河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

西藏牦牛mtDNA ATP8全序列测定及遗传多样性分析

对西藏16个牦牛类群共367头个体的mt DNA ATP8(Adenosine Triphosphate 8)基因进行克隆及序列分析。结果表明,西藏牦牛mt DNA ATP8基因全长201~203 bp,T、C、A和G 4种核苷酸的平均比例分别为29.3%、23.0%、41.8%和6.0%,A+T含量明显高于G+C,表现出一定的碱基偏倚性;在367头牦牛中,共检测到19个变异位点,其中单一信息位点15个,简约信息位点4个,存在转换和插入2种变异类型,碱基替换中存在转换73次,以A/G、T/C为主,占98.63%;在插入变异类型中以A碱基插入为主;367头牦牛共捡出20种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.332和0.001 89,说明西藏牦牛具有较贫乏的遗传多样性;聚类分析显示,西藏牦牛可分为2类,其中桑日牦牛、类乌齐牦牛和桑日牦牛为1类,其余牦牛类群为另1类。20种单倍型可以分为2个聚类簇(I和Ⅱ),其中聚类簇I包含17种单倍型,占全部单倍型数的77.27%,包含了本次研究中的所有西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有3种单倍型,囊括了除错那、嘉黎、康布和帕里类群外的12个类群,显示西藏牦牛存在2个母系起源。     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

达氏鳇亲鱼群体mtDNA Cyt b基因和D-loop区 的序列特征及遗传多样性分析

通过对线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(D-loop)进行序列特征和遗传多样性检测,分析达氏鳇(Huso dauricus)亲鱼群体30个个体的序列特征及遗传多样性。结果表明,Cyt b基因长1 138 bp,G+C含量为47.03%,共定义单倍型5个、多态性位点(S)2个,简约信息位点1个,单倍型多样性指数(H_d)为0.372,平均核苷酸差异数(K)为0.384,核苷酸多样性指数(π)为0.000 34;D-loop区序列全长845 bp,G+C含量为37.41%,共定义单倍型6个,多态性位点8个,简约信息位点3个,单倍型多样性指数为0.424,平均核苷酸差异数为1.069,核苷酸多样性指数为0.001 27。基于线粒体D-loop与Cyt b序列的研究结果表明,养殖达氏鳇亲鱼群体的遗传多样性偏低,在利用达氏鳇亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的影响。     

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

基于线粒体 DNA D-loop 全序列的麒麟鸡遗传多样性研究

【目的】从线粒体DNA(mtDNA) D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNA D-loop全序列为1 231～1 232 bp,C+G含量（39.8%）低于T+A含量（60.2%）,总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008～0.009,净遗传距离为0.003～0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享...     

贵州务川黑牛线粒体DNA D-loop区全序列分析

务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议.为了解其遗传多样性及遗传背景,该研究测定了22头务川黑牛个体的线粒体D-loop区全序列.结果表明:22头务川黑牛个体中存在51个核苷酸多态位点,碱基组成中A+T含量大于G+C含量;共检测到11种单倍型,核苷酸歧异度(π值)为5.475%,单倍型多样性Hd为(0.909±0.044),表明务川黑牛线粒体DNA D-loop高变区具有丰富的多态性;系统分析表明务川黑牛同时受普通牛和瘤牛的影响.     

基于线粒体D-loop区序列和Cyt b基因的鲟鱼群体遗传多样性分析

【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。