大白菜SRAP反应体系的建立与优化

以大白菜基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从Mgz^2＋、Taq酶、dNTPs、引物、模板5种因素4个水平对大白菜SRAP（Sequence-related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性）反应体系进行优化,建立了适合于大白菜的SRAP-PCR优化反应体系,该体系为25 μL：Mg^2＋浓度为3.0 mmol/L,dNTPs为0.2 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.2 μmol/L,模板DNA73.2 ng.PCR反应程序为：94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,35 ℃复性1 min,72 ℃延伸1 min,5个循环;94 ℃变性1 min,50 ℃复性1 min,72 ℃延伸1 min,35个循环,72 ℃延伸10 min.     

白桦SRAP反应体系的建立与优化

以白桦(Betula platyphlla Suk)基因组DNA为模板,利用趋势面设计对白桦SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物P)在3个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了白桦SRAP-PCR反应的最佳体系。该反应体系为20μL:0.21g/LDNA,1.5μL;25mmol/LMg2+,1.4μL;5U/μLTaq酶,0.25μL;2.5mmol/L,2μL;10μm/L引物,0.35μL。PCR反应程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min,5个循环;94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min,30个循环,72℃延伸7min。     

正交设计优化茄子SSR反应体系

以茄子基因组DNA为模板,利用正交设计方法对茄子SSR反应体系中的Mg^2＋、模板DNA、Taq聚合酶、dNTP、引物5个因素进行了优化,同时对反应程序中的退火温度及循环次数进行筛选。结果确定了茄子10μL体积SSR反应体系的最优条件为：Buffer为1μL,Mg^2＋为2．25mmol·L^-1,dNTP为400μmol·L^-1,上下游引物各为39.60ng,Taq聚合酶为0．75U,DNA约为100ng。PCR程序为94℃预变性2min：然后进行35个循环的94℃变性30s,52℃复性30s,72℃延伸45s;72℃延伸8min后4℃保存。     

黄芪SRAP反应体系优化

以黄芪为材料,对黄芪SRAP反应体系进行优化.黄芪最佳SRAP反应体系为,在20 μl反应体积中含:模板DNA 15 ng,引物0.2 μmol/L,dNTP 200 μmol/L,MgCl2 2 mmol/L,Taq DNA聚合酶 1 U,1×Buffer;反应程序为:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,35 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,5个循环;94 ℃变性1 min,50 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,35个循环;最后72 ℃延伸5 min.     

龙眼ISSR反应体系的建立和优化

对影响龙眼ISSR-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合龙眼的ISSR反应体系:PCR反应体积为20μl,其中模板DNA 25ng,引物0.2μmol/L,dNTP 100μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,MgCl2 2.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.0μl;扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,退火温度1min,72℃延伸90s,40个循环;72℃延伸7min。     

人参黑斑病菌RAPD反应体系的优化

采用改良的CTAB法提取人参黑斑病菌的基因组DNA,建立人参黑斑病菌RAPD反应的体系.最佳体系容积为25μL,其中包括10×Taq配套缓冲液2.5μL,模板DNA 20 ng/μL,引物15 pmol/L,dNTP 150μmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,Mg2+1.5 mmol/L,其余部分用DW补充.PCR扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,40℃退火1 min,72℃延伸2 min,40次循环,72℃延伸7 min.     

大蒜RAPD反应体系的建立及优化

该试验以弥渡紫皮大蒜叶片基因组DNA为试材,采用不同浓度MgCl2、引物、dNTP、TapDNA聚合酶对大蒜的RAPD体系进行单因素反应条件优化.结果表明,25μL总反应体积中,最佳浓度配比为模板DNA 40ng,MgCl2 2.0 mmol/L,引物12 pmol,dNTP 50μmol/L,Taq DNA聚合酶1 unit,10×反应缓冲液2.5μL.扩增程序为94℃变性3 min,94℃变性30 s,37℃退火30 s,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃最终延伸10 min.     

寒兰基因组DNA ISSR-PCR反应条件的优化

以改良的CTAB法提取的寒兰（Cymbidium kanran Makino）基因组DNA为模板,通过单因子试验建立最适的寒兰的ISS-PCR反应体系。结果表明,适宜寒兰ISSR-PCR反应体系的扩增条件为：25 μl PCR 反应体积中,1×PCR buffer,2.0 mmol/L MgCl2,300 ng 模板 DNA,200 μmol/L dNTP,1.40 U Taq DNA 聚合酶,0.4 μmol/L 引物。最佳扩增程序为：94 ℃预变性 5 min,然后进行40个循环：94 ℃ 变性 30 s,复性温度根据各引物的Tm值略低1～2 ℃,30 s,72 ℃ 延伸 50 s,循环结束后 72 ℃ 延伸7 min。     

基于毛细管电泳技术的牡丹SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

以牡丹叶片DNA为模板,对SRAP-PCR反应程序进行研究,确定适合的反应程序,即94℃预变性5 min;94℃变性1 min,33℃退火1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;随后94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环;最后72℃延伸10 min。基于毛细管电泳技术,采用正交设计L18(37)对牡丹SRAP-PCR反应体系的5因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)3个水平进行了优化,构建了牡丹SRAP最佳反应体系:模板DNA 50 ng,dNTP 0.25 mmol/L,Mg2+浓度2.5 mmol/L,引物浓度0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶0.5 U,总体积为25μL。各因素对扩增结果影响程度均不同:dNTPs>引物>DNA模板>Mg2+>Taq酶。运用该体系从756个SRAP引物组合中筛选出多态性好、条带清晰的26个引物组合,并证明了该体系稳定可靠。该体系的建立以及引物组合的确定为今后利用SRAP分子技术进行牡丹的相关研究奠定了科学基础。     

兜兰ITS-PCR反应体系的建立及优化

为优化兜兰ITS-PCR反应体系,以兜兰属植物为试材,用改进的CTAB法提取总DNA,并采用单因子试验设计,对影响兜兰DNA ITS-PCR扩增反应的主要因素即Taq DNA聚合酶的用量、Mg2-浓度、dNTP浓度、引物退火温度、模板DNA用量和引物浓度等进行优化研究,建立兜兰最佳ITS扩增反应体系.结果表明:最佳反应体系为25 μL体系中,添加10×PCR buffer 2.5 μL、Taq DNA酶1.25U、Mg2+ 1.5mmol/L、dNTP 0.15 mmol/L、引物0.6μmol/L和模板DNA 40 ng,反应程序为94℃预变性4 min,1个循环;94℃变性30 s,54℃退火45 s,72℃延伸1 min,35个循环;72℃延伸7 min后终止反应,4℃保存.利用此反应体系可得到预期大小的ITS基因片段.     

Establishment and Optimization of SRAP Amplification System in Lonicara caerulea L.

A single factor design was applied to optimize five factors influencing SRAP system, including Taq DNA polymerase, template DNA concentration, dNTPs, primer and Mg2＋, each at four levels. The optimal SRAP-PCR system for Lonicera caerulea L. was 20 ktL SRAP-PCR amplification reaction solution containing 2.0 μL 10×PCR buffer, 1.0 U Taq DNA polymerase, 30 ng template DNA, 0.2 mmol·L-1 dNTPs, 2.0 mmol·L-1 Mg2＋ and 0.2μmol·L-1 primer. The suitable amplification procedure consisted of an initial denaturation at 94℃ for 5 min; denaturation at 94℃ for 1 min, annealing at 35℃ for 1 rain, extension at 72℃ for 90 s and in total five cycles; denaturation at 94℃ for 1 min, annealing at 50℃ for 1 min, extension at 72℃ for 90 s and in total 35 cycles; extension at 72℃ for 8 rain; preservation at 4℃. The procedures and systems could meet the demand for SRAP amplification of Lonicera caerulea L. and would play an important role in Lonicera caerulea L. germplasm identification and genetic diversity analysis.     

枣树基因组DNA提取及其RAPD体系优化

以不同生长期的枣和酸枣为研究对象,采用CTAB法提取枣基因组DNA;通过单因素5水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了枣和酸枣RAPD技术最优体系,即25μl反应体系中各组分含量为10×Taq Buffer+KCl 2.5μl;Taq DNA聚合酶0.04 U/μl;MgCl22.0 mmol/L;模板DNA2 ng/μl;引物0.3μmol/L;dNTP为0.2 mmol/L。适宜的扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃循环变性50 s,36℃退火50 s,72℃延伸1.5 min,38个循环;72℃延伸10 min。     

濒危竹种小蓬竹（Drepanostachyum luodianense） RAPD PCR反应体系优化

为了建立小蓬竹（Drepanostachyum luodianense） RAPD PCR反应的最优体系,以小蓬竹基因组DNA为模板,对影响其RAPD扩增的dNTPs浓度、模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度、Mg2+浓度等重要参数进行了单因子和正交试验。试验得出小蓬竹RAPD最优反应体系为: 20 μL反应体系,10×PCR buffer为1/10体积,dNTPs为100 μmol·L-1,模板DNA量为30 ng,Taq DNA聚合酶为10 U,引物浓度为02 μmol·L-1,Mg2+浓度为15 mmol·L-1。优化后的RAPD PCR反应程序为: 94℃预变性5 min,然后进入35个循环,即94℃变性1 min,35℃退火30 s,72℃延伸90 s,循环完毕后于72℃延伸7 min,最后在4℃保持。     

甜瓜SRAP-PCR程序和反应体系的优化

mmoL/L,primer 0.24 μmol/L,Taq polymerase 1.5 U.结果表明,该程序和体系能够较好的满足甜瓜基因组SRAP扩增的要求.     

新疆野苹果SSR-PCR 反应体系的优化

以4个新疆野苹果株系为试材,利用CTAB法提取DNA,对影响SSR-PCR扩增结果的主要因子设计了多梯度的优化试验。结果表明:新疆野苹果SSR-PCR反应体系(25μL)中含Taq DNA聚合酶0.5 U、模板DNA 5.0 ng、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+1.0 mmol/L、退火温度为60℃时效果最佳。最佳扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,65℃退火1 min,72℃延伸1 min,4个循环;94℃变性30 s,60℃退火1 min,72℃延伸1 min,30个循环;72℃延伸5 min,4℃保存。利用此反应体系对30份新疆野苹果进行SSR-PCR扩增和电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,表明该体系适用于新疆野苹果的基因连锁图谱构建和QTL定位。     

假臭草DNA提取及RAPD反应体系的优化

以假臭草叶片为材料,对影响其随机扩增多态DNA（RAPD）反应的各因素进行优化．建立了假臭草RAPD的优化反应体系和程序,即在10μL反应体系中,5ng（／10μL）模板DNA,1．0μmol／L随机引物F15,150μmol／LdNTPs,2．0mmol／LMg^2＋,1．0UTaqDNA聚合酶;扩增程序为95℃预变性4min,95℃变性40S,36℃退火40S,72℃延伸1min,10个循环,后94℃变性30s,35℃退火30s,72℃延伸1min,35个循环,72℃延伸5min,4℃保温。     

均匀设计优化猕猴桃SRAP体系

采用均匀设计对影响猕猴桃SRAP-PCR体系的5种因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)进行5因素5水平和5因素3水平的两轮优化,建立猕猴桃SRAP-PCR的最佳体系(25μL):Mg2+2.50 mmol·L-1,dNTPs 0.25 mmol·L-1,引物0.2μmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.25 U,模板DNA 150 ng.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,53℃复性1 min,72℃延伸1 min,33个循环,72℃延伸10 min.     

葡萄基因组DNA的提取及RAPD条件优化

采用改良CTAB法提取葡萄属22种植物的基因组DNA,对其完整性进行了测定,通过单因素五水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了葡萄RAPD技术最优体系,即25 μL体积中模板DNA为40 ng·μL-1,MgCl２ 2.0 mmol·L-1,dNTP 0.8 mmol·L-1,Taq DNA 聚合酶1 U·μL-1,引物 0.8 μmol·L-1,建立了葡萄基因组DNA的RAPD 反应扩增程序,即94℃预变性4 min, 94℃循环变性 45 s,37℃退火 55 s,72℃ 延伸 80 s,40个循环,最后72℃ 延伸10 min。