CTAB法用于染病烟草植株中烟草丛顶病毒RNA的提取

 CTAB法是一种广泛用于从染病植物中提取总核酸,并用于后续相关病原物PCR检测的核酸提取法,已普遍运用于DNA病毒、植原体、细菌、真菌侵染植物的总DNA提取和病原检测。本文尝试将CTAB法用于一种由RNA病毒（烟草丛顶病毒）引起的烟草丛顶病染病组织总核酸的提取,以总核酸进行烟草丛顶病毒的RT-PCR检测,并与常规RNA病毒核酸提取法——Trizol法作比较。结果表明CTAB法和Trizol法提取的核酸用于烟草丛顶病毒RT-PCR检测时,均能扩增到目的条带,检测结果一致。在对复合侵染材料进行检测时发现,CTAB法提取的染病植物组织总核酸既包括DNA也包含RNA,有利于对DNA和RNA病原物同时进行检测;CTAB法所用试剂较Trizol法便宜,毒性小,且提取的核酸量较多、保存时间较长。因此CTAB法是一种高效、简便、经济的从烟草丛顶病染病组织中提取烟草丛顶病毒RNA的方法。     

辣椒轻斑驳病毒的分子杂交检测

为探索辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus,PMMo V)的分子杂交技术检测方法,以感病辣椒叶片为试材,用改良CTAB法从辣椒叶片中提取总核酸,运用RT–PCR技术扩增出PMMo V特异片段。以带有PMMo V特异片段的质粒DNA为模板,以用PCR技术制备的地高辛标记PMMo V c DNA探针检测PMMo V。结果表明:1)干燥叶片、新鲜叶片中提取的总核酸稀释80、640倍(相当于12.5、1.60μg叶片)后仍可检测到其中的PMMo V;干燥叶片利于保存及长距离转运,利于对大批量样品进行集中检测;2)采用快速提取法提取叶片总核酸,可从稀释80倍(约12.5μg叶片)的总核酸样品中检测到PMMo V。该技术体系可基本满足常规检测试验的需要。     

鲤疱疹病毒Ⅱ型的核酸恒温扩增微流控快速检测芯片的建立

鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)主要感染锦鲤、鲫鱼及其变种,导致造血器官坏死,其致死率高,给养殖业造成了巨大损失。为建立一种快速、灵敏、准确的CyHV-2检测方法,可于大规模暴发之前进行疫情的早期诊断和及时防控,对CyHV-2建立了一种集核酸快速提取方法、竞争性互补介导核酸恒温扩增(competitive annealing mediated isothermal amplification,CAMP)与微流控芯片(microfluidic chip)于一体的检测方法。以CyHV-2基因保守区域片段为靶序列设计特异性引物,通过条件优化建立了一种基于CAMP技术的CyHV-2可视化检测方法,并且对该方法进行了特异性、灵敏性及临床样本的检测进行评估。结果表明:所建立CAMP方法的灵敏度最低检测限为10拷贝;对与其基因型有较高相似性的鲤疱疹病毒Ⅲ型(Cyprinid herpesvirus3,CyHV-3)无非特异性扩增,特异性良好;用本方法对89批次的临床样本进行检测,显示灵敏度及特异性均为100%。核酸快速提取的方法能够较快获得纯度较高的核酸,缩短了核酸提取时间,且极大节约了检测成本,具有操作简单、样本用量少等特点,且经核酸快速提取方法处理的病鱼组织样本能够满足CAMP现场检测的要求。此外,将针对CyHV-2所建立的CAMP可视化检测方法结合微流控芯片,可实现多目标病原的高通量、多指标筛查,将极大提高检测效率。本试验对鲤疱疹病毒Ⅱ型所建立的核酸快速提取、CAMP检测及微流控芯片的方法可在70min内实现对该病毒的现场快速检测及诊断,极大地提高了对CyHV-2疫病的早期防控能力,将为CyHV-2的快速检测及疫情早期预警提供参考。所建立的方法亦可应用于其他经济水生生物病原的现场快速检测及后续防控。     

CPA恒温扩增技术在口岸蚊媒携带登革病毒检测中的应用

CPA恒温扩增技术为检验检疫基层实验室开展筛选检测和监控提供了有效的技术手段,应用登革病毒核酸快速提纯器和登革病毒RT-恒温扩增-防污染核酸快速诊断试剂盒,对苏州口岸捕获的登革媒介进行核酸提取和病毒检测,结果显示:该试剂盒检测结果与RT-PCR结果完全一致;2种核酸提取方法效率相当,对试验结果无影响;登革病毒核酸快速诊断试剂盒配合核酸快速提纯器完全适用于检疫现场快速检测.     

几种提取乌苏里貉毛囊核酸方法的比较(英文)

[目的]该研究旨在探讨提取乌苏里貉毛囊核酸的可靠方法。[方法]本实验分别利用改进的有机酚法,chelex-100法,PCR缓冲液法和试剂盒法,从乌苏里貉毛发中提取核酸DNA,对所提核酸进行PCR扩增及电泳分析,并且对四种方法进行比较。[结果]经分光光度计测定和凝胶电泳检测,本实验研究结果表明chelex-100提取的核酸有蛋白质等杂质,PCR缓冲液法提取核酸浓度低有机酚法和试剂盒法提取的DNA浓度高,且没有杂带。[结论]本研究为进一步探索高效,简便的提取乌苏里貉毛囊核酸DNA提供了有力的科学理论基础。     

养殖池塘底泥水体中适用于TaqMan荧光定量PCR的 不同DNA提取方法

通过人工模拟即在养殖池塘底泥和水样中加入阳性组织处理样品,对人工模拟的底泥样品分别采用磁珠法、酚氯仿法以及吸附柱法进行核酸提取,结果发现底泥含量对磁珠法和吸附柱法病毒DNA提取效果影响较小,而对酚氯仿法病毒DNA提取效果影响较大,且底泥含量较少提取相对较好。3种病毒DNA提取方法中采用混样提取核酸的效果均好于用上清液提取的效果。吸附柱法和磁珠法对病毒DNA提取效果较接近且明显好于酚氯仿法。通过对不同浓度的PEG6000进行浓缩后提取核酸,结果发现原始水样中未检测到CyHV 2或其含量极低未达到检测限。PEG6000浓度为13%时,核酸浓缩提取效果最佳。本研究为实时监测养殖池塘中的底泥和水体中是否存在病毒提供了一种参考方法,从而更好地维护水产养殖环境的生态安全和促进我国水产养殖业健康可持续发展。     

犬瘟热病毒原液TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种不提取病毒RNA,直接采用Taq Man荧光定量RT-PCR检测样本上清液中犬瘟热病毒的方法。通过扩增CDV的NP基因部分片段构建重组质粒,建立Taq Man荧光定量PCR方法,对所建立的方法进行特异性、敏感性、重复性检测;比较了提取核酸后进行荧光定量RT-PCR与不提取核酸对原液进行荧光定量RT-PCR检测的结果,最后对疑似CDV病料进行检测。结果显示,建立的CDV质粒Taq Man荧光定量PCR检测灵敏度比普通PCR灵敏度高1 000倍。将核酸提取液和病毒原液稀释后用该研究建立的方法进行检测,最小检测稀释倍数分别为10~7和10~5,表明提取核酸后样本中的有效c DNA浓度比直接使用病毒原液检测高100倍。特异性和重复性检测结果表明,该方法特异性良好且重复性较高。对97份临床病料进行检测,建立的方法共检出60份阳性,阳性检出率高于普通RT-PCR和胶体金快速检测试纸板,提取核酸法与原液法的一致率为100%。标准曲线分析表明,当病毒含量高于10~2拷贝·μL~(-1)时,与普通RT-PCR以及胶体金快速检测试纸板相比,CDV原液Taq Man荧光定量RT-PCR检测技术阳性检出率更高、准确性更好,值得临床推广应用。     

青稞及其加工制品的核酸提取方法的研究

【目的】从青稞及其制品中提取高质量的基因组DNA。【方法】选择改良的CTAB法、Tiangen核酸提取法和Qiagen核酸提取法,对所提取的核酸分别选用紫外分光光度计法、琼脂糖凝胶电泳法和实时荧光PCR法对各种方法提取的核酸进行质量评估。【结果】从实验的青稞及青稞制品中都可以提取到高质量的DNA,为后续青稞的真伪鉴别、溯源分析以及基因组检测奠定基础。【结论】青稞种子、糌粑粉、青稞谷物棒、青稞糕点、糌粑饼干、藏舒茶更适合用Tiangen核酸提取法,青稞精华片和青稞酵素则更适合用CTAB改良法+纯化法。     

水与食品中诺如病毒检测技术研究

采用Trizol法、硅胶柱法、磁珠法分别提取病毒核酸,通过实时荧光PCR检测比较效果,选择最优提取方法;采用MCE-PEG富集法(混合硝酸纤维素膜第1次富集和聚乙二醇沉淀第2次富集)对水中诺如病毒进行富集;对生蚝肠腺、鳃组织进行前处理后,用磁珠法提取病毒核酸,通过实时荧光PCR检测。结果表明,硅胶柱法提取核酸效果较好;MCE-PEG法富集水中诺如病毒有效;实时荧光PCR技术能检测出染毒贝类中的诺如病毒。     

把握细节，提高猪场非洲猪瘟荧光PCR检测结果的准确性

非洲猪瘟病毒荧光PCR检测在各猪场实验室已经普及,影响荧光PCR检测结果准确性的因素众多,为提升基层兽医实验室非洲猪瘟病毒核酸检测结果的准确性,对实验室设施、设备、人员、仪器、样本选择、核酸提取及操作细节等常见问题及注意事项进行梳理汇总,为基层开展日常非洲猪瘟病毒核酸检测提供参考。     

口蹄疫病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立

旨在建立口蹄疫病毒可视化逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法。以猪口蹄疫灭活疫苗为材料,设计两对RT-LAMP引物,建立FMDV可视化RT-LAMP检测方法,并与普通PCR检测方法进行比较,同时进行特异性试验和敏感性试验。对从油佐剂疫苗中提取FMDV核酸方法进行比较结果发现,用商品化试剂盒提取时,3种样品处理方法对病毒RNA提取量没有显著影响;Trizol法提取RNA时,从油佐剂疫苗中直接提取,获得的RNA量最大,与其他2种方法差异极显著(P0.01)。建立了口蹄疫病毒可视化RT-LAMP方法,该方法检测到模板RNA最低稀释度为10-9,比RT-PCR方法灵敏10倍,特异性好。     

不同提取方法提取辣椒及其制品中DNA效果研究

采用CTAB法、SDS法、吸附柱法对辣椒及其制品中的基因组DNA进行提取,分别通过核酸蛋白测定仪、琼脂糖凝胶电泳、实时荧光PCR扩增检测。结果表明,CTAB法、SDS法、吸附柱法均能从鲜辣椒、干辣椒、油辣椒、辣椒酱中抽提得到DNA,从核酸蛋白测定仪检测得到的DNA提取物OD260/OD280值可看出,CTAB法和SDS法提取的DNA纯度较吸附柱法的低;DNA样品的琼脂糖凝胶电泳发现,各样品均无大范围明显拖尾,说明DNA提取完整度较好;实时荧光PCR检测分析3种提取方法的不同样品基因组DNA均出现PCR扩增曲线。经试验比较确定,提取方法的效率由高到低依次为吸附柱法>SDS法>CTAB法。可见,吸附柱法最适用于辣椒及其制品中核酸提取。     

基层兽医实验室动物疫病检测问题及对策

随着我国畜牧业的不断发展,对动物疫病检测工作越来越重视。但部分基层兽医实验室在动物疫病检测工作中存在诸多问题,需要改善。提高基层兽医实验室动物疫病检测能力和水平是基层兽医实验室建设中重要的工作之一。本文从基层兽医实验室在动物疫病检测工作中存在的问题分析,给基层兽医实验室工作人员提出解决对策。     

手动提取核酸的注意事项

RT-PCR的指数扩增是一项很灵敏的技术,可以检测很低拷贝数的RNA。目前,市级动物疫病预防控制中心均可开展此项检测,但由于市级只对各种重大动物疫病的病原进行初步检测,检测任务量不是很多, RNA的提取多由手工操作。文中笔者就实际操作中的注意事项和大家分享。     

往复双向电泳法(R-PAGE)检测马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)核酸制备的改进

双向往返电泳(R-PAGE)法是检测马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)的有效手段，本试验通过对该方法中马铃薯纺锤块茎类病毒核酸提取步骤的改进，提高了核酸纯度，使检测结果更为准确、清晰，且灵敏度高。     

免疫抗体监测在防控重大动物疫病中的作用

人们在对畜禽进行养殖期间,需要进行重大动物疫病的防控,防控措施对动物的生长发育及其后续带来的经济效益都至关重要,会对其产生直接影响。本文主要针对防控重大动物疫病时候动物免疫抗体检测展开讨论,希望借此来提高重大动物疫病防控工作效率。     

气肿疽梭菌pVAX1-NagH基因核酸疫苗的免疫效果评价

为检测气肿疽梭菌中NagH基因的核酸疫苗的免疫效果,在成功构pVAX1-NagH真核表达重组质粒后,将其转染至Vero细胞,通过间接免疫荧光方法对重组体进行鉴定.鉴定成功后,大量提取重组体质粒,对BALB/c小鼠进行免疫,免疫方法为肌肉注射.设置pVAX1-NagH核酸疫苗组、载体对照组以及PBS阴性对照组.对小鼠采血...     

三种草莓病毒的多重RT-PCR检测方法

目前,草莓主要有3种病毒侵染,本研究通过改进CTAB法对经过茎尖剥离的组培四季草莓叶片提取总核酸,采用多重RT-PCR技术同时检测草莓斑驳病毒、草莓轻型黄边病毒和草莓镶脉病毒。电泳结果显示提取的总核酸中可见总DNA条带和完整的RNA条带,并采用两步法RT-PCR获得了目的条带。本研究建立了多重RT-PCR同时检测草莓病毒的技术体系。     

环介导等温扩增法对虾酱中致病菌检测结果的分析

样品按照GB4789系列标准进行增菌后,提取致病菌核酸利用环介导等温扩增技术对检测虾酱中食源性致病菌进行快速检测。结果显示:5种致病菌沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌和大肠杆菌O157检测结果阴性,符合率100%,在副溶血性弧菌中有假阳性出现。环介导等温法检测虾酱时应考虑有干扰导致假阳性出现的可能。     

沉积物中核酸态有机磷及其矿化过程研究

水体沉积物界面中磷的释放机制非常复杂,生物作用导致的pH值和氧化还原条件变化对湖泊沉积物矿化能力有显著影响.普遍认为沉积物中有机磷的矿化过程是对水体富营养化具有重要贡献的环节之一,而核酸态有机磷可从一定程度上表征微生物水平,反应微生物对矿化作用的影响.据此采用DNA提取的方法对沉积物中核酸态有机磷的含量进行测定,并模拟沉积物中核酸在不同pH和溶解氧条件下的矿化过程.结果表明,DNA提取方法可以快速、准确提取沉积物中核酸磷;沉积物中核酸磷含量为0.43～0.61 μg·g-1,占有机磷总量的0.27%～0.37%,精确度为1.58%～3.63%.模拟实验结果表明,在两种情况下上覆水中总磷浓度均呈波动式上升,在pH接近7时沉积物中核酸磷较低,有氧条件下核酸磷呈下降趋势.