猪IGF2、MC4R、JHDM1A及TEF-1多基因标记遗传效应研究

  【目的】在大白猪群体中检测和分析猪生长和背膘厚性状候选基因（IGF2、MC4R、JHDM1A和TEF-1）的多态性，并进行多基因标记效应分析，为分子标记辅助选择在育种中的应用提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP方法对候选基因多态性进行检测，并运用SPSS软件对单基因标记和多基因标记与生长和背膘厚性状之间的关联性进行分析。【结果】在试验群体中检测了IGF2、MC4R、TEF-1和JHDM1A 4个基因的单核苷酸多态位点。单基因标记分析结果显示，IGF2基因与100 kg腰荐结合处背膘厚显著关联（P＜0.05），AA型为优势基因型，分别比AG和GG基因型薄0.541 cm和0.629 cm；MC4R基因与生长和背膘厚性状无显著关联；JHDM1A基因与100 kg腰荐结合处背膘厚呈显著关联（P＜0.05），CC型为优势基因型，分别比GG和GC基因型背膘薄0.520 cm和0.489 cm；TEF-1基因与100 kg腰荐结合处背膘厚趋于显著关联（0.05＜P＜0.1），GG基因型背膘厚分别比AA和AG基因型薄0.973 cm和0.379 cm；与达100 kg体重呈显著关联（P＜0.05），AG为优势基因型，分别比AA和GG基因型缩短了0.445 d和2.258 d。【结论】对4个候选基因的多基因标记效应进行分析发现，多基因标记效应与单基因标记效应一致。IGF2、TEF-1和JHDM1A基因多态位点合并基因型AGCCGG和AACCGG对于100 kg腰荐结合处背膘厚性状为优势基因型组合，可以作为分子标记在育种中应用。     

大白猪IGFBP3基因G3695A位点多态性及其与生长性状的关联分析

采用PCR-RFLP方法对369头大白猪胰岛素样生长因子结合蛋白3(insulin-like growth factor binding protein-3,IGFBP3)基因G3695A位点的多态性进行检测,并分析了不同基因型与4个生长性状的关联。结果显示:大白猪IGFBP3基因G3695A位点的杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.488 5和0.396 2,GA基因型和A等位基因的频率最高;GG基因型达30 kg,100 kg体重日龄显著短于AA和GA基因型(P0.01);30~100 kg日增重最大(P0.01);GA基因型100 kg体重背膘最薄,显著低于其他两种基因型(P0.01)。IGFBP3基因G3695A位点与大白猪的生长速度和背膘厚存在显著关联,具有一定的实际应用价值。     

猪PPARGC1A基因的遗传变异检测及与胴体性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪及其杂交群体中的遗传变异,并分析其对胴体性状的影响.猪PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪(n=24)、瑞典长白猪(n=26)、英国大白猪(n=23)、长大通(n=43)、大长通(n=40)存在多态分布,在长白猪中只有AA基因型.基因型频率分析表明国外品种中CC基因型频率低于国内地方品种;性状关联分析结果表明:CC基因型个体的胸腰椎背膘厚、肩部背膘厚和三点平均背膘厚显著高于AA基因型个体,等位基因C是胸腰椎背膘厚和三点平均背膘厚的增效等位基因.     

猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性分析

为探究猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性,在DNA水平上对藏猪、大白猪ARID5B(AT-rich interaction domain 5B)基因5′侧翼区进行了单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选;在mRNA水平上对两猪种的肝脏、背脂和背最长肌组织中的ARID5B基因表达量进行了RT-qPCR检测;并对两猪种的背膘厚和背最长肌组织中IMF(Intramuscular fat)含量进行测定。结果表明:在ARID5B基因5’侧翼区,存在T-2 216C和In-2 029Del缺失2个连锁突变位点,藏猪与大白猪呈极显著差异(P0.01);在相同组织不同品种间,ARID5B基因在肝脏、背脂和背最长肌中mRNA相对表达量趋势完全一致,且藏猪ARID5B基因表达量均极显著低于大白猪(P0.01);藏猪背膘厚和IMF含量均极显著高于大白猪(P0.01);经DNA、mRNA水平、背膘厚和IMF含量相关性分析发现,ARID5B基因mRNA相对表达量与背膘厚和IMF含量呈显著负相关(P0.05)。     

家猪1号染色体微卫星标记与背膘厚的相关性

为了定位家猪背膘厚在1号染色体上的数量性状位点（QTL），检测和分析了一个复杂家猪系1号染色体上8个微卫星位点的基因型及其与背膘厚的相关性，结果表明，S0113与背膘厚的相关极显著，SW974与背膘厚的相关程度也达到极显著水准，说明两上相邻的标记区域可能存在显著影响背膘厚的大效基因，其余6个微卫星标记位点与背膘厚的相关均不显著。     

猪OLR1基因多态性与肉质性状的关联分析

为鉴定与猪的肉质性状有重要影响的分子标记,经克隆测序,鉴定出OLR1基因第5内含子存在C52T突变,通过PCR-PstⅠ-RFLP方法进行了基因型检测,分别计算了该SNP在大白猪、长白猪、梅山猪、大白×梅山F2代猪中的基因型频率和基因频率,并且对大白×梅山F2代猪的基因型与肉质相关性状进行了关联分析。结果表明,CC基因型的肩部膘厚、胸腰椎间膘厚、平均背膘极显著高于CT基因型个体(P0.01);CC基因型的皮率、瘦肉率、6-7腰椎间膘厚、花油重、臀部膘厚、背最长肌大理石纹、股二头肌大理石纹显著高于CT基因型(P0.05),C等位基因对猪的脂肪沉积具有正效应。     

猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。结果表明,该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关(P0.05),与骨率、肩部膘厚、臀部膘厚、平均背膘厚、背最长肌失水率、背最长肌系水力、背最长肌肌肉色值呈极显著相关(P0.01)。     

猪FATP1基因5'调控区多态性及其与脂肪性状的相关分析

脂肪酸转运蛋白1(Fatty acid transport protein 1,FATP1)是脂肪酸转运蛋白家族(FATPs)的一员,具有促进脂肪细胞吸收利用长链和极长链脂肪酸的功能,在脂肪沉积过程中发挥着重要的作用.采用直接测序法寻找FATP1基因5'调控区+64～-723 bp片段的单核苷酸多态性,在-586 bp处发现了一个T→C突变SNP(单核苷酸多态性)座位,利用PCR-RFLP的方法检测它在3个试验猪群体中的基因型,发现该座位在皮特兰和金皮F2代猪群中存在多态性,而在金华猪中仅表现为FATP1g-586T FATP1g-586T基因型.建立混合模型方程组分析该座位对188头金皮F2代猪脂肪性状的效应,结果显示,猪FATP1基因第-586座位的不同基因型与肩背膘厚、6～7肋背膘厚、最后一根肋骨处背膘厚、平均背膘厚和板油重显著相关(P＜0.05),表明FATP1基因5'调控区的第-586位上的T→C突变对猪脂肪沉积有一定的影响.     

MC4R和NR6A1基因与大白猪×清平猪F2黑色群体的经济性状关联分析

选择MC4R和NR6A1基因分别对大白猪与清平猪杂交群体F2后代中黑色个体的胴体和生长进行关联性分析,以期为生产实践中对清平猪杂交品系的选育提供理论依据。结果表明,MC4R的优势基因为G等位基因,不同基因型明显影响背膘厚,AA型个体的平均日增重与AG型个体差异显著(P0.05),与GG型个体差异极显著(P0.01),其有利基因型为GG型;NR6A1的优势基因为A等位基因,不同基因型对背膘厚的影响差异明显,其对胴体和生长性状的有利基因分别为A和G等位基因。     

猪OLR1基因克隆及其与生产性状的关联、表达分析

为鉴定对猪生产性状有重要影响的新分子标记,采用电子克隆技术结合PCR方法获得了猪氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidized low-density lipoprotein receptor 1,OLR1)基因编码区序列,在OLR1基因第4内含子246bp处发现了1个新SNP位点A246G,并建立了PCR-Pag1-RFLP基因分型方法,分析了4个不同品种猪群中该等位基因频率,发现国外品种大白、长白猪群G等位基因频率高于A等位基因频率,而国内品种梅山、大梅群体A等位基因频率高于G等位基因频率。在大梅猪群体中的关联分析结果发现,A246G位点与胸腰椎间膘厚、平均背膘、背最长肌含水量、背最长肌肌内脂肪含量、屠宰率、板油质量、6~7腰椎间膘厚、背最长肌大理石纹、股二头肌大理石纹显著或极显著相关。通过RT-PCR分析发现,OLR1在恩施黑猪和大白猪群中心脏表达量最高,其次是背脂,同品种不同组织间表达量差异大,表明OLR1基因是脂肪相关的候选基因。     

Effect of breed, sex and birth parity on growth, carcass and meat quality in pigs

The effects of breed, sex and birth parity on the traits of growth, carcass and meat quality were investigated in three different breeds including Swedish Landrace, British Large White and an indigenous Chinese breed — Tongcheng pigs. The results indicated that the Swedish Landrace and the British Large White had advantages over the Tongcheng pigs in growth rate, feed conversion rate (FCR) and carcass traits, but had disadvantages in meat quality. In contrast to the British Large White, the Swedish Landrace had higher average daily gain during the trial (ADG2) (877.04 g·day⁻¹ vs. 813.95 g·day⁻¹, P < 0.05), and marbling score (MS) (2.48 vs. 2.02, P < 0.01), larger eye muscle area (EMA) (41.80 cm² vs. 35.14 cm, P < 0.01) and more efficient feed conversion rate (FCR) (3.06 vs. 3.29, P < 0.05), lower muscle shear force (MSF) (4.20 kgf (1 kgf = 9.80665 N) vs. 4.93 kgf, P < 0.05) and backfat thickness (BF) (all P < 0.01) including live backfat thickness (LBF), average backfat thickness at 3 points in the carcass (ABF), backfat thickness between 6th and 7th ribs (6–7 th BF) and backfat thickness at 10th rib (10 th BF). There was a difference (P < 0.05) only inMS between castrated females (CF) and castrated males (CM). Birth parity affected ADG2 (P < 0.05), some carcass characteristics and meat quality, including CL₁ (P < 0.001), CL₂ (P < 0.05), BF (ABF, 6–7th BF and 10th BF, all P < 0.001), EMD (P, 0.001), EMA (P < 0.001), percentage of leaf and caul fat (PLC) (P < 0.05), proportion of lean and bone of the ham (PLBH) (P < 0.05), muscle drip loss percentage (DL) (P < 0.05) and intramuscular fat content (IMF) (P < 0.05). The breed-sex interaction only impacted the average daily gain from birth to marketing (ADG1) and DL (both P < 0.05). However, there was no significant effect of sex-parity interaction on all the traits tested.     

应用微卫星标记对中国10个品种猪遗传变异的研究

对我国7个地方猪品种(二花脸、通城、清平、阳新、皖南花、赣东黑、万安)和3个引进品种(长白、大白、杜洛克)的4个微卫星位点的多态性进行了检测,并对品种内和品种间的遗传变异进行了群体遗传学分析。结果初步表明,地方品种中二花脸、赣东黑、通城的品种内遗传变异较高,万安的品种内遗传变异最低。除万安猪外,其它地方品种的品种内变异均大于引进品种。品种间的聚类结果基本符合品种的地缘分布。     

猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

RAPD标记遗传距离与猪杂种优势相关性的研究

【目的】探讨利用RAPD分子标记技术预测杂种优势的可能性。【方法】利用RAPD技术测定6个亲本群体间的遗传距离，对亲本群体间遗传距离与10个经济性状的杂种优势率进行相关性分析。【结果】亲本间遗传距离与日增重、料重比、屠宰率和平均背膘厚的杂种优势率呈正相关，与瘦肉率、瘦肥肉比、皮率、眼肌面积的杂种优势率呈负相关。并且遗传距离与料重比和眼肌面积杂种优势率的相关系数达到显著程度（P＜0.05），而与肥肉率、内脂率等性状杂种优势率的相关系数则非常小。【结论】亲本间的遗传距离与杂种优势的相关程度随不同性状而异。     

PPARγ2基因外显子1多态性对猪胴体性状的影响

利用PCR-SSCP技术,对约克夏、杜洛克、长白猪、金华猪、碧湖猪和嵊县花猪共6个品种258头猪的PPARγ2基因外显子1进行多态性分析,并采用SPSS程序中GLM模型分析该位点与胴体性状的相关性。研究结果发现编码区175 bp处存在A175G单核苷酸多态。国内外猪种的基因型频率间存在较大差异,在国外种猪中,AA基因型频率较高,国内猪种中AG基因型频率较高。相关性分析结果表明,在长白猪群中,PPARγ2基因与肩部背膘厚、腰荐结合部背膘厚均存在极显著相关性(P<0.01),与6/7th肋背膘厚和眼肌面积均存在显著相关性(P<0.05)。在金华猪群内,PPARγ2基因与肩部背膘厚显著相关(P<0.05)。因此推测PPARγ2基因可能是影响猪胴体性状的潜在分子育种标记。     

猪H-FABP基因内含子1的遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）,3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量的差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

OPN基因多态性与猪繁殖性状相关分析

研究长白猪、大白猪、杜洛克猪及槐猪的骨调素(OPN)基因多态性及其与猪繁殖性状的关系.研究表明:OPN基因在6136 bp处发生同义突变(C→A),发现大白猪、长白猪和槐猪群体中存在3种OPN基因型(CC、CA和AA),而在杜洛克群体中仅发现AA型.在槐猪群体中,CC、AA型初产母猪个体的总产仔数(TNB)均显著高于CA型(P<0.05),不同基因型初产母猪的产活仔数(NBA)差异均不显著(P>0.05);CC、AA型经产母猪个体的TNB均极显著高于CA型(P<0.01),CC型经产母猪的NBA极显著高于CA型(P<0.01),AA型经产母猪的NBA显著高于CA型(P<0.05),但无论是初产母猪还是经产母猪,CC型和AA型的TNB和NBA差异均不显著(P>0.05).在大白猪、长白猪和杜洛克猪群体中,OPN基因对其TNB和NBA均无显著影响(P>0.05).     

东北荷包猪FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

[目的]分析荷包猪Fun基因多态性及其与产仔性能的关系,为荷包猪资源保存、品种选育和开发利用提供参考依据。[方法]提取猪耳组织DNA,采用PCR-RFLP技术分析荷包猪FE们的基因多态性,并分析其基因型与产仔数的相关关系。[结果]用胁丽I限制性内切酶对扩增片段进行酶切,检测到GG、AG和AA3种基因型。抗性纯合子AA型个体1～5各胎次产仔数均值均高于AG和GG型个体,且第3胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG型和GG型个体。[结论]荷包猪Fun基因具有多态性,其基因频率与国外杜洛克基本一致,与国外长白、大白和两者杂交猪差别较大。AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

猪品种间HSL基因外显子IPCR—RFLP的研究

激素敏感脂肪酶（Hormone-sensitve lipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸关键酶。本研究利用PCR－RFLP(polymerase chain reaction-resiction fragment length polymorphism)方法，分析了猪HSL基因外显子I区多态性，发现不同品种猪间存在多态性。瘦肉型大白猪和长白猪全部表现为GG基因型；杜洛克猪表现为AG和GG两种基因型，其等位基因A和G的频率是15％和85％；脂肪型通城猪和清平猪表现为AA和AG两种基因型，其等侠基因A、G的频率分别是91．67％、8．33％和89．83％、10．17％。