中国大蒜种质资源遗传多样性和群体遗传结构分析

【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对212份种质的22个数量性状与分子标记的线型模型分析表明,包括大蒜辣素含量在内的多个数量性状受群体遗传结构的影响较小。【结论】中国大蒜种质资源遗传背景丰富,群体遗传结构对数量性状的分布影响较小,适合进一步进行性状与分子标记之间关联分析研究。     

RAPD和SSR标记在玉米遗传多样性分析中的应用

利用RAPD和SSR两种标记方法研究了16个玉米自交系的遗传多样性，并对这两种分子标记系统进行了比较。结果表明，利用15条RAPD引物，检测到了126条有多态性的带。用筛选出的20对SSR引物，检测到69个等位基因。RAPD和SSR分子标记均有很高的多态性，RAPD多态性带比例数86％，SSR位点检测出的平均等位基因数3．4个。RAPD分子标记结果将16个玉米自交系划分为4组，SSR分子标记将其划分为5组。与系谱分析基本一致，两种分子标记划分的结果也相似。研究认为，RAPD、SSR两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用

【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U•L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150 μmol•L-1、0.1 μmol•L-1、2.0 mmol•L-1,总体积为25 μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6%,蓼科同属甜荞的SSR引物适用于苦荞SSR扩增。19对引物共检测到157个等位变异,每对SSR引物检测到的等位变异2-11个,平均等位变异（NA）7.42个,平均多态性信息量（PIC）0.888,平均鉴定力（DP）5.684,2对为SSR骨干引物。利用Popgen Ver.1.31软件,当遗传相似度（GS）为0.578时,50份苦荞材料被分为5个组群,聚类结果与苦荞地理分布相关性不大。四川苦荞资源组群各遗传多样性参数均最高,该区域苦荞种质资源多样性最丰富。利用骨干引物可鉴定部分近缘苦荞品种。【结论】构建的SSR分子标记体系适用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析,甜荞SSR引物可用于苦荞SSR标记分析,TBP5和Fes2695为苦荞SSR骨干引物,50份苦荞材料遗传多样性丰富,可划分为5个组群。     

糜子骨干种质遗传多样性和遗传结构分析

【目的】糜子生育期短、耐干旱、耐瘠薄、水分利用效率高,了解糜子资源的遗传多样性和遗传结构,为今后糜子杂交育种、种质创新、挖掘抗旱基因及资源的高效利用提供理论依据。【方法】采用表型鉴定和SSR分子标记对糜子资源进行遗传多样性检测。利用模糊隶属函数法分析糜子种质的株高、主穗长、叶片长、叶片宽、主茎节数、主茎粗、单株穗重、单株粒重和千粒重9个表型性状的分布情况。利用DPS7.05软件进行表型性状的遗传多样性分析、相关性分析和主成分分析,综合评价糜子种质资源的优劣。利用CTAB法提取糜子嫩叶基因组DNA,并利用SSR分子标记技术对不同地区的96份糜子种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,后经8%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染后显色。利用PowerMaker 3.25软件计算每对引物的等位基因数（A）、主要等位基因频率（M）、基因多样性指数（He）和多态性信息含量指数（PIC）,并进行N-J遗传距离的统计分析;利用Structure 2.3.1分析群体遗传结构。【结果】糜子表型遗传多样性分析表明：9个表型性状分布集中,且绝大部分呈极显著相关;单株粒重和单株穗重遗传变异最丰富,不同省份的资源在表型性状上表现出不同的遗传多样性,山西资源表型遗传多样性最丰富。采用主成分分析法和综合评价法表明,内糜1号的综合性状表现最差,宁糜15号的综合性状表现最好。采用19对SSR引物对96份糜子种质资源进行遗传多样性分析,共检测出112个等位变异;每个位点的等位变异数为3-9个,平均5.9个;平均主要等位基因频率为0.7045;平均基因多样性指数为0.4097;平均多态性信息含量位点百分数为39.2%。不同地理来源糜子种质资源的遗传多样性分析表明,各省份间糜子资源的亲缘关系均较近;山西省资源的基因多样性指数及多态性信息含量百分数最高,分别为0.357和33.01%。基于模型的遗传结构分析和基于遗传距离的聚类分析将试验材料划分为3个类群,两种分类结果有一定相似性,皆与生态环境密切相关。【结论】糜子遗传变异较为丰富,遗传多样性高,尤其是山西糜子资源的遗传多样性最丰富;不同地理来源的糜子种质资源亲缘关系均较近,且其遗传多样性与生态环境密切相关。     

分子标记在茶树种质资源遗传多样性分析中的应用研究

随着现代生物技术的发展,DNA分子标记技术在茶树研究领域的应用越来越多,本文综述了RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR在茶树种质资源遗传多样性分析中的应用现状,探讨了分子标记在茶树遗传多样性中应用存在的问题,并提出建议,为分子标记技术更好的应用于茶树种质资源遗传多样性提供参考。     

DNA分子标记在果树种质资源遗传多样性研究中的应用

简要介绍了DNA分子标记的主要类型、原理及特点,重点综述了RFLP、RAPD、AFLP、SSR、EST-SSR和SNP标记技术在果树种质资源遗传多样性研究中的应用现状。     

分子标记在橡胶树研究中的进展

分子标记技术的不断发展为橡胶树研究及选育种提供了新途径。本文综述了RAPD、AFLP、SSR、EST—SSR、ILP等分子标记在橡胶树遗传多样性、种质资源鉴定、遗传图谱构建、基因和QTLs定位等方面的研究进展。     

分子标记在兰花遗传育种中的研究进展

综述了RFLP、RAPD、SCAR、ISSR、SRAP、AFLP、SSR等分子标记的基本原理和主要特点,从遗传多样性分析、亲缘关系研究、种质资源鉴定、遗传图谱构建与辅助选择育种等方面介绍了分子标记在兰花遗传育种工作中的现状及其研究进展,并提出展望。     

七个不同来源金银花品种遗传多样性分析

【目的】根据金银花植物学性状,分析不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,建立基于植物学性状、RAPD分子标记的遗传性状数据库,为金银花种质收集、鉴定、创新、合理利用和杂交育种中的亲本选配提供科学依据。【方法】以7个不同来源的金银花品种的植物学性状为基础,在形态标记聚类分析的基础上,进一步利用RAPD分子标记技术进行遗传多样性分析,比较不同聚类分析的结果。【结果】植物学性状聚类分析结果表明,供试金银花材料之间遗传距离较远,以遗传距离7.5 cM为界,可将7份不同材料分为3个组,其中金花3号、巨花1号、九丰1号、金塔1号和鲁峰巨丰为一组,湘蕾金银花和华南忍冬各为一组,与各品种种属关系划分一致。RAPD聚类分析结果表明,以遗传距离14.0 cM为界,可将7个不同金银花种质分为3大类：第Ⅰ类为湘蕾金银花与华南忍冬,第Ⅱ类为巨花1号与金塔1号,第Ⅲ类为九丰1号、鲁峰巨丰与金花3号。【结论】在DNA分子水平上对金银花种质资源遗传多样性的分析结果与传统形态学分析结果相似,形态标记与分子标记适用于金银花种质资源的遗传多样性分析。     

猕猴桃属植物通用型SSR分子标记引物的筛选及应用

【目的】 基于猕猴桃全基因组数据,开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物,为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础。【方法】 基于‘红阳’猕猴桃全基因组序列,设计并合成435对SSR引物,采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测。首先,采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选;其次,选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛;最后,利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析。【结果】 从435对引物中初筛到216对有效性引物,经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物。67对引物在16份种质中共得到842个等位变异,每个位点检测到等位变异6—18个,平均等位基因数（Na）为12.57个;有效等位基因数（Ne）为3.27（A-Geo-149）—13.84（A-Geo-407）个,平均为8.18个;观测杂合度（Ho）为0.60（A-Geo-073）—0.93（A-Geo-158）,平均为0.77;期望杂合度（He）为0.72（A-Geo-149）—0.92（A-Geo-101、A-Geo-158）,平均为0.85;多态性信息含量（PIC）为0.67（A-Geo-149）—0.92（A-Geo-158）,平均为0.84;Shannon’s信息指数（I）为1.47（A-Geo-149）—2.73（A-Geo-101）,平均为2.22,说明引物的多态性极高,适用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析,225份种质资源聚类结果能明确揭示猕猴桃属植物的亲缘关系。【结论】 筛选出的SSR引物稳定、可靠,多态性与通用性高,可作为核心引物用于猕猴桃属植物种质资源鉴定、指纹图谱构建、核心种质挖掘和遗传多样性分析等研究。     

世界蚕豆种质资源遗传多样性和相似性的ISSR分析

【目的】分析国内外蚕豆种质资源的遗传多样性,探索其遗传相似性和遗传结构,为世界蚕豆资源的综合评价和优良种质资源的发掘利用提供依据。【方法】利用ISSR标记技术,对来自世界35个国家的383份蚕豆资源的遗传相似性进行分析。【结果】筛选出的11条ISSR引物共扩增出229条条带,其中多态性条带212条(占93%)。不同地理来源蚕豆资源群的基因多样性指数在0.16—0.28,平均为0.22;遗传丰富度变化范围为104—193,平均为158.5。中国春播区蚕豆资源群遗传多样性最高(H=0.28,NA=193),最低的是美洲资源群体(H=0.16,NA=104)。非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类结果表明,中国春播区和秋播区蚕豆资源明显不同;中国蚕豆资源群体与国外资源群间的遗传相似性较远,明显与国外资源相分离;北非和欧洲的蚕豆资源遗传相似性较近。亚洲、欧洲、非洲及中国的蚕豆资源群之间具有明显的地域分布规律。【结论】中国春播区蚕豆资源遗传变异丰富,遗传多样性较高;美洲蚕豆资源遗传基础相对狭窄。蚕豆资源群体遗传多样性差异和遗传相似性与其地理来源、生长习性和生态分布密切相关。     

分子标记及其在植物育种中的应用

本文介绍了限制性片断长度多态性（ＲＦＬＰ）、随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、扩增片断长度多态性（ＡＦＬＰ）、简单重复序列（ＳＳＲ）、染色体原位杂交（ＩＳＨ）分子标记的基本原理、特点及其在植物育种中的应用。在植物育种中分子标记可用于绘制品种、品系的ＤＮＡ指纹图谱、种质资源遗传多样性的研究、种质资源的创新与鉴定、分子标记辅助选择。     

RAPD和AFLP在分析尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用比较

比较了RAPD和AFLP标记技术在尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用。共筛选20个RAPD引物和7个AFLP引物组合,检测到AFLP标记的有效等位基因数和平均多态信息量稍低于RAPD标记,但AFLP标记的多态性检测效率显著高于RAPD标记。两种分子标记所得遗传相似系数接近。结果表明:AFLP和RAPD适宜于基因组DNA检测,但AFLP优于RAPD。     

甘草野生种群遗传多样性的AFLP分析

 【目的】甘草具有重要的药用、工业和生态价值,目前处于濒危状态,进行遗传多样性研究可以为甘草资源的保护和利用奠定基础。【方法】利用AFLP分子标记对来自中国甘草主产区的16个野生种群共320个单株进行遗传多样性研究。【结果】（1）利用15对AFLP引物共扩增出759条谱带,其中多态性谱带527条,多态性条带百分率为69.43％;（2）Nei’基因多样性指数为0.13～0.19,种群总体多样性指数为0.25;Shannon多态性信息指数的变异范围在0.19～0.28,总体为0.39;宁夏地区甘草种群遗传多样性水平最高,甘肃酒泉种群的遗传多样性水平最低。（3）AMOVA分析表明甘草种群间的遗传变异占总变异的18.64％,种群内变异占67.16％。利用UPGMA聚类可将供试16个群体划分为3类,聚类结果表现出明显的地域性。【结论】该研究明确了中国野生甘草遗传多样性处于中等偏下水平,种群内广泛的变异能够为野生资源保护和良种选育提供理论依据。