宁强矮马生长激素基因（GH）的遗传变异分析

 【目的】通过分析不同动物和中国几个地方马种生长激素基因序列,为宁强矮马起源和矮化形成机制的研究提供分子水平的试验依据。【方法】通过PCR扩增宁强矮马生长激素基因并进行测序,用DNAMAN软件对不同动物的生长激素基因序列进行比对分析。【结果】马品种间29个位点发生遗传变异,编码区11个位点发现遗传多态现象。以蒙古马生长激素氨基酸序列为标准,宁强矮马仅在1 765位点的变异导致氨基酸发生改变。以生长激素的mRNA序列为基本数据进行聚类分析,宁强矮马和德保马67的同源性为100%,与百色马的同源性为99.8%,与蒙古马的同源性为99.7%。【结论】马属动物生长基因序列与猪和狗的同源性较高,宁强矮马1 765位的G→A可能影响到宁强矮马的生长发育。     

两个西南马种GHR基因第10外显子SSCP分析

通过PCR-SSCP检测10匹宁强矮马和12匹贵州马GHR基因第10外显子的多态性分析,结果表明,宁强矮马和贵州马GHR基因外显子10的第2和第4区域的保守性较高,基因多样性相对较低,第1和第3区的遗传变异较大,基因多样性水平较高。分析比较发现宁强矮马GHR基因外显子10的多态性比贵州马稍高,首次表明宁强矮马在GHR10上存在较大的遗传多态性。     

宁强矮马微卫星遗传多样性研究

采用8个微卫星标记对12匹宁强矮马的遗传多样性进行了分析,结果表明,在6个微卫星位点上存在遗传多态性,COR059有8个等位基因,ICA40有5个等位基因,AHT040有8个等位基因,UM016有9个等住基因,UM002有6个等位基因,TKY21有5个等位基因,各位点平均有效等住基因数4.93、平均多肽信息含量为0.743、平均杂合度0.78,数据表明宁强矮马保持了较为纯净的原始基因库,对宁强矮马这一濒危物种进行资源评价、保护和开发if,0用研究提供了分子水平的理论依据。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

马Mu阿片受体基因第一外显子的PCRSSCP分析

[目的]采用PCR．SSCP方法对马Mu阿片受体基因第一外显子压域进行分析,以求发现SNP位点。[方法]以纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、巴尔虎马和乌审马6个类型马共计297个个体的血样为研究材料,对马Mu阿片受体基因的第一外显子进行PCR扩增和PCR—SSCP分析,并比较不同品种的基因型频率。[结果]通过PCR-SSCP分析确定不同品种马MOR基因第一外显子区域存在多态性,共发现了AA、AB和BB3种基因型,且AA型为优势基因型,等位基因A较B为优势等位基因.除纯血马外,其他各群体中3种基因型均有分布。对AA和BB2种基因型个体PCR产物进行的竞隆测序发现,AA型在第167位发生了A—G的转换。[结论]该研究为丰富马品种的种质特性资料库和分子育种提供理论依据。     

广西巴马小型猪GHR基因克隆及部分序列的PCR—SSCP分析

为了探讨广西巴马小型猪矮小的分子机理,以广西巴马小型猪肝脏RNA为模板,扩增巴马小型猪生长激素受体（GHR）基因的全序列,将该扩增片段连接到pMD18-T载体后经过转化测序。采用PCR—SSCP方法,对4个品种120头猪的第10外显子的部分序列进行多态性分析。结果表明,克隆的广西巴马小型猪GHR基因全长为1917bp（GenBank登录号为EF041823）,与GenBank（X54429）的序列同源性为99％,且第10外显子部分序列SSCP检测没有多态性。经序列比对后,发现广西巴马小型猪生长激素受体胞内域编码区发生7处突变,导致相应氨基酸发生置换,这有可能影响生长激素的胞内运输和生长激素受体的下游信号转导,但经SSCP检测发生突变的位点并没有引起单核苷酸构象的改变。该结论为进一步研究广西巴马小型猪的矮小机理与GHR基因的关系奠定了基础。     

马MxA基因第12外显子多态性检测研究

[目的]建立检测马MxA基因第12外显子多态性的快速、准确方法。[方法]采用错配聚合酶链反应（mismatchPCR）对马MxA基因第12外显子进行扩增,对PCR产物进行限制性片段长度多态性分析（RFLP）,鉴定MxA基因cDNA第1790位核苷酸点突变,并对PCR产物进行核苷酸序列分析。[结果]马MxA基因第12外显子区域存在AA、AB、BB3个基因型;位于cDNA序列第l790位点的碱基发生变异（由汕c）,引起了MxA蛋白编码区第562氨基酸由色氨酸变成半胱氨酸的变异;使用mismatchPCR—RFLP法所得PCR产物特异性序列,与RFLP分析结果相符。[结论]采用mismatch PCR—RFLP对马MxA基因12外显子的多态性进行检测操作简单,结果准确。     

宁强马品种资源调查

宁强马是陕西南部的地方品种,属于山地兼用型山地驮马。宁强矮马是体高低于106厘米的宁强马。宁强马产于陕西省两南部,陕、甘、川省交界的宁强县境内。主要分布在嘉陵江流域的曾家河、巨亭、苍社、太阳岭、巩家河、燕子砭、安乐河、青木川等乡镇的狭长地带。     

宁强马品种资源调查

宁强马是陕两南部的地方品种,属于山地兼用型山地驮马.宁强矮马是体高低于106厘米的宁强马.宁强马产于陕西省西南部,陕、甘、川省交界的宁强县境内.主要分布在嘉陵江流域的曾家河、巨亭、苍社、太阳岭、巩家河、燕子砭、安乐河、青木川等乡镇的狭长地带.     

梅花鹿GHR基因完整编码区序列生物信息学分析

为了研究梅花鹿生长激素受体基因的结构和功能,从GenBank中下载梅花鹿、牛、山羊、猪、北极狐、大熊猫、人、猕猴、小鼠、大鼠、鸡、家鹅、绿头野鸭及金鱼的生长激素受体基因完整编码区及氨基酸序列,对梅花鹿与其他13个物种生长激素受体基因的完整编码区及其编码氨基酸序列进行相似性比对,并基于氨基酸序列构建系统进化树,利用BioEdit 7.0等软件对梅花鹿生长激素受体基因的碱基组成及其编码蛋白的理化性质和结构特征进行生物信息学分析。结果表明,梅花鹿与山羊、牛的生长激素受体基因氨基酸序列相似性较高,亲缘关系最近;梅花鹿生长激素受体基因完整编码区长度为1 905bp,编码634个氨基酸,A+T含量高于G+C;其编码的蛋白是一种分子质量为70.927 8ku、等电点为4.56的疏水性不稳定酸性蛋白;该蛋白含有1个信号肽,属于一种分泌型蛋白;存在1个强跨膜区、36个广泛磷酸化位点,二级结构元件以无规则卷曲为主。研究结果可为梅花鹿生长激素受体基因的进一步分析提供详细的生物信息学基础资料。