不同H9N2亚型鸭流感病毒NS1基因克隆和功能进化分析

目的]为进一步研究NS1蛋白在流感病毒跨宿主传播中的作用机制奠定基础。方法]采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法,从广东不同地区的12~20日龄正常番鸭群中分离鉴定出多株H9亚型水禽禽流感病毒株,对其中4株分离于正常番鸭的禽流感病毒毒株A/duck/ZQ/303/2007（H9N2）（简称A3）、A/duck/FJ/301/2007（H9N2）（简称C1）、A/duck/NH/306/2007（H9N2）（简称D6）和A/duck/SS/402/2007（简称E2）和1株来源于病死番鸭的H9N2亚型鸭流感病毒A/duck/ZC/1/2007（H9N2）（简称L1）的NS1基因进行克隆测序,并与GenBank中收录的其他NS1序列进行比较,分析NS1基因的进化关系。结果]4株分离于不同地区正常番鸭群的流感病毒株NS1基因与GenBank中注册的H9N2 AIVNS1基因核苷酸同源性为99%~100%,氨基酸同源性为95%~100%。而分离于病死鸭的流感病毒株与H9N2 AIVNS1基因核苷酸同源性为94%~97%,氨基酸同源性为93%~99%。遗传进化结果表明：分离于正常鸭群的4株流感病毒NS1基因独成一分支,而L1株与2003年的鸡源AY66473株亲缘关系最近。DNAstar软件分析表明：与L1、AF523514（鸭源）、AY664743（鸡源）、EF155262.1（鹌鹑）相比,A3、C1、D6、E2 4株正常鸭H9N2 AIV毒株的NS1基因核苷酸序列在21（R→Q）7、07、1（KE→EG）8、6（A→S）1、24（V→M）、225（S→N）位点处发生改变,NS1基因的双股RNA依赖性蛋白激酶（dsRNA-dependent protein kinase,PKR）结合区（1~100位氨基酸）39、70、71和86位氨基酸发生变化,导致NS1蛋白潜在的抗原决定簇及其特定区域位于蛋白表面的可能性发生明显变化。结论]NS1蛋白PKR结合区氨基酸序列变化与病毒的致病性有一定关系。

Cloning and Phylogenetic Analysis of NS1 Genes of H9N2 Subtype Duck Influenza Virus from Different Isolates

Objective] The study aimed to lay a foundation for the further studies on function mechanism of NS1 protein in the interspecies transmission of waterfowl influenza virus.Method] Using the serologic assay and the specific RT-PCR method,some strains of H9 subtype waterfowl influenza virus were isolated from the 12 to 20 day-old muscovy duck flocks without any clinical symptoms in different areas of Guangdong Province.Four of these strains,A/duck/ZQ/303/2007(H9N2)(A3 for short),A/Duck/FJ/301/2007(H9N2)(C1 fo...