北京地区枣疯病植原体16SrDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段.对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%.序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组.     

北京地区枣疯病植原体16S rDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段。对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1 248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%。序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组。     

嗜盐菌株LYG86 16S rDNA序列克隆及系统发育学分析

从连云港台南盐场水溶液中分离到1株嗜盐菌LYG86,革兰氏阴性,杆状.采用细菌16S rRNA基因通用引物对分离纯化的LYG86进行16S rRNA基因克隆及序列分析,经PCR扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序后得到1条长度为1 503 bp的核苷酸序列.利用Clustalx1.8软件和MEGA 4.0软件对其及相近物种进行同源性比较和系统发育学分析,基于16S rDNA序列构建的系统发育树分析表明它属于盐单胞菌属(Halomonas).该研究为后续连云港地区盐池物种资源开发应用及嗜盐微生物多样性研究提供了参考与依据.     

基于免培养技术的食用菌病害微生物rDNA测序及初步分析

采用CTAB结合DNA凝胶回收试剂盒法提取四种主要食用菌病害组织样品的宏基因组DNA,用16S rDNA和18S rDNA通用引物分别对样品的基因组DNA进行PCR扩增、连接、转化并进行单克隆测序。每对引物随机挑取20个阳性克隆的rDNA序列进行比对,并对病害微生物的亲缘关系进行了初步分析,结果表明四种病害样品中两种为细菌性病害,两种为真菌性病害。     

餐厨垃圾降解细菌的Biology鉴定及系统发育分析

采用Biology和16S rDNA序列分析法对2株餐厨垃圾降解细菌进行了鉴定。菌株经纯化培养,提取基因组DNA,采用16S rDNA通用引物,进行了16S rDNA序列PCR扩增,扩增产物纯化后进行测序,序列经人工校对后用Megalign 7.0软件进行比对分析,构建系统发育树,表明C95可能归属于苍白杆菌属(Ochrobactrum)或寡养单胞菌属(Stenotrophomonas),C132归属于Pseudomonas putida。用Biology微生物鉴定系统进行了鉴定,确定C95为Ochrobactrum grignonense,C132为Pseudomonas putida。     

PCR-DGGE技术分析生物膜工艺微生物群落多样性

为了揭示生物膜法工艺处理模拟生活废水过程总细菌群落结构的多样性,分别取系统启动初期和运行后期瓷板滑面、瓷板粗面、白胶板和黑实验台板上的附着生物膜,通过细胞裂解直接提取基因组DNA,以细菌通用引物进行16S rRNA基因V3区域PCR扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,获得微生物群落的DNA特征指纹图谱.结果表明,不同区段微生物群落间相似度最高达78.3％,最低达41.4％,不同生物膜样品既存在共同的微生物种属也存在特异微生物种属.但系统启动初期运行后期的生物膜群落结构较稳定,演替不明显.另外,对该生物膜群落的部分优势细菌进行了克隆测序和系统发育树分析,通过鉴定获得5条细菌16S rDNA序列,它们分别与梭状芽孢杆菌属、梭菌属和单胞菌属的同源性在97％以上,这些优势微生物在生物膜工艺去除有机物的过程中起重要作用.     

奶牛瘤胃微生物BAC文库中脲酶克隆的筛选与分析

利用脲酶选择性培养基,从奶牛瘤胃微生物BAC文库的15 360个克隆中筛选得到了12个脲酶克隆.利用酚-次氯酸法对脲酶克隆子的酶学性质分析,表明均具有不同的尿素分解能力,酶的活力范围是30～2 466 U/mg.脲酶阳性克隆插入片段大约是60 kb,限制性内切酶Hind Ⅲ酶切图谱表明,各个克隆具有不同DNA片段,其中脲酶Urease 1、Urease 3、Urease 4和Urease 9的最适pH8.0,最适温度为60℃.本研究从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选到了具有脲酶酶活特性的克隆.     

应用PCR-DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性

应用PCR-DGGE技术对盘锦某滩涂四角蛤蜊Mactra venerformis体内的细菌多样性进行了分析.使用SDS裂解法提取样品的总DNA,采用大多数细菌通用引物F338GC/R518从总DNA中成功扩增出16S rDNA片段,然后对PCR产物进行DGGE分析,并将DGGE图谱上部分条带回收、再扩增、克隆和测序;将...     

黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及系统发育分析

从广西某黄喉拟水龟(Mauremys muticaCantor)养殖场发病的黄喉拟水龟的肝、肺分离到一致病性的菌株(HX081027),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化进行分析,试验结果与报道的摩氏摩根菌一致,表现为革兰氏阴性、两端钝圆的短杆菌,无荚膜及芽孢,葡萄糖产酸产气,接触酶、脲酶、苯丙氨酸脱氨酶和鸟氨酸脱羧酶阳性,氧化酶、脂酶、DNA酶和赖氨酸脱羧酶阴性,甲基红阳性,VP反应阴性,MR阳性等特征。采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1506bp的核苷酸序列(GenBank登录号为FJ858185)。以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离菌HX081027与摩氏摩根菌属内相关菌株的同源性在98.8%~99.6%,且在系统发育树上与来源于鱼类的M.morganiiJCM1672聚为一支,结合形态及生理生化特点将其确定为摩氏摩根菌(Morganella morganii)。     

黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及系统发育分析

从广西某黄喉拟水龟(Mauremys muticaCantor)养殖场发病的黄喉拟水龟的肝、肺分离到一致病性的菌株(HX081027),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化进行分析,试验结果与报道的摩氏摩根菌一致,表现为革兰氏阴性、两端钝圆的短杆菌,无荚膜及芽孢,葡萄糖产酸产气,接触酶、脲酶、苯丙氨酸脱氨酶和鸟氨酸脱羧酶阳性,氧化酶、脂酶、DNA酶和赖氨酸脱羧酶阴性,甲基红阳性,VP反应阴性,MR阳性等特征。采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1506bp的核苷酸序列(GenBank登录号为FJ858185)。以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离菌HX081027与摩氏摩根菌属内相关菌株的同源性在98.8%~99.6%,且在系统发育树上与来源于鱼类的M.morganiiJCM1672聚为一支,结合形态及生理生化特点将其确定为摩氏摩根菌(Morganella morganii)。     

甘薯中fw2.2同源基因的PCR扩增

fw2.2是影响番茄果实重量的一个重要数量性状基因。通过其氨基酸序列的保守区设计简并引物,然后在甘薯中进行扩增,扩增出的片段大小为500bp。测序并从数据库中找到其对应EST序列,全长为751bp,其中包括5’侧翼序列、3’侧翼序列和全部编码序列,EST序列对应的氨基酸序列共190个氨基酸。甘薯与番茄fw2.2的氨基酸序列具有较高的同源性,达到56.4%,由此推断此基因可能就是甘薯中fw2.2的同源基因。     

玫烟色棒束孢几丁质酶基因部分序列的克隆及分析

为了得到玫烟色棒束孢几丁质酶基因的保守区域,根据GenBank中几丁质酶基因的同源性序列设计简并引物,采用DNA和RNA分别作为模板扩增玫烟色棒束孢的几丁质酶保守区域。结果表明,DNA扩增的含有3个内含子,RNA扩增的不含内含子;所得到的氨基酸序列具有几丁质酶18族的典型特征,即1个酶作用活性位点和几丁质结合区。     

海南菜豆上粉虱传双生病毒的分子检测

为了解粉虱传双生病毒在海南的发生情况,从海南儋州采集了3个菜豆病样,症状表现为花叶、皱缩、叶背部叶脉突起,根据粉虱传双生病毒基因组DNA基因间隔区及外壳蛋白基因保守序列设计的简并引物,对这3个样品进行了PCR检测,从其中两个样品中扩增到预期大小为522 bp的DNA片段。PCR产物经克隆后进行序列测定,BLAST分析结果表明,该序列与与印度绿豆黄花叶病毒豇豆分离物(GenBank登录号:AF481865)的同源性最高,为65.9%,说明海南菜豆中存在着粉虱传双生病毒的侵染。     

几种作物GA受体的同源性比较

目前,在水稻中已克隆出GA受体GID1基因,其功能丧失会导致植株矮化。同时,在拟南芥中也克隆出3个相关的GA受体基因。根据它们氨基酸序列的保守区设计简并引物,在不同作物中进行扩增。扩增产物进行回收及测序,根据这些片段的序列从数据库中得到对应的EST序列和氨基酸序列。结果表明:水稻与高粱、小麦、玉米(GID1A和GID1B)和棉花中GA受体的氨基酸序列具有较高的同源性,分别为81.44%、81.36%、80.50%、79.14%和63.13%。     

银杏类黄酮糖基转移酶基因片段克隆与分析

根据GenBank中其他植物的类黄酮糖基转移酶基因(UFGT)的保守区设计简并引物,采用RT-PCR技术从银杏中扩增出UFGT基因的部分保守序列,并利用3′-RACE PCR方法,得到了包括3′-末端在内的银杏UFGT基因片段,命名为GbUFGT-3。结果表明:该片段长度为1 064bp,其中3′-UTR长度为314bp、编码区长度为750bp,可编码249个氨基酸,该氨基酸序列具有完整的UFGT特征序列PSPG-box;BLASTp分析及系统进化树分析表明GbUFGT-3确为银杏UFGT基因的序列片段;半定量RT-PCR结果表明,GbUFGT-3是非诱导表达基因,在银杏叶片的整个发育期均有较高水平的表达,不同发育期表达量无差异。GbUFGT-3已被GenBank收录,登录序列号为JN640564.1。     

巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析

[目的]探讨巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与序列分析。[方法]以高抗炭疽病的巴西橡胶无性系R042为材料,根据抗病基因Prf、L6、N等的P．100p和GLPL保守结构域设计简并引物,从R042扩增具有抗病基因同源序列的片段,对分离获得的抗病基因同源序列进行Blastn、氨基酸同源性分析、序列比较和系统进化分析。[结果]从巴西橡胶高抗炭疽病无性系R042基因组DNA中分离获得1个NBS类抗病基因同源序列,经Blastn比对后发现,该抗病基因同源序列与毛果杨中的一个CC—NBS—LRR抗病蛋白的mRNA的序列同源性为66％,Blastn的E值为2e-24,推测氨基酸序列与已知抗病基因的相似性在26．9％～43．2％。[结论]序列比对与系统进化分析表明,该抗病基因同源序列具有NBS类抗病基因的所有保守序列,且与Xal的亲缘关系最近。     

水环境中诺如病毒RT-LAMP快速检测方法的建立及应用

[目的]基于诺如病毒(NV)基因保守区,设计一套RT-LAMP简并引物,建立能简便、特异、灵敏检测水环境样品中NV的一步法RT-LAMP技术。[方法]通过试验,优化反应温度(64℃)、反应时间(40 min)、Mg2+浓度(2 mmol/L)等参数,建立反应体系。[结果]该方法只需1台水浴锅在1 h内即可完成检测,可直接用肉眼观察结果,检测灵敏度比普通RT-PCR高100倍;简并引物的设计增强了特异性,可检测多个血清型的NV。[结论]在样品检测中,RT-LAMP技术的灵敏度达97.7%,高于RT-PCR的90.7%,更适用于野外样品和简陋实验室的快捷检测。     

水稻品种RGA分析与抗瘟性鉴定

根据抗病基因在保守区域序列同源的原理,利用RGA方法对云南省主要栽培品种和地方资源品种的遗传多样性进行了分析。从22个水稻品种的抗病基因同源序列中,共扩增出155条谱带,各品种之间谱带较清晰呈现明显的多态性,聚类分析结果可以明显将品种的抗感水平分开,也与温室人工接种试验结果相似。因此,利用RGA分析可以为水稻品种抗瘟性鉴定提供一定的理论依据。     

梨树苹果茎痘病毒PRINS检测中引物的设计及退火温度的测定

[目的]利用5条引物目的片段进行扩增,完成PRINS检测中引物及其退火温度的测定.[方法]采用确认带有ASPV的库尔勒香梨叶片,以叶片为试验材料,并采用经RT - PCR检测技术健康香梨的叶片作为阴性对照.引物采用NCBI提供的BLAST工具中的ASPV病毒的全基因组序列的外壳蛋白的保守区域进行设计.并根据PRINS特有的性质及ASPV病毒有片断相互重叠现象来设计相应的引物.[结果]这5条引物之间没有太多的干扰,且都在目的区域出现了比较清晰的条带.[结论]证明所设计引物可以在进一步的PRINS检测ASPV病毒时直接使用,为PRINS在梨树病毒检测方面发挥更大的作用奠定了基础.