海南菜豆上粉虱传双生病毒的分子检测

为了解粉虱传双生病毒在海南的发生情况,从海南儋州采集了3个菜豆病样,症状表现为花叶、皱缩、叶背部叶脉突起,根据粉虱传双生病毒基因组DNA基因间隔区及外壳蛋白基因保守序列设计的简并引物,对这3个样品进行了PCR检测,从其中两个样品中扩增到预期大小为522 bp的DNA片段。PCR产物经克隆后进行序列测定,BLAST分析结果表明,该序列与与印度绿豆黄花叶病毒豇豆分离物(GenBank登录号:AF481865)的同源性最高,为65.9%,说明海南菜豆中存在着粉虱传双生病毒的侵染。     

香料烟粉虱传双生病毒的分子检测

发生在保山香料烟生产区粉虱传双生病毒病,已严重影响到了香料烟的品质和产量。本研究利用PCR技术快速检测香料烟植株及田间其它植物如胜红蓟、赛葵及菜豆等、以及病毒介体的带毒情况。对部分样品的PCR检测及序列分析表明,感染香料烟双生病毒有中国番茄黄曲叶病毒、番茄黄曲叶病毒、云南烟草曲茎病毒、烟草曲茎病毒以及云南烟草曲叶病毒等,且一些样品存在复合侵染现象。本研究为掌握病害发生流行的基本规律,监控病害在香料烟上的发生流行提供了依据。     

粉虱传双生病毒在云南的发生分布

粉虱传双生病毒 (ｗｈｉｔｅｆｌｙｔｒａｍｓｍｉｔｔｅｄ ,Ｇｅｍｉ ｎｉｖｉｒｕｓＷＴＧ)属于双生病毒科 (Ｇｅｍｉｎｉｖｉｒｉｄａｅ)菜豆金色花叶病毒属 (Ｂｅｇｏｍｏｖｉｒｕｓ) ,是单链环状ＤＮＡ病毒 ,基因组有 2个组份 ,即ＤＮＡ -Ａ和ＤＮＡ - β .该属病毒在热带和亚热带地区为害多种作物 ,引起烟草、番茄等曲叶病 ,辣椒和甜椒曲叶皱缩病 ,葫芦科植物花叶病等。由于ＷＴＧ株系变异快 ,易发生突变和重组 ,造成病毒病的突发流行 ,近年来 ,本项目对云南的ＷＴＧ发生和分布开展了研究。1　材料与方法1 1　病害调查与样品采集根据…     

2008年侵染江苏省番茄的粉虱传双生病毒发生分布

2007年底在江苏省兴化市保护地栽培番茄上发生了一种危害异常严重的病毒病,其病原初步鉴定为粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTG),为明确其在江苏省的发生情况及危害程度,2008年作者在省内各地展开调查,共采集病样115份并对其进行了分子鉴定.检测结果表明:2008年该病在南京、苏州、常州、徐州、泰州和盐城等地均有发生,已遍布于苏南、苏中、苏北;与2007年的发生情况相比,呈明显的蔓延态势.对其中17份代表性分离物的部分序列进行了序列测定,序列分析结果显示这些分离物的序列之间有着98.2%～100.0%的同源性,BLAST分析显示其与番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)同源性最高(超过99.0%). 发生情况及危害程度,2008年作者在省内各地展开调查,共采集病样115份并对其进行了分子鉴定.检测结果表明:2008年该病在南京、苏州、常州、徐州、泰州和盐城等地均有发生,已遍布于苏南、苏中、苏北;与2007年的发生情况相比,呈明显的蔓延态势.对其中17份代表性分离物的部分序列进行了序列测定,序列分析结果显示这 分离物的序列之间有着98.2%～100.0%的同源性,BLAST分析显示其与番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf     

海南乐东哈密瓜粉虱传双生病毒的PCR检测

利用双生病毒简并引物PA/PB,对海南乐东哈密瓜感病植株的4个样品（HA1,HA2,HA3,HA4）进行了PCR检测,其中有3个样品扩增到特异片段,PCR产物经克隆后进行序列测定,特异片断大小均为509bp。通过系统进化分析,表明HA1与SLCPHV-[Taiwan],SLCPHV聚类在一个大的分支上,HA3,HA4与SL-CCNV-[Melon],SLCCNV-[Hn61]聚类在一个大的分支上。结果表明,在海南哈密瓜上可能存在不同种的双生病毒的侵染。     

上海地区番茄烟粉虱传双生病毒PCR检测

番茄黄化曲叶病毒属于双生病毒,根据其基因序列设计引物COPR、AV494和COPR、COPL,进行PCR检测,结果发现:从感病的DNA中扩增出了356 bp和570 bp目的片段,而健康植株和抗原材料DNA中无此扩增带,表明上海地区番茄黄化曲叶病毒属于烟粉虱传双生病毒。     

鲤肠黄脉病样中烟粉虱传双生病毒的检测

在严重发生番茄曲叶病的田间,发现主要杂草鲤肠表现出叶脉褪绿黄化、叶片皱缩或卷曲等症状,田间病株率达63%;用烟粉虱传双生病毒兼并引物对随机采集的20个鲤肠病样进行PCR检测,结果发现,从这些病样中均能扩增出1条356 bp的特异片段;室内人工接种试验结果显示,鲤肠分离物可以侵染番茄而引起曲叶症状。因此,鲤肠可能是广东番茄曲叶病毒的自然中间寄主。     

双生病毒基因组变异的研究进展

双生病毒是一类在世界范围内广泛发生的植物单链DNA病毒,在多种重要经济作物上引起危害.综述了双生病毒的基因组结构特点、基因组变异类型以及变异影响因素等方面的国内外研究进展,以助于了解双生病毒的进化规律,并为采取有效而稳定的策略控制该病毒引起的病害提供依据.     

广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析

[目的]调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据.[方法]自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与GenBank已报道的序列进行比对分析.同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性.[结果]通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%.挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列.通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系.[结论]侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染.侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性.     

烟草转GroEL基因抗双生病毒的研究

双生病毒是全球性的重要植物病毒,为提高植物对此病毒的抗性,分离了烟粉虱体内GroEL基因,将其连接到棉花韧皮部特异启动子PGHNBS下游,构建到植物表达载体PBI121上,采用农杆菌介导法转化烟草,获得抗性苗.对抗性植株进行PCR、RT-PCR和病毒侵染检测,结果表明:GroEL基因已经整合到烟草基因组中,并且在转录水平上表达.病毒侵染检测结果显示转基因烟草植株中没有检测到病毒,证明韧皮部特异表达GroEL基因抗双生病毒是可行的.     

侵染贵州烟草的辣椒脉斑驳病毒鉴定及其基因组分子特征分析

【目的】明确辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus, ChiVMV)在贵州烟草上的发生情况及其与我国其他省份不同ChiVMV株系之间的遗传进化关系,为制定科学合理的防控措施提供依据。【方法】从贵州省贵阳、遵义、安顺和铜仁的烟田采集表现叶片斑驳、皱缩、坏死和花叶等症状的疑似病毒侵染的烟叶样品80份。采用RT-PCR法,设计多种病毒引物对所采集的样品进行检测,对检测出的ChiVMV进一步进行PCR分段扩增以获得贵州烟草ChiVMV的全基因组序列,基于NCBI已公布的所有ChiVMV基因组序列进行序列一致性分析并构建系统发育进化树,以研究贵州ChiVMV烟草分离株的遗传进化关系。【结果】RT-PCR检测结果显示,ChiVMV在贵州烟区检出率为37.50%,烟草普通花叶病毒(Tobacco mosaic virus, TMV)检出率为48.75%,马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)的检出率为35.00%,黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)检出率仅8.75%;检测出4种复合侵染类型TMV+PVY、PVY+ChiVM...     

侵染河南省番茄的番茄黄化曲叶病毒及伴随卫星DNA分子的基因组特征

从河南省长葛市的番茄病株上分离到4份病毒分离物HNCG1、HNCG2、HNCG3和HNCG4,为明确病原类型及其亲缘关系,首先采用检测双生病毒的简并引物进行检测,均能从样品中扩增出约500 bp的片段,4个序列同源性达99%。对HNCG4基因组DNA-A全序列测定表明,其全长为2 781 bp,与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)省内分离物(HNSQ1、HNNY1、HNLY1、HNQX)及其临近省份的河北分离物(TYLCV LF)、北京分离物(TYLCV BJ3)亲缘关系较近,序列同源性均达99%。进一步研究发现,HNCG1和HNCG4均伴随有1 347 bp的卫星DNAβ,而HNCG2和HNCG3中未检测到DNAβ。序列比对结果表明,HNCG1和HNCG4的DNAβ之间序列同源性为100%,与越南TYLCV分离物DX2的卫星DNAβ序列同源性最高,达88%。根据以上结果,引起河南省长葛市番茄黄化曲叶病的病毒为TYLCV,部分分离物伴随有卫星DNA分子。     

烟草丛顶病毒完整基因组上微卫星分布

为了提取并展示NCBI数据库中烟草丛顶病毒完整基因组(NC-004366.1)上微卫星分布特性,采用MATLAB软件和最优完全子图算法自编了计算机程序进行.结果表明,烟草丛顶病毒完整基因组上n-碱基组(n＝1-6)最大的重复出现次数随n增加而按指数函数减少.     

基于基因组序列分析的烟草轻绿花叶病毒江苏辣椒分离物侵染性克隆构建

【目的】烟草花叶病毒属（Tobamovirus）是危害辣椒、烟草等茄科作物的主要病毒之一,严重影响蔬菜作物的种植和生产。本研究旨在探明侵染江苏省南京市辣椒的烟草轻绿花叶病毒（tobacco mild green mosaic virus,TMGMV）分离物（TMGMV-JS）的基因组结构特征、系统进化关系及其致病性,为TMGMV的防控提供科学依据。【方法】从江苏省南京市采集的辣椒病样,提取总RNA,利用TMGMV特异检测引物确认阳性后,设计病毒特异性全长引物扩增TMGMV-JS全基因序列,通过同源重组的方法克隆至pCB301植物表达载体上,获得TMGMV-JS分离物基因组序列和全长cDNA侵染性克隆。BLAST分析TMGMV-JS分离物与已报道分离物的同源性,利用MEGA7软件的邻接法进行系统进化分析。将侵染性克隆通过农杆菌浸润本氏烟和辣椒,经RT-PCR和Western blot检测验证侵染效果,测定TMGMV-JS分离物的致病性。【结果】侵染江苏省南京市辣椒的TMGMV全长序列为6 356 nt,编码4个功能蛋白,分别为126K复制相关蛋白、183K复制酶、运动蛋白MP和外壳蛋白C...     

江苏蚕豆三叶草黄脉病毒的分子鉴定及全基因组结构特征分析

三叶草黄脉病毒(Clover yellow vein virus, ClYVV)是马铃薯Y病毒属的重要成员,侵染多种豆科作物并造成严重危害。为明确从江苏省盐城市采集的蚕豆样品中检测出的ClYVV全基因组序列以及基因组结构特征,通过分段扩增的策略对ClYVV全基因组序列进行克隆,序列测定后拼接获得江苏蚕豆三叶草黄脉病毒(ClYVV-JS)全基因组序列。基因组序列分析结果显示该分离物基因组序列全长9 585 bp,编码11个蛋白质。NCBI序列比对结果表明该分离物与已报道的日本ClYVV No.30分离物(AB011819)核苷酸序列同源性最高,达96.37%,其中编码的氨基酸序列同源性高达99.06%,而与中国合肥ClYVV分离物(KU922565)核苷酸序列同源性相对较低(94.74%)。聚类分析结果也显示ClYVV-JS归入三叶草黄脉病毒分支,与马铃薯Y病毒属其他成员分别归入不同分支。     

菜豆金色花叶病毒属病毒的研究进展

Begomovirus病毒属双生病毒科、菜豆金色花叶病毒属,在热带和亚热带地区已成为植物病毒最具破坏力的种群,其流行的主要原因是农业的集约化及其传播介体——粉虱种群的增加。综合前人的研究,报道了Begomovirus病毒在其进化、危害及对其控制方面所取得的一些进展。     

不同启动子在转基因烟草中抗番茄黄化曲叶病毒的研究

为了提高植物对番茄黄化曲叶病毒的抗性,利用CaMV35S启动子、棉花韧皮部特异启动子PGHNBS、拟南芥韧皮部特异启动子SUC2分别构建了含有不同启动子控制下的烟粉虱内GroEL基因的植物表达载体P-Gro-EL、P-PGHNBS-GroEL、P-SUC2-GroEL。通过农杆菌介导转化法,获得了一批抗卡那霉素的转化再生烟草植株。RT-PCR结果表明,3个启动子皆驱动GroEL基因在转基因烟草中表达。对转化再生烟草的一次病毒注射侵染结果显示,共有19株抗性烟草植株,其中,转P-GroEL载体的有7株,转P-PGHNBS-GroEL和P-SUC2-GroEL载体的各有6株;2次病毒注射侵染的结果显示,获得7株抗性烟草植株,它们是转P-GroEL载体的1株、转P-PGHNBS-GroEL和P-SUC2-GroEL载体的各3株。2次接种的试验结果表明,PGHNBS和SUC2转基因烟草植株的抗病效果均比CaMV35S转基因植株明显。证明利用韧皮部特异表达GroEL基因可以获得抗番茄黄化曲叶病毒的转基因植物。     

侵染番茄的中国番木瓜曲叶病毒基因组结构特征

从云南元谋采集表现曲叶症状的番茄样品中分离粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTGs)分离物YN678。序列分析表明其DNA-A为单链环状,全序列长度为2739 bp,编码6个ORFs。BLAST比对发现,该分离物与双生病毒科菜豆金色黄花叶病毒属的中国番木瓜曲叶病毒HeNZM1分离物(PaLCuCNV-[HeNZM1])最为接近,相似性为98.5%,表明番茄中的分离物YN678是PaLCuCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ特异引物Beta01/Beta02进行PCR扩增、克隆和测序,在YN678中扩增到DNAβ分子,全长为1357 bp,该序列与中国番茄黄曲叶病毒YN149分离物(TYLCCNV-[YN149])伴随的DNAβ相似性最高,达到99.1%。这是首次从云南番茄中分离到中国番木瓜曲叶病毒。     

江苏省大豆上一种新粉虱传病毒的分子鉴定及系统进化分析

2019年在对江苏大豆上病毒病进行调查时,发现徐州和淮安大豆田间出现一种表现叶片黄化、花叶症状的病毒病,为明确其伴随病毒种类,对田间采集的70份疑似病样进行分子检测和鉴定,结果在利用香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)通用引物检测时发现,70份疑似病样中有15份样品扩增到800 bp左右的目的片段,序列测定后BLAST分析结果显示,其与一种粉虱传病毒——豇豆轻斑驳病毒CpMMV(cowpea mild mottle virus, CpMMV)的同源性最高,暗示了其可能是CpMMV的一个分离物。针对CpMMV编码的CP基因设计特异性引物,检测结果显示15份阳性样品均扩增到目的片段,对获得的CP基因片段进行克隆测序,发现其序列全长867 bp,编码分子量约为32ku的蛋白;序列聚类分析结果显示,其与已报道的CpMMV分离物有较高的同源性,并聚类到同一个大的分支,其中与安徽、海南等地分离物相对近缘,聚在同一个小分支。这些结果表明江苏大豆存在豇豆轻斑驳病毒的侵染危害,生产上需要密切关注。     

烟草脉清病毒完整基因组上微卫星分布特性研究

借助MATLAB软件和最优完全子图算法,提取并展示NCBI数据库中烟草脉清病毒完整基因组（NC-003 378.1）上微卫星分布特性。结果表明,计算出了各种1碱-基组~6-碱基组在完整基因组序列上重复出现次数和出现位置,并展示它们的分布规律（指数函数）。烟草脉清病毒完整基因组上各种N-碱基组最大的重复出现次数,随N按指数函数数减少;各种N-碱基组重复出现次数由少到多排序的结果,重复出现次数随序号增加。该研究方法可以系统地运用到其他病毒完整基因组序列微卫星分布特性的提取和展示,从而为有效利用微卫星分布特性研究完整基因组的结构和功能、遗传和变异规律提供依据。