合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.     

野生树鼩实验动物化过程中粪便菌群的多样性及组成

从云南昆明西郊野外捕捉6只成年野生树鼩,于中国科学院昆明灵长类研究中心人工驯养6个月。于刚捕捉回(野生组)和人工驯养6个月(驯养组)时,收集新鲜粪便样本,共12份,运用IlluminaMiSeq测序平台,以16S rRNA的V3–V4区域为目标进行高通量测序,比较分析树鼩在人工驯养前后粪便菌群的多样性及组成。结果表明:树鼩粪便菌群的OTU多样性Shannon指数和Simpson指数组间的差异均无统计学意义,野生组树鼩粪便菌群的OTU丰富度Chao指数、Ace指数、Sobs指数均显著高于驯养组的;PCo A主成分分析结果显示,野生树鼩与人工驯养树鼩的粪便菌群具有明显的差异,但同组内个体间的菌群差异不明显;在门水平上,树鼩粪便的优势菌门主要有厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门,但其在不同组树鼩粪便菌群的相对丰度不同;在纲水平上,野生组菌群主要有芽孢杆菌纲和拟杆菌纲,驯养组菌群主要有拟杆菌纲、梭菌纲和厌氧菌纲,γ–变形菌纲、厌氧菌纲相对丰度在2组间的差异有统计学意义(P0.05);在目水平上,野生组菌目主要有乳杆菌目和拟杆菌目,驯养组菌目主要有拟杆菌目和梭菌目,驯养组的Selenomonadales相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在科水平上,野生组菌科主要有链球菌科和普雷沃氏菌科,驯养组菌科主要有普雷沃氏菌科和韦荣氏球菌科,驯养组的韦荣氏球菌科相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在属水平上,野生组菌属主要有链球菌属和乳球菌属,驯养组菌属主要有普雷沃菌属和巨单胞菌属,野生组的链球菌属相对丰度极显著高于驯养组的(P0.01),驯养组的巨单胞菌属相对丰度显著高于野生组的(P0.05)。可见,野生树鼩经过人工驯养后,粪便微生物区系中的一些菌群发生了变化,菌群结构与野生组有差异,但不显著,粪便菌群结构变化呈简单化的趋势。     

不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对努比亚山羊瘤胃微生物群落的影响

【目的】明确不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对山羊瘤胃微生物多样性的影响,为青贮甘蔗尾叶在山羊养殖生产中的应用提供参考依据。【方法】选取72只平均体重24.5 kg的努比亚山羊,随机分为对照组（CK）及3个试验组（T1～T3）,每组2个重复,每个重复9只。CK组饲喂自然青贮甘蔗尾叶的全混合日粮（TMR）,T1组饲喂经植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌及鼠李糖乳杆菌处理青贮甘蔗尾叶的TMR,T2组饲喂经黑曲霉、枯草芽胞杆菌及米曲霉处理青贮甘蔗尾叶的TMR,T3组饲喂经枯草芽胞杆菌和乳酸片球菌处理青贮甘蔗尾叶的TMR。预试期7 d,试验期42 d。饲喂结束后基于Illumina高通量测序技术探究不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对努比亚山羊瘤胃微生物多样性的影响。【结果】从4个处理组努比亚山羊瘤胃液中最终获得的OUT数量排序为T3组（1637个）> T2组（1603个）> CK组（1576个）> T1组（1560个）;各处理组间的Chao1指数排序为T3组> T2组> T1组> CK组,但差异不显著（P> 0.05,下同）;Shannon指数排序为T3组> T2组> T1组> CK组,其中T3组显著高于CK组和T1组（P< 0.05,下同）;Simpson指数排序为T1组> CK组> T2组> T3组,各组间差异也不显著。在门分类水平上,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）是努比亚山羊瘤胃液中的绝对优势菌门,拟杆菌门相对丰度为57.50%～65.40%,以T1组的相对丰度最高;厚壁菌门相对丰度为14.39%～24.38%,T3组的相对丰度显著高于其他处理组;蓝藻菌门（Cyanobacteria）也表现为T3组的相对丰度最高。在属分类水平上,普雷沃氏菌属-1（Prevotella-1）是努比亚山羊瘤胃液中的绝对优势菌属,其对应的相对丰度排序为T3组> T1组> T2组> CK组,但组间差异不显著;未知属f型拟杆菌目RF16菌（Bacteroidales RF16 group_norank）、普雷沃氏菌科UCG-001（Prevotellaceae UCG-001）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）的相对丰度均表现为T3组显著高于其他处理组。【结论】经枯草芽孢杆菌+乳酸片球菌处理的甘蔗尾叶青贮效果最佳,以其饲喂努比亚山羊可增加瘤胃微生物种群数量及多样性水平,进而提高努比亚山羊瘤胃降解粗纤维的能力及机体对非纤维性碳水化合物的消化能力。     

放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异分析

【目的】采用高通量测序技术研究放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异。【方法】选取新疆塔城地区健康的舍饲夏洛莱牛(CB组)和放牧夏洛莱牛(CG组)各5头,分别采集CB、CG组每头夏洛莱牛的直肠粪便,提取微生物总DNA,通过Illumina HiSeq 测序技术,分析10个粪便样品的菌落结构及多样性。【结果】所有样本共检测出1 089个OTUs(CB:1 044、CG:1 087),归属于12门24纲33目57科170属的细菌。在门水平,厚壁菌门和拟杆菌门在2组中均为优势菌门,其次为疣微菌门、放线菌、广古菌门和变形菌门,在科水平的优势菌依次为瘤胃球菌科、理研菌科、毛螺菌科、消化链球菌科、普雷沃氏菌科、克里斯滕森菌科、拟杆菌科等;其中CB组中拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、理研菌科、消化链球菌科丰度显著高于CG组(P<0.05),CG组中厚壁菌门、瘤胃球菌科的丰度显著高于CB组(P<0.05)。【结论】舍饲夏洛莱牛和放牧夏洛莱牛肠道微生物结构与组成存在显著性差异,放牧夏洛莱牛肠道微生物具有更强的纤维消化的能力。     

灌喂鼠李糖乳杆菌对妊娠后期小鼠粪便菌群多样性影响

【目的】研究妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌至分娩前对小鼠粪便中菌群多样性和物种丰度的影响。【方法】选择体重相近(23.33±1.55) g,配种日期相同的昆明妊娠小白鼠30只,将30只妊娠小鼠随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同的饲养条件和日粮营养水平下,对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮的基础上灌喂0.5 mL含有0.125 g鼠李糖乳杆菌的灭菌生理盐水,试验期21 d。【结果】(1)灌喂鼠李糖乳杆菌对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响(P>0.05),但降低了试验组Simpson指数。(2)在门水平上,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门的丰度之和在90%以上,厚壁菌门试验组显著高于对照组(P<0.05),但拟杆菌菌门和变形菌门试验组分别比对照组降低了21.95%(P<0.05)、26.15%(P<0.05)。在科水平上,毛螺菌科、乳酸细菌科和韦荣球菌科试验组显著高于对照组(P<0.05)。在属水平上,乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属与Lachnoclostridium试验组显著高于对照组(P<0.05)。【结论】妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌,对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响,但可以提高小鼠肠道细菌物种丰度,对厚壁菌门、毛螺菌科、乳酸细菌科、韦荣球菌科、乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属和Lachnoclostridium丰度具有显著性影响。     

屎肠球菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落 优势门属的影响

[目的]分析屎肠球菌(Enterococcus faecium)活菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落优势门属的持续影响,为揭示益生菌调节仔猪肠道健康的作用机制及人为调控仔猪肠道微生物以促进其健康提供参考依据.[方法]给健康新生仔猪灌服无菌脱脂乳(对照组)或屎肠球菌制剂(益生菌组),持续灌服6 d,分别采集7和21日龄仔猪结肠内容物,提取总细菌DNA后进行PCR扩增,采用Illumina MiSeq高通量测序技术检测16S rRNA序列的V3~V4可变区,分析肠道微生物群落α多样性及其在门和属分类水平上的结构特点.[结果]给新生仔猪灌服屎肠球菌并不影响7和21日龄仔猪结肠微生物群落α多样性.与对照组相比,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落优势门的相对丰度无显著变化(P>0.05,下同),21日龄仔猪拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度也无显著差异,但变形杆菌门(Proteobacteria)相对丰度呈显著增加趋势(P<0.05,下同);在属水平上,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落中相对丰度变化明显的优势属均隶属于拟杆菌门,其中,普雷沃氏菌属(Prevotella)相对丰度显著增加,而拟杆菌属(Bacte-roides)相对丰度极显著减少(P<0.01,下同),丁酸单胞菌属(Butyricimonas)相对丰度显著减少;21日龄仔猪结肠微生物群落中66.67%优势属的相对丰度呈减少趋势,其中以厚壁菌门4个属的变化尤其明显,即巨型球菌属(Megasphaera)相对丰度极显著减少,乳杆菌属(Lactobacillus)、产琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和粪杆菌属(Faecalibacterium)相对丰度显著减少.[结论]新生仔猪口服屎肠球菌能对其结肠微生物群落优势门或属组成产生持续影响,表现为促进有益于结肠健康菌属的生长,而抑制具有潜在致病性菌属的增殖,为今后定向研究调控仔猪肠道健康的肠道共生微生物提供明确范围.     

犏牛、黄牛和娟姗牛瘤胃菌群结构比较及功能预测研究

【目的】分析犏牛、黄牛和娟姗牛瘤胃微生物多样性的差异,并对菌群功能进行预测。【方法】选取甘南藏族自治州合作市同一牧场放养的生理状态正常、年龄相近（1.5岁左右）的犏牛、黄牛和娟姗牛各6头,抽取瘤胃液于冻存管,放入液氮保存。基于16S rRNA测序技术,对供试牛瘤胃液样本基因组DNA进行V3~V4区扩增及测序,对所得序列处理后进行OTU聚类分析和物种分类,并利用Tax4Fun对菌落的16S rRNA基因序列进行KEGG功能注释。【结果】Alpha多样性分析显示,犏牛瘤胃微生物多样性和丰富度显著高于黄牛和娟姗牛（P＜0.05）。门分类水平上,犏牛瘤胃液中厚壁菌门、脱硫杆菌门、疣微菌门、髌骨细菌门和纤维菌门显著高于黄牛（P＜0.05）,脱硫杆菌门和疣微菌门显著高于娟姗牛（P＜0.05）。属分类水平上的差异主要表现在厚壁菌门与拟杆菌门所属的各菌群中,犏牛瘤胃液中普雷沃菌属、瘤胃球菌属和解琥珀酸菌属丰度显著低于黄牛（P＜0.05）;理研菌科_RC9菌群丰度显著高于黄牛（P＜0.05）;犏牛和娟姗牛瘤胃中克里斯氏菌科_R-7菌群、瘤胃菌科_NK4A214菌群、g_norank_f_UCG-011和未分类毛螺菌科显著高于黄牛（P＜0.05）。瘤胃菌群功能预测发现,犏牛富集在碳水化合物代谢、核苷酸代谢和翻译二级通路上的功能丰度显著高于黄牛（P＜0.05）,但与娟姗牛差异不显著（P＞0.05）;黄牛二级通路中辅助因子和维生素的代谢功能丰度显著高于犏牛和娟姗牛（P＜0.05）。【结论】犏牛和黄牛间瘤胃菌群组成差异较大,娟姗牛菌群组成介于犏牛和黄牛之间;犏牛瘤胃菌群发酵最具优势,可能为其适应高原地区严酷的生存环境发挥了重要作用。     

可溶性玉米纤维对仔猪盲肠微生物多样性的影响

[目的]本试验旨在研究日粮中添加可溶性玉米纤维(Fibersol-2,Fib2)对仔猪盲肠微生物多样性、有机酸及肠道屏障功能的影响。[方法]选用28日龄、初始体质量为(9.65±0.44)kg的杜×长×大三元杂交仔猪448头,随机分为4组,每组8个重复,每个重复14头,分别饲喂4种日粮:基础日粮分别加0(对照组)、1、2和4 g·kg~(-1) Fib2。预试期7 d,正试期28 d。[结果]在门水平上,日粮中添加Fib2显著降低软壁菌门和放线菌门的相对丰度(P0.05,线性),提高拟杆菌门而降低厚壁菌门和变形菌门的相对丰度(P0.05,线性和二次)。在科水平上,Fib2显著提高普雷沃氏菌科、拟杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度而降低瘤胃菌科、毛螺菌科、梭菌科、丹毒丝菌科和unclassified Mollicutes RF9的相对丰度(P0.05,线性),提高Bacteroidales S24-7 group的相对丰度(P0.05,二次),提高乳杆菌科而降低消化链球菌科的相对丰度(P0.05,线性和二次)。在属水平上,Fib2显著提高普氏菌属、拟普雷沃氏菌属、拟杆菌属和紫单胞菌属的相对丰度而降低瘤胃球菌属、Lachnospiraceae NK4A136 group、梭菌属和unknown genus的相对丰度(P0.05,线性),提高unclassified Bacteroidales S24-7 group的相对丰度(P0.05,二次),提高乳杆菌属和Prevotellaceae UCG的相对丰度,降低Eubacterium coprostanoligenes group、罕见小球菌属和地孢子菌属的相对丰度(P0.05,线性和二次)。Fib2显著提高乳酸、乙酸、丙酸、戊酸、总挥发性脂肪酸(P0.05,线性)、异丁酸和异戊酸含量(P0.05,线性和二次)。在14 d时,Fib2显著降低血清D-乳酸、内毒素含量(P0.05,线性)和二胺氧化酶活性(P0.05,线性和二次)。Pearson相关性分析表明:盲肠微生物与有机酸及肠道渗透性之间存在相关关系。[结论]在本试验条件下,日粮中添加Fib2改变仔猪盲肠微生物菌群结构,提高有机酸浓度,降低肠道渗透性,最终改善仔猪肠道健康。     

不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃细菌多样性的影响

研究不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃液细菌多样性及群落结构的影响。选择24只健康的8月龄、体重约25 kg的内蒙古绒山羊母羊,随机分为4组,每组6只,分别为苜蓿组(G1)、苜蓿补饲精料组(G2)、玉米秸秆组(G3)和玉米秸秆补饲精料组(G4),试验期共25 d,其中预饲期20 d。在正式试验期第5天,经口腔采集瘤胃液,利用高通量测序技术进行瘤胃细菌多样性分析。结果表明:基于相似性>97%的原则,4组样品共产生1 399个操作分类单元(OTU),共享OTU 1 040个,约占总数的74.34%;各组α多样性指数指标无显著性差异(P>0.05)。各组门水平最优势菌为拟杆菌门,科水平最优势菌为普雷沃氏菌科,属水平最优势菌为普雷沃氏菌属,在所有占总细菌比例大于1%的瘤胃细菌中,G2组软壁菌门比例显著高于G3和G4组(P<0.05),G1组毛螺旋菌科比例显著(P<0.05)高于其他3组,其余各组菌群比例均无显著差异(P>0.05)。综合得出,不同饲粮类型条件下,内蒙古绒山羊最优势菌门为拟杆菌门,最优势菌科是普雷沃氏菌科,最优势菌属是普雷沃氏菌属;不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃菌群结构影响不明显。     

基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析

为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结果表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729 326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64 145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78) bp,聚类后共得到1 207个OTU。藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和ACE指数显著高于粪便微生物,而Simpson指数和Shannon指数在两组之间差异均不显著,且两组的菌群结构有显著分化。在门分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的优势菌门为拟杆菌门,粪便中相对丰度最高的优势菌门为厚壁菌门;在属分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的属为细菌和普雷沃氏菌属_1,粪便中相对丰度最高的属为瘤胃球菌科Ruminococcaceae_UCG_010。对瘤胃和粪便的微生物群落进行功能预测,发现有显著性差异的代谢通路34个,主要富集在代谢、遗传信息处理、环境信息处理和细胞过程方面。说明藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物在结构组成、相对丰度,以及基因功能等方面相对稳定且存在较大差异,这可能是不同胃肠道区段涉及的生理功能不同导致的。     

思茅松毛虫成虫肠道细菌多样性

【目的】 研究野外采集的思茅松毛虫（Dendrolimu kikuchii）成虫的肠道细菌多样性,为思茅松毛虫的防治和云南松（Pinus yunnanensis）等树木的保护奠定基础。【方法】 分别提取思茅松毛虫雄蛾和雌蛾的肠道总DNA,基于Illumina NovaSeq（PE250）平台运用高通量技术对肠道细菌16S rDNA基因V3~V4区进行测序和分析,分析雄虫和雌虫的肠道菌群的结构多样性。【结果】 从思茅松毛虫成虫中共获得1 278个操作分类单元（OTUs）,涵盖28个门75个纲173个目296个科550个属。在门水平上,雄蛾和雌蛾的优势菌为变形菌门（Proteobacteria,雌81.27%/雄81.17%）;在科水平上,雄蛾的优势菌科是鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae,49.16%）和丛毛单胞菌科（Comamonadaceae,19.09%）,雌蛾的优势菌科是欧文氏菌科（Erwiniaceae,34.09%）和丛毛单胞菌科（Comamonadaceae,16.68%）;在属水平上,雄蛾的优势菌属是鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,48.09%）,雌蛾的优势菌属是泛生菌属（Pantoea,31.58%）。思茅松毛虫雌蛾肠道细菌的物种多样性比雄蛾丰富。雄蛾肠道中丰度差异显著性最高的菌群为α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）,雌蛾肠道中丰度差异显著性最高的菌群为γ-变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）。【结论】 思茅松毛虫成虫肠道具有丰富的细菌资源。     

健康与腹泻犊牛的粪便真菌差异分析

【目的】利用18S rRNA高通量测序技术,研究健康与腹泻犊牛的粪便真菌差异.【方法】利用18S rRNA高通量测序技术对10份腹泻和10份健康犊牛的粪便样本测序分析.【结果】Alpha多样性分析表明腹泻组与健康组两组间物种丰富度与多样性无显著差异(P0.05).在门的水平上,与健康组比腹泻犊牛粪便中新丽鞭毛菌门相对丰度显著降低,而担子菌门和芽枝霉门显著升高(P0.05).在属的分类水平上,相较于健康犊牛组,腹泻组中酵母属(Saccharomyces)、盲囊菌属和小脆柄菇属(Psathyrella)相对丰度明显降低,而弯孢属(Curvularia)、赤霉菌属(Gibberella)和耐干霉菌属(Xeromyces)丰度显著升高(P0.05).【结论】健康与腹泻犊牛真菌间在多个水平存在显著差异,这可能是导致腹泻的直接原因,这也为犊牛腹泻的预防与治疗奠定了基础.     

白粉病对大叶黄杨叶片内生细菌群落的影响

【目的】研究白粉病对大叶黄杨（Euonymus japonicus）叶片内生细菌群落结构特征、互作关系及群落关键种的影响,为大叶黄杨白粉病的生物防治提供参考。【方法】以北京市大叶黄杨绿化带的健康叶片（HL）及感染白粉病叶片（DL）为材料,测定其硝酸盐、可溶性糖、可溶性蛋白及叶绿素含量。采用Illumina MiSeq测序技术测定叶片内生细菌群落特征,用ADONIS、MRPP和PERMANOVA方法分析细菌群落不相似性,采用典范对应分析（CCA）和Mantel分析研究细菌群落结构与叶片理化指标的相关性,通过细菌群落的分子生态网络分析（MENA）确定群落互作关系及关键种。【结果】大叶黄杨DL的叶绿素含量显著低于HL,而可溶性蛋白质含量显著高于HL。大叶黄杨HL和DL叶内生细菌群落的多样性及群落结构无显著差异。HL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、拟杆菌门,DL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门。HL优势属相对丰度从高到低依次为罗尔斯通氏菌属、无色杆菌属、贪铜菌属、类芽孢杆菌属、盐孢菌属、芽孢杆菌属、伯克霍尔德菌属、土单胞菌属、节杆菌属;DL优势属为罗尔斯通氏菌属、盐孢菌属、伯克霍尔德菌属、芽孢杆菌属、罗河杆菌属。大叶黄杨叶片的叶绿素含量显著影响细菌群落结构,主要影响HL的变形菌门和放线菌门相对丰度。MENA结果显示,DL内生细菌群落的互作关系比HL更复杂,竞争关系更强。HL内生细菌群落中未发现关键种,而DL中发现了5个细菌群落关键种,分别为放线菌门的诺卡氏菌科红球菌属、类诺卡氏菌科和鱼孢菌科及变形菌门的生丝微菌科丝微菌属和华杆菌科。【结论】白粉病感染对大叶黄杨叶片内生细菌群落结构及多样性无显著影响,但改变了细菌群落的互作关系,说明大叶黄杨叶片内生细菌对白粉病的感染具有响应效应。     

温室中患白粉病与健康草莓植株根际原核生物群落的比较研究

【目的】比较温室大棚中患白粉病的草莓(DRZ)与健康草莓(HRZ)植株根际土壤原核生物(细菌和古菌)群落的多样性与结构差异。【方法】基于土壤原核生物16S rRNA基因V3～V4变异区通用引物序列,应用高通量测序技术进行比较分析。【结果】在97%的相似水平下2个样本共获得OTU个数为2631,涵盖了2域2界39门82纲161目326科600属的原核生物;与健康样本相比,患病土壤原核生物的OTU数目及多样性指数均较低;在门分类水平上,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门均为2个样本的优势菌群,两者群落种类大致相同,但群落相对丰度均发生显著变化(P0.01),同时首次发现了患病植株根际土壤中古菌的门类相对丰度显著高于健康植株;在属分类水平上,分析了2个样本中相对丰度Top 50的菌群,表明原核生物群落结构和相对丰度均发生了显著变化(P0.01),其中假单胞菌属、链霉菌属和"norank类群"可能是潜在的拮抗菌类群,沃尔巴克氏体属和立克次体属可能是寄生于温室草莓白粉病传播媒介中的类群。【结论】阐明了温室中患白粉病草莓与健康草莓根际原核生物的多样性变化,并解释了病害发生和传播的原因及草莓食用的安全问题,对防控白粉病的发生和快速筛选草莓白粉病拮抗菌提供理论依据。     

电子供体对向日葵秸秆厌氧发酵产酸和微生物群落结构的影响

为探究电子供体对瘤胃微生物发酵向日葵秸秆产C2～C6脂肪酸的影响,采用体外连续传代和高通量测序技术,比较添加乙醇或乳酸对脂肪酸产量及细菌和真菌群落结构的影响。结果表明,添加乙醇和乳酸显著提高了总C2～C6脂肪酸的产量,乙醇提高了乙酸、戊酸和己酸产量,乳酸提高了丙酸、丁酸、戊酸和己酸产量。与对照组相比,乙醇组的拟杆菌门相对丰度下降,而变形菌门相对丰度上升;乳酸组的变形菌门相对丰度下降,而放线菌门相对丰度上升。添加乙醇或乳酸对相对丰度前5的真菌菌门无显著影响。添加2种电子供体都显著改变了细菌和真菌的群落结构。添加乙醇显著提高萨特氏菌属、解琥珀酸菌属和脱硫弧菌属的相对丰度,添加乳酸显著提高巨型球菌属、Shuttleworthia、互营球菌属、光冈菌属、未定义的普雷沃氏菌的相对丰度。在种水平上,普雷沃氏菌、亨氏丁酸弧菌、埃氏巨型球菌与丁酸、戊酸产量呈显著相关。     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

代乳粉对早期断奶沂蒙黑山羊羔小肠发育、菌群多样性及葡萄糖转运载体基因表达的影响

【目的】研究饲喂代乳粉对早期断奶沂蒙黑山羊羔小肠发育、菌群多样性及葡萄糖转运载体基因表达的影响,为沂蒙黑山羊早期断奶羔羊的培育提供理论依据。【方法】将36只双胎沂蒙黑山羊羔羊分成2组,每组6个重复,每个重复3只。其中,对照组(Ⅰ组)羔羊随母哺乳至75日龄,试验组(Ⅱ组)于10日龄断奶后饲喂代乳粉。分别于试验的第10、15、25、45和75 天称羔羊活体重以及屠宰后十二指肠、空肠、回肠重量,并收集各肠段内容物、黏膜组织样品。采用16S rDNA的PCR-DGGE技术和实时荧光定量PCR等方法,分析小肠菌群定植规律及葡萄糖转运载体(SGLT-1、GLUT-2)基因mRNA表达量。【结果】Ⅱ组羔羊45 d时平均日增重和空肠、回肠重量显著高于Ⅰ组(P＜0.05),而75 d时平均日增重和回肠重量极显著高于Ⅰ组(P＜0.01)。十二指肠在45和75 d、空肠在15 d及回肠在10 d时两组间菌群变化较为明显,二者菌群多样性指数回肠最高,其次空肠、十二指肠;两组各肠段优势菌群均为溶淀粉乳杆菌和普雷沃氏菌属,但随着日龄增加,Ⅰ组各肠段益生菌属总细菌数量呈下降趋势,Ⅱ组却与此相反。Ⅱ组在10 d时SGLT-1和GLUT-2基因mRNA表达量最低,而25 d后Ⅱ组表达量均高于Ⅰ组,且差异不显著(P＞0.05);上述基因表达量呈现肠段部位间差异,其中SGLT-1基因mRNA表达量变化空肠最大,十二指肠最低,而GLUT-2基因mRNA表达量变化十二指肠最大,回肠最低。【结论】饲喂代乳粉在第25 天时可促进沂蒙黑山羊早期断奶羔羊空肠、回肠有益菌提前定植,并通过调控葡萄糖转运载体基因表达而引起葡萄糖吸收转运的改变,进而影响羔羊后期肠道组织及机体的生长发育。     

亚硒酸二葡萄糖酯对产蛋后期蛋鸭肠道形态和微生物的影响

选用240只50周龄健康的临武鸭蛋鸭,随机分成5组：对照组(第1组)在基础饲粮中添加0.2 mg/kg(以硒计)的亚硒酸钠,第2、3、4、5组分别在基础饲粮中添加0.1、0.2、0.3、0.4mg/kg(以硒计)的亚硒酸二葡萄糖酯。每组6个重复,每重复8只鸭。预试期7d,正试期63d。试验结束后测定供试鸭的十二指肠、空肠和回肠形态指标及回肠和盲肠的微生物多样性。结果表明：与对照组相比,饲粮添加亚硒酸二葡萄糖酯对产蛋后期蛋鸭的十二指肠、空肠和回肠绒毛高度、隐窝深度、肠壁厚度、绒毛高度与隐窝深度的比值均无显著影响;添加亚硒酸二葡萄糖酯组降低了回肠中变形菌门和埃希氏菌属–志贺氏杆菌属及盲肠中变形菌门和厌氧螺菌属的相对丰度,提高了回肠中肠杆菌属及盲肠中拟杆菌门和普雷沃氏菌属、肠杆菌属、理研菌科RC9菌属的相对丰度;第2组回肠中属、种水平的OTU数显著高于对照组的,肠道菌群α多样性最高,回肠中厚壁菌门相对丰度最高且埃希氏菌属–志贺氏杆菌属相对丰度最低,盲肠中拟杆菌门相对丰度最高。综上可知,饲粮添加亚硒酸二葡萄糖酯降低了回肠中有害微生物的相对丰度,有利于肠道健康,饲粮中亚硒酸二葡萄糖酯的适宜添加量...     

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。     

黄芪多糖对犬盲肠菌群的影响

【目的】通过高通量测序的方法探究在犬日粮中添加黄芪多糖对犬盲肠菌群数量、多样性及群落组成结构的影响.【方法】选取18只一岁龄比格犬,体质量10 kg左右,随机分为3组,分别为对照组,低剂量组(基础日粮、以生药计1%的黄芪多糖)和高剂量组(基础日粮、以生药计2%的黄芪多糖).第14天,犬处死后取盲肠内容物进行肠道菌群数量、多样性和群落组成分析.【结果】通过样本内多样性分析和主成分分析可发现,添加黄芪多糖可影响犬盲肠菌群的多样性,增加菌群数量.且黄芪多糖组微生物群落组成发生改变,主要表现为放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)数量增加,梭杆菌门(Fusobacteria)与变形菌门(Proteobacteria)数量减少.放线菌纲(Actinobacteria)与芽孢杆菌纲(Bacilli)数量增加,梭杆菌纲(Fusobacteriia)与β-变形菌纲(Betaproteobacteria)数量减少.双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)与乳杆菌科(Lactobacillaceae)数量增加,梭杆菌科(Fusobacteriaceae)数量减少.普氏菌属(Prevotella)与乳酸杆菌属(Lactobacillus)数量增加,梭杆菌属(Fusobacterium)数量减少.【结论】在日粮中添加黄芪多糖可使犬盲肠菌群数量增加,多样性上升,增加有益菌群所占比例,降低条件致病菌比例.