其gB基因特征分析

根据GenBank登录的猪巨细胞病毒(PCMV)gB基因序列设计检测引物和全长gB基因引物,对来自湖南浏阳和江西景德镇不同养殖场的猪鼻拭子样品(51份)进行PCR检测,60.78%(31/51)的鼻拭子样品扩增出了260 bp的特异性条带.再以阳性样品为模板扩增全长gB基因,并将其克隆到pMD18-T载体,核苷酸序列测定和结果分析表明,所获得PCMVgB基因序列全长2 580 bp,编码860个氨基酸,与国外PCMV分离株的核苷酸同源性为97.6% ～ 98.9%,氨基酸同源性为97.0%～98.6%,且 PCMV可分为2个群:一群为中国湖南株、英国株和德国株,命名为A群;另一群为日本株、瑞士株和西班牙株,命名为B群.抗原表位优势、亲水性、表面可及性预测分析表明,PCMVgB蛋白是理想的免疫学抗原候选蛋白.     

侵染果蔗的甘蔗黄叶病毒RT-PCR检测鉴定

根据GenBank登录的SCYLVCP基因序列,设计特异性引物,应用RT-PCR方法从黑皮果蔗病株中克隆甘蔗黄叶病毒外壳蛋白基因,扩增出608个核苷酸(nt)的特异片段。核苷酸和氨基酸序列分析结果表明,该片段包含甘蔗黄叶病毒(SCYLV)外壳蛋白基因的全长,编码196个氨基酸,与国内外已报道的SCYLV分离物同源性达96%以上;从构建的来自不同地区18个分离物的系统进化树得出本研究分离到的SCYLV-FJ Badila属于BRA-PER基因型;对福建省果蔗种植区长泰、龙文、同安等地的果蔗进行采样检测,结果表明,福建省果蔗普遍受到SCYLV的侵染。     

郑州地区2种菊花病毒CP基因的克隆与序列分析

为了探明郑州地区感病菊花上病毒的种类及来源,采集有明显病症的菊花样品,根据已知的番茄不孕病毒(TAV)和菊花B病毒(CVB)的基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR扩增其外壳蛋白(CP)基因的方法对这2种病毒进行了检测,然后进行序列同源性及系统进化分析。结果显示,所得TAV的CP基因序列长度为481 bp,NCBI登录号为KU873003;所得3条CVB的CP基因序列长度均为547 bp,NCBI登录号分别为KU873004、KU873005、KU873006。将郑州分离物的CP基因与NCBI上已登录的其他分离物进行比对,TAV核苷酸序列同源性为91%~99%,氨基酸序列同源性为86%~100%;CVB核苷酸序列同源性为76%~99%,氨基酸序列同源性为77%~99%。系统进化分析表明,菊花TAV郑州分离物与北京分离物KP019201、黑龙江分离物KP019202、河南分离物KP019200和山西分离物KP019204的亲缘关系最近;CVB郑州分离物与印度分离物AJ812569、AJ871367的亲缘关系最近。     

应用多重RT-PCR检测甘肃‘成县迟蒜’中的大蒜潜隐病毒和洋葱黄矮病毒

根据大蒜潜隐病毒(garlic latent virus,GLV)和洋葱黄矮病毒(onion yellow dwarf virus,OYDV)的外壳蛋白基因核苷酸序列分别设计2对特异性引物,在单重RT-PCR检测的基础上,建立同时检测GLV和OYDV的多重RT-PCR技术体系.结果表明:该方法可从带病的甘肃‘成县迟蒜’大蒜样品中扩增出GLV(849bp)和OYDV(571bp)的2条特异性片段.GLV扩增产物与GenBank中登录的其他分离物核苷酸同源性在90.00%～99.76%,OYDV扩增产物与其他分离物核苷酸的同源性为90.00%～98.00%.     

山东寿光黄瓜上瓜类褪绿黄化病毒的分子鉴定

2016年,本研究在对山东黄瓜病毒病调查时发现当地黄瓜上出现一种叶片表现黄化植株伴有轻微矮缩的病害,为明确其中伴随的病毒种类,我们对田间病样进行了采集,提取总RNA后利用瓜类病毒引物进行RT-PCR检测,结果发现在利用瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)引物检测样品时,田间采集的25份疑似病样中13份能扩增到400 bp左右的目的条带。为进一步确认,我们又针对CCYV的外壳蛋白基因(CP)设计了特异性引物,对13份阳性样品进行检测,结果均能扩增到目的片段,对获得的CP基因片段进行克隆并测定序列,序列分析结果显示其CP基因序列全长753 bp,编码1个由250个氨基酸组成的分子量28 700的蛋白质。进一步序列分析结果显示其与CCYV已报道分离物有很高的同源性,并聚类到同一个大的分支,其中与日本分离物、希腊分离物及中国其他地区分离物相对近缘,聚类到一支,而与伊朗分离物近缘关系相对较远。这些结果说明山东黄瓜黄化病样上检测到的病毒为瓜类褪绿黄化病毒,这也是该病毒在山东侵染黄瓜的首次报道。     

马铃薯病毒疫情调查及马铃薯S病毒的检测鉴定

[目的]了解河北省张家口市马铃薯病毒病害发生情况并对马铃薯S病毒（PVS）进行鉴定。[方法]对采自河北省张家口市的46份马铃薯样品进行生物学测定和血清学及分子生物学检测。[结果]46份样品中有35份为马铃薯Y病毒（PVY）侵染,其中有6份是PVY与PVS混合侵染,其余29份为PVY单独侵染。用特异性引物扩增PVS外壳蛋白基因的部分序列,获得685bp的目的产物,该序列与已报道的PVS核苷酸序列同源性在80％以上,编码227个氨基酸,与已报道的PVS外壳蛋白的氨基酸同源性均在90％以上。证明该样品中确实携带PVS。[结论]该研究为今后该地区马铃薯病毒病害的控制及防治提供了依据。     

甜樱桃和中国樱桃果实性状的比较

以甜樱桃品种大紫、长把红、红灯和养老及中国樱桃品种泰小红樱为材料,研究果实的可溶性蛋白质含量、可溶性糖含量、单果重、果柄长、纵横径,并进行口感评价。结果表明:甜樱桃不同品种之间,可溶性蛋白质含量没有显著差异,可溶性糖含量存在差异,以养老最高,达14.52%;中国樱桃可溶性蛋白质和可溶性糖含量均显著高于甜樱桃的4个品种。其中,中国樱桃可溶性蛋白质含量是甜樱桃的l.98-3.6倍,可溶性糖含量比甜樱桃高出3.6～4.7个百分点。在果实外观方面,甜樱桃中以红灯单果重最大为8.54g,果柄最短为2.58 cm,果实纵横经比最小为0.77;中国樱桃品种泰小红樱果柄长1.885 cm,显著短于甜樱桃,但单果重最小为1.35 g。口感评价表明,甜樱桃中养老甜酸适中,其他几个品种酸甜,中国樱桃最甜,明显甜于甜樱桃,与可溶性糖含量相符合。果实浸水后裂果情况表明,大紫最先裂果,裂果率最高,长把红次之,红灯最晚裂果,裂果率最低,养老和泰小红樱相近,裂果较晚,裂果率较低。     

甜樱桃矮化砧木矮化机理解剖学研究

本研究以六种甜樱桃砧木为试材，对其根皮率、根导管面积、根导管密度、根导管总面积／木质部面积比值、根木质部面积／横断面积比值、枝皮率、枝导管面积、枝导管平均总面积／木质部平均面积比值和枝木质部面积／横断面积比值等解剖结构进行了比较。试验结果表明不同砧木间各测定值存在较大差异，可以认为根皮率，枝导管密度、根、枝导管总面积／木质部面积比值和根、枝木质部面积／横断面面积比值可以作为预测甜樱桃矮化砧木矮化性的综合指标，为今后甜樱桃矮化砧木的选育提供依据。     

秋季叶施尿素对甜樱桃产量与品质的影响

以田间7年生‘红灯’甜樱桃/大青叶为试材,研究了叶面喷施尿素对甜樱桃产量与品质的影响。结果表明:叶面施氮有利于甜樱桃花器官发育,提高完全花比例和坐果率,增大果实体积,提高果实单果重,进而提高产量;同时,提高果实糖含量及果实糖酸比;总之,叶面施氮提高了甜樱桃果实的产量和品质。     

饲粮红苕干不同比例及赖、蛋氨酸不同添加水平对猪的影响

选体重37公斤的杂交猪50头,分为10组,试验两个月。采用正交设计,外加一个玉米对照组。红苕干三水平为30、50、70％,蛋氨酸三水平为0、0.05、0.10％,赖氨酸三水平为0、0.15、0.25％(第一个月),0、0.10、0.20％(第二个月),探讨红苕干使用的适宜比例、赖、蛋氨酸添加的必要性和适宜添加量。结果表明:在不等蛋白水平下,只要添加氨基酸,红苕干可完全替代玉米,用量可达70％;猪红苕饲粮中,添加赖氨酸是必要的,蛋氨酸可以不加;赖氨酸适宜添加量为0.1～0.15％。     

不同叶面肥对甜樱桃座果率和品质的影响

为了探讨喷施氮（N）、磷（P）、钾（K）叶面肥对甜樱桃座果率及品质的影响,2006-2009年做了喷施氮、磷、钾叶面肥试验。结果表明：喷施叶面肥可使甜樱桃的座果率提高26.1%～39.7%;NPK处理,单果重大于8g的果个数逐年增加,糖酸比同样逐年增加。NP,NK,PK处理,单果重小于8 g的果个数所占比例逐年增加,糖酸比逐年降低。     

甜樱桃DFR基因内含子2和内含子3的多态性

【目的】研究70个甜樱桃品种DFR基因多态性与果皮颜色的相关性。【方法】通过DNA序列分析,以不同果皮颜色的10个甜樱桃品种（Prunus avium L.）为材料,检测DFR基因的多态性。根据多态性出现的位点设计特异引物,通过PCR扩增检测70个甜樱桃品种DFR基因的多态性。【结果】获得甜樱桃DFR基因约1 kb的片段,测序结果用BLAST分析发现,其核苷酸序列与樱桃李（Prunus cerasifera）的核苷酸相似性为80 %,预测的氨基酸序列与已知的甜樱桃（P. avium）DFR氨基酸序列相似性达99 %。该片段由3个外显子和3个内含子组成,2个多态性位点分别在内含子2和内含子3上。在黄色、黄底红晕和红色果皮3个组的70个甜樱桃品种中发现3个单倍型,共5种单倍型组合。通过SAS 9.0软件分析发现,所检测到的DFR基因的等位基因频率在黄底红晕果皮品种组和红色品种果皮组中的分布无显著差异。【结论】本研究在甜樱桃DFR基因座上得到2个差异位点,分别在内含子2和内含子3内,其优势基因频率依次为：0.864和0.679;但未发现DFR基因内含子2和内含子3的多态性与果皮颜色之间存在直接关系。     

红花石榴二氢黄酮醇还原酶(DFR)基因cDNA片段克隆及序列分析

二氢黄酮醇还原酶(DFR)是植物花色苷生物合成途径中的关键酶。以红花石榴"泰山红"的花瓣总RNA为模板,利用简并引物,采用RT-PCR方法,扩增出一条长446 bp的cDNA片段,序列分析结果表明,该cDNA片段与GenBank中的甜樱桃、葡萄等物种的DFR氨基酸同源性为78%～81%,说明该二氢黄酮醇还原酶片段为石榴花DFR基因的cDNA片段,GenBank登录号为JN316028。     

Complete nucleotide sequences of two isolates of Cherry virus A from sweet cherry in China

Cherry virus A(CVA) is a member of the genus Capillovirus, in the family Betaflexiviridae. The infection rate of CVA was high in sweet cherry in China. We determined the complete nucleotide sequences of two isolates of CVA from Tai'an, Shandong Province, China using high fidelity PCR enzymes and specific primer pairs for amplifying long fragments in RT-PCR and RACE. The full-length sequences from isolates Ch TA11 and Ch TA12 are both 7 382 nucleotide(nt) long, excluding the poly(A) tail, encode two open reading frames(ORFs) and have similar genome organization to the two isolates in GenBank. The complete nucleotide sequence of Ch TA11 is 98.2 and 81.2% nt identity to t he isolates from Germany and India in Gen Bank, respectively, and the Ch TA12 isolate is 98.2 and 81.0% similar. Analysis of the nucleotide and amino acid sequences showed that the domain of unknown function(DUF1717) is more variable compared with other domains. This is the first report of the complete nucleotide sequences of CVA isolates infecting sweet cherry in China.     

单氰胺对设施大樱桃萌芽的促进作用

为了探讨单氰胺对大樱桃萌芽和成熟期的影响,萌芽前,在平度、泰安两地的“红灯”樱桃树上喷洒单氰胺1.5%和2.5%溶液。平度保护地的施药时间为2003年12月24日,泰安保护地和露地的施药时间分别为2004年1月12日和2月10日。试验结果表明,单氰胺能有效促进大樱桃萌芽和开花。平度试验点:经单氰胺处理的樱桃萌芽、开花、成熟期分别比对照提前13d、8d、7d,单果重略小于对照。泰安试验点:经单氰胺处理的萌芽期比对照提前7d,但果实成熟期与对照差异不明显。因此,单氰胺在大樱桃上的作用效果与施药时期有关。     

甜樱桃乙烯转录因子PaEIL1基因的克隆及序列分析

根据植物乙烯转录因子EIL（EIN3-like）家族的氨基酸和核苷酸保守区序列设计简并引物,以甜樱桃（Prunus aviumL.）果实的cDNA为模板,通过RT-PCR方法得到了PaEIL1部分序列。随后进一步通过RACE技术克隆得到了PaEIL1全长片段,其大小为2 636 bp,包含一个1 806 bp大小的完整开放阅读框（ORF）及部分非编码区序列,编码蛋白大小约为601个氨基酸。聚类分析结果表明,PaEIL1属于EIN3/EIL家族乙烯转录因子成员。