宁夏地区荷斯坦牛乳房性状的遗传参数估计和主成分分析

旨在评估宁夏地区荷斯坦牛乳房性状的遗传水平。本研究使用DMU（v6.0）软件的AI-REML模块结合EM算法并配合多性状动物模型对宁夏地区12 415头荷斯坦牛，包括111 735个观察值的9个乳房性状进行遗传参数估计，运用主成分分析法（PCA）探讨构象性状之间的关系。结果表明，宁夏地区荷斯坦牛乳房性状遗传力处于中等偏低水平，乳房深度遗传力值为0.242，乳房质地为0.080，悬韧带为0.183，前乳房附着为0.230，前乳头位置为0.231，前乳头长度为0.173，后乳房高为0.272，后乳房宽为0.378，后乳头位置为0.169。各性状遗传相关范围为-0.277~0.706，表型相关范围为-0.084~0.316。研究共筛选出特征值≥1的4个主成分，占总方差的64.19%，且9个乳房性状在前3个主成分中已全部体现，荷载系数均在0.4以上。本研究通过对宁夏地区奶牛DHI数据的深入挖掘和遗传参数估计，准确地把握了宁夏奶牛群体的结构特征，对于奶牛的选种选配和育种规划具有重要意义。     

静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2(elongation of very-long-chain fatty acids 2,ELOVL2)基因的遗传特性,确定核苷酸的变异位点,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示,静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性,内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型:A_2A_2、B_2B_2、C2C2、D2D2和A_2C2,4种等位基因:A_2、B_2、C2和D2,其中A_2为优势等位基因(0.62),A_2A_2基因型为优势基因型(0.54);3个SNPs位点:g.63372228+4918GA的转换、g.63372228+5024TC的转换和g.63372228+4928CA的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型:A_1A_1、B_1B_1和A_1B_1,2种等位基因:A_1和B_1,其中A_1为优势等位基因(0.67),A_1A_1基因型为优势基因型(0.54),等位基因B_1存在g.63388000+748GC的颠换。群体遗传学分析发现,静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高,且偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。本研究结果表明,静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高,且呈中度多态,表现出纯合子优势,外显子6上无突变。     

奶牛乳脂性状候选基因EEF1D突变位点功能分析

提高乳脂含量、提升奶质已成为当前奶牛业研究的重点方向之一。前期经GWAS方法研究发现,EEF1D基因5'非翻译区(5'-UTR)的G/A突变与乳脂率极显著相关,为了进一步对候选基因EEF1D的突变位点进行功能分析,首先通过人工合成获得了EEF1D基因突变型与野生型片段,并在细胞水平上对其开展了功能验证实验。研究发现,EEF1D基因5'-UTR的G/A突变引起Sp3转录起始位点后移33 bp,并且突变型的活性大约是野生型的3倍。研究结果表明,该突变可改变转录因子的转录起始位点,从而使EEF1D的表达上调。     

苯酚/氯仿抽提法提取牛血与鸡血DNA部分条件的比较研究

为了探讨苯酚/氯仿抽提法中加入血液和红细胞裂解液(PBS)的量对DNA提取效果的影响以及找到针对牛血和鸡血最合适的DNA提取条件,试验以安格斯牛和静原鸡为研究对象,采用苯酚/氯仿抽提法提取血液基因组DNA。结果表明:在试验第1步加入200μL鸡血1次,用1 500μL PBS重复裂解2次,可以得到高质量鸡的基因组DNA。当加入鸡血的量过大时,提取的DNA浓度过高且不纯,蛋白质等外源核酸的污染较严重。在试验第1步加入500μL牛血1次,用1 500μL PBS裂解,重复2次,可以得到高质量牛的基因组DNA。苯酚/氯仿抽提法可以节省时间,还可以避免血液的浪费。     

微卫星DNA技术在肉羊杂种优势利用中的研究

将宁夏地区普遍饲养的5个品种169只羊的4个微卫星座作为侯选标记,对其多态性进行遗传检测,结果5个品种在4个位点均表现多态。根据各位点基因频率计算出品种间的遗传距离,其中萨福克与小尾寒羊的遗传距离最大(0.249 1);宁夏滩羊与小尾寒羊之间的遗传距离较小(0.124 7)。选择遗传距离远、中、近3组作杂交组合试验比较,结果表明:萨寒F1、特寒F1和滩寒F1组羔羊增重分别比小尾寒羊提高48.75%,33.75%和11.25%,萨寒F1组羔羊的增重、日均增重差异极显著高于滩寒F1组和对照组(P<0.01),萨寒F1与特寒F1组差异显著(P<0.05)。料重比以萨寒F1组最低,表现出明显的杂交优势。此结果表明通过群体间遗传距离的大小可以预测杂种优势的高低。     

中国荷斯坦牛DGAT2基因第4外显子与产奶性状的关联分析

本试验以宁夏地区8个公牛家系的各8头女儿共计64头中国荷斯坦母牛为研究对象．利用AB13730测序仪对DGAT2基因Exon4进行了基因型检测后发现三个突变位点474bp（C／G）、48lbp（G／A）、621bp（C／T）,各个位点发现有两种基因型,分别为CC型、GC型,GG型、GA型,CC型和CT型,基因型频率分别为0．484、0．516,0．687、0．313,0．484和0．516。通过SAS软件（8．02）对4个产奶性状与DGAT2基因Exon4的关联分析表明．474bp（C／G）CG型305d产奶量和乳脂率显著高于CC型（P〈0．05）,乳蛋白率、体细胞数影响不显著（P〉0．05）;481bp（G／A）GA型305d产奶量显著高于GG型,与乳脂率、乳蛋白率、体细胞数无显著的相关性（P〉0．05）;621bp（C／T）CT型305d产奶量、乳蛋白率、体细胞数都显著高于CC型（P〈0．05）,乳脂率影响不显著（P〉O．05）。     

静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析

旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3 283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1 100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novel＿circ＿0013580、novel＿circ＿0012931、novel＿circ＿0011886、novel＿circ＿0013588、novel＿circ＿0007737和novel＿circ＿0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novel＿circ＿0013580和novel＿circ＿0013588,两者能够同时结合novel＿409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。     

功能性非编码RNA调控反刍家畜乳脂代谢的研究进展

乳脂既是影响鲜奶质量的关键因素,又是奶牛育种的主要目标性状。为探索乳脂形成规律及其调控的理论和途径,收集国内外最新文献资料,阐述功能性非编码RNA对反刍家畜乳脂代谢的表观遗传学调控。结果表明:1)乳脂合成过程中PPARγ是至关重要的调控因子,在牛上miR-29s、miR-454、miR-34b和miR-27a均与其存在结合位点,分别在启动子区和3’-UTR等位置发挥重要功能,进而影响牛乳腺上皮细胞(BMECs)甘油三酯(TAG)的合成。2)众多调控山羊乳脂代谢的microRNA,其靶基因很多都来自过氧化物酶体增殖物激活受体家族,提示该家族对山羊乳脂合成和分解代谢起着关键调控作用。3)miR-27a目前在反刍家畜牛和羊中均已被鉴定出通过调控PPARγ来抑制TAG的合成及相关成脂基因的表达。4)lncRNA和circRNA调控反刍家畜乳脂代谢机制方面的研究相对较少,主要侧重于lncRNA和circRNA对乳脂的调控是通过microRNA间接作用于成脂基因,对基因的表达具有积极效应。综上,lncRNA、circRNA和microRNA调控乳脂代谢的研究仍在继续,具体的作用机制还有待更深入的研究和探索,进一步为反刍家畜乳脂调控机制研究提供新思路。     

不同动物模型对安格斯牛周岁生长性状遗传参数估计的比较分析

旨在分析不同动物模型对宁夏地区安格斯牛周岁生长性状遗传参数估计的影响,筛选出估计生长性状遗传参数的最佳动物模型。本研究使用包含或剔除母体遗传效应、母体永久环境效应及母体与直接遗传效应之间是否存在协方差来区分6种动物模型,借助DMU软件的DMU_AI模块,利用约束最大似然法(AI-REML)估计安格斯牛周岁生长性状的遗传参数。利用赤池信息准则(AIC)和似然比检验(LRT)来确定最佳动物模型。结果表明:1)在不考虑母体效应的模型中(模型1),周岁体重、体高、体长和胸围的直接遗传力分别为0.59±0.02、0.52±0.03、0.20±0.04和0.52±0.03;2)在考虑母体加性遗传效应及其与直接加性遗传效应的协方差模型中(模型4),直接遗传力和母体效应的遗传力升高,总遗传力值降低;3)模型4估计的周岁体重、体高、体长和胸围的直接遗传力分别为0.77±0.01、0.73±0.03、0.33±0.04和0.70±0.03,母体效应遗传力分别为0.50±0.05、0.51±0.05、0.10±0.04和0.23±0.04,总遗传力分别为0.16±0.06、0.12±0.05、0.11±0.01和0.32±0.01。综上,基于本研究发现模型4对安格斯牛周岁生长性状的遗传参数估计效果最佳,为宁夏地区安格斯牛核心群的选育提高提供理论依据。     

宁夏黑绵羊血清运铁蛋白(Tf)多态性的研究

采用垂直板丙烯酰胺电泳技术,对114只宁夏黑绵羊血清运铁蛋白(Tf)多态性进行了研究。结果表明:宁夏黑绵羊Tf位点共有7个等位基因,组成16种表现型,说明宁夏黑绵羊血清运铁蛋白具高度多态性。其中等位基因频率最高的为TfA(0.254)和TfC(.2982)。建议在生产实践中选择具有TfAA和TfAC表型的个体组群选育。