槟榔黄化病病原及检测方法研究进展

黄化病是一种严重威胁槟榔生产种植的毁灭性传染性病害，目前主要在印度和我国槟榔主产区发生。本文从非生物与生物因素两方面对槟榔黄化病病原认识过程及检测方法进行详细的综述。     

植原体基因组学研究进展

植原体（phytoplasma）是一类重要的植物病原细菌, 可经叶蝉、飞虱等昆虫介体传播, 感染1 000多种植物, 产生丛枝、黄化、韧皮部黑斑坏死等症状, 给农业、林业生产带来巨大的损失。本文对植原体基因组学研究的历史、现状及当前植原体效应蛋白等方面的研究进展进行了综述。     

甜瓜黄斑病毒在海南黄瓜上的发生分布及序列分析

 应用特异性引物MYSV-L-F和MYSV-L-R对海南5个市县采集的150份疑似感染病毒病的黄瓜样品进行RT-PCR检测,在三亚、乐东和东方等3个市县的18份样品中检测到甜瓜黄斑病毒(Melon yellow spot virus, MYSV)。选取采自三亚的分离物C29(MYSV-Hainan)进行MYSV全基因组克隆及序列分析,结果表明:该分离物的L RNA、M RNA和S RNA基因组全长分别为8 918 nt、4 815 nt和3 257 nt,与已知MYSV分离物的核苷酸相似性分别为97.4%~97.7%、96.2%~97.9%和94.8%~99.8%,系统进化关系分析与相似性分析一致,序列相似值越高,系统进化关系越近。     

海南省冬季蔬菜病毒病发生情况调查

病毒病是海南冬季蔬菜生产上的一类重要病害,发生为害日趋严重。通过对海南17个市县88个乡镇冬季蔬菜病毒病发生情况调查,同时采用ELISA或PCR方法对田间采集的1 385份样本进行病毒检测,结果表明:病毒病发生严重程度依次为黄瓜辣椒小白菜南瓜樱桃番茄菜豆豇豆。150份黄瓜样本中,CMV、CGMMV和TMV检出率分别为63.3%、22.67%和21.33%;180份南瓜样本中,CMV、TMV和CGMMV检出率分别为53.89%、5%和1.12%;220份辣椒样本中,CMV、TMV和TSWV检出率分别为49.1%、41.4%和1.53%;170份樱桃番茄样本中,TMV、CMV、BBWV和粉虱传双生病毒检出率分别为40%、34.7%、1.18%和3.53%;350份小白菜样本中,Tu MV和CMV检出率分别为49.1%和20.9%;130份菜豆样本中,CMV和BBWV检出率分别为30%和12.3%;195份豇豆样本中,CMV和BBWV检出率分别为9.2%和2.6%。CMV可以侵染已检测的4个科的所有蔬菜种类,检出率在9.23%~63.33%。已检测的所有蔬菜种类中,均存在2种或2种以上病毒的混合侵染,混合侵染率在0.56%~26.36%。     

侵染胡椒的黄瓜花叶病毒海南分离物全序列分析及亚组鉴定

对侵染海南胡椒的3个黄瓜花叶病毒分离物(CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT)的全序进行克隆和分析。CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT分离物RNA1全长分别为3 361,3 360,3 359个核苷酸(nt),编码1a蛋白;RNA2全长分别为3 044,3 048,3 046 nt,编码2a和2b蛋白;RNA3全长分别为2 217,2 224,2 216 nt,编码3a和CP蛋白。序列一致性比较结果表明,CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT的RNA1,RNA2,RNA3均与CMV亚组IB CMV-SD序列一致性最高,编码的所有蛋白的氨基酸序列一致性也均与CMV-SD序列一致性最高,其中除了2b氨基酸序列一致性低于90%外,其他蛋白的氨基酸序列的一致性均高于93.5%。RNA3的5'NTR结构分析以及RNA3 5'NTR核苷酸序列和CP氨基酸序列系统进化树分析结果表明CMV-WN1,CMV-DA及CMV-FT均属CMV IB亚组。CP系统进化树中CMV-WN1,CMV-FT与云南胡椒分离物CMV-YNP聚成一簇,而CMV-DA与海南胡椒分离物CMV-HNP独立形成另一个分支。     

海南槟榔黄化病病原物的分子鉴定

槟榔黄化病是槟榔上的一种重要病害,如何快速检测该病原菌是防治该病的重要基础。利用植原体16SrDNA通用引物对海南感染黄化病的槟榔花苞总DNA进行巢式PCR扩增,获得约1.2kb的特异片段,并对扩增产物进行核苷酸序列测定。通过BLAST程序比较、系统进化树构建及iPhyClassifier分析表明,引起海南槟榔黄化病病原植原体属于翠菊黄化植原体组(16SrⅠ组),且为该组中一个新的亚组,即G亚组,现将其暂命名槟榔黄化植原体(Arecanut yellow leaf phytoplasma,AYL)。     

槟榔基因组DNA提取方法及RAPD分析体系的初步优化

采用CTAB法、改良CTAB法和高盐低pH法等3种不同的方法比较了槟榔基因组DNA提取的效果,其中改良CTAB法最优,提取的DNA质量高,DNA降解少,杂质含量少。通过对退火温度、DNA模板用量、TaqDNA聚合酶浓度等因素的优化实验,建立了槟榔RAPD分析体系,从PCR扩增程序和反应体系两个方面对槟榔RAPD分析体系进行了优化并验证了优化后的体系扩增谱带清晰、多态性强稳定性好。     

苦楝丛枝病植原体海南株系SecY基因序列分析及亚组分类

利用植原体16SrⅠ组通用引物对secYF1／secYR1，应用PCR技术从采白海南省儋州地区的表现典型丛枝症状的苦楝植株总DNA中扩增到约1．4kb的特异片段，将此片段克隆后进行序列测定，序列分析及系统关系树构建的结果表明，该片段长1358bp，苦楝丛枝病海南株系（Chinaberry witches＇-broom phytoplasma strain Hainan，CWB-Hn）与玉米丛矮（Maize bushy sttmt，MBS）植原体聚类在同一条进化枝上；AluⅠ，MseⅠ和Tsp509Ⅰ这3种酶的电子酶切图谱表明，CWB-Hn与MBS的酶切图谱一致，故初步判定苦楝丛枝病植原体海南株系属于secY-L亚组，在亚组水平上进一步明确了苦楝丛枝病植原体海南株系的分类地位。     

巴西橡胶树棒孢霉落叶病概述

对巴西橡胶树棒孢霉落叶病的发生与为害、症状、病原生物学、流行学及防治策略等进行了概述。     

海南木豆丛枝植原体质粒全序列测定及分析

提取木豆叶片基因组总DNA,通过克隆,测序木豆丛枝植原体海南株系质粒(pPPWB-Hn)的完整DNA序列,并使用生物信息学软件对该质粒全长序列进行分析。分析结果显示:pPPWB-Hn质粒全长4 218 bp,含有4个开放阅读框,分别编码Rep、dnaG、threonine synthase和未知蛋白。其中,Rep是2次跨膜蛋白,dnaG是单次跨膜蛋白,Rep和dnaG均与质粒自主复制有关。Rep和未知蛋白可能分布在细胞质中,dnaG可能定位到细胞膜上或膜外,Threonine synthase可能定位到线粒体膜上或线粒体内腔。系统进化树显示:pPPWB-Hn与植原体16SrⅡ组的pPNWB(AY270152),pTBBperi(DQ119297)及pTBBcap(DQ119296)处在同一进化分支。