麻姑山林场球孢白僵菌遗传多样性的SSR标记分析

利用SSR(简单序列重复,simple sequence repeat)分子标记对来自安徽省麻姑山马尾松林的102株球孢白僵菌进行遗传多样性和基因分型研究。依据时间分类亚种群的Nei基因多样性(H)为0.198 7,Shannon信息指数(I)为0.278 9,亚种群间的基因分化系数(Gst)为0.174 5,基因流(Nm)为1.215 0;不同寄主亚种群的H为0.194 5,I为0.287 1,亚种群间的Gst为0.166 4,Nm为1.300 0。研究表明,麻姑山马尾松林球孢白僵菌有一定的遗传多样性,亚种群间遗传变异较小,有18个菌株属于同一基因型,亚种群内表现出较高水平的遗传分化。9对微卫星引物将102株白僵菌分成31个微卫星基因型。在这31种微卫星基因型中,有5种为相对优势基因型。31种基因型株系在不同月份中存在一定的动态变化,并通过侵染不同寄主昆虫,完成在森林生态系中的延续。并且,这些相对优势基因型并不是在各个月份均匀分布,在大部分月份中,存在1～2种优势度高的基因型。研究揭示,SSR分子标记在研究白僵菌的群体遗传结构和基因分型展现出快速和菌株的特异性特征。     

麻姑山林场球孢白僵菌遗传多样性的SSR标记分析

利用SSR(简单序列重复,simple sequence repeat)分子标记对来自安徽省麻姑山马尾松林的102株球孢白僵菌进行遗传多样性和基因分型研究。依据时间分类亚种群的Nei基因多样性(H)为0.198 7,Shannon信息指数(I)为0.278 9,亚种群间的基因分化系数(Gst)为0.174 5,基因流(Nm)为1.215 0;不同寄主亚种群的H为0.194 5,I为0.287 1,亚种群间的Gst为0.166 4,Nm为1.300 0。研究表明,麻姑山马尾松林球孢白僵菌有一定的遗传多样性,亚种群间遗传变异较小,有18个菌株属于同一基因型,亚种群内表现出较高水平的遗传分化。9对微卫星引物将102株白僵菌分成31个微卫星基因型。在这31种微卫星基因型中,有5种为相对优势基因型。31种基因型株系在不同月份中存在一定的动态变化,并通过侵染不同寄主昆虫,完成在森林生态系中的延续。并且,这些相对优势基因型并不是在各个月份均匀分布,在大部分月份中,存在1～2种优势度高的基因型。研究揭示,SSR分子标记在研究白僵菌的群体遗传结构和基因分型展现出快速和菌株的特异性特征。     

广东省鼎湖山国家级自然保护区球孢白僵菌遗传多样性研究

【目的】了解广东省球孢白僵菌Beauveria bassiana的群体遗传结构、基因流、菌株分化、遗传变异和寄主类型,以及与生态环境的相关性,为筛选优良生产菌株提供后备种质资源。【方法】采用SSR分子标记对广东省鼎湖山国家级自然保护区(以下简称"DHS")采集的81株球孢白僵菌进行遗传结构和多样性分析。【结果】使用8对SSR引物扩增81个菌株产生多态位点数为58个,多态位点比率为100%,其中,引物Ba12多态位点数最多(10个)。通过Popgene 32软件包分析发现,DHS球孢白僵菌种群Nei’s基因多样性指数(h)为0.212 6,Shannon信息指数(I_s)为0.348 7,可见其遗传多样性水平较高,群体异质性较强。将群体分别按照寄主和土壤、不同寄主目划分为不同亚群进一步分析,发现土壤亚群遗传多样性水平(h=0.192 5,I_s=0.309 9)略高于寄主亚群(h=0.176 9,I_s=0.278 3),种群间遗传分化程度较弱(N_m=1.662 9,G_(st)=0.130 7);不同寄主目群体间的遗传分化较小且基因流明显。基于UPGMA聚类分析发现,各分支菌株的分布趋势与分离基质、不同寄主目均没有相关性。【结论】DHS球孢白僵菌遗传谱系与分离基质和寄主来源均无明显相关性,不同生态环境和寄主类型的影响共同维持了DHS球孢白僵菌种群内遗传变异的多样性。     

不同森林生态系中球孢白僵菌遗传多样性比较研究

利用ISSR分子标记技术,对采集自安徽省滁州市天然次生林——琅琊山国家森林公园和宣城市人工马尾松纯林——麻姑山林场球孢白僵菌种群的遗传多样性水平和种群遗传结构进行了比较分析。用7个引物分别对2个种群共222株球孢白僵菌菌株进行扩展,共得到58个清晰的扩增位点,其中多态位点56个,多态位点百分率（PPL）为96.55%,Nei＇s基因多样性（He）为0.2993,Shannon信息指数（I）为0.4593,种群间的基因分化系数（Gst）为0.1283,基因流Nm=3.3984;可以看出,2个种群间的基因流较小,遗传分化较大,为12.83%,这可能是由于人为选择和基因流障碍引起的;琅琊山白僵菌群体（PPL=96.55%,He=0.2781,I=0.4299）遗传多样性水平较高;麻姑山白僵菌群体（PPL=93.10%,He=0.2552,I=0.3825）遗传多样性水平较低。比较研究了采集自大别山原始林中球孢白僵菌菌株的遗传多样性（PPL=81.00%,He=0.3187,I=0.4782）,可见生态环境复杂的原始林中球孢白僵菌遗传多样性最高,天然次生林种群次之,人工纯林种群最小。利用Nei’s遗传距离构建琅琊山和麻姑山白僵菌个体间的遗传关系树状图,由UPGMA聚类分析可知,不同采集地的菌株聚为一类。     

不同来源蝉棒束孢遗传异质性研究

蝉棒束孢是一种昆虫病原真菌,也是传统的中药材料,广泛分布于世界各地.利用ISSR-PCR分子标记技术对采集自不同地理位置的42株蝉棒束孢遗传异质性进行分析,9个引物共得到141个特异性条带,其中多态位点比率为94.7％.从种群水平上来看,宣城敬亭山种群(Pop A)的遗传多样性最高,达到81.6％,安徽石台县种群(PopF)的遗传多样性最低,只有27.0％.其中种群内遗传多样性(Hs)为0.2168,Nei基因分化系数(Gst)为0.276 3,不同地方的种群间的平均基因流(Nm)较大,为1.309 8.研究表明,蝉棒束孢遗传谱系是随机分布的,与地理来源没有明显的相关性,不同地理来源的种群间较高水平的基因交流是种群遗传变异的主要原因.     

濒危植物峨眉含笑的遗传多样性研究

运用随机扩增多态DNA (RAPD)技术,对峨眉含笑(Michelia wilsonii)自然分布区的5个自然种群的遗传多样性进行了研究.从100个随机引物中筛选出能产生清晰、稳定的多态性标记引物18个,共检测出107个位点,其中多态性位点为93个,占86.92,在物种水平上,等位基因的有效数目、Nei's的基因多样性系数(He)和Shannon表型多样性指数(I)分别为1.740 4、0.417 5和0.597 4;总的遗传变异量(Ht)为0.339 3,其中居群内遗传变异量(Hs)为0.259 1,各居群间的遗传分化系数(Gst)达到0.321 9.应用UPGMA法对遗传距离进行聚类分析构建树系图,结果表明,峨眉含笑自然种群具有较高的遗传多样性;其种群间的遗传差异与其地理分布有关.     

东莞与邻近地区土沉香居群的叶形态 和遗传多样性分析

利用ISSR 技术分析了土沉香也Aquilaria sinensis（Lour.）Gilg.页4 居群的遗传多样性及遗传分化。应用9 条 引物从4 个居群共221 份样品中共扩增出105 个位点,其中多态性位点为104 个,多态位点百分率（PPB%）为 99.05%。等位基因数（Na）和有效等位基因数（Ne）分别为1.9905 和1.5854;Nei爷s 基因多样性指数（H）为0.3390, Shannon 信息指数（I）为0.5054,表明土沉香种内存在较丰富的遗传多样性。土沉香4 个居群总的遗传变异（Ht）为 0.3236,居群内的遗传变异（Hs）为0.2500,居群间的遗传分化系数（Gst）为0.2274,基因流（Nm）为1.6983。UPGMA 聚 类分析结果显示,电白居群和大岭山居群优先聚类,然后再与清溪居群聚类,而广西居群与其余3 个居群明显分离, 显示出较大的遗传分化;电白居群的大叶类群的分化大于小叶类群;东莞大岭山小叶类群与电白居群遗传相似性较 高,而大岭山大叶类群与清溪居群的遗传相似性较高。基于该研究结果,认为东莞大岭山居群部分来自清溪自然居 群,部分与电白居群来源相同,它们均来源于海南。     

濒危植物珙桐遗传多样性与遗传结构的ISSR分析

采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

引致小皱蝽自然流行病的球孢白僵菌种群遗传结构研究

2009年在浙江千岛湖小皱蝽种群中发生了由球孢白僵菌引起的流行病。利用ISSR分子标记对流行区内的132株球孢白僵菌进行指纹图谱分析,以探讨昆虫自然流行病的发生与病原种群异质性之间关系。8个ISSR引物共扩增出65个位点,其中多态位点数为58个,占89.23%;总的遗传多样性和Shannom信息指数分别为0.220 1和0.352 1,表明引起小皱蝽流行病的球孢白僵菌种群具有较高的遗传多样性,而且球孢白僵菌种群遗传多样性随寄主种类增加而增加。UPGMA聚类分析表明:在遗传相似系数0.783将研究的菌株划分为7个分支,其中CladeⅠ和Ⅱ中共有119株,占总菌株数的90.15%。亚种群间遗传分化系数和基因流分别为0.463 0和0.290 0,说明亚种群间存在较高的分化。研究结果表明小皱蝽流行病无流行中心,引致本次小皱蝽流行病的球孢白僵菌种群为多系的异质种群。     

基于AFLP的滇西北玉龙雪山不同海拔川滇高山栎遗传多样性分析

利用AFLP分子标记对滇西北玉龙雪山不同海拔(2 750~3 500 m)川滇高山栎(Quercus aquifolioides)6个居群进行遗传多样性分析。结果表明:川滇高山栎多态位点比率为100%,Shannon多样性指数I为0.54,Nei’s基因多样性指数He为0.37,反映出川滇高山栎总的遗传多样性丰富,处于较高水平;由Shannon信息指数计算的值比Nei指数估算的居群遗传多样性高,但两者都一致表明6个居群的遗传多样性水平随海拔梯度的变化而呈现相同的变化规律:海拔3 050~3 350 m川滇高山栎的遗传多样性水平较高,而海拔2 750~2 900m及3 500m居群的遗传多样性水平均有降低的趋势。本研究中川滇高山栎的遗传分化系数Gst为0.089,表明居群间的遗传变异占总的遗传变异的8.90%,而91.10%的遗传变异存在于居群内,AMOVA分析表明11.00%的变异存在于居群间,89.00%的变异存在于居群内,两者都说明川滇高山栎居群间存在较低的遗传分化,总的遗传分化主要来自居群内部。基因流Nm为5.12,表明较高的基因流可能是导致川滇高山栎具有较高的遗传多样性的主要原因之一。     

东北地区狍种群的遗传变异

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记,对东北地区不同狍种群的遗传变异进行了研究。20个随机引物共检出123条带,其中114条带表现出多态性,多态率92.7%。多态条带比率(PPB)、Shannon多样性指数(I)及Nei′s基因多样性指数(h)均显示东北地区狍具有较为丰富的遗传多样性。东北地区长白山、大兴安岭和完达山3个地理种群中,大兴安岭种群遗传多样性最低。采用Nei′s遗传距离、基因分化系数(Gst)、Shannon多样性指数阶层分析和AMOVA分析各种群遗传分化,结果显示,东北地区狍种群存在一定的遗传分化,但分化程度不高,遗传变异主要来自种群内。     

野生土坛树种群遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对我国野生土坛树种群的遗传多样性进行分析。40对引物对8个土坛树种群共47个个体的样品DNA进行扩增。结果表明:物种水平上,多态位点百分率PPB为40.40%,Nei’s基因多样性指数H为0.4027,Shannon’s信息指数I为0.5874;在种群水平上,多态位点百分率平均为32.77%,Nei’s基因多样性指数平均为0.2992,Shannon’s信息指数平均为0.4373;种群内遗传多样性Hs为0.2992,种群总的遗传多样性Ht为0.4027。基因分化系数Gst为0.2570,种群间的遗传分化程度较低;种群间基因流Nm为1.4455。种群间的平均距离为0.2118。利用UPGMA法聚类可将8个群体划分为2大类,高桥独立为一群,其他为一大群;证明亲缘关系与地理距离存在一定的相关性。47个材料按UPGMA法聚类分析,结果不与同一种群的个体聚在一起。初步推测土坛树由三墩和琼山一带向四周扩散而来。     

柴松遗传多样性的RAPD分析

以柴松现存2个居群各50个个体为样本,利用随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究了其遗传多样性。50条引物共扩增出349个位点,其中多态位点为321个。用POPGEN32版软件对数据进行了分析,结果表明:(1)柴松的遗传多样性水平很高。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为92.51%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.317 3,Shannon多样性信息指数(I)为0.478 2,总基因多样度(Ht)为0.317 4。在居群水平上,平均多态位点百分率为89.92%,H和I平均值分别为0.302 5和0.456 6;(2)居群间的遗传分化较低。居群间遗传分化系数(Gst)为0.046 7,基因流(Nm)为10.201 8,Shannon’s居群分化系数((Isp-Ipop)/Isp)为0.045 2。表明柴松的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的95%以上,居群间的遗传变异不足5%。并根据柴松的遗传多样性现状提出了相应的保护策略和措施。     

珍稀濒危植物长序榆遗传多样性的ISSR分析

本文对采自3省市的5个居群67个样本开展ISSR分子标记分析,通过用8个l SSR引物对长序榆DNA进行扩增,所得条带经POPGEN 3.2分析,结果显示:长序榆遗传多样性处于较低水平,且主要遗传分化源于居群内部。其中古田山居群(G)遗传多样性水平最高,松阳何山头居群(H)遗传多样性水平最低。浙江省内居群间遗传多样性水平比浙江省外高。5个长序榆居群间各位点平均Ht为0.4221,居群内平均Hs为0.3262,居群间平均遗传分化系数(Gst)为0.2271,说明其居群间遗传变异程度达22.71%;各居群间平均基因流(Nm)为0.7015,表明长序榆居群间的基因交流程度有限。     

河南和河北冬小麦区假禾谷镰孢的遗传多样性

【目的】运用ISSR-PCR技术揭示中国河南和河北省冬小麦区6个地理群体小麦茎基腐病优势病原菌假禾谷镰孢（Fusarium pseudograminearum）的遗传多样性。【方法】利用筛选的17个ISSR引物对从河南和河北冬小麦区收集的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增。根据群体扩增的结果,用POPGENE version l.32软件计算各项遗传多样性参数。根据不同地理群体的遗传相似系数,用NTSYSpc version 2.11软件进行群体聚类分析。【结果】从97个ISSR引物中筛选出了17个多态性较好的引物,用这17个引物对河南和河北冬小麦区的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增,共扩增出234个DNA片段,其中多态性位点为218个,占总扩增片段的93.16%。平均每个引物可以扩增出13.76个条带,扩增产物大小在150-2 500 bp。POPGENE分析表明,6个地理群体的多态位点数在58-208,平均为124;多态位点百分率在24.79%-88.89%,平均为52.92%;有效等位基因数在1.1548-1.3293,平均为1.2584。遗传多样性分析表明,在地理种群水平上,Nei’s基因多样性指数在0.0897-0.2069,平均为0.1548;Shannon’s信息指数在0.1337-0.3257,平均为0.2368,这表明不同地理群体间存在一定的遗传变异。河南北部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最高,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最丰富。河南南部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最低,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最低。遗传相似性分析证明,河南北部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最近,河南南部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最远。6个地理群体间的遗传分化系数Gst为0.1571,群体内为0.8429,群体内多样性大于群体间的多样性。6个地理群体间的基因流Nm为2.6819,说明不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。6个地理群体总基因多样度Ht为0.1837,各地理群体内基因多样度Hs为0.1548,地理群体间基因多样度Dst为0.0289,这说明相同地理来源的菌株有具有较近的亲缘关系。在遗传相似系数为0.966时,可将6个地理群体划分为2个不同的类群。第Ⅰ类群包括河南北部、河南东部、河南中部、河北中部和河南西部地区,河南南部地区属于第II类群。【结论】河南和河北冬小麦区小麦茎基腐病假禾谷镰孢6个地理群体之间的遗传分化与其地理来源之间有一定的相关性,群体内多样性大于群体间,不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。     

羽毛针禾种群遗传多样性分析

[目的]从分子水平对羽毛针禾居群内、居群间的遗传分化进行研究,揭示其遗传多样性水平。[方法]使用11条RAPD引物对生长于古尔班通古特沙漠的优良固沙植物羽毛针禾进行居群遗传变异分析。[结果]7个居群76个样品共检测到125个位点,总多态位点百分比为96.8%,居群内平均多态位点百分比为45.3%;羽毛针禾种群Shannon表型多样性指数（I）为0.5151,Nei’s基因多样度指数（h）为0.3471;居群间的基因分化系数为0.5284,即有52.84%的遗传多样性存在于居群间。[结论]羽毛针禾居群有较为丰富的遗传变异,且各居群间已有了明显分化。     

钩齿溲疏的SRAP遗传多样性分析

运用SRAP分子标记研究了山东省3个钩齿溲疏居群的遗传多样性,结果显示,用15对引物共检测到244个位点,其中多态位点167个,物种水平多态位点百分率(PPL)68.44%,Nei’s基因多样性指数(H)0.2158,Shannon’s信息指数(I)0.3282,数据表明钩齿溲疏有较高的遗传多样性水平;居群间遗传分化系数(Gst)为0.3685,表明居群间遗传变异只占36.85%,远低于居群内遗传分化;在居群水平上,以崂山钩齿溲疏居群的遗传多样性最高,徂徕山最低;居群间遗传一致度(GI)和遗传距离(GD)变化范围分别为0.8350~0.8884和0.1184~0.1803,居群间的遗传距离与地理位置间没有直接相关性。     

湖南省不同居群豚草种群遗传多样性ISSR分析

利用ISSR技术研究了豚草5个居群的遗传多样性水平和遗传结构.结果显示:用6条引物对5个居群75个样品进行扩增,共得到29条清晰的扩增条带,其中25个位点为多态性位点;在物种水平上,多态位点百分率(P％)为86.21％,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.3125,Nei指数(h)为0.2545,表明豚草在物种水平上有较高的遗传多样性;种群基因分化系数(Gst)为0.2961,居群间的遗传变异占总变异的29.61％,有70.39％的变异发生于居群内.UPGMA聚类分析结果显示,5个居群中,长沙两居群与临湘居群先聚为一支,江永居群与零陵居群聚为另一支,最后再与前一支聚合,表明遗传距离与地理距离有关.     

温州水牛遗传多样性的ISSR-PCR分析

为研究浙江省温州水牛的遗传多样性,采用ISSR分子标记技术,分析了采自浙江平阳、瑞安、永嘉、乐清、温州等地温州水牛血液样本。从22条引物中筛选出9条多态性引物,9条ISSR引物共获得ISSR位点186个,其中多态性位点154个,多态位点百分率（PPL） 为82.80％,等位基因数（Na）为1.8420,有效等位基因数（Ne）为1.5702,Neis基因多样性（H）为0.3108,Shannons指数（I）为0.4687,均高于个体水平;种群内和种群间Neis基因多样性计算遗传分化水平（Gst）为0.1840,表明温州水牛种群间存在着较高的遗传多样性,遗传变异中有1840%发生于群体间。UPGMA聚类分析结果同样也表明温州水牛种群间的遗传分化水平较低,遗传变异主要存在于种群的个体间。     

南阳牛遗传多样性的RAPD分析

用RAPD技术对南阳牛种质资源的DNA进行检测,采用Popgene软件对扩增结果进行统计分析表明:筛选的16个引物共得到了236条扩增DNA片断,其中89.7%的扩增条带表现出多态性。平均每个位点有1.989 6个等位基因,有效等位基因数为1.233 3。Nei遗传多样性指数为0.159 7,Shannon's遗传多样性指数为0.270 3。种群总的遗传多样性Ht为0.163 7,种群内的遗传多样性Hs为0.130 5,种群的基因分化系数为0.202 8,种群间的基因流为1.965 3。