利用PCR技术特异性检测人参恶疫霉菌等6种疫霉菌

为了建立能同时检测人参恶疫霉菌（Phytophthora cactorum）等6种疫霉菌的快速检测方法,以期为病害的发生预测和早期诊断技术提供依据。通过比较基因组学分析,根据恶疫霉菌等疫霉菌属的6个种共有基因设计引物,通过PCR方法筛选特异性引物,并对引物的特异性、灵敏度和应用可行性进行验证。结果表明：筛选到了1对用于检测疫霉属6种病菌的常规PCR特异性引物YB-00394F/YB-00394R,采用优化的PCR扩增体系和反应条件进行扩增,筛选到的特异引物分别从疫霉属的6个种中扩增出386 bp大小的条带,而其他非疫霉属真菌无扩增条带。常规PCR法对人参恶疫霉菌基因组DNA检测的灵敏度为100 fg/μL,应用PCR方法成功快速的在62份植物样本和95份土壤样本中检测到了目标疫霉病菌。建立的常规PCR方法可以快速灵敏地检测6种疫霉属的真菌。     

大豆疫霉的ITS分子检测

根据大豆疫霉及其近缘卵菌ITS序列差异设计了一对寡聚核苷酸引物，用于对包括大豆疫霉在内的20种真菌的PCR检测。结果表明：在优化的反应体系及扩增条件下，该对引物只在大豆疫霉为模板的扩增体系中具有一330bp的扩增产物，表现出强特异性。利用该特异引物可稳定地从含有大豆疫霉游动孢子或卵孢子的土壤及其发病组织中检测出病原菌。该检测方法对大豆疫霉游动孢子和卵孢子的检测理论精度可达0．5个孢子。     

芋疫霉菌的巢式PCR检测

【目的】建立芋疫霉菌快速、准确的PCR检测技术,为芋疫病流行规律监测和综合防控提供科学依据。【方法】根据芋疫霉菌与其他疫霉菌种类Ypt1基因序列差异,设计了1对芋疫霉菌PCR检测特异引物PCOF/PCOR,并对该引物的特异性、灵敏性和应用性进行了验证。【结果】在优化的反应体系与扩增条件下,PCOF/PCOR引物能特异性地从芋疫霉菌基因组DNA中扩增出1条172 bp的条带,而其他供试病原菌均无扩增条带。在25μL PCR反应体系中,PCOF/PCOR引物对芋疫霉菌基因组DNA的检测灵敏度为100 pg,而以疫霉菌Ypt1基因通用引物ph1F/Yph2R为第一轮引物,PCOF/PCOR为第二轮引物,进行巢式PCR扩增,能检测到10 fg芋疫霉菌基因组DNA,检测灵敏度提高了10 000倍。采用巢式PCR,可从芋疫病发病的叶片和未显症叶片组织中检测到芋疫霉菌,检出率分别为100%和57.5%。【结论】所建立的巢式PCR可应用于芋疫霉菌的快速、特异和高灵敏度检测。     

苹果属3种检疫性疫霉的四重PCR分子检测

为建立苹果属冬生疫霉Phytophthora hibernali、丁香疫霉P.syringae和栗黑水疫霉P.cambivora 3种检疫性疫霉的同步分子检测方法,根据疫霉属18S rRNA,ITS,HSP90和Ypt1基因分别设计通用引物,冬生疫霉、丁香疫霉及栗黑水疫霉特异引物,建立了四重PCR检测方法,并进行了灵敏度和模拟带菌测试.建立了可同时检测苹果属上冬生疫霉、丁香疫霉和栗黑水疫霉的特异四重PCR检测体系:在20μL反应体系中,最佳引物浓度组合为10μmol/L的18SUF/18SUR,PHSF/PHSR,PCSF/PCSR和PSSF/PSSR分别为0.2,0.6,0.8,1.0μL;最佳退火温度和退火时间分别为63℃和20s.该体系扩增冬生疫霉出现884bp的18S rRNA条带和232bp的ITS基因特异带,丁香疫霉出现884bp的18S rRNA条带和683bp的HSP90基因特异带,扩增栗黑水疫霉出现884bp的18S rRNA条带和314bp的Ypt1基因特异带,对照菌只出现18S rRNA条带;四重PCR反应体系检测灵敏度低于单重PCR;模拟带菌试验可同时扩增出4个片段.表明该四重PCR检测方法能实现冬生疫霉、丁香疫霉和栗黑水疫霉的同步特异检测,实现苹果属类水果及种苗检疫性疫霉的快速检测.     

广东菠萝心腐病病原鉴定

为了鉴定广东湛江地区菠萝心腐病病原菌,研究了病原菌的致病性、菌丝体及孢子囊等形态特征,分析了核糖体DNA-ITS序列同源性。结果表明,该病原菌属于疫霉属真菌,同源性分析显示,该菌与GenBank中烟草疫霉ITS序列的同源性达99%以上;采用烟草疫霉特异性引物进行PCR检测,结果确认该病原菌为烟草疫霉菌(Phytophthora nicotianae)。     

大豆疫霉基因组SSR标记开发

 【目的】开发大豆疫霉基因组SSR标记,为从分子水平深入研究大豆疫霉及其近缘种提供一种理想的分子标记。【方法】用FPCR软件从大豆疫霉全基因组序列中查询SSRs,选择合适的SSR序列用Primer5.0软件设计引物。【结果】从发现的1 234个含有2～4个碱基重复单元的完全SSRs中选出260段设计引物,经10个大豆疫霉分离物基因组DNA检测,有213对(81.9%)扩增出SSR特征条带,其中114(53.5%)对引物扩增出多态性。通用性检测表明,14.6%～28.6%引物分别在选择的8个疫霉种中有效扩增。基于10个SSR标记数据进行聚类分析,结果表明表明这些标记可以完全区分大豆疫霉及其它疫霉。【结论】大豆疫霉基因组SSR标记具有高多态性,是大豆疫霉遗传变异、遗传多样性、及遗传图谱构建等研究理想工具。部分大豆疫霉基因组SSR标记在其近缘种中具有通用性,可以用于疫霉菌的系统进化、鉴定、区分及开发近源种的SSR标记。特别开发的SSR标记,在大豆疫霉基因组中具有准确的位置,将极大地方便大豆疫霉菌功能基因的定位和克隆,以及进行疫霉菌的比较基因组的研究。     

应用分子生物学方法快速检测烟草环斑病毒

根据烟草环斑病毒(tobacco ringspot virus)CP基因序列,设计并合成了特异性RT-PCR扩增引物,对烟草环斑病毒和非烟草环斑病毒的感病植物组织样本进行了PCR扩增反应。结果,烟草环斑病毒的感病植物组织样本的PCR产物均出现1 760 bp的特异性扩增条带,而非感病植株组织样本均未出现扩增条带,证明该合成引物具有烟草环斑病毒鉴定特异性。将提取的烟草环斑病毒总RNA做梯度稀释,测定该检测体系的敏感度,结果可检出烟草环斑病毒RNA模板最低浓度为234 pg/μl。研究表明,分子生物学测定具有特异性强、灵敏度高、快速准确的特点,可应用于烟草环斑病毒检疫的快速检测。     

以Ypt1基因为靶标的致病疫霉菌Phytophthora infestans的分子检测

三磷酸鸟苷(GTP)结合蛋白基因(Ypt1)是一个与原癌基因Ras(Rat sarcoma)相关的基因,在酵母中,该基因编码一个与Ras相关GTP结合蛋白。为了研究以Ypt1基因为分子靶标的致病疫霉菌(P.infestans)检测技术,比较了30种卵菌Ypt1基因的序列,以该序列为靶标设计了1对针对P.infestans的特异性PCR引物Pi1/Pi2。试验结果表明,在供试的55种不同疫霉菌和真菌的144个菌株中,利用这1对引物只能从P.infestans基因组DNA中分别扩增出1条分子量为369 bp的特异性条带,这1对引物的检测灵敏度为100 pg。以疫霉菌Ypt1通用引物Yph1F/Yph2R结合这1对特异引物进行套式PCR扩增,使引物Pi1/Pi2的检测灵敏度提高了10倍,检测到10 pg的基因组DNA。通过套式PCR,引物Pi1/Pi2对游动孢子和卵孢子的检测灵敏度分别为3个游动孢子和1个卵孢子;以Pi1/Pi2引物,分别采用单轮PCR和套式PCR可检测马铃薯发病组织和病田土壤的致病疫霉。以上结果证明Ypt1基因适合作为疫霉菌分子检测靶标。采用以这1对特异引物建立的以PCR技术为基础的分子检测方法,可对田间土壤和发病植物组织中的P.infestans进行快速、灵敏的检测。     

与大豆疫霉根腐病抗性基因Rps1-c连锁的分子标记研究

以大豆疫霉根腐病近等基因系Williams和Williams79为材料,对它们的基因组DNA进行RAPD分析,160个10-nt随机引物中,只有引物OPQ-04在Williams79中扩增出特异条带,在Williams中未扩增出,且3次重复均获得一致结果。经进一步检测在其它抗病材料中也出现该特异条带,推测该特异条带与大豆抗疫霉根腐病抗性基因Rps1-c连锁,得到显性RAPD标记OPQ-04700。     

烟草黑胫病菌分子检测

随着聚合酶链式反应 (ＰＣＲ)技术的发展 ,用特异引物进行真菌种间核糖体ＤＮＡ片段进行ＰＣＲ扩增以达到鉴定生物种的目的已成为一种简便、快捷的技术和方法。本试验根据从ＧｅｎｅＢａｎｋｄａｔａｂａｓｅ获得的疫霉属真菌 (Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａｓｐｐ .)ｒＤＮＡＩＴＳ区段序列 ,合成了 1对 1 7ｂｐ特异寡聚核苷酸引物进行了不同病原菌、病组织及土壤中寄生疫霉菌 (Ｐａｒａｓｉｔｉｃａｖａｒ.ｎｉｃｏｔｉａｎａｅ)的特异扩增试验 ,提供并完善了一套快速检测该菌的技术和方法。1　材料与方法1 1　供试菌株　烟草疫霉菌菌株 ,交…     

辣椒土传病原菌三重PCR检测体系的建立与应用

【目的】建立简便、快速、准确同时检测辣椒疫霉（Phytophthora capsici）、白绢病菌（Sclerotium rolfsii）和青枯病菌（Ralstonia solanacearum）的多重PCR检测体系,为辣椒多种土传病害同时早期诊断提供技术支撑。【方法】以3种辣椒土传病害病原菌辣椒疫霉、白绢病菌和青枯病菌为研究对象,参考相关文献筛选出3种病原菌的3对特异性引物PCA1F/PCA1R、SCR-F/SCR-R和RalfliC-F/RalfliC-R,以引物浓度、退火温度、循环次数及延伸时间为变异因子,探索最佳反应体系,建立三重PCR检测方法,并基于田间实际发病样品对方法进行验证。【结果】优化的三重PCR反应体系25.0 μL: 3对引物PCA1F/PCA1R、SCR-F/SCR-R和RalfliC-F/RalfliC-R浓度分别为0.24、0.24和0.28 μmol/L,DNA模板各10 ng,2×Multiplex PCR Mix 12.5 μL,ddH₂O补足至25.0 μL。最佳扩增程序: 94℃预变性1 min; 94℃ 30 s,55.8℃ 30 s,72℃ 45 s,进行35个循环; 72℃延伸10 min。建立的三重PCR体系可分别扩增出352、540和724 bp的特异性目的片段,体系灵敏度达10-1 ng/μL。利用建立的反应体系,对来自江西省不同市（县）的54份辣椒和土壤样品进行检测,样品检出率为100%。【结论】建立的三重PCR检测体系可对辣椒田间发病植株和土壤中辣椒疫霉、白绢病菌和青枯病菌进行快速、准确检测,可应用于辣椒多种土传病害并发的早期预防和流行监测。     

应用复合RT-PCR同时检测烟草环斑病毒和番茄环斑病毒

将烟草环斑病毒(Tobacco ringspot virus)和番茄环斑病毒(Tom ato ringspot virus)的CP基因及RNA2基因序列引物,合成特异性RT-PCR检测引物,对烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的感病植物组织进行了PCR扩增反应,结果显示,感染了烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的植物组织的PCR产物均出现600 bp和470 bp特异性扩增条带,而其他病毒均未出现扩增条带,证明这两对引物具有烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的鉴定特异性。将提取的烟草环斑病毒和番茄环斑病毒总RNA做梯度稀释,测定该检测体系的敏感度,结果显示,此体系最低可检出烟草环斑病毒和番茄环斑病毒提取的RNA模板浓度为234 pg/μl和264 pg/μl。表明,复合RT-PCR是一种可同时检测烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的快速检测方法。     

运用RAPD技术分析玉溪市烟草黑胫病菌遗传多样性

为了分析玉溪市典型烟区烟草黑胫病的发生动态与烟草疫霉遗传分化的关系,选用6条具有多态性的RAPD随机引物对玉溪市新平县和澄江市不同地理来源、海拔高度、寄主品种的164株烟草疫霉菌进行PCR扩增,利用NTSYS软件以UPGMA对扩增结果进行聚类分析,构建遗传系统树状图谱.结果表明:在0.84相似水平上,这些菌株可分为6组...     

烟草黑胫病菌RPA检测方法的建立

烟草黑胫病是由烟草疫霉（Phytophthora nicotianae）引起的烟草重要土传病害。建立了烟草黑胫病菌RPA快速检测方法，结合侧流层析试纸条，该方法在38 ℃恒温条件下30 min内完成可视化检测，不需要PCR仪等仪器设备。以烟草黑胫病菌YPT1为靶标基因设计RPA引物YPT1F和YPT1R，以及RPA探针YPT1-LFD-probe，对烟草黑胫病菌具有较高的检测特异性，其检测下限为10 pg·μL^-1，与普通PCR一致。因此，建立的烟草黑胫病菌RPA检测技术具有快速、简单、实用等特点，为烟草黑胫病菌的快速检测提供了新的方法。     

土壤中黑胫病菌荧光定量PCR快速检测体系的建立及初步应用

为建立土壤中黑胫病菌的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR快速检测方法,依据疫霉菌特异性par A1基因序列差异位点,设计1对特异性引物。通过构建含有目的片段的重组质粒,建立标准曲线,以SYBR GreenⅠ荧光染料法对烟草黑胫病菌进行荧光定量PCR检测,检测灵敏度达1×102个/g土壤,建立了基于SYBR GreenⅠ荧光染料法的荧光定量PCR的快速定量检测体系,并对云南、四川烟草主要栽培区土壤进行检测。表明该体系可以对烟草不同时期的田间土壤黑胫病菌的数量进行动态监测,可用于烟草黑胫病的预测和防治。     

大豆疫霉的分子检测

利用核糖体内转录间隔区(internaltranscribedspacer,ITS)序列通用引物ITS1/ITS4分别获得了大豆疫霉(Phytophthorasojae)和辣椒疫霉(P.capsici)的ITS序列,通过获得序列设计了大豆疫霉的特异性引物PS1和PS2,并建立了分子检测方法。该方法对大豆疫霉(P.sojae)菌丝体和土壤中卵孢子检测的灵敏度分别为10-5ng/μL和每克土壤0.05个卵孢子。     

山东省主产烟区烟草炭疽病菌的鉴定与分子检测

从山东临沂等地采集烟草炭疽病害标本,并进行分离、检测、鉴定。结果表明,山东烟草炭疽病原为毁灭炭疽菌。根据烟草炭疽菌与其它烟草病害病原菌核糖体转录间隔区(internal transcribed spacerI,TS)序列间的差异,设计了一对特异性引物Co1/Co2。利用此引物可从烟草炭疽菌总DNA中扩增约300 bp的特异性片段,其余菌株和对照PCR结果为阴性。灵敏度实验证明,可以检测到目的片段的DNA浓度为0.1 pg/μl。对土样检测结果表明,该引物能特异性地检测到Colletotrichum destructivum的存在,为快速、灵敏地检测烟草炭疽菌提供了应用依据。     

用SSR标记和巢式PCR快速检测大豆疫霉菌

 【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R,建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性,引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239R和巢式PCR反应只在大豆疫霉菌中分别扩增出519、242和242 bp的特异片段,在其它卵菌和病原真菌中不扩增片段;用两对引物进行常规PCR扩增,检测大豆疫霉菌DNA的灵敏度均为50 pg?μl-1,而巢式PCR的灵敏度为50 fg?μl-1;巢式PCR检测土壤中卵孢子的灵敏度为每克土壤0.4个卵孢子;巢式PCR能够特异地从大豆病株和土壤中检测到大豆疫霉菌。【结论】基于SSR标记建立的巢式PCR方法能够用于大豆疫霉菌的快速检测和病害诊断。     

应用PCR法检测向日葵茎溃疡病菌的研究

[目的]设计出向日葵茎溃疡病菌(Phomopsis helianthi M.Muntanola - Cvetkovic)的特异性引物,建立该病菌PCR快速检测方法.[方法]用真菌通用引物ITS4/ITS5对向日葵茎溃疡病菌进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆、酶切分析和测序,用DNAMAN软件设计出检测该病菌的特异性引物PHDF1和PHDF2,优化PCR反应体系.[结果]PCR反应体系为:25 mM MgCl2 2.4 μL,10 mM dNTP 0.3 μL,10 uM引物各1.5 μL,模板7 ng,最佳退火温度61.6C,建立了该病菌PCR检测方法.[结论]应用该方法检测供试的13个菌株,该对引物可以准确的将向日葵茎溃疡病菌与其他拟茎点霉属的真菌区分开来,该病菌的PCR扩增片段为326 bp.     

根癌农杆菌介导致病疫霉转化体系的建立

为建立低成本、快速、高效的根癌农杆菌介导的致病疫霉转化体系,以菌株 HK0919为材料,从抗生素筛选浓度、共培养转膜方式、乙酰丁香酮（AS）浓度、共培养时间和共培养温度等方面对致病疫霉的转化体系进行了研究。综合各因素优化结果,建立的转化体系条件为：以1．0μg/mL的潮霉素B进行转化子筛选,采用玻璃纸作为共培养介质,AS浓度为200μmol/L,培养6 d,温度为22℃。在此条件下的转化效率为每106个游动孢子获得50～60个转化子。随机选取10个转化子,利用特异性引物对潮霉素抗性基因hph进行PCR扩增,转化子均能扩增出800 bp左右的预期条带;同时,利用根癌农杆菌vir基因特异引物对转化子进行 PCR扩增,排除了转化子被农杆菌污染所致的假阳性;转化子继代培养5代后,仍能在含潮霉素 B的黑麦培养基上生长。说明外源T DNA已成功整合到致病疫霉基因组中,并能稳定遗传。