高低肌内脂肪猪背最长肌关键基因表达差异分析

【目的】筛选出高肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)沉积的关键基因并进行表达验证,为揭示猪肌内脂肪沉积的分子调控机制提供理论依据。【方法】根据NCBI-GEO数据库中高、低肌内脂肪巴克夏群体的转录组数据,利用DESeq2进行差异表达基因筛选(|log₂Fold Change|≥1,FDR<0.05),采用Metascape对差异表达基因进行功能富集分析,通过MCODE筛选及鉴定出高肌内脂沉积的关键基因,并采用实时荧光定量PCR在地方猪(柯乐猪)和外种猪(杜长大猪)上进行关键基因表达量验证。【结果】从高、低肌内脂肪巴克夏群体6个文库中共鉴定出7661个基因,高肌内脂肪群体样本的脂质代谢相关基因总表达量显著高于低肌内脂肪群体样本(P<0.05,下同),其中差异表达基因有133个[110个上调(在高肌内脂肪群体高表达),23个下调(在低肌内脂肪群体高表达)]。上调差异表达基因主要富集于胶原蛋白绑定、细胞外基质组装、脂肪酰辅酶A生物合成过程、固醇代谢过程和脂质代谢调控过程等GO功能条目,以及脂肪乙酰辅酶A生物合成、ChREBP激活代谢基因、脂肪酸代谢等信号通路上;下调基因主要富集于线粒体组装、多细胞生物学过程、辅酶绑定和缺氧反应等GO功能条目,以及基于NFKB的TNFA信号、白细胞介素4和白细胞介素13信号和干扰素信号等信号通路上。通过MCODE分析共筛选获得5个关键基因,分别是SLC25A5、FN1、FASN、ACACA和PRKDC基因;挑选SCD、FASN和ACACA基因进行表达量验证,结果发现这3个基因的相对表达量均表现为柯乐猪高于杜长大猪,其差异达显著或极显著(P<0.01)水平,进一步佐证SCD、FASN和ACACA基因在高肌内脂肪猪群体中高表达。【结论】在巴克夏猪高肌内脂肪群体中高表达的SCD、FASN和ACACA基因,在高肌内脂肪的柯乐猪中也呈显著或极显著高表达,因此这3个关键基因有望作为筛选和培育高肌内脂肪猪品种的分子标记,同时为研究肌内脂肪沉积的分子调控机制提供技术支撑。     

瘦肉型与脂肪型猪血清Leptin的比较检测

为了研究我国脂肪型猪与引入的瘦肉型猪ob基因的蛋白表达差异,用Western杂交比较检测了内江猪、八眉猪、长白猪和杜洛克猪的血清Leptin水平。结果发现,脂肪型猪体内存在Leptin抵抗现象,血清Leptin水平比瘦肉型猪高3.23倍;同时发现一个大小约为33ku的蛋白与Leptin有一定的结构同源性,该蛋白也可能是Leptin的二聚体;另外,脂肪型猪ob基因的表达高于瘦肉型猪,二者肥胖程度和瘦肉率性状的差异可能还存在与ob基因表达有关的机制。     

FASN和LPL基因对淮南麻黄鸡肌内脂肪含量的影响

【目的】研究淮南麻黄鸡肌肉品质及脂肪酸合酶(FASN)、脂蛋白脂酶(LPL)基因表达量随日龄的变化规律及其与肌内脂肪(IMF)含量的相关性。【方法】选取90,120,150和180日龄淮南麻黄鸡为研究对象,测定各日龄公、母胸肌和腿肌肌肉品质(亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)值及pH、蒸煮损失、剪切力)、IMF含量和血脂指标(低密度脂蛋白(LDL)、高密度脂蛋白(HDL)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、游离脂肪酸(FFA)和极低密度脂蛋白(VLDL)浓度),荧光定量表达检测脂肪沉积相关基因FASN和LPL的表达量,Pearson法分析血脂指标和FASN、LPL基因表达量与IMF含量的相关性。【结果】公鸡和母鸡胸肌L~*、pH、腿肌蒸煮损失在不同日龄间无显著差异,其余肉质指标在不同日龄间有显著差异。公鸡和母鸡胸肌IMF含量在180日龄显著高于90日龄(P0.05),公鸡腿肌IMF含量在180日龄显著高于90和120日龄(P0.05),母鸡腿肌IMF含量在150和180日龄显著高于90日龄(P0.05)。除公鸡HDL浓度在不同日龄间无显著差异外,公母鸡各血脂指标在不同日龄间均有显著差异。公鸡胸肌IMF含量与血清HDL浓度显著正相关,与VLDL浓度显著负相关;腿肌IMF含量与HDL浓度极显著正相关,与TG和LDL浓度极显著负相关。母鸡腿肌IMF含量与血清TG浓度呈显著负相关,与其他血脂生化指标相关性不显著。公鸡肝脏、胸肌FASN和LPL基因相对表达量在不同日龄间有显著差异,腿肌FASN和LPL基因相对表达量在不同日龄间无显著差异;母鸡肝脏FASN和LPL基因相对表达量在不同日龄间无显著差异,胸肌和腿肌FASN和LPL基因表达量在不同日龄间有显著差异。公鸡和母鸡胸肌IMF含量均与胸肌FASN基因表达量显著正相关;公鸡胸肌IMF含量与肝脏FASN和LPL表达量均显著正相关;母鸡腿肌IMF含量与腿肌LPL表达量显著正相关。【结论】日龄对淮南麻黄鸡肉品质、血脂水平和脂肪沉积相关基因表达量有显著影响,可通过血脂TG浓度间接选择IMF含量。FASN参与调控公、母鸡胸肌IMF含量,LPL参与调控母鸡腿肌IMF含量。     

THRSPα基因多态性与鸡肉质、屠体及脂肪性状的关联分析

THRSP(甲状腺激素应答蛋白Spot 14)是在甲状腺素诱导下在肝脏中表达的一类小分子酸性蛋白质,主要在肝脏、腹脂和乳腺等脂肪生成组织内表达,因此THRSP基因被认为与脂肪生成相关。本研究利用杏花鸡与隐性白洛克鸡F2代全同胞个体资源群作为试验材料,检测了12个家系共439只个体的THRSPα基因的多态性,对THRSPα基因与肉质、屠体和脂肪性状的相关性通过最小二乘法进行了分析,结果表明该基因与脂肪带宽和腹脂重呈显著相关(P<0.05)。     

科苑荟萃

20050182脂肪型和瘦肉型猪肥胖基因表达差异及其与繁殖性能的关系(孔路军,傅金恋,刘宗慧等)瘦素是肥胖基因的表达产物,被认为是由脂肪细胞分泌的激素,在动物体内具有调节体重、脂肪沉积和摄食行为等功能。作者选用内江猪、荣昌猪和长白猪的初产母猪,研究肥胖基因mRNA在不同品种间的表达差异及其繁殖性能间的关系。选取3个品种初产母猪92头,其中荣昌猪38头、长白猪26头、内江猪28头。在初情后第3个发情期进行配种,仔猪35日龄断奶,按常规进行饲养管理。从发情第1天开始,连续3天测定血清促卵泡素(FSH)、促黄体素(LH)和瘦素(Leptin)水平,并…     

FSTL1基因促进猪前体脂肪细胞分化成脂的机制

【目的】构建猪FSTL1基因过表达载体和RNAi载体,探究FSTL1基因对猪前体脂肪细胞分化成脂的作用及机制。【方法】通过构建FSTL1基因过表达载体和RNAi载体,在猪前体脂肪细胞中过表达、干扰FSTL1基因并诱导其分化,测定细胞中甘油三酯含量以及脂肪细胞分化相关调节基因的m RNA表达量。【结果】成功克隆得到猪FSTL1基因c DNA序列,其开放阅读框全长924 bp,并将序列提交到GenBank,登录号为KF021281。成功构建猪FSTL1基因的过表达载体pcDNA3.1-FSTL1和RNAi载体pSilencer4.1-491以及pSilencer4.1-530。过表达FSTL1基因促进了猪前体脂肪细胞中甘油三酯生成,干扰FSTL1基因抑制了猪前体脂肪细胞中甘油三酯的生成。FSTL1在猪前体脂肪细胞中使PPARγ2和AP2基因表达分别上调了73%和113%,使LPL、 Adiponectin和FASN等基因表达分别下调了44%、79%和16%。【结论】FSTL1基因通过上调PPARγ2和AP2基因,下调LPL、Adiponectin及FASN基因的表达,促进猪前体脂肪细胞的分化,提高猪前体脂肪细胞中甘油三酯的含量。     

饲养密度对仔猪血清抗氧化、肝脏NAD+/NADH及嘧啶核苷酸代谢基因表达的影响

研究旨在探讨饲养密度对仔猪抗氧化、嘧啶核苷酸合成和转运的影响,为生猪养殖业中饲养密度合理选择提供理论依据.试验选取31日龄,体重相近(10.32±0.07 kg)“长白×大约克郡”仔猪66头,随机分为3个处理组:低密度组(2头·2 m-2)、中密度组(3头·2m-2)和高密度组(6头·2m-2).每组6个重复,试验期30 d.试验结束后采集仔猪血清、肝脏和肠道样品,分析血清抗氧化指标、肝脏NAD+和NADH比值以及肝脏和肠道中嘧啶核苷酸代谢相关基因mRNA表达.结果 表明,与低密度组相比,高饲养密度组仔猪血清中CAT、GSH-PX以及T-SOD水平显著降低(P＜0.05);仔猪肝脏中NAD+和NADH比值显著升高(P＜0.05);仔猪肝脏中嘧啶核苷酸合成相关酶UMPS的mRNA表达水平显著下调(P＜0.01),RRM的mRNA表达水平显著上调(P＜0.05),空肠嘧啶核苷酸合成相关酶CAD和UMPS的mRNA表达水平显著上调,转运基因SLC28A1、SLC28A2和SLC28A3的mRNA水平显著上调(P＜0.05).综上所述,高饲养密度影响仔猪血清抗氧化能力、肝脏NAD+/NADH以及嘧啶核苷酸合成和转运相关基因表达,可能与高饲养密度引起仔猪应激反应相关.     

乌金猪与长白猪肝脏脂肪代谢相关基因mRNA表达水平的比较研究

 为探讨不同品种猪体内脂肪代谢的差异,本文选用云南本土的脂肪型猪种乌金猪与外源性的瘦肉型猪种长白猪为研究对象,通过实时荧光定量PCR比较研究了9个脂肪代谢相关基因mRNA在二者之间肝脏表达的差异,结果显示：乌金猪肝脏组织脂肪酸合成酶（FAS）基因的mRNA表达水平极显著高于长白猪（P<0.01）,乙酰辅酶A羧化酶（ACC）、固醇元件结合蛋白（SREBP）、苹果酸酶（ME）和载脂蛋白B（ApoB）基因的mRNA表达水平显著高于长白猪（P<0.05）,肉碱脂酰转移酶-1（CPT1）基因的mRNA表达水平极显著低于长白猪（P<0.01）,酰基辅酶A氧化酶(ACOX)基因的mRNA表达水平显著低于长白猪（P<0.05）,二酰基甘油酰基转移酶1（DGAT1）和过氧化物酶体增殖物激活型受体α（PPARα）基因的mRNA表达水平与长白猪无显著差异（P>0.05）。本研究结果表明,乌金猪肝脏脂肪合成和脂肪酸转运相关基因的表达水平高于长白猪,而脂肪分解相关基因的表达水平低于长白猪,乌金猪肝脏的脂肪合成能力较长白猪强。     

SMYD3对克隆猪早期胚胎发育的影响研究

目的:检测并分析SMYD3基因在猪卵母细胞体外成熟、孤雌激胚胎与体细胞核移植早期胚胎中的表达模式,研究SMYD3基因表达对猪核移植早期胚胎发育及多能性基因表达的影响.方法:通过在猪体细胞核移植胚胎中过表达和干扰SMYD3基因,观察卵裂率、四细胞率和囊胚率,并采用RT-qPCR检测不同处理组各时期SMYD3的表达情况以及多能性基因Nanog和Oct4的表达量.结果:qRT-PCR结果显示,SMYD3基因在猪卵母细胞体外成熟过程中表达较低;在孤雌激活和核移植早期胚胎发育过程中均呈现先升高后降低的表达规律,其中在4细胞和8细胞期胚胎中表达较高.过表达SMYD3基因显著提高猪核移植胚胎的囊胚率(14.63%vs 9.68%,p0.05),下调SMYD3基因表达显著降低囊胚率(6.74%vs 9.68%,p0.05).上调SMYD3组猪核移植囊胚Nanog和Oct4基因表达水平显著提高(p0.05);下调组囊胚中Nanog基因检测不出,Oct4基因表达无显著差异.结论:上调SMYD3基因表达可提高猪体细胞克隆的囊胚发育率,提高核移植胚胎体外发育能力.     

藏猪和大约克猪CKM基因多态性及表达差异分析

【目的】本研究旨在探究猪CKM基因的多态性及其mRNA表达水平,通过对CKM基因起始密码子上游3 kb区域进行多态性检测,发现了单核苷酸多态性位点C-1185T和C-1324T,且该位点符合哈迪-温伯格定律(P 0.05)。【方法】利用实时荧光定量PCR技术对CKM基因在藏猪和大约克猪不同组织的mRNA表达量进行检测。【结果】发现在同一品种猪种,CKM基因的mRNA表达水平从高至低依次为背最长肌背脂肝脏组织,不同猪种内CKM基因在背最长肌、背脂和肝脏组织中存在差异表达,在背最长肌中,藏猪(TP)极显著高于大约克猪(YY)(P 0.01),在背脂中,大约克猪(YY)显著高于藏猪(TP)(P 0.05),在肝脏组织中,藏猪(TP)极显著高于大约克猪(YY)(P 0.01)。【结论】推测CKM基因与骨骼肌的生长发育呈负相关。本研究为下一步深入开展CKM基因功能研究奠定基础。     

生物炭添加下枯草芽孢杆菌应对镉胁迫的分子机制

为了探究生物炭添加前后枯草芽孢杆菌应对镉胁迫的分子机制，本研究基于转录组测序，对比分析了枯草芽孢杆菌在4种体系（正常体系、镉胁迫体系、生物炭体系、生物炭-镉胁迫体系）中的基因表达差异。结果表明：在镉胁迫压力下，枯草芽孢杆菌共产生1 932个差异表达基因，其中上调基因967个，下调基因965个。枯草芽孢杆菌的代谢活性受到明显抑制，但是其鞭毛组装和细菌趋化性通路明显增强，离子转运和阳离子跨膜转运蛋白功能条目的基因表达也呈现上调，说明枯草芽孢杆菌通过上调细胞运动及离子转运相关基因的表达来规避镉毒性压力。相比于镉胁迫体系，在生物炭-镉胁迫体系中，细菌共产生1 541个差异表达基因，其中上调基因691个，下调基因850个。生物炭的存在增强了枯草芽孢杆菌生物过程、细胞组分和分子功能基因的表达，枯草芽孢杆菌物质和能源代谢相关通路的基因表达均呈现上调，并且细菌体内镉抗性基因czcD、cadA和膜功能相关差异基因的表达也以上调为主，说明生物炭可以缓解镉胁迫对枯草芽孢杆菌的毒性效应，并可刺激枯草芽孢杆菌的金属抗性能力。     

安格斯牛UCP2和UCP3基因组织表达规律研究

为了研究UCP2基因和UCP3基因在安格斯牛不同组织中的表达规律,运用实时荧光定量PCR技术检测UCP2和UCP3基因在安格斯牛心、肝、脾、肺、肾、大肠、小肠、背最长肌和皮下脂9种组织中的相对表达情况.结果 表明:UCP2和UCP3在所检测的组织中均有表达,且UCP2在肺脏中的相对表达量最高,极显著高于其他组织(P＜0.01),其次为脾脏和肾脏,其表达量极显著高于除肺脏外的其他组织(P＜0.01),其余组织的表达量虽有差异,差异不显著(P＞0.05);UCP3基因在皮下脂中的表达量极显著高于其他各组织(P＜0.01),其次为肾脏和肺脏,背最长肌的相对表达量极显著高于大肠、小肠、心脏、肝脏和脾脏组织(P＜0.01),其余各组织的相对表达量较低.通过对UCP2和㈣基因在安格斯牛不同组织中的表达情况进行分析,揭示这两个基因在安格斯牛不同组织中的表达差异,为进一步拓展UCP2和UCP3基因在不同组织中的功能研究提供理论支持,在某种程度上为安格斯牛的育种提供一些基础资料.     

ETV5基因敲除对小鼠肌肉基因表达谱的影响

【目的】与野生型小鼠相比较,采用CRISPR/Cas9技术制备的ETV5基因纯合敲除小鼠在表现出内源性精原干细胞消融的同时伴随着体型和体质的明显弱势,本研究的目的是探究ETV5基因敲除对小鼠肌肉表达谱的影响。【方法】采集6周龄的3只野生型公鼠和3只ETV5纯合敲除公鼠的肌肉组织并抽提RNA,进行转录组测序,并对测序结果进行生物信息学分析,对2组小鼠肌肉样品的差异表达基因进行聚类分析、GO和KEGG富集分析。【结果】2组小鼠的肌肉组织共筛选出了574个差异表达基因,其中,上调基因292个,下调基因282个。发现了多个基因影响ETV5敲除小鼠的生长发育,其中,包括影响小鼠肌肉发育的基因Amd1和影响脂肪累积的基因Chrna2。GO和KEGG分析富集到的通路大多与脂肪代谢和生长发育相关。【结论】本研究结果为ETV5敲除小鼠生长发育缓慢和延迟的分子机制提供了解释,为研究ETV5在生理和病理上的相关功能提供了参考。     

哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织差异表达基因和可变剪接的鉴定与分析

为鉴定哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织的差异表达基因和可变剪接,分别提取6只(3公,3母)无亲缘关系的2岁成年哈萨克羊与藏绵羊尾部脂肪组织总RNA,构建2个高通量测序文库,利用TopHat2软件将短序列定位到绵羊参考基因组,采用cuffdiff软件分析基因表达丰度和差异表达基因。结果表明,共有19个基因在2个品种绵羊尾脂中的表达丰度均高于1 000FPKM,包括ADIPOQ、SPARC、VIM等。其中,2个品种尾部脂肪组织中表达量最高的转录本均定位于线粒体基因组5 331~14 154bp,该区域主要包含COX1、COX2、ATP8等基因,其表达丰度在哈萨克羊和藏绵羊中分别高达29 724.20和28 818.80FPKM。而FABP4则是表达丰度最高的核基因,在哈萨克羊和藏绵羊中的表达量分别为3 194.03和2 667.09。差异表达基因分析共鉴定出627个差异表达的基因,与藏绵羊尾部脂肪组织的表达量相比,哈萨克羊的尾部脂肪组织中共有221个上调基因和406个下调基因。其中,HBB基因表达量的变化倍数最大,下调约98倍。差异表达基因的富集分析结果表明,哈萨克羊尾脂中上调表达的基因主要参与脂肪酸代谢过程。另外,在2个品种尾脂中鉴定出11 870个可变剪接事件,其中383个为差异剪接事件。对相关差异表达基因和可变剪接的进一步研究将有助于揭示绵羊肥脂尾形成的分子机制。     

捻转血矛线虫丙硫咪唑敏感虫株和耐药虫株miRNA-mRNA关联比较分析

旨在比较分析捻转血矛线虫敏感虫株和耐药虫株miRNA表达谱,探讨miRNA与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药性相关基因之间的调控机制。运用Illumina Hiseq2000平台进行测序并进行cDNA文库的构建,利用RNAhybrid、Miranda和TargetScan对测序得到的数据进行靶基因预测,并取交集作为miRNA的靶基因预测结果,使用Bowtie、RepeatMasker、MIREAP、Rfam、miRBase和DAVID等生物信息学分析软件和权威数据库系统,筛选出差异的miRNA以及与捻转血矛线虫耐药相关的miRNA并进行靶基因预测,同时对KEGG pathway和GO功能富集到的靶基因和可能参与调控的通路进行预测分析。结果表明,敏感虫株和耐药虫株共筛选显著差异表达的miRNA共294个,其中113个上调,181个下调。对miRNA和其靶向调节的mRNA进行关联分析,共关联到1 770个miRNA-mRNA对为负调控关系,其中涉及到274个差异的miRNA和603个差异的mRNA。显著差异表达的miRNA靶基因被注释到了1 430条GO terms和327条KEGG pathway,富集到FoxO信号通路(FoxO signaling pathway),mTOR信号通路(mTOR signaling pathway),PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等与耐药相关的一些抗性通路。综上,通过对miRNA表达谱分析以及miRNA-mRNA靶向分析,发现捻转血矛线虫敏感虫株和耐药虫株显著差异表达的miRNA和其对应的靶基因,并对部分耐药相关通路中存在的靶基因及显著差异的靶基因所在的通路进行筛选和分析,为后续进一步通过转录组学深层次挖掘捻转血矛线虫产生耐药性的关键基因及相关调控分子提供科学依据。     

尾叶桉响应水肥单、双因素胁迫的差异表达基因分析

【目的】比较尾叶桉Eucalyptus urophylla对水肥单、双因素胁迫的分子响应机制,为桉树抗逆育种提供思路和分子基础。【方法】以无性系ZQUA44为试验材料,设3个水肥胁迫处理和1个对照(CK)。水肥双因素胁迫:20%～40%田间持水量,基肥[钙镁磷肥(CMPF) 250 g];水分单因素胁迫:20%～40%田间持水量,基肥(CMPF250 g+复合肥150 g);养分单因素胁迫:60%～80%田间持水量,基肥(CMPF 250 g);CK:60%～80%田间持水量,基肥(CMPF 250 g+复合肥150 g)。水分单因素胁迫和对照在种植2个月后施尿素100 g,8月份施复合肥150 g,第2年春天施复合肥100 g。对受胁迫处理的尾叶桉进行生长指标测定,并取叶片进行转录组测序,对测序结果进行拼接,利用生物信息学手段获得差异表达基因,对差异基因进行GO功能注释和KEGG通路分析。最后随机选择4个具有不同表达模式的差异表达基因进行qRT-PCR,验证转录组测序数据的可信度。【结果】3种胁迫处理均在一定程度上抑制尾叶桉的生长发育,胁迫处理下尾叶桉各项生长指标多显著低于对照。水肥双因素胁迫、水分单因素胁迫和养分单因素胁迫处理共得到5 547个差异表达基因,分别有2 585、1 472和1 490个差异表达基因,各有1 195、222和665个基因表达上调和1 390、1 250和825个基因表达下调;3种胁迫处理分别获得155、75和108个基因编码转录因子。水肥单、双因素处理的差异表达基因均显著富集在苯丙烷的生物合成路径中。qRT-PCR结果与转录组测序结果基本一致,说明测序结果可信。【结论】尾叶桉在3种胁迫处理下的转录变化具有明显的普遍性和特异性,综合胁迫对植物生长的影响比单独胁迫的影响更大,不同胁迫条件下植物可能具有不同的响应方式。     

摘除眼柄与注射眼柄粗提物对凡纳滨对虾性腺发育相关基因表达的影响

利用荧光定量PCR技术,检测了眼柄粗提物对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)性腺发育相关基因(DMC1、VASA和VTG)表达的影响,探讨性腺抑制激素(GIH)在性腺发育过程中的调控机制,结果表明:DMC1和VASA只在凡纳滨对虾精巢和卵巢中表达;摘除眼柄后,精巢和卵巢中DMC1表达量均显著性降低(P0.05),而注射眼柄粗提物后精巢和卵巢中DMC1表达显著增高(P0.05);相反,摘除眼柄后,精巢和卵巢中VASA以及卵巢中VTG基因表达量显著增高,但注射眼柄粗提物后性腺中的VASA和卵巢中的VTG表达量显著降低。结果表明眼柄粗提物通过影响生殖相关基因的表达影响凡纳滨对虾的性腺发育。     

光控和埋置褪黑激素促进绒山羊长绒的皮肤毛囊差异表达基因网络分析

为研究光控增绒和埋置褪黑激素促进绒山羊在非产绒季节(5—8月份)长绒的皮肤毛囊差异表达基因之间的互作关系,并筛选出皮肤毛囊发育相关的重要功能基因,以Agilent绵羊的全基因组表达谱芯片杂交获得的光控增绒羊皮肤差异表达的99个基因及埋置褪黑激素绒山羊皮肤差异表达的83个基因作为研究对象,结合NCBI数据库,利用RStudio程序包和Cytoscape 3.3.0构建差异基因网络并分析。光控增绒试验组差异基因构建了1个主网络和4个小网络;对照组差异基因构建了1个主网络和5个小网络。与表达量结合分析基因网络发现,K25、KAP16-2基因上调促进ISG17、RSRP1、GIMAP1和CYTIP基因的下调,间接促进TNFAIP6基因的下调;CYP17A1、V15和K2-12(K85)基因的上调促进ddit3基因的下调;KAP16-3基因促进CYP17A1基因的同时抑制CYP1A1基因。埋置褪黑激素试验组差异基因构建了2个主网络和7个小网络,对照组差异基因构建了3个主网络和1个小网络。与表达量结合分析基因网络发现,CTNNB1基因的上调促进COL3A1基因的下调;FLT-1基因的上调促进CGA基因的上调和COL1A2基因的下调;PAX6基因的上调促进DOK4基因的上调和LOC101110099基因的下调;P450基因的上调促进BLG基因的下调。光控增绒羊皮肤中筛选出来的基因中角蛋白、角蛋白关联蛋白、CYP17A1、SP-D等23个显著上调基因和CYP1A1、COL6A5、LOC100101238、ddit3等13个显著下调基因对光控增绒羊皮肤毛囊提前进入兴盛期有重要作用;埋置褪黑激素的绒山羊皮肤中筛选出来的基因中CTNNB1、PAX6、DOK4、LOC105602529等13个显著上调基因和酪蛋白家族、胶原蛋白类、LOC101110099等12个显著下调基因之间的信号传导增强,从而促进绒山羊绒毛进入兴盛期。     

ITGB1基因表达与鹅肥肝形成的关系

为探究ITGB1基因与鹅肥肝形成的关系,选取30只70日龄健康朗德公鹅,随机分为填饲组与对照组并进行24 d填饲.运用ITGB1基因序列进行生物信息学分析,采用RT-qPCR技术检测不同填饲阶段(填饲12d与24d)鹅肝脏中ITGB1基因的表达水平,同时,使用不同剂量的脂肪肝形成相关因子(胰岛素、葡萄糖、油酸、亚油酸和棕榈酸)处理鹅原代肝细胞,检测ITGB1基因的表达水平.结果 发现:全长CDS共2418 bp,编码805个氨基酸,与鸭的同源性高于98％,可编码1种亲水性蛋白;与对照相比,填饲12d与24 d时,鹅肝脏中ITGB1基因的表达均显著上调(P＜0.05);0.5 mmol·L-1油酸、亚油酸和棕榈酸均能显著地诱导鹅原代肝细胞中ITGB1基因上调(P＜0.05);200mmol·L-1葡萄糖能极显著地诱导鹅原代肝细胞中ITGB1基因上调(P＜0.01);此外,0.2 mmol·L-1胰岛素也能在一定程度上有诱导其表达上调的趋势(P=0.098).结果 表明,ITGB1基因表达上调与鹅肥肝形成密切相关,受脂肪肝形成相关因子诱导,提示ITGB1基因表达上调可能会促进鹅肥肝的形成.