运用微卫星技术分析中国地方鸡品种的亲缘关系

利用7个微卫星标记对12个地方鸡品种的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。结果表明：鹿苑鸡平均基因杂合度最高，为0．5929，遗传多样性最丰富；茶花鸡平均基因杂合度最低，为0．3514。各地方鸡品种模糊聚类结果显示：乌骨鸡与斗鸡先聚在一起，然后依次与狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、油鸡、鹿苑鸡5个兼用型地方鸡品种聚为一类；茶花鸡与藏鸡先聚在一起，然后与仙居鸡、白耳鸡2个蛋用型鸡品种聚为另一类；固始鸡自成一类。     

13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析

选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合度(h)、多态信息含量(PIC)、群体间Nei氏标准遗传距离(DS)和遗传距离(DA)。结果表明:6个微卫星位点共有83个等位基因,且多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系分析;13个地方鸡品种杂合度均较高,大小为0.746 4~0.870 0;13个地方鸡品种的DA与DS遗传距离一致,但DA比DS距离大,利用UPGMA法对DA和DS的聚类结果相同,13个地方鸡品种被聚为2类,东乡绿壳鸡、茶花鸡、寿光鸡、怀乡鸡、淮南麻黄鸡、边鸡、文昌鸡、鹿苑鸡、北京油鸡和固始鸡聚为一类,徐海鸡、藏鸡和尤溪麻鸡聚为一类。这与鸡品种的分化与选育历史相一致,UPGMA聚类图能较正确地反映13个地方鸡品种之间的亲缘关系。     

基于微卫星标记的12个地方鸡种遗传多样性保护等级分析

【目的】分析我国地方鸡品种资源的遗传多样性保护等级,为我国地方鸡种资源遗传多样性保护方案的制定提供理论依据。【方法】采用16个微卫星标记,计算我国12个地方鸡品种(白耳鸡、茶花鸡、大骨鸡、河南斗鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、狼山鸡、鹿苑鸡、藏鸡、仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡)间的DR遗传距离、基因流(Nm)、杂合度和各群体基因组分数的分布,并采用Weitzman和Caballero2种遗传多样性保护理论,分析各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性。【结果】固始鸡与其他11个鸡种间的平均遗传距离最远(0.2095),基因流最小(1.1411);藏鸡与其他11个鸡种间的平均遗传距离最近(0.1013),基因流最大(2.7730)。12个地方鸡种中,除萧山鸡、鹿苑鸡和藏鸡外,其他群体的基因组分数均大于0.800。Weitzman保种理论分析表明,固始鸡、河南斗鸡、茶花鸡、丝羽乌骨鸡、北京油鸡对总群现实多样性的品种贡献率较高(10%),这与这几个鸡品种独特的特征特性和相对封闭的品种形成历史基本一致。Caballero保种理论分析表明,茶花鸡、河南斗鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡、大骨鸡、藏鸡和萧山鸡对总群的遗传多样性有正的贡献率,与Weitzman保护理论确定的保护等级顺序相比,固始鸡、藏鸡和萧山鸡的保护等级发生了较大改变,这与Weitzman保护理论未考虑品种内的遗传多样性有关。【结论】在分析家禽品种资源的遗传多样性保护等级时,应充分考虑品种间和品种内的遗传多样性。     

地方鸡种微卫星DNA指纹图谱建立与遗传多样性研究*

 利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测，构建了各个品种的微卫星DNA指纹图谱，通过计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离，并用类平均法进行聚类分析，分析了所研究鸡种的遗传关系。研究结果表明：20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因，平均为9.2个,基因频率分布在0.013～0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824～0.7432之间。其中藏鸡最高，白耳鸡最低。20个微卫星座位的平均多态信息含量在0.5238～0.7023之间，均大于0.5，表现为高度多态性；19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的，从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。     

利用微卫星标记分析我国家养水貂的遗传多样性

利用20个微卫星标记对8个水貂群体和类型的488个个体进行DNA多态性测定和统计分析,计算遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离,采用NJ法构建聚类分析图。8个群体的平均杂合度为0.4458～0.4915,多态信息含量0.4846～0.8775,平均0.6926。计算所得的Nei遗传距离、Nei标准遗传距离和NJ聚类图显示,银蓝色水貂与珍珠色水貂聚为一类,丹麦红眼白貂与丹麦标准貂聚为一类。这一研究结果表明我国饲养的水貂遗传多样性较丰富,亚群体遗传分化程度较低。     

我国重点保护地方鸡品种资源的遗传变异

应用30个高度多态的微卫星标记对我国重点保护的15个地方鸡品种资源的遗传变异进行了研究，计算了各群体的遗传参数，并用类平均法进行聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是吐鲁番鸡，0．634；杂合度最低的是河南斗鸡，0．554。15个地方鸡品种的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；对遗传距离DS的计算表明15个品种的遗传距离较远，分化时间较长；UPGMA的聚类分析将15个品种聚为3类，即：Ⅰ类为浦东鸡、茶花鸡、西双版纳斗鸡、漳州斗鸡、大骨鸡、丝羽乌骨鸡、仙居鸡、白耳黄鸡、北京油鸡、河南斗鸡、狼山鸡和吐鲁番斗鸡，Ⅱ类为清远麻鸡和鲁西斗鸡，第Ⅲ类只有藏鸡。通过微卫星标记对这些重点保护地方鸡品种资源遗传变异的分析说明了这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，各保种场(区)应促进资源优势向经济优势转化。     

我国主要地方鸡品种性能测定与聚类分析

在同一饲养与实验条件下,对我国12个主要地方鸡品种进行了系统种质测定;并根据表型标记进行地方鸡种间的亲缘关系聚类分析。12个地方鸡品种分为4个类群：油鸡、斗鸡、固始鸡、藏鸡、大骨鸡和白耳鸡一类;仙居鸡、乌骨鸡和茶花鸡集成第2个类群;萧山鸡和鹿苑鸡集成第3个类群;狼山鸡自成一类。     

安徽两个地方鸡品种遗传多样性的微卫星DNA分析

利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

中国蛋鸭品种资源的遗传变异

微卫星作为近年来应用较多的一种分子标记，可有效的进行基因鉴定和系谱分析，并可估算群体间的遗传距离。通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国13个地方蛋鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离。采用邻近法构建了NJ聚类图。结果表明：我国所有蛋鸭品种全部群体的平均杂合度较低，其遗传多样性相对贫乏，各保种场（区）要加强多样性的保护；各品种的平均多态信息含量的高低与群体平均杂合度的顺序完全一致；遗传距离的计算说明了13个品种的遗传距离较远。分化时间较长；13个地方蛋鸭品种被聚类为3个类，微山麻鸭、攸县麻鸭、淮南麻鸭、广西小麻鸭、荆江麻鸭聚为一类；巢湖鸭和恩施麻鸭聚为一类；福建省的鸭种连城白鸭、莆田黑鸭、金定鸭、山麻鸭与三穗鸭、绍兴鸭聚为一类。聚类结果的分析表明了各蛋鸭品种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布比较一致。     

基于SSR分子标记的辽西地区驴群体遗传多样性分析

中国驴种质资源丰富,辽宁西部地区是中国重要的驴养殖区域,为了解辽宁西部地区驴群体的遗传多样性,该研究使用13个微卫星标记对辽西地区三个驴群体(即建平三粉驴、建平灰驴、阜蒙三粉驴)进行遗传多样性分析。通过统计3个群体的等位基因数、杂合度和多态信息含量,计算其遗传距离并构建NJ聚类树。结果表明,13个微卫星标记在3个群体中共检测出93个等位基因,平均多态信息含量为0.6036、平均有效等位基因数为3.3434、平均期望杂合度为0.6486;3个群体的平均等位基因数是5.3077~6.6920个,期望杂合度是0.6424~0.6508。根据遗传距离构建的NJ聚类树显示,3个群体分为两支:建平灰驴独立为一支,建平三粉驴和阜蒙三粉驴聚为一支。可见,3个群体遗传多样性处于高度多态性水平,且存在一定程度的遗传分化。     

云南球孢白僵菌的遗传多样性研究

 球孢白僵菌是一种广谱性虫生真菌,在害虫种群的自然控制中发挥着重要作用。为弄清云南省球孢白僵菌种群的遗传多样性,丰富云南虫生真菌多样性内容,本研究采用ISSR分子标记技术对云南不同地区及不同寄主来源的39个球孢白僵菌菌株的遗传多样性进行了分析。结果表明,有11个ISSRs可用于39个球孢白僵菌菌株群体PCR扩增,每个引物扩增5～15条DNA带。供试39个球孢白僵菌菌株群体的多态位点百分率(PPL)达99.09％,不同寄主来源亚种的Nei基因多样性(He)为0.3478,居群间的基因分化系数(Gst)为0.0724,总基因多样性(Ht)为0.3518,亚种群内基因多样性(Hs)为0.3263,不同寄主亚种群间的基因流(Nm)为6.4044;不同地理来源白僵菌种群Nei基因多样性指数He为0.3444,Shannon 指数I为0.5152;总基因多样性Ht为0.3473,亚种群内基因多样性Hs为0.2131,亚种群间的基因分化系数Gst为0.3862。综合遗传多样性结果,云南省球孢白僵菌种群遗传结构复杂、遗传异质性明显,从寄主来源来看,居群间遗传变异较小,居群内遗传分化较大;从地理来源来看,居群间遗传变异较大,居群内表现遗传变异较小。     

微卫星分子标记在木薯种质资源遗传分析中的应用

采用28对微卫星标记（SSR）对我国现存89个木薯品种进行遗传多样性分析,共获得93个基因位点,其中多态性位点88个,平均多态性水平为94．6％。运用Gensury软件统计了总群体的遗传杂合度（HI）、群体内的平均基因多样性（Hs）、群体间的基因漂变频率（Dst）和遗传分化系数（Gst=Dst／Ht）,结果表明,群体的基因杂合度居中,群体内部遗传多样性较小,存在一定程度的基因漂流;进一步用NTSYS—pc计算品系间的遗传相似系数,获得UPGMA聚类图,表明品系间遗传相似系数变化范围为0．430-0．952,以平均遗传相似系数0．58为阈值,所有品系分为4类（A,B,C和D组）。其中A组最大,有72个品系,包括3个亚组：Al为国内收集的农家品系,A2品系均来自哥伦比亚,A3为一个独立品系。说明木薯引入中国已经发生了一些遗传分化。进一步分析表明,分组后每组内部的遗传多样性指数在0．20～0．30之间,其组内的遗传多样性贫乏。     

52份滇西南地区野生油菜遗传多样性的RAPD分析

 选用9条多态性和重复性好的随机引物对来自滇西南地区的52份野生油菜资源进行遗传多样性分析,共获得87个RAPD标记位点,其中有63个标记位点具有多态性,多态率达72.41％。根据87个标记位点的信息,用Popgene1.32软件分析,结果显示居群总的遗传变异(Ht)为0.3899,遗传分化系数(Gst)为0.4875,基因流(Nm)为0.5256,平均期望杂合度(He)为0.3890,Shannon指数(I)为0.5739。利用UPMGA法建立了云南省52份野生油菜的亲缘关系聚类图,在遗传距离为0.498上,52份野生油菜居群被分为6个类群,27号居群 、3号居群、10号居群、37号居群分别是一个单独的类群,16号居群与51号居群为一个类群,其它45个居群聚为一大类群。     

应用微卫星标记分析云南、西藏4个地方特色鸡种的遗传多样性

利用18对微卫星引物测定云南省、西藏自治区4个地方特色鸡种(‘藏鸡’、‘勐腊茶花鸡'、‘贡山土鸡'、‘武定鸡’)的遗传多样性,对等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数进行了统计分析,并依据Nei氏DA遗传距离,采用NJ法和UPGMA法构建了系统聚类树.结果表明:18个微卫星座...     

福建地方鸡种和江西泰和乌鸡微卫星遗传多样性分析

利用筛选出的6个微卫星标记对福建德化黑鸡、白绒乌鸡、金湖乌鸡、河田鸡以及江西泰和乌鸡等优良地方鸡种进行遗传多样性分析.结果表明,所选的6个微卫星标记均呈高度多态(平均多态信息含量即PIC均大于0.5).5个地方鸡种的平均杂合度为0.716-0.729,均具有较高的杂合度,表现出丰富的遗传多样性.采用邻结法(NJ)对Ne i氏遗传距离(DA)进行聚类分析,结果表明,5个鸡种被聚为2类,泰和乌鸡与河田鸡先聚为一小类(DA=0.0957),然后再与金湖乌鸡聚为一类(DA=0.1553);德化黑鸡与白绒乌鸡则聚为另一类(DA=0.1980).聚类结果基本反映了各鸡群的地理分布和选育现状.     

利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了云南省武定鸡、茶花鸡、云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡共6个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在6个鸡群体中的多态信息含量为高度多态,还有6个微卫星位点为中度多态,这些位点均可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析中;在6个品种中,武定鸡杂合度最低,为0.602 3,腾冲雪鸡杂合度最高,为0.668 9,杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算结果表明,体型较小的茶花鸡与其他大中型鸡品种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡和武定鸡聚为一类;腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡聚为一类;茶花鸡独自为一类,这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

应用微卫星DNA标记进行边鸡群体遗传多样性分析

目前,微卫星DNA标记已被广泛应用于动物遗传育种研究中,可有效地进行群体遗传多样性分析,并可估算群体间的遗传距离。为了从分子水平上揭示边鸡群体的遗传结构及系统地位,利用鸡基因组中均位于常染色体上的5个微卫星DNA标记,检测了边鸡群体的遗传多样性,并以大骨鸡做了比较分析;同时,初步探讨了边鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数最少(5个),而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数最多(9个),平均等位基因数为7.6个.边鸡群体在5个微卫星位点的平均多态信息含量、平均基因杂合度(h)和平均有效等位基因数(Ne)分别为0.667 1、0.745 7和4.044 3,边鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性;聚类分析结果显示,边鸡与大骨鸡亲缘关系最近,而与鲁西斗鸡亲缘关系相对较远。该系统聚类结果与这些地方鸡种的系统分化与选育历史是基本一致的。     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析

[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel

鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。