PRL和POU1F1基因及基因聚合对白耳鸡产蛋数的效应分析

以PRL和POU1F1为影响鸡产蛋数的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡PRL基因调控区和POU1F1基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析PRL、POU1F1基因多态位点和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联。结果表明:PRL调控区的插入/缺失基因型AA型和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC型与72周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.65和3.57。聚合基因型AACC型个体72周龄产蛋数(除AACD型外)与对照组比较差异显著(P0.05)。两基因间的互作效应并不显著(P0.05)。     

3个基因SNPs及基因聚合对白耳鸡产蛋数的遗传效应

将GH、POU1F1和PRL基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡GH 、POU1F1和PRL基因单核苷酸多态性,分析这3个基因的单基因以及聚合基因型对白耳鸡72周龄产蛋数影响.结果表明:GH 、POU1F1和PRL基因均对白耳鸡72周龄产蛋数的差异产生影响,与鸡的产蛋数存在关联,AA、CC、EE型为优势单基因型;优势单基因型两两聚合的遗传效应高于优势单基因型的遗传效应;3个优势单基因型聚合(AACCEE型)遗传效应又高于优势单基因型两两聚合的遗传效应,因此我们推断可能聚合的优势单基因型越多,对白耳鸡72周龄的产蛋数影响效应越大,所以可以尝试利用聚合基因型对白耳鸡的72周龄产蛋数进行标记辅助选择.     

GH和CRBP4基因及合并基因型对仙居鸡产蛋数的遗传效应

以GH和CRBP4基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测仙居鸡GH基因外显子4和CRBP4基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析GH、CRBP4单基因型及2个基因合并基因型与65周龄产蛋数的关联。结果表明:GH基因exon4(C2338G/C2341T)的突变和CRBP4基因exon2的突变(C826T)基因型CC型与该鸡品种的65周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.56、3.60;合并基因型AACC型个体65周龄产蛋数与对照组相比差异显著(P0.05);2个基因间的互作效应不显著(P0.05)。     

催乳素和神经肽Y基因及基因聚合对白耳鸡产蛋数的遗传效应

采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡催乳素(PRL)基因调控区和神经肽Y(NPY)基因转录起始区的多态性,并分析PRL、NPY基因单基因型和聚合基因型与72周龄产蛋数的关联程度。结果表明,PRL基因调控区基因型AA和NPY基因转录起始区基因型CC与72周龄的产蛋数显著相关(P0.05),AA型对产蛋数的加性效应值为3.65,显性效应值为-0.24;CC型的加性效应值为3.22,显性效应值为-0.76。两种有利单基因型的聚合个体AACC型72周龄的产蛋数与其他基因型聚合个体(除ABCD型外)比较,差异显著(P0.05)。但基因效应分析表明,两基因间的互作效应并不显著(P0.05)。     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

NCOA1基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的相关性分析

 以邵伯鸡核心群母系母鸡为试验材料,利用PCR SSCP技术检测核受体辅激活蛋白1（NCOA1）基因的SNPs,并分析基因多态性与开产日龄（AFE）、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的关联性。结果显示：在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现1个SNPs位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到 AA,AB,BB 3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC,CD,DD 3种基因型。不同基因型与各性状间有显著相关,其中AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59d,开产蛋重重0.6g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著（P<0.05）;CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51d,开产蛋重重1.04g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著（P<0.05）;组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BBDD基因型组合。因而,NCOA1基因可作为鸡产性状的标记基因用于分子标记辅助选择中。     

文昌鸡FSHR基因多态性及其对繁殖性状的遗传效应

【目的】寻找与文昌鸡繁殖性能相关的遗传标记。【方法】以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序分析,对FSHR基因所有外显子及部分内含子区域进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,收集文昌鸡繁殖性能指标,分析FSHR基因多态性与繁殖性状的关系。【结果】共发现4个区域存在SNPs位点,分别为:区域4中exon 4编码区43bp处的T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变;区域2中exon 2编码区5′端-49bp处的C→T突变;区域6中exon 6编码区3′端+12bp处的A→G突变;区域9中exon 8编码区3′端+38bp处的G→T突变。对以上4个区域不同基因型与繁殖性状的相关性分析表明,文昌鸡FSHR基因第4外显子呈现的3种基因型(CC/CD/DD)多态性,与文昌鸡300日龄产蛋数及平均联产天数显著相关(P<0.05)),而且CD杂合基因型的300日龄产蛋数及平均联产天数显著高于其他基因型(P<0.05)。【结论】FSHR基因可作为影响文昌鸡产蛋数的候选基因。     

淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子PCR-SSCP多态性及其与蛋品质的相关分析

利用PCR-SSCP和DNA测序技术对淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子的多态性进行了检测,并分析其与蛋品质的相关性。结果表明:在淮南麻黄鸡样本群中CRBP2基因第3外显子存在C/T的突变位点,共检测到3种基因型(CC、CT和TT),C和T等位基因的频率分别为0.45和0.55,多态信息含量和杂合度分别为0.37和0.47,表明该位点处于中度多态。χ2适合性检验表明淮南麻黄鸡样本群在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子各基因型间开产日龄、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋黄色泽和蛋黄比率差异不显著(P0.05),CC基因型的开产蛋重和30周龄蛋重分别比TT基因型高1.66%和2.60%(P0.05),TT基因型的哈氏单位显著高于CC和CT基因型(P0.05)。     

A-FABP和H-FABP基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量(IMF)的效应分析

研究采用PCRSSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

A-FABP和H-FABP[WTHZ]基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量（IMF）的效应分析*

 研究采用PCR SSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

仔猪腹泻相关候选基因ATP2B1与HRH1在小肠组织中的表达分析

以ATP2B1、HRH1基因作为仔猪腹泻相关的候选基因,在2个品种63头猪的小肠组织中,采用实时荧光定量PCR技术对肠毒素大肠杆菌(ETEC) F4受体不同黏附表型个体进行表达量的比较分析,以验证其基因功能和作为仔猪腹泻相关候选基因的可能性.结果表明:ATP2B1基因在不同黏附表型间的表达量有显著的差异,而HRH1基因在品种间以及黏附表型间表达量差异均不显著.ATP2B1基因可望作为F4ab受体的相关候选基因,而HRH1基因仍需进一步研究.     

龙眼TFL1基因的克隆与表达

以‘红核子’龙眼叶芽为材料,克隆了龙眼TFL1-1和TFL1-2基因的c DNA序列和基因组DNA序列,进行序列分析,并对这两个基因在花芽分化过程中的表达进行了研究.结果显示,龙眼TFL1-1基因c DNA开放阅读框共519 bp,编码173个氨基酸,TFL1-2基因c DNA开放阅读框共525 bp,编码175个氨基酸;两个基因DNA序列均含有4个外显子和3个内含子;序列分析和系统进化树分析表明,龙眼TFL1-1和TFL1-2都是TFL1同源基因,龙眼TFL1-1基因与柑橘、梨的TFL1基因亲缘关系较近;基因表达结果表明,龙眼TFL1-1和TFL1-2基因的功能都与抑制花芽分化有关.     

人pot1基因cDNA的克隆及其在HeLa细胞中的表达

目的：克隆人端粒保护蛋白（human proteetlon of telomeres 1.pot1）基因cDNA全编码区,构建成真核表达质粒并实现在HeLa细胞中的表达。方法：RT-PCR法扩增出HeLa细胞hpot1基因cDNA编码区全序列,定向克隆至真核表达载体pcDNA3,阳性重组质粒经插入片段测序验证;重组的pcDNA3-hpot1质粒瞬时转染HeLa细胞,RT-PCR和EMSA法（电泳迁移率改变分析）检测hpot1基因的表达水平。结果：来自Hela细胞的hpot1基因cDNA编码区全序列构建成的真核表达质粒pcDNA3-hpot1,经测序分析序列和ORF正确;该重组质粒转染在HeLa细胞48h后,hpot1基因表达水平增高。结论：真核表达载体pcDNA3-hpot1构建成功,并实现了hpot1在Hela细胞中的表达。     

POU1F1基因结构特征及其与遗传性疾病的相关性研究

POU1F1基因是POU基因家族的成员之一,在胚胎分化和生长激素、催乳素、促甲状腺素细胞系的发育中发挥着重要作用。POU1F1基因的突变可以导致垂体的发育不全,并阻碍GH、PRL、TSHβ基因的正常分泌。文中对POU1F1基因的结构特征、功能作用进行了综述,并对不同物种的POU1F1蛋白POUHO、POUSD的氨基酸序列以及核苷酸编码序列的同源性进行了比较。     

猪细小病毒NS1基因和VP2基因的克隆与序列分析

根据GeneBank 上发表的猪细小病毒(PPV)的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株(PPV-TA)NS1基因和VP2基因.结果表明,PPV-TA NS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPV NS1基因核苷酸同源性在98.3 %～99.9 %之间.PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异.PPV-TA NS1蛋白的潜在磷酸化位点是Thr435和Ser473,与PPV参考毒株相同.NS1基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV china亲缘关系最近.PPV-TA VP2基因长1740 bp,编码579个氨基酸,与PPV参考毒株VP2基因核苷酸同源性在98.3 %～99.8 %之间.PPV-TA VP2蛋白的378D、383H、436S氨基酸残基决定了PPV的组织嗜性,与PPV-NADL-2和PPV-china相同,这表明这3个毒株的组织嗜性是一致的.但与其他PPV参考毒株有差异,这表明不同毒株在动物体内的组织分布是有差别的.PPV-TA VP2蛋白有9个线性抗原位点,与PPV NADL-2和PPV china的线性抗原位点是一致的,这表明具有相同的抗原特性.VP2基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV NADL-2亲缘关系较近.     

绵羊IGFBP-1基因的克隆及序列分析

试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-1基因的CDS全序列,生物信息学方法深入分析其序列。结果表明,IGFBP-1基因的CDS序列为792 bp,编码263个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为97%、76%和74%,氨基酸序列同源性分别为97%、69%和71%,Gen Bank登录号为FJ589639.1;IGFBP-1基因的氨基酸分子量为27.8 k D,理论等电点(p I)为5.99;进化分析显示与牛、山羊等哺乳动物关系较近,与鸡、鱼类等亲缘关系较远;IGFBP-1基因存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有一个信号肽、一个跨膜区、16个磷酸化位点、6个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点;二级结构分析显示无规卷曲、α-螺旋和β-折叠区域分别为61.98%、24.33%、13.69%;三级结构分析显示存在IGFBP_N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。为进一步研究绵羊IGFBP-1基因的功能奠定基础。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

胰腺炎型鸭1型甲肝病毒结构蛋白VP1基因的克隆和表达

通过RT-PCR方法扩增出MPZJ1206株胰腺炎型鸭1型甲肝病毒结构蛋白VP1基因,将其与原核表达载体pGEX-6P-1连接获得重组表达质粒pGEX-VP1,进行条件优化诱导表达,将表达的重组蛋白经SDS-PAGE分析。结果表明,分子量约为52 kDa的重组目的蛋白得到表达。该研究为开发胰腺炎型鸭1型甲肝病毒诊断方法和研究VP1蛋白功能奠定基础。     

拟南芥sscd1–1点突变对其表达的影响

为了探明拟南芥sscd1–1突变体中sscd1–1突变基因表达水平的降低是由剪切效率所致还是由自身启动子影响所致,分别构建了由外源35S启动子驱动的SSCD1正常基因和sscd1–1突变基因的表达载体及由内源自身启动子驱动的SSCD1正常基因和sscd1–1突变基因的表达载体,并将其转入到拟南芥sscd1–1突变体中。采用RT–PCR分析sscd1–1突变基因的表达。结果显示:外源35S启动子驱动的sscd1–1突变基因的表达与正常基因相比没有明显差别,而内源自身启动子驱动的sscd1–1突变基因的表达显著降低,这表明sscd1–1的点突变没有影响其剪切效率;sscd1–1突变基因表达水平的降低是由内源自身启动子影响所致。     

猪胰岛素诱导1基因的cDNA克隆和差异表达及蛋白质序列分析

克隆猪胰岛素诱导1(INSIG1)基因,并对其蛋白质序列进行分析。根据人INSIG1基因的保守序列设计1对引物,以猪总RNA为模板,经RT–PCR获得INSIG1基因序列,通过相对荧光定量PCR分析该基因在不同组织中的表达量;将INSIG1基因序列连接到pMD19–T Simple载体上,用PCR检测阳性克隆后测序,并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明,INSIG1基因在肺中的表达量最高,其次是在肝脏,再次是在脾脏,在心脏中的表达量最低;通过克隆,获得了一段999 bp的序列,其中831 bp的开放阅读框编码276个氨基酸;该蛋白不含信号肽序列,与其他动物INSIG1基因氨基酸序列的一致性在71%以上。