广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析

[目的]调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据.[方法]自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与GenBank已报道的序列进行比对分析.同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性.[结果]通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%.挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列.通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系.[结论]侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染.侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性.     

侵染湖北圆叶牵牛的甘薯曲叶病毒分子鉴定及遗传进化分析

【目的】明确湖北省荆州市 1 株表现黄脉的圆叶牵牛的病毒病原,为该类病害的防控提供理论依据。 【方法】从湖北省荆州市采集 1 株表现黄脉、卷叶的圆叶牵牛植株叶片,采用双生病毒简并引物 PA、PB 进行 PCR 检测,通过分段克隆、核苷酸序列比对分析和进化树构建等方法对获得的全长基因组序列进行比对及遗传 进化分析。【结果】PCR 检测结果显示,采集的样品中可扩增一条大小为 363 bp 的目的靶标序列,证实所采集 的圆叶牵牛植株受到双生病毒的侵染;通过分段克隆的方法从阳性样品中拼接获得一条全长为 2 827 bp 的全基因 组序列,核苷酸相似性比较发现,该序列与 GenBank 已登录序列的甘薯曲叶病毒（Sweet Potato Leaf Curl Virus, SPLCV）各分离物的相似性均在 91% 以上,其中与湖南分离物（GenBank 登录号：KY783941）和江苏分离物（GenBank 登录号：FJ176701）的核苷酸序列相似性分别为 97.52% 和 96.81% ,根据国际病毒分类委员会对菜豆金色黄 花叶病毒属病毒种核苷酸相似性 >91% 为同一病毒的分类标准,确定侵染圆叶牵牛的双生病毒为 SPLCV 的一 个分离物。进化树分析发现,该分离物（GenBank 登录号：OM287440）与中国及多个亚洲分离物处于一个大 分支,特别是与湖南分离物处于同一小分支,说明该研究获得的分离物与湖南分离物具有较近的亲缘关系。 【结论】侵染湖北圆叶牵牛的病原为 SPLCV,而该病毒可能通过种苗或烟粉虱经湖南传入。该研究为 SPLCV 侵 染湖北牵牛花的首次报道。     

番茄黄化曲叶病毒山东泰安分离物的全基因组克隆与分析

2011年春季在山东泰安保护地采集疑似番茄黄化曲叶病毒病症状的样品(SDTA),利用双生病毒的通用引物及DNA-A基因的全长引物对样品进行扩增并测序,得到共2 781 bp的核苷酸序列。序列比对发现,该样品与番茄黄化曲叶病毒安徽分离物(FN650807)同源性最高为99.6%,系统进化树表明,该样品是番茄黄化曲叶病毒,属于番茄黄化曲叶病毒以色列株系。     

侵染番茄的中国番木瓜曲叶病毒基因组结构特征

从云南元谋采集表现曲叶症状的番茄样品中分离粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTGs)分离物YN678。序列分析表明其DNA-A为单链环状,全序列长度为2739 bp,编码6个ORFs。BLAST比对发现,该分离物与双生病毒科菜豆金色黄花叶病毒属的中国番木瓜曲叶病毒HeNZM1分离物(PaLCuCNV-[HeNZM1])最为接近,相似性为98.5%,表明番茄中的分离物YN678是PaLCuCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ特异引物Beta01/Beta02进行PCR扩增、克隆和测序,在YN678中扩增到DNAβ分子,全长为1357 bp,该序列与中国番茄黄曲叶病毒YN149分离物(TYLCCNV-[YN149])伴随的DNAβ相似性最高,达到99.1%。这是首次从云南番茄中分离到中国番木瓜曲叶病毒。     

四川番茄黄化曲叶病病原分子鉴定及变异分析

 【目的】明确引起四川番茄黄化曲叶病（Tomato yellow leaf curl disease,TYLCD）的病原。【方法】对采自四川攀枝花市田间表现矮化、黄化和曲叶症状的番茄植株SC64-67,通过PCR、克隆及测序等技术获得病毒及卫星DNA的全基因组序列,并对序列进行变异分析。【结果】利用双生病毒简并引物PA/PB从4个样品中均扩增得到约500 bp的片段,随机选择SC65进行DNA-A全基因组扩增和序列测定,该DNA分子全长为2 732 nts,系统进化分析表明,其与已报道的中国番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV）来自云南元谋的菜豆分离物（TYLCCNV-Bean-YM）的核苷酸序列相似性最高,为96.0%。检测发现,所有分离物均伴随有卫星DNAβ分子。全序列测定表明SC65 DNAβ全长1 338 nts,与分离自云南楚雄番茄上的TYLCCNV-Y25伴随的卫星DNAβ亲缘关系最近,核苷酸序列相似性为77.5%。【结论】研究表明四川番茄黄化曲叶病样品均受到TYLCCNV/DNAβ病害复合体的侵染,但其病毒DNA-A和卫星DNAβ分子来源于TYLCCNV的不同分离物。     

番茄黄化曲叶病毒侵染危害海南番茄及其分子特征

[目的]明确引起海南三亚、东方和陵水番茄黄化曲叶病的病毒分子特征,为防控该病害提供科学依据.[方法]以2019年2月从海南三亚、东方和陵水采集的15份疑似番茄黄化曲叶病样本为材料,采用菜豆金色花叶病毒属病毒的通用简并引物AV494/CoPR对15份样本进行PCR检测,并对PCR检测为阳性的样本进行滚环扩增(RCA)及基因克隆,获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的病毒基因组全序列,进而在GenBank数据库BLASTh程序进行相似性比对,利用SDT 1.2的MUSCLE alignment进行序列相似性比较分析,采用MEGA 6.0的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树,明确所获得病毒分离物与已报道分离物的亲缘关系.[结果]获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的3个番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)分离物基因组全序列,其大小均为2781 nt,编码6个开放阅读框(ORF),其中病毒链上AV1和AV2基因,互补链上AC1、AC2、AC3和AC4基因.相似性比对分析结果表明,TYLCV海南分离物与墨西哥和美国分离物的相似性在99.0%以上,与来自我国不同省(市)的14个TYLCV分离物的相似性在98.0%以上.系统发育进化分析显示,海南三亚、陵水和东方3个分离物与墨西哥、美国及我国北京和江苏分离物聚集在一个小分支,进一步与来自我国其他12个省(市)、韩国、哥斯达黎加和澳大利亚的分离物形成一个分支.[结论]侵染海南番茄的TYLCV可能来自我国大陆的番茄等种苗和烟粉虱带毒传入,也有可能来自墨西哥和美国等其他国家.     

山东省辣椒主要病毒种类的分子检测与鉴定

【目的】鉴定山东省辣椒上的主要病毒种类,明确该地区辣椒上的主要病毒病原。【方法】2014—2015年,在山东省临沂、日照、青岛、烟台、潍坊、淄博、济宁、菏泽、聊城、德州共10个市(区)采集253份疑似感病的辣椒植株叶片,提取叶片总RNA和总DNA,利用双生病毒的通用引物(PA/PB)、马铃薯卷叶病毒属通用引物(POL-F/POL-R)及已报道侵染辣椒的主要病毒的检测引物对样品进行PCR、RT-PCR分子检测与鉴定,将扩增得到的目的条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接到pMD18-T载体上,再送至公司进行克隆测序。分别将所得的PMMoV、PeVYV和BWYV序列在NCBI上利用BLAST进行检索,利用DNAStar软件中的Megalign将所得序列与Gen Bank中已登录的世界各地有代表性的序列进行同源性比对,利用软件MEGA 5.05的Clustal W法进行多序列比对分析以及邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树,系统进化树中各分支置信度(Bootstrap)进行1 000次重复分析。【结果】PMMoV、CMV总检出率分别为61.66%、60.08%;TMGMV、BBWV-2、BWYV、TMV发生也比较普遍,检出率为41.90%、34.78%、33.20%和24.90%;PCV-2、ToMV、TYLCV、PVY、MABYV、PeVYV、PCV-1、ChiVMV、AMV发生侵染现象较少,检出率分别为11.86%、9.88%、9.09%、6.72%、5.53%、3.56%、3.16%、0.79%和0.40%;未检测到Ca CV、PSV、Chi RSV、TSWV和To MMV。通过对病毒复合侵染现象进行分析发现,病毒复合侵染率高达89.92%,其中3种病毒复合侵染现象最多,所占比例达28.63%,4种病毒复合侵染率为25.00%,2种病毒复合侵染率为21.77%,5种病毒复合侵染率为13.31%,一个辣椒样品最多可同时感染6种病毒,侵染率为1.21%;对山东省10个地区的辣椒病毒检测,结果表明在辣椒上检出病毒种类最多的为临沂、济宁,检测到12种病毒,其次是烟台、聊城,检测到11种病毒,潍坊、菏泽检测到9种病毒,青岛、德州检测到8种病毒,日照检测到7种病毒,淄博检测到6种病毒,日照地区辣椒病毒复合侵染率最高,为100%,菏泽地区复合侵染率最低,为69.23%。分别根据PMMoV的部分CP基因序列、PeVYV部分Rd Rp、CP、MP基因序列以及BWYV部分CP、MP基因序列构建系统发育树,结果表明本研究PMMoV山东分离物SD60与中国贵州分离物的亲缘关系最近,PeVYV山东分离物SDRZ31-1与意大利IT83分离物的亲缘关系最近,BWYV山东分离物SD与韩国分离物LS的亲缘关系最近。【结论】在山东省采集的253份辣椒样品可被15种病毒侵染,PMMoV、CMV为主要病毒种类;在山东新检测到的病毒有MABYV、PeVYV、BWYV、PCV-1和PCV-2;明确了山东省主要辣椒产区病毒病发生情况以及病毒种类的主次关系。     

贵州番茄黄化曲叶病毒的检测及其DNA-A序列分析

【目的】明确侵染贵州番茄的番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)分离物与其他地区TYLCV的系统进化关系,为贵州番茄黄化曲叶病毒病的防控提供科学依据。【方法】将采自贵州省关岭县的番茄疑似TYLCV样品提取DNA,用菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)通用引物BegoAFor1/BegoARev1进行PCR检测,并用TY3/TY5引物扩增并克隆TYLCV贵州分离物的DNA-A全长序列,分析序列同源性及系统进化情况。【结果】从病样中分离得到的致使贵州番茄叶片表现黄化、皱缩等症状的病原为TYLCV,通过构建系统进化树可知,TYLCV贵州分离物(TYLCV-GZ)的DNA-A与TYLCV-Mexico和TYLCV-XJKS的相似性最高,核苷酸一致性达99%以上,其与国内其他地区TYLCV分离物归属一致,属于TYLCV-IL株系,且与TYLCV-SDLC(山东)和TYLCV-XJKS(新疆)聚在一个分支上,说明其亲缘关系最近。【结论】引起贵州关岭县番茄叶片黄化、皱缩的病原为番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV),且属于TYLCV-IL株系。     

青岛烟草番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定与全基因组序列分析

2016年6月从青岛即墨市中国农业科学院烟草研究所试验基地采集疑似感染番茄黄化曲叶病毒的烟叶样品。提取病叶总DNA,使用双生病毒(Geminivirus)通用引物PA/PB对样品进行PCR扩增和测序,感病叶片DNA仅检测出番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,简称TYLCV);根据测定的部分序列片段,设计了1对全长序列背向引物,对其基因组全长进行克隆测定。结果显示,该病毒核酸为单链环状DNA,基因组为单一组分DNA-A,经过分子比对和系统进化树分析发现,TYLCV-SDQDJM(Gen Bank:KY640456)与山东省潍坊市番茄分离物TYLCV、山东省泰安市番茄分离物TYLCV同源性最高为99%,与已经报道的其他地区TYLCV分离物同源性均在97%以上,因此确定从青岛即墨市采集的烟草矮化病毒症状烟株是由TYLCV侵染所致;同时采集了发病植株以及周边蔬菜保护地部分蔬菜上的烟粉虱成虫进行检测,其中15.0%的烟粉虱样品检出番茄黄化曲叶病毒,因此明确了侵染该地区烟草的番茄黄化曲叶病毒是由带毒烟粉虱传播的。     

河南省番茄黄化曲叶病病原分子鉴定及全基因组序列分析

利用双生病毒简并引物PA/PB对采自河南中牟县13份表现为黄化、曲叶症状的番茄样品进行PCR检测, 结果发现11份样品检测呈阳性,检出率为84.6%.选取样品HN-158,利用滚环扩增PCR(RCA-PCR)、克隆、测 序等技术获得病毒基因组DNA-A全序列,该DNA分子全长为2781nts(登录号JQ004028.1),与已报道的番茄黄 花曲叶病毒Tomatoyellowleafcurlvirus,TYLCV山东泰安分离物SDTA(NCBI登录号:JF414236.1)核酸序列 相似度最高,为99.8%.进化分析表明,该病毒分离物与来自菏泽、泰安、济南、石家庄及天津等地的TYLCV 分 离物亲缘关系较近.以上结果表明中牟县田间番茄黄化曲叶病样品均受到TYLCV 侵染,该病毒分离物可能来源 于我国山东番茄上的TYLCV.     

贵州芸薹黄化病毒的分子检测及基因型鉴定

【目的】对贵州省白菜、萝卜和甘蓝感染芸薹黄化病毒（Brassica yellows virus,BrYV）进行分子检测及基因型鉴定,为马铃薯卷叶病毒属病毒的防治提供理论参考。【方法】在贵州省遵义市、威宁县、关岭县、平坝县等县（市）共采集284份蔬菜（白菜、萝卜和甘蓝）疑似病毒病样品,利用马铃薯卷叶病毒属的通用引物进行RT-PCR分子检测,并对检测出的16个BrYV分离物进行P0和CP基因序列扩增,再与已报道的BrYV基因序列进行比对,从而构建系统发育进化树,鉴定其基因型。【结果】284份疑似病毒病样品中,有43份样品检测出BrYV,检出率为15.14%,其中,感染BrYV白菜样品12份,占白菜总样品数的12.77%;感染BrYV萝卜样品14份,占萝卜总样品数的20.29%;感染BrYV甘蓝样品17份,占甘蓝总样品数的14.05%。贵州16个BrYV分离物P0基因核苷酸序列的相似性为89.9%~100.0%,CP基因核苷酸序列的相似性为93.5%~100.0%,二者编码的氨基酸序列相似性均为100.0%。基于P0基因构建的系统发育进化树可知,BrYV-Pingba-BC-2、BrYV-Zunyi-LB-1和BrYV-Zhijing-BC-1均与BrYV-BJS和BrYV-BBJ聚为一类,其余13个分离物均与BrYV-ABJ和BrYV-AJS聚为一类。基于CP基因构建的系统发育进化树可知,贵州不同地区不同蔬菜作物的16个BrYV分离与BrYV-A和BrYV-B基因型无明显分界,亲缘关系均较近。BrYV P0基因检测到5个重组事件,BrYV CP基因未检测到潜在重组事件。【结论】BrYV在贵州白菜、萝卜和甘蓝上普遍发生,但对萝卜的危害最重,主要存在BrYV-A和BrYV-B 2种基因型。     

上海地区番茄黄化曲叶病症状多样性与分子鉴定

2010年秋季选取田间表现为植株矮缩、叶片卷曲、黄化等疑似感染番茄黄化曲叶病毒病的番茄植株为材料,对症状表现差异较大的3份病样进行鉴定。序列比对结果证明:检测到的样品均为TYLCV;对其进行序列同源性比对分析,发现其同源性超过98.9%,是番茄黄花曲叶病毒的不同分离物;将序列在GenBank上进行BLAST分析,发现与上海已报道的番茄黄化曲叶病毒的同源性最高,均达99%以上,与其他双生病毒的亲缘关系均相对较远。     

设施番茄病毒病病原鉴定

【目的】 研究危害中国新疆和田地区洛浦县设施番茄的病毒种类,为该区域番茄病毒病的科学防治提供依据。【方法】 2019年秋季,在洛浦县设施蔬菜产区采集8份番茄疑似感病样品。利用已报道侵染番茄的7种主要病毒的特异性引物对采集的番茄疑似感病样品进行RT-PCR检测,对番茄褪绿病毒阳性样品的CP基因进行克隆和测序,进行同源性、地理来源和系统进化分析。【结果】 从8份样品中检测到南方番茄病毒病(Tomato yellow leaf curl virus,STV)、番茄黄化曲叶病毒病(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)、番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV),其检出率分别为100%、100%、87.5%,未检出烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic Cucumovirus,CMV)、番茄花叶病毒病(Tobacco mosaic virus,ToMV)、番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)。对ToCV基因进行克隆与序列分析,中国新疆洛浦县分离物的CP基因的774个核苷酸序列与已报道的51个ToCV CP基因具有较高的同源性,与中国其它地区、日本、韩国、希腊、土耳其、巴西等地分离物一致性均在96%以上,中国新疆洛浦县采集病样分离的ToCV CP基因与中国北京、山东分离物的CP基因聚集在1个分支上,亲缘关系较近。【结论】 新疆洛浦县设施番茄疑似病毒病植株的"黄化"现象,由STV、TYLCV和ToCV中的2种或2种以上病毒复合侵染所致,番茄褪绿病毒已传播至新疆和田地区。     

香料烟粉虱传双生病毒的分子检测

发生在保山香料烟生产区粉虱传双生病毒病,已严重影响到了香料烟的品质和产量。本研究利用PCR技术快速检测香料烟植株及田间其它植物如胜红蓟、赛葵及菜豆等、以及病毒介体的带毒情况。对部分样品的PCR检测及序列分析表明,感染香料烟双生病毒有中国番茄黄曲叶病毒、番茄黄曲叶病毒、云南烟草曲茎病毒、烟草曲茎病毒以及云南烟草曲叶病毒等,且一些样品存在复合侵染现象。本研究为掌握病害发生流行的基本规律,监控病害在香料烟上的发生流行提供了依据。     

云南省不同地区烟草上TSWV NSs氨基酸序列分析

【目的】探究不同正番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt orthotospovirus,TSWV)分离物中NSs与其地理来源和寄主二者之间的相关性,阐明云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs适应性进化情况。【方法】利用RT-PCR、克隆、转化和测序技术,从云南不同地区已经确定感染TSWV的8份烟草样品中获得NSs氨基酸序列。采用DNAMAN 8.0和MEGA 7.0软件,对云南不同地区8个烟草样品与GenBank公布的烟草、番茄和辣椒上31个TSWV NSs氨基酸序列进行比对分析。通过The Selecton Server软件,对云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs氨基酸序列进行选择压力分析。【结果】云南不同地区8个烟草样品与同样来自中国云南烟草、番茄和辣椒上TSWV NSs氨基酸序列在系统发育树中处于同一支,亲缘关系最近;与来自韩国的番茄和辣椒上TSWV NSs氨基酸序列位于同一大支,亲缘关系较近;而与来自欧洲保加利亚烟草上TSWV NSs氨基酸序列处于不同分支,亲缘关系最远。在云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs氨基酸序列中未检测到正选择位点。【结论】不同TSWV分离物中NSs与其地理来源有明显的相关性,但跟寄主的相关性不大。云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs稳定的保持其增强病毒症状、抑制沉默等功能。     

TYLCV山东分离物株系分化及侵染性克隆的构建

对2012~2014年山东省96份感番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)样品进行特异性检测,发现有94份样品感染TYLCV,有2份样品感染番茄卷叶病毒(To LCV)。对该94份样品进行全序列克隆和序列测定,共分离出13份TYLCV株系,经核苷酸序列相似性分析和系统进化树构建,明确侵染我国山东地区的TYLCV为TYLCV-IL株系,且3年间爆发于山东省内的TYLCV株系的DNA组分并未发生大变异。遂构建山东寿光TYLCV株系侵染性克隆,经致病性验证,具有较好的侵染率,为番茄抗Ty育种提供稳定的毒源筛选压力。     

侵染广西红宝石青柚的柑橘褪绿矮化相关病毒遗传进化分析

【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒（Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV）特异引物进行PCR检测,通过分段扩增、克隆等方法对样品进行鉴定并获取全长基因序列,运用RDP5和MEGA 7.0对所获得的全长基因序列进行重组及遗传多样性分析。【结果】PCR检测结果显示采集的红宝石青柚叶片样品可扩增出642 bp的目的条带,证实红宝石青柚受到CCDaV感染;采用分段克隆的方法获得LA-1、LA-2、WM-1、GG-1、GG-2、WZ-1和WZ-2等7个各地代表分离物的全长序列,序列长度分别为3641、3642、3642、3640、3642、3644和3644 bp;核苷酸相似性比对发现,7个分离物间的核苷酸相似性在98%以上,与GenBank已登录的CCDaV各分离物间的核苷酸相似性在99%以上,说明研究获得的病毒分离物为CCDaV的分离物;重组分析发现,7个分离物未发生重组。系统发育进化树分析结果显示,研究获得的WZ-1和WZ-2分离物分别与Tha1-19、Tha30处于同一个小分支,说明这2个分离物与Tha1-19和Tha30具有较近的亲缘关系;其余几个分离物则分处不同的小分支,说明CCDaV广西分离物间仍有一定的进化多样性。【结论】引起广西红宝石青柚叶片呈V字型、皱缩、卷曲、褪绿花叶和植株严重矮化等症状的病原为CCDaV,部分地区分离物存在地域多样性。     

山东寿光地区番茄黄化曲叶病毒株系的分子鉴定

本试验对山东寿光地区两份番茄病毒病样品进行分子鉴定,结果证明山东寿光地区番茄感染的病毒为番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)。对两病毒样品的DNA-A(该病毒总基因组)全长序列进行测定分析,发现两样品病毒DNA-A全长序列共有2 781个核苷酸,两序列同源性达99.9%以上,很可能为同一分离物。将此序列经nucleotide blast(核苷酸序列比对程序)比对后分析发现该序列与我国上海、安徽等地报道的番茄黄化曲叶病毒序列同源性在99.0%以上,且山东寿光地区番茄黄化曲叶病毒应为TYLCV-Israel株系的分离物。     

侵染昆明园林植物的4个HCRV分离株核壳体蛋白氨基酸序列分析

【目的】比较分析侵染昆明园林植物HCRV核壳体蛋白氨基酸序列,探究地理分布和寄主来源与病毒变异的相关性。【方法】2016年,在云南省昆明市园林景区采集疑似感染番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒样品,利用RT-PCR技术测定出葱莲(Zephyranthes candida)、文殊兰(Crinum asiaticum)、喜林芋(Philodendron schott)和酢浆草(Oxalis corniculata) 4份感染朱顶红褪绿环斑病毒(Hippeastrum chlorotic ringspot virus,HCRV)的样品,通过克隆、测序获得4份样品的S RNA序列,利用ORF Finder获得核壳体蛋白(nucleocapsid protein,N)并进行序列分析。【结果】文殊兰、喜林芋和酢浆草是首次报道的HCRV新寄主;4个HCRV分离物的N蛋白与NCBI首次报道的HLS1-2 N蛋白(登录号:AFX74694)一致性达到99.34%;系统进化树分析显示:4个HCRV分离物与GenBank公布的同样来自云南的株系聚为1支。【结论】病毒的地理分布相关性强于寄主相关性。     

贵州百香果病毒病病原的鉴定

【目的】鉴定侵染贵州百香果的病毒病病原种类,为建立分子检测和防控体系提供理论依据。【方法】采集贵州百香果主要种植地疑似感病的百香果样叶,利用去真核生物核糖体rRNA构建测序文库,对疑似病毒侵染的样品进行高通量测序和病毒种类鉴定。【结果】样本中含有夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus, TeMV)、东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora Virus, EAPV)和西番莲潜隐病毒(Passiflora latent virus, PLV),占比分别为1.59%、63.65%和34.72%。TeMV和EAPV贵州分离物与已报道分离物的核苷酸序列一致性分别为87.6%～99.7%和85.2%～99.8%。PLV贵州分离物CP基因核苷酸序列一致性为99.5%～100%,与已报道分离物核苷酸序列一致性为93.0%～95.4%。系统进化分析表明,PLV分离物单独形成1个分支,相同地区的分离物优先聚集在一起,表现出较强的地域性。【结论】侵染贵州百香果的病毒病病原主要是TeMV、EAPV和PLV。