BMCMC法分析2009年墨西哥H1N1流感病毒与中国流感病毒的进化关系

从GenBank上下载所有1978—2009年在中国分离的H1N1亚型流感病毒的HA和NA基因及所有同期在中国分离的A型流感病毒(宿主包括人、猪和禽)的PB1、PB2、PA、NS、NP和M基因的序列,将这些基因序列与2009年在中国发生的墨西哥H1N1流感病毒的对应基因序列进行BMCMC法分析,绘制BMCMC进化树,结果揭示中国发生的墨西哥H1N1流感病毒的HA和NA基因相对独立于中国季节性H1N1流感病毒;M基因相对独立于中国国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒;PB1基因包含在季节性流感病毒的分群内;PB2基因和NS基因与国内重排的流感病毒相关,但相对独立于国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒;PA基因包含在国内禽流感病毒的分群内;NP基因则与国内传统的猪流感病毒相关,但相对独立于国内的季节性流感病毒和禽源流感病毒.     

2009甲型H1N1流感病毒的研究综述(英文)

[目的]介绍2009甲型H1N1流感病毒的研究进展。[方法]从病毒的分类与宿主,病毒学,分子特征及疫苗等方面简要介绍了2009甲型H1N1流感病毒。[结果]2009年4月初出现的一种新型甲型(H1N1)流感病毒通过人-人传播迅速蔓延全球,该病毒包含一组新的基因片段,已知的最接近的前体为在猪体内发现的病毒。该病毒似乎保留着重新感染猪的潜力从而可能继续与猪源病毒发生重组。所有已注册的2009甲型流感疫苗均在对志愿者的临床试验中测试了安全性和免疫原性,发现所有疫苗都是安全的,并且单剂量的疫苗给药后引起保护性抗体反应。[结论]为进一步研究2009甲型H1N1流感病毒提供依据。     

H1N1猪流感病毒广西分离株HA基因序列分析

【目的】了解H1N1猪流感病毒广西分离株的分子特征,为广西猪流感疫情监控提供参考依据。【方法】采用RT-PCR对2011年分离获得的H1N1猪流感病毒广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）的HA基因进行扩增,然后利用DNASTAR分析软件对测序基因片段进行整个阅读框架的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性比对分析,并用MEGA4.0绘制遗传进化树。【结果】广西分离株HA基因长1701bp,编码566个氨基酸,核苷酸序列与经典SIV的同源性为88.0%~99.6%,与季节性H1N1人流感病毒的同源性为76.3%~77.3%,与欧洲类禽SIV分离株的同源性为72.9%~75.4%,与2009甲型H1N1流感病毒的同源性为99.2%~99.6%;从核苷酸遗传进化树可知,广西分离株与类禽H1N1流感病毒和人H1N1流感病毒分离株的亲缘关系较远,而与2009甲型H1N1流感病毒分离株的亲缘关系最近。广西分离毒株HA基因的裂解位点序列为IPSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子生物学特征;共有8个糖基化位点,其中6个位于HAl区,两个位于HA2区;广西分离株HA蛋白RBS位点的氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。【结论】广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）属于2009甲型H1N1流感病毒。     

扬州市近3年新甲型H1N1流感病毒HA基因分析

采用Real time PCR(RT-PCR)对患者鼻咽拭子样品进行检测,筛选新甲型H1N1流感病毒。将阳性样品接种MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增病毒HA基因并进行测序分析,分析扬州市2009～2011年新甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因的遗传进化特征。结果表明:分离出9株新甲型H1N1流感病毒,其HA基因核苷酸及氨基酸同源性分别为98.1%～99.8%和96.6%～99.8%;与疫苗株A/California/07/2009相比,核苷酸及氨基酸的同源性分别为98.4%～99.5%和97.0%～99.3%,其中2011年3株病毒在抗原位点上发生了点突变。遗传进化分析显示9株病毒形成3个明显的分支。证明新甲型H1N1流感病毒已发生了一定抗原漂移。     

陕西省avian-like H1N1猪流感病毒的遗传进化分析

【目的】监测陕西省猪流感的流行与传播情况,为猪流感研究提供参考。【方法】从生猪养殖场和屠宰场表观健康猪中随机采取猪鼻/气管拭子样本,经SPF鸡胚分离,对HA阳性样本进行猪流感病毒RT-PCR鉴定。测定分离株全基因序列,通过MEGA4构建基因进化树,并进行遗传变异分析。【结果】从500份样本中分离鉴定出6株H1N1流感病毒,病毒分离率为1.2%。获得6个核苷酸相似性为98.3%—99.1%的分离株全基因序列。遗传进化分析表明6个分离株都位于avain-like H1N1猪流感病毒谱系,与中国江苏,辽宁,山东和香港等地H1N1猪流感病毒株同源性达97%—99%。6个分离株的8个基因片段均在蛋白受体结合位点、潜在糖基化位点等处发生核苷酸变异,这将会影响猪流感病毒的抗原特性、宿主适应性和致病力。【结论】首次从西北地区表观健康猪中分离到H1N1猪流感病毒,并获得6个分离株的全基因序列。遗传进化分析表明,6个分离株为avain-like H1N1猪流感病毒, 且多处氨基酸位点发生变异。     

NMRAL1对流感病毒复制的调控机制

【目的】流感病毒是一种人兽共患病原,常引起大流行,给人类健康造成巨大威胁,且流感病毒易发生变异,能不断逃逸宿主细胞的免疫反应,对现有抗流感药物产生耐药性,因此寻找抵抗流感的新方法迫在眉睫。研究通过探索NMRAL1(NmrA-like family domain-containing protein 1)对流感病毒复制的影响,并揭示其发挥作用的分子机制,为抗流感药物研发提供潜在靶点。【方法】采用siRNA干扰技术在A549细胞中下调表达NMRAL1,并通过Western Blot检测siRNA干扰后NMRAL1的表达水平;在下调表达NMRAL1的细胞中,分别感染A/Anhui/2/2005 (AH05) (H5N1)和A/WSN/33 (H1N1) 两株不同亚型流感病毒,利用蚀斑试验检测感染病毒后24和48 h细胞上清中的病毒滴度。为确定NMRAL1影响流感病毒复制的具体阶段,在HEK293T细胞中瞬时转染NMRAL1-Myc-pCAGGS质粒过表达NMRAL1,通过双荧光素酶报告系统检测过表达NMRAL1对流感病毒聚合酶活性的影响;使用免疫荧光技术对流感病毒NP蛋白进行染色,通过激光共聚焦试验观察下调表达NMRAL1对感染病毒后3、4、5、6和8 h NP蛋白在被感染细胞中的定位情况的影响,判断下调表达NMRAL1是否影响流感病毒的入核和出核过程;利用Western Blot检测下调表达NMRAL1对流感病毒各病毒蛋白表达的影响和对流感病毒激活I型干扰素通路下游IFN刺激基因（ISGs）表达的影响,利用间接免疫荧光试验进一步研究NMRAL1对流感病毒复制的影响。【结果】Western Blot检测发现NMRAL1 siRNA能显著下调NMRAL1表达,在下调表达NMRAL1的A549细胞中分别感染H5N1和H1N1病毒,并通过蚀斑试验检测感染病毒后细胞上清中的病毒滴度,结果显示在下调表达NMRAL1的细胞中,感染流感病毒后24和48 h收取的细胞上清中病毒滴度显著下降,表明NMRAL1能促进不同亚型流感病毒的复制;为进一步探索NMRAL1调控流感病毒复制的具体机制,利用双荧光素酶报告系统检测流感病毒聚合酶活性,发现过表达NMRAL1对流感病毒聚合酶活性无明显影响;激光共聚焦试验结果显示下调NMRAL1表达不影响NP蛋白的入核和出核过程,同时Western Blot检测表明下调NMRAL1表达不影响各病毒蛋白的表达;但荧光定量PCR试验结果显示下调NMRAL1表达能够促进流感病毒感染诱导的IFN-β mRNA水平上升,且Western Blot检测发现下调表达NMRAL1促进I型干扰素通路下游的MxA和IFITM3抗病毒蛋白的表达,与此同时,间接免疫荧光试验结果显示下调NMRAL1表达可显著抑制流感病毒复制。【结论】在流感病毒感染过程中,NMRAL1不影响流感病毒的入侵以及转录翻译过程,而是通过抑制I型干扰素通路激活从而抑制MxA、IFITM3等抗病毒因子的表达,最终促进流感病毒复制。研究证实宿主因子NMRAL1正调控流感病毒的复制,丰富了参与流感病毒复制的宿主因子网络。     

密码子优化的甲型H1N1流感病毒HA/HA1基因真核载体的构建及初步表达

【目的】构建甲型流感病毒H1N1血凝素基因HA/HA1的真核表达载体,并检测其在BHK-21细胞中的表达。【方法】按照人的偏爱密码子,对H1N1流感病毒的HA/HA1基因进行优化改造,以提高其表达量,经全基因合成后插入到真核表达载体pSNAV中,构建了真核表达质粒pSNAV-Mod. HA与pSNAV-Mod. HA1;质粒转染BHK-21细胞,G418筛选后,用免疫荧光及Western blot技术检测其表达情况。【结果】成功构建了血凝素基因HA/HA1的真核表达载体。经G418筛选得到单克隆,免疫荧光技术和Western blot检测10代,显示Mod. HA和Mod. HA1皆可在BHK-21细胞中稳定表达。【结论】成功构建的流感病毒HA和HA1真核表达载体,可为今后开展多基因表达的基因工程疫苗及H1N1检测试剂奠定基础。     

甲型H1N1流感常识

什么是甲型H1N1流感甲型H1N1流感（Swine In-fluenza）是甲型（A型）流感病毒引起的猪或人的一种急性呼吸道传染性疾病。墨西哥和美国等先后发生甲型H1N1流感,其病毒为A型流感病毒,H1N1亚型猪流感病毒毒株,该毒株包含有锗流感、禽流感和人流感三种流感病毒的基因片断,是一种新型猪流感病毒,可以人传染人。     

甲型H1N1流感防护知识(1)

1.甲型H1N1流感病毒的传播途径 传播途径就是病原体从传染源排出体外后感染另一个人的过程,季节性流感病毒就是通过空气传播的,因为这种传播途径比较容易实现,流感患者通过咳嗽、打喷嚏排出病毒,常常可以使周围的很多人都被感染.目前有关甲型H1N1流感病毒传播方式的资料有限.但既然这是一种新的甲型流感病毒,它的传播途径与人季节性流感应类似,主要通过呼吸道大颗粒飞沫在人与人之间传播.由于飞沫无法漂浮在空气中,所以通常只能短距离传播.     

H5N1亚型高致病性禽流感病毒A/goose/Guangdong/1/96株反向基因操作系统的建立

 A/goose/Guangdong/1/96（GSGD/1/96）是中国分离的第1株H5N1亚型禽流感病毒，它不仅是97香港感染并致人死亡的H5N1亚型流感病毒HA基因供体株，而且是中国目前已报到的H5亚型流感病毒分离株的共同祖先。本研究建立了该病毒的8质粒反向基因操作系统，并通过细胞转染成功拯救了该病毒（R-GSGD/1/96）。R-GSGD/1/96在对SPF鸡和 Balb/c小鼠的致病性方面保持了与亲本野毒(W-GSGD/1/96)一致的生物学特性，即对鸡都是高致病性毒株，R-GSGD/1/96与W-GSGD/1/96的静脉致病指数分别为2.01和2.10；救获病毒与野生病毒一样，尽管106EID50经鼻腔感染小鼠后1～2 d内能从肺脏检测到低滴度的病毒，但不能在小鼠体内成功复制。GSGD/1/96反向基因操作系统的成功建立为进一步开展中国高致病性禽流感病毒分离株的生物学特性、遗传衍化及结构与其功能关系研究奠定了基础。     

H1N1亚型猪流感病毒反向遗传操作系统的建立

 【目的】建立H1N1亚型猪流感病毒反向遗传学操作系统及拯救出能够在动物传代细胞中高水平复制的H1N1亚型猪流感疫苗株。【方法】利用反向遗传操作技术,对猪流感病毒广东分离株进行拯救。【结果】首次成功拯救出全部片段均来自于亲本株的猪流感病毒rH1N1,并且成功拯救出了具有高度细胞适应性毒株re-LM株,研究结果表明二者均具有良好的遗传稳定性。rH1N1经MDCK细胞连续传代培养后,血凝价最高仅为1﹕64;而re-LM的血凝价最高可以稳定在1﹕1 024,表明该毒株具有细胞繁殖高产的特性。用该重组病毒制备油乳剂灭活苗免疫2月龄仔猪,首免2周即可检测出HI抗体,平均效价在1﹕32以上,三免后2周HI抗体平均效价达到1﹕512,说明其有良好的免疫原性。【结论】H1N1亚型猪流感病毒反向遗传操作系统的成功建立为猪流感病毒致病机理、传播机制及病毒基因功能的研究奠定了基础;重组细胞高产型猪流感病毒株的拯救为H1N1亚型猪流感疫苗的研制开辟了新的途径。     

流感病毒PA蛋白与宿主蛋白PCBP1的相互作用

【背景】PA蛋白是流感病毒RNA聚合酶复合体的重要组成部分,在流感病毒基因组的转录和复制过程中发挥重要作用。前期利用酵母双杂交技术(Y2H)筛选与流感病毒PA蛋白相互作用的宿主蛋白,获得多聚胞嘧啶结合蛋白1(poly(r C)-binding protein 1,PCBP1)。【目的】探索PCBP1蛋白与流感病毒PA蛋白的互作关系及其对流感病毒复制的影响,为深入理解流感病毒在宿主体内的复制调控机制提供数据。【方法】将诱饵质粒pGBKT7-PA与筛选到的重组质粒p GADT7-PCBP1以及阴性对照组和阳性对照组按照醋酸锂法分别共转化酵母感受态细胞,并涂布在3种营养缺陷型培养基上,30℃倒置培养5—7 d,观察酵母菌落生长情况和菌落颜色,回交验证PA蛋白与PCBP1蛋白在酵母系统中的相互作用。参照GenBank中录入的PA蛋白和人源PCBP1蛋白的序列,分别设计特异性扩增引物,构建真核重组表达质粒pCAGGS-Flag-PA和pCAGGS-Myc-PCBP1,将这两种真核表达质粒分别单独转染或共同转染HEK293T细胞,于转染48 h后裂解细胞,收获上清,留取少部分作对照,余下的样品逐步加入FLAG单抗和Protein G琼脂糖珠子进行免疫共沉淀(Co-IP),经SDS-PAGE和Western blot检测PA蛋白与PCBP1蛋白在哺乳动物细胞中的相互作用。利用慢病毒包装系统pLVX-IRES-Zs Green1在HEK293T细胞中包装假病毒,将假病毒侵染A549细胞后经超速流式分选构建PCBP1蛋白过表达细胞系,Western blot检测PCBP1过表达情况,然后用流感病毒WSN以0.01 MOI感染该过表达细胞系,于感染后24和48 h收获上清,对上清中的流感病毒进行蚀斑计数。合成PCBP1蛋白的si RNA,转染A549细胞下调PCBP1蛋白的表达,干扰后48 h通过Western blot检测PCBP1蛋白表达下调情况,并以MOI=0.01感染流感病毒WSN,收获感染后24和48 h的上清,进行蚀斑滴定计数。【结果】通过酵母回交验证发现诱饵质粒pGBKT7-PA与重组阳性质粒p GADT7-PCBP1的共转酵母菌落可以在SD/-2、SD/-4、SD/-4/X/A等3种营养缺陷型平板上正常生长,并且能分解底物X-α-Gal,使菌落呈现蓝色,与阳性对照组一致,表明PA蛋白与PCBP1蛋白在酵母系统中存在相互作用。免疫共沉淀试验发现PA蛋白可以将PCBP1蛋白沉淀下来,说明PA蛋白与PCBP1蛋白在哺乳动物细胞中存在相互作用。在PCBP1过表达细胞系中,PCBP1蛋白表达水平显著提高,流感病毒的复制滴度下降;而通过si RNA干扰后,PCBP1表达水平显著下降,流感病毒的复制滴度升高,表明PCBP1对流感病毒复制具有负调控作用。【结论】通过研究发现流感病毒PA蛋白与宿主蛋白PCBP1在酵母细胞和哺乳动物细胞中均存在相互作用,且宿主蛋白PCBP1对流感病毒的复制具有负调控作用。     

流感病毒在诱导A549细胞凋亡过程中对SIRT1和P53蛋白的影响

采用流式细胞术观察了流感病毒诱导A549细胞凋亡的情况,同时应用Western blot方法研究了SIRT1和p53等蛋白的表达情况。结果表明:1000 TCID50/mL剂量流感病毒感染A549细胞后,细胞表现出典型的凋亡特征,且凋亡比例随感染时间延长而逐渐增加。在流感病毒诱导细胞凋亡过程中,SIRT1蛋白的表达下降,p-p53的表达上升。线粒体中Bax的表达上调,Bcl-2的表达下降。可见SIRT1蛋白参与了流感病毒诱导的A549细胞凋亡,SIRT1蛋白表达下调可能促进了Bax释放进入线粒体和p53蛋白功能的进一步发挥。     

H5N1亚型禽流感病毒的鸭致病性研究

 【目的】为了验证H5N1亚型禽流感病毒对鸭是否具有致病作用。【方法】对2003年某地方养鹅场发病鹅群分离的一株H5N1亚型流感病毒A/Goose/HLJ/QFY/2003的生物学特性和致病性进行研究。【结果】动物实验表明该病毒对不仅对鸡具有高致病性（IVPI=3），而且对鸭也具有高致病性。雏鸭人工感染该病毒后临床表现典型的神经症状，剖检可见脑膜点状出血，肝脾肿大并见有坏死灶，肺脏严重充血、出血，消化道粘膜弥散性出血。病理组织学检查发现全身各脏器以出血、充血、细胞变性坏死和炎性细胞浸润为主要特征，并表现为不同程度的损伤。感染鸭死亡集中在感染后的4～6 d，致死率75%。雏鸭在病毒感染后2～4d的气管、泄殖腔及全身各主要器官均可分离到病毒。虽然攻毒后14 d耐过鸭血清中可检测到1∶16的HI抗体；但是此时胰腺中仍然可分离到低水平的病毒。【结论】本研究继从野鸟分离到对鸭具有高致病性禽流感病毒之后，首次证实家禽中也存在对鸭具有高致病性的禽流感病毒流行。     

Identification of an H1N1 subtype of swine influenza virus and serological analysis

To investigate the epizootic of swine influenza virus(SIV), 60 nasal swabs were collected from a clinical cases of pig farm in Tai'an City, Shandong Province of China in April 2017. SIV was isolated by inoculating into 10-day-old Special Pathogen Free embryonated eggs and the whole genome was sequenced. An H1N1 subtype SIV was isolated and designated as A/swine/Shandong/TA04/2017(H1N1). Phylogenetic analysis showed that apart from the polymerase A(PA) fragment belonging to the 2009 pandemic H1N1 branch, seven genome segments belonged to avian-like H1N1 influenza virus lineage. The cleavage site sequence of the hemagglutinin(HA) protein was PSIQSR↓G, which is a typical molecular biological characteristic. Five potential N-glycosylation sites(N14, N26, N277, N484 and N543) were found in the HA gene. To further investigate the epidemiology of SIV in this farm, the 995 serum samples were assessed with EAH1N1 2009 pandemic H1N1 and H3 N2 antigens. The results showed that the total positive rate was 65.43%. The positive rates of single virus infection detected by EAH1N1, 2009 pdmH1N1 and H3 N2 for serum HI(Hemagglutination inhibition) were 48.35, 30.85 and 7.47%, respectively. The results showed that SIV in Shandong Province has been reassorted in some segments and the SIV-positive rate was high on the SIV outbreak farm. These data provide evidence of an epizootic of SIV.     

不同H9N2亚型鸭流感病毒NS1基因克隆和功能进化分析

[目的]为进一步研究NS1蛋白在流感病毒跨宿主传播中的作用机制奠定基础。[方法]采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法,从广东不同地区的12~20日龄正常番鸭群中分离鉴定出多株H9亚型水禽禽流感病毒株,对其中4株分离于正常番鸭的禽流感病毒毒株A/duck/ZQ/303/2007（H9N2）（简称A3）、A/duck/FJ/301/2007（H9N2）（简称C1）、A/duck/NH/306/2007（H9N2）（简称D6）和A/duck/SS/402/2007（简称E2）和1株来源于病死番鸭的H9N2亚型鸭流感病毒A/duck/ZC/1/2007（H9N2）（简称L1）的NS1基因进行克隆测序,并与GenBank中收录的其他NS1序列进行比较,分析NS1基因的进化关系。[结果]4株分离于不同地区正常番鸭群的流感病毒株NS1基因与GenBank中注册的H9N2 AIVNS1基因核苷酸同源性为99%~100%,氨基酸同源性为95%~100%。而分离于病死鸭的流感病毒株与H9N2 AIVNS1基因核苷酸同源性为94%~97%,氨基酸同源性为93%~99%。遗传进化结果表明：分离于正常鸭群的4株流感病毒NS1基因独成一分支,而L1株与2003年的鸡源AY66473株亲缘关系最近。DNAstar软件分析表明：与L1、AF523514（鸭源）、AY664743（鸡源）、EF155262.1（鹌鹑）相比,A3、C1、D6、E2 4株正常鸭H9N2 AIV毒株的NS1基因核苷酸序列在21（R→Q）7、07、1（KE→EG）8、6（A→S）1、24（V→M）、225（S→N）位点处发生改变,NS1基因的双股RNA依赖性蛋白激酶（dsRNA-dependent protein kinase,PKR）结合区（1~100位氨基酸）39、70、71和86位氨基酸发生变化,导致NS1蛋白潜在的抗原决定簇及其特定区域位于蛋白表面的可能性发生明显变化。[结论]NS1蛋白PKR结合区氨基酸序列变化与病毒的致病性有一定关系。