警惕广东番茄烟粉虱传双生病毒病的发生

应用PCR技术，在广东部分菜区的番茄上首次检测到烟粉虱传双生病毒；序列分析结果显示，广东番茄上烟粉虱传双生病毒PCR扩增的特异片段与目前世界上已报道的烟粉虱传双生病毒DNA序列同源率仅为73．0％～81．5％，说明广东番茄上烟粉虱传双生病毒与其可能存在较大的差异。     

侵染番茄的中国番木瓜曲叶病毒基因组结构特征

从云南元谋采集表现曲叶症状的番茄样品中分离粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTGs)分离物YN678。序列分析表明其DNA-A为单链环状,全序列长度为2739 bp,编码6个ORFs。BLAST比对发现,该分离物与双生病毒科菜豆金色黄花叶病毒属的中国番木瓜曲叶病毒HeNZM1分离物(PaLCuCNV-[HeNZM1])最为接近,相似性为98.5%,表明番茄中的分离物YN678是PaLCuCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ特异引物Beta01/Beta02进行PCR扩增、克隆和测序,在YN678中扩增到DNAβ分子,全长为1357 bp,该序列与中国番茄黄曲叶病毒YN149分离物(TYLCCNV-[YN149])伴随的DNAβ相似性最高,达到99.1%。这是首次从云南番茄中分离到中国番木瓜曲叶病毒。     

香料烟粉虱传双生病毒的分子检测

发生在保山香料烟生产区粉虱传双生病毒病,已严重影响到了香料烟的品质和产量。本研究利用PCR技术快速检测香料烟植株及田间其它植物如胜红蓟、赛葵及菜豆等、以及病毒介体的带毒情况。对部分样品的PCR检测及序列分析表明,感染香料烟双生病毒有中国番茄黄曲叶病毒、番茄黄曲叶病毒、云南烟草曲茎病毒、烟草曲茎病毒以及云南烟草曲叶病毒等,且一些样品存在复合侵染现象。本研究为掌握病害发生流行的基本规律,监控病害在香料烟上的发生流行提供了依据。     

上海地区番茄烟粉虱传双生病毒PCR检测

番茄黄化曲叶病毒属于双生病毒,根据其基因序列设计引物COPR、AV494和COPR、COPL,进行PCR检测,结果发现:从感病的DNA中扩增出了356 bp和570 bp目的片段,而健康植株和抗原材料DNA中无此扩增带,表明上海地区番茄黄化曲叶病毒属于烟粉虱传双生病毒。     

侵染云南烟草的粉虱传双生病毒卫星分子基因组结构特征

对侵染云南烟草的粉虱传双生病毒致病性相关分子DNA β进行PCR扩增和克隆.对9份采自不同时间和地区的样品中的DNA β分子的全基因组序列分析发现,9个DNA β都具有典型双生病毒DNA β卫星分子的基因组结构特征:在互补链上编码1个大小约为118个氨基酸的βC1蛋白,含有1个卫星分子保守区(Satellite conserved region,SCR)和1个A富含区.核苷酸同源性分析显示,9个分离物的DNA β分子中,7个分离物的DNA β属于TYLCCNV伴随的DNA β分子,1个属于MYVYNV伴随的DNA β分子,2个属于TYLCTHV伴随的DNA β分子,1个属于TbCSV伴随的DNA β分子.系统进化分析发现,这些DNA β卫星分子具有明显的种类和地理分布差异,但没有因寄主和采集时间的不同而表现出明显的差异.     

青岛烟草番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定与全基因组序列分析

2016年6月从青岛即墨市中国农业科学院烟草研究所试验基地采集疑似感染番茄黄化曲叶病毒的烟叶样品。提取病叶总DNA,使用双生病毒(Geminivirus)通用引物PA/PB对样品进行PCR扩增和测序,感病叶片DNA仅检测出番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,简称TYLCV);根据测定的部分序列片段,设计了1对全长序列背向引物,对其基因组全长进行克隆测定。结果显示,该病毒核酸为单链环状DNA,基因组为单一组分DNA-A,经过分子比对和系统进化树分析发现,TYLCV-SDQDJM(Gen Bank:KY640456)与山东省潍坊市番茄分离物TYLCV、山东省泰安市番茄分离物TYLCV同源性最高为99%,与已经报道的其他地区TYLCV分离物同源性均在97%以上,因此确定从青岛即墨市采集的烟草矮化病毒症状烟株是由TYLCV侵染所致;同时采集了发病植株以及周边蔬菜保护地部分蔬菜上的烟粉虱成虫进行检测,其中15.0%的烟粉虱样品检出番茄黄化曲叶病毒,因此明确了侵染该地区烟草的番茄黄化曲叶病毒是由带毒烟粉虱传播的。     

海南乐东哈密瓜粉虱传双生病毒的PCR检测

利用双生病毒简并引物PA/PB,对海南乐东哈密瓜感病植株的4个样品（HA1,HA2,HA3,HA4）进行了PCR检测,其中有3个样品扩增到特异片段,PCR产物经克隆后进行序列测定,特异片断大小均为509bp。通过系统进化分析,表明HA1与SLCPHV-[Taiwan],SLCPHV聚类在一个大的分支上,HA3,HA4与SL-CCNV-[Melon],SLCCNV-[Hn61]聚类在一个大的分支上。结果表明,在海南哈密瓜上可能存在不同种的双生病毒的侵染。     

广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析

[目的]调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据.[方法]自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与GenBank已报道的序列进行比对分析.同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性.[结果]通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%.挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列.通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系.[结论]侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染.侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性.     

广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析（英文）

【目的】调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据。【方法】自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与Gen Bank已报道的序列进行比对分析。同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性。【结果】通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%。挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列。通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系。【结论】侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染。侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性。     

烟草曲叶病病原的鉴定及其细胞病理

应用电镜技术，结合粉虱传双生病毒的多抗血清和单克隆抗体采用免疫电镜（ISEM）和三抗体夹心酶联免疫吸附测定（TAS－ELISA），对云南烤烟、香料烟和白肋烟3种类型烟草上的曲叶病病原进行了检测鉴定，其病原为粉虱传双生病毒（WTG）；根据单克隆抗体分析表位抗原，可分为3组，其中香料烟曲叶病分离物中三者皆有，烤烟和白肋烟曲叶病分离物与香料烟曲叶病的一个分离物同属一组表位抗原类型；对3种烟草曲叶病的病原细胞进行了观察，在核内观察到典型的纤维环，细胞核和细胞质内都含大量的双生病毒颗粒，在细胞质中有病毒颗粒的聚集块，在胞间连丝中观察到病毒颗粒。     

甘肃省河西地区菜豆病毒病分子检测

以采集自甘肃省河西地区表现病毒病症状的菜豆病株叶组织总RNA为模板,进行RT-PCR扩增,鉴定出苜蓿花叶病毒、小西葫芦黄花叶病毒、菜叶普通花叶病毒、黑眼豇豆花叶病毒4种病毒.对预期大小的扩增产物进行直接测序.结果表明:该地区菜豆病毒病的发生以苜蓿花叶病毒、黑眼豇豆花叶病毒和小西葫芦黄花叶病毒复合侵染为主.     

葡萄砧木‘5BB’PGIP基因的克隆及生物信息学分析

以葡萄砧木品种‘5BB’(Vitis berlandieri×V.riparia)为试材,通过设计特异引物、PCR扩增,从‘5BB’基因组中得到1条全长1002 bp的多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PG IP)基因序列,该序列包含1个完整的开放阅读框,与欧洲葡萄、其它果树的相应序列同源性分别为99%和68%,其推导的蛋白质序列中包含一段亮氨酸重复序列,第1~27个氨基酸残基是信号肽,三级结构与菜豆PG IP相似。     

甘蔗花叶病毒南城分离物外壳蛋白基因序列测定及分析

从江西南城甘蔗病株中获得1个甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)分离物,命名为SCMV-NCH。根据SCMV外壳蛋白(CP)基因N-端和C-端保守序列设计引物,对SCMV-NCH的CP基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,获得924个核苷酸(nt),推断编码308个氨基酸(aa)的近全长CP基因序列。与SCMV亚组SCMV、高粱花叶病毒(SrMV)、玉米矮花叶病毒(MDMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)、玉米花叶病毒(ZeMV)、白草花叶病毒(PenMV)等6种病毒代表性株系外壳蛋白氨基酸序列同源性比较结果显示,SCMV-NCH与SCMV的同源性最高(86.2%),与其他5种病毒同源性相对较低(56.4%~72.2%)。与SCMV13个分离物外壳蛋白氨基酸序列进行同源性比较并构建关系树,结果显示SCMV-NCH与我国浙江2个分离物(Yuhang和Xiaosh)具有最近的亲缘发生关系。     

侵染观赏百合病毒寄主范围研究

通过对5个观赏百合品种样品ELISA检测,发现甘肃省观赏百合主要受黄瓜花叶病毒(CMV-Li)和百合无症病毒(LSV)的侵染,并且两种病毒存在复合侵染现象.5品种中CMV-Li和LSV检出率分别为40%和80%,复合侵染率为40%.侵染观赏百合的病毒寄主范围较窄,CMV-Li不能侵染CMV的常规鉴别寄主普通烟、心叶烟和苋色藜,但可侵染黄瓜、曼陀罗、菜豆(美国),侵染后植株可产生明脉、花叶、皱缩等症状,接种发病的菜豆和黄瓜经ELISA检测,可以作为CMV-Li鉴别寄主以及CMV-Li和LSV分离寄主.     

花生RuBPCase小亚基基因的克隆与序列分析

根据已知植物的核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶(RuBPCase)小亚基基因序列设计简并引物,采用RT-PCR技术从花生叶片中克隆得到RuBPCase小亚基基因,命名为AhrbcS,Genbank登录号为KF607110,该基因编码区长度为549 bp,编码182个氨基酸.序列比对结果表明,AhrbcS编码蛋白与绿豆、菜豆、大豆、短绒野大豆和烟豆等具有较高的相似性.     

检测猪圆环病毒2型DNA的套式PCR方法的建立及应用

为了进一步调查研究PVC2的流行病学及其致病机制,根据猪圆环病毒2型GD株及已发表的PCV2的全基因组序列,对来自广东、广西、湖南、海南等地287个猪场送检的1 560个可疑病料进行PCR扩增,并对扩增产物进行克隆、酶切、测序鉴定,建立了PCV2检测的套式PCR方法.结果表明,PCR扩增获得了预期大小的片断,将测序结果与GenBank收录的PCV2序列进行比较,发现同源性均在90%以上.该PCR方法对PCV2是特异的,并具有良好的重复性和稳定性.用该PCR方法对287个猪场的1 560份样品进行了检测,其中983份为PCV2阳性,表明该病在我国广泛流行.     

感染西葫芦的帕兰波番茄曲叶病毒检测与鉴定

2008年对印度北方邦东部Gorakhpur、Kushinagar与Maharajganj等3个地区的西葫芦种植区进行调查,发现西葫芦叶片呈现花叶斑点状、卷曲,植株黄化萎缩.以菜豆金色花叶病毒组外壳蛋白基因特异引物AV1-F、AV1-R对从不同地区收集的西葫芦病斑叶片样品进行PCR分析,获得约800 bp的扩增产物.对从Gorakhpur也区获得的分离物的扩增产物进行克隆和序列分析,测序结果提交GenBank核酸序列数据库;通过核酸BLAST比对和系统发育分析,该分离物与帕兰波番茄曲叶病毒株的同源性最高,达95%,两者遗传关系最近,认为此病毒分离物是帕兰波番茄曲叶病毒株.     

应用多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光定量PCR检测甘蔗黄叶病毒和高粱花叶病毒

基于已报道的甘蔗黄叶病毒(Sugarcane Yellow Leaf Virus,ScYLV)cp基因和高粱花叶病毒(Sorghummosaic virus,SrMV)NSP基因序列设计特异性引物,建立了针对这两种病毒的实时荧光定量PCR(real time-quantitative,RT-qPCR)检测方法。在此基础上,利用扩增产物Tm值的不同,建立了可区分ScYLV与SrMV的多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光定量PCR方法,两种病毒扩增产物的Tm值分别为80.8～82.8℃和84.6～86.6℃。检测数据显示:SrMV和ScYLV均有各自的特异性峰值出现,而健康植株无特异性峰值;在单独检测中的检出水平分别可达500和250 copy/μL;两种病毒Tm值的批内变异系数分别为0.03%和0.02%,批间变异系数分别为2.06%和3.12%。综上所述,所建立的多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光定量PCR方法在对以上两种病毒的检测中具有较好的特异性、敏感性和稳定性。     

云南省唐菖蒲花叶病的鉴定研究

 对云南省的唐菖蒲花叶病进行调查和病样采集,通过鉴别寄主反应、电镜负染观察、免疫双扩散实验证实此病原为黄瓜花叶病毒CMV.