SSR分子标记在糯高粱种质资源遗传多样性分析中的应用

为了阐明糯高粱种质资源之间的亲缘关系,用25对SSR引物评价了29份糯高粱种质资源。结果显示,25对引物共检测出59个等位基因,每对引物检测到2.28个等位基因,平均有效等位基因为1.81个,引物位点的多态信息量变幅为0.17~0.62,平均为0.34。29份糯高粱种质资源的遗传相似系数范围为0.20~0.95,平均为0.60,UPGMA方法将29份糯高粱品种在遗传相似系数0.48处聚为2大类,其中不同地理来源的品种被聚在同一亚类,农艺性状近似的品种被聚在同一亚类。表明糯高粱品种的亲缘关系与地理来源关系不大,其种质资源具有较为丰富的遗传多样性。     

25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析

利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.     

宁夏外引水稻种质资源与选育品种遗传多样性分析

【目的】本文探讨了宁夏近几年引进筛选的水稻种质资源及当地选育品种的遗传多样性和遗传相似性,为拓展宁夏水稻遗传基础,丰富水稻遗传多样性提供参考依据。【方法】利用分布于12条染色体上的24对SSR引物对宁夏引进筛选的水稻种质资源和当地自育品种(系)进行了遗传多样性和遗传相似性分析。【结果】参试170份材料中,共检测到112条等位基因,平均每条SSR标记有4.67条等位基因,Nei's基因多样性指数为0.6079,变幅为0.2271~0.7986。将材料按地理来源划分,探讨其亲缘关系,不同地理来源品种间的相似系数介于0.4053~0.8620,平均系数为0.7109。其中东北地区和日本的品种相似系数最大为0.8620,而江苏和南方(以云南为主)的品种间相似系数最小为0.4053。本次所引进的材料与宁夏本区的材料遗传相似系数均较大,尤其东北3省的最大,达到0.8344。【结论】大多数引进资源与宁夏水稻品种的亲缘关系较近,说明宁夏种质资源的遗传多样性虽然有所增加,但遗传基础较为狭窄。在今后水稻种质资源创制利用中,要充分利用引进资源的遗传差异,加大亲本遗传距离,以丰富育成品种的遗传基础。     

地方晒烟种质资源遗传多样性分析与评价

【目的】为更好地收集、鉴定和保存地方晒烟品种,高效率地利用地方晒烟种质资源进行烟草品种选育。【方法】以67份地方晒烟品种的DNA为模板,利用筛选获得的25对SSR引物进行PCR扩增,采用二进制记录SSR分析结果,利用NTSY 2.1进行聚类分析,利用POPGENE 32.0进行遗传多样性分析。【结果】(1) 25对SSR引物共检测到83个多态性位点,品种间的遗传相似系数变异范围为0.60～0.84。(2)遗传相似系数为0.62时,可以将67份晒烟品种分成3个类群,第Ⅰ类包括49份晒烟品种,第Ⅱ类包括13份晒烟品种,第Ⅲ类包括5份晒烟品种。(3)在晒烟资源中观测等位基因数的平均值、有效等位基因数的平均值、观测杂合度的平均值、期望杂合度的平均值分别为3.44个、2.762个、0.168、0.597。平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.593,平均Shannon’s指数(I)为1.013。其中期望杂合度的平均值大于0.5。【结论】67份晒烟种质资源之间的遗传多样性较高,晒烟品种间的亲缘关系和品种的地理来源之间无明显相关性。     

50 份黄瓜核心种质的 SSR 标记筛选与聚类分析

【目的】分析 50 份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对 50 份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计 66 对 SSR 引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试 50 份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66 对引物中有 32 对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这 32 对 SSR 引物共扩增出 280 个等位基因片段,其中多态性片段 216 个、占片段总数的 77.1%,表明本研究筛选出的 32 对 SSR 引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50 份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为 0.62、最高达 1.00。在遗传相似系数 0.754 处,50 份黄瓜种质材料聚为 7 类,即 9 份华南型材料聚为 6 类：I 类、III 类、IV 类、V 类、VI 类、VII 类,其中 IV 类包含 1 份中间材料与 9 号华南型材料;40 份华北型黄瓜材料聚为 1 类：II 类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出 32 对 SSR 引物可有效对 50 份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为 0.754 处 50 份黄瓜材料聚为 7 类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。     

利用AFLP标记技术评价甘蓝型油菜的遗传多样性和亲缘关系

利用AFLP分子标记技术分析了25份甘蓝型油菜品种的遗传多样性.9对AFLP引物扩增出193条带,其中,73条呈多态性,多态性比率为38％.每对引物检测出的平均等位基因数为3.56,有效等位基因数为1.41.基因多样性、香农指数和遗传差异分别为0.25、0.62和0.39.在遗传相似系数0.66处,所有的甘蓝型油菜可分为3个类群,遗传相似系数表明,橄榄型油菜表现出丰富的遗传多样性.UPGMA聚类分析表明,品种间的亲缘关系与种质性状或来源关系不明显.     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

贵州玉米种质资源遗传多样性及核心种质库构建

利用覆盖玉米基因组的18对SSR引物,对270份贵州玉米地方种质资源及六大种质类群代表系进行多样性评价。结果显示:18对引物供检测102个等位基因,平均等位基因数5.7,变幅在2~10,平均多样性指数为0.53。根据SSR分子标记遗传相似系数矩阵,经中心化变换后,按类平均法(UPMGA)聚类分析,分为6大类,其中第Ⅱ大类和第Ⅳ大类又分为2个亚群,与贵州玉米地方种质资源的地理来源和系谱一致,六大种质类群代表系各自单独成类。根据聚类分析结果,以20%抽样比例,最大遗传距离方法构建的核心种质库能最大限度保存原种质库的遗传多样性。     

非洲甘蓝种质资源遗传多样性的研究与分析

利用16对SSR引物对17份非洲结球甘蓝(Brassica oleracea L.var.capitata L)种质资源材料和8个中国结球甘蓝品种进行了遗传多样性研究。结果显示,有10对SSR引物在25个资源材料间表现为多态性。共检测到32个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为1~4,平均为3.2,等位基因数为25,平均为2.5。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.534的水平上可将25份结球甘蓝资源材料聚为4大类群。揭示了引进非洲结球甘蓝资源的遗传多样性。     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

贵州21份玉米优质种质资源的SSR标记分析

为建立优质玉米种质资源的指纹图谱,给贵州玉米优良杂交组合的选配提供分子水平上的依据和基础,利用微卫星分子标记（SSR）技术对21份贵州玉米优质种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,共筛选出多态性丰富的20对 SSR 引物,在供试材料中检测出97位基因变异,每对引物检测到等位基因2-11个,平均4.85个。 SSR引物的多态性信息量（PIC）介于0.19-0.78,平均为0.53。UPGMA聚类分析表明,供试材料间遗传距离变幅为0.22-0.63,平均为0.43。     

新疆孜然种质资源的ISSR标记分析

应用ISSR标记对24份孜然种质资源进行DNA多态性分析.从38条引物中筛选出12条多态性引物,共扩增出118条带,其中39条多态性带;引物等位位点数在6～16个,平均每个引物扩增出9.83条带,引物等位位点多态性信息含量(PIC)变幅为11.11;～62.50;,平均35.14;.24个品种间的Nel's遗传相似系数变化范围为0.33～0.90,平均为0.73.聚类结果表明各类群与地域来源联系不明显,说明孜然种质资源在新疆范围内有比较频繁的交流.     

利用ISSR标记分析烟草种质的遗传多样性

 【目的】分析烟草种质的遗传多样性水平，揭示不同烟草类型间的遗传关系，为充分发掘、利用种质提供依据。【方法】对包括不同烟草类型的119份种质进行了ISSR分析，估算其遗传相似系数，利用UPGMA法作聚类图。【结果】利用21个ISSR引物共扩增出672条带，全部为多态性带，其中116条为普通烟草特有带。普通烟草种质间的遗传相似系数变化范围为0.779～0.945，其中烤烟种质间遗传相似系数变化范围在0.812～0.933之间；不同烟草类型基本可聚为相应的亚类或小类，引进烤烟品种与国内品种并未聚为各自类别。普通烟草与其它烟草种间遗传相似系数较小；普通烟草与其假定祖先种N.sylvestris聚为一类，同为碧冬烟草亚属花烟草组的N.longiflora和N.plumbaginifolia聚为一类，聚类结果与种间遗传分化吻合。【结论】中国现有烤烟种质遗传多样性水平较低；为拓宽烤烟育成品种的遗传基础，应充分发掘野生烟草的遗传潜力。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。     

湖南地方柚资源及其近缘种多样性的SRAP分子评价

以湖南本地柚类资源为试材,应用SRAP标记对41份柚类资源及5份近缘种的遗传多样性进行分析与鉴定。结果表明:平均每个引物组合可扩增出16.6条谱带,17对SRAP引物共扩增出283条谱带,其中多态性谱带235条,多态率为83.0%,基因多样度变幅为0.431 7~0.770 0,平均基因多样度为0.544 3;获得了21个基因型的37个SRAP特异性标记,不同引物组合可将42个基因型完全分开;柚类及近缘种等位基因平均数、平均杂合位点占比、SRAP表型杂合度(H0)分别为9.02、67.77%和0.343。聚类分析结果显示,41份柚种质及5份近缘种材料在遗传相似系数0.792处可分为6个组群:第1、2组群分别由24个和11个柚的地方品种构成;第3组群为柚的种间杂种类型,包括菠萝香柚、慈利金香柚、慈利甜柚2号和慈利水柚子;第4组群由慈利柚09–1、金瓜两杂种柚和酸橙、臭皮柑两近缘种组成;第5组群包括无核大红甜橙和温州蜜柑;第6组群为柠檬。综合SRAP标记结果与形态特征分析,认为慈利金香柚可能源于以柚类为母本、以橙类(或宽皮橘类)为父本的自然种间杂交后代。     

谷子种质资源遗传多样性研究

利用谷子基因组序列开发出SSR引物205对,其中171对可以稳定扩增出目的条带,149对有多态性。利用30个多态性SSR标记对41份谷子种质资源进行遗传多样性分析,共检测出291个等位变异,平均每个位点9.7个。谷子地方品种基因多样性指数平均为0.7907,育成品种基因多样性指数平均为0.7571。对41个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.164时聚为6组,与生态型基本一致。     

基于SRAP分子标记的51份西瓜抗、感病毒病种质资源遗传多样性分析

【目的】利用SRAP分子标记对51份西瓜抗、感病毒病种质资源遗传多样性分析,为加速西瓜抗病毒病新品种的选育进程提供理论参考。【方法】利用筛选出的多态性引物对51份抗、感病毒病西瓜种质进行多态性扩增,利用NTsys-pc 2.1e中的非加权组平均法（UPGMA）计算获得遗传相似系数,利用PopGene Version 3.2计算不同类型西瓜的遗传多样性参数。【结果】从500对SRAP引物组合中筛选出18对扩增条带清晰稳定且多态性较高的引物,共扩增出402条清晰可辨的条带,其中多态性条带271条;平均每对引物可扩增出稳定清晰的条带22.33条,其中多态性条带15.06条,平均多态性比率达67.41%。观测等位基因数（Na）为1.6766、有效等位基因数（Ne）为1.3033、Nei’s基因多样性指数（H）为0.1878、Shannon’s信息指数（I）为0.2931,除感病毒型西瓜种质的Na高于抗病毒型西瓜种质外,感病毒型西瓜种质的其他遗传多样性指数均低于抗病毒型西瓜种质,表明抗病毒型西瓜种质的遗传多样性较感病毒型西瓜种质丰富。抗病毒型与感病毒型西瓜种质的遗传一致度为0.8924,遗传距离为0.1138。供试西瓜种质的遗传相似系数为0.62~0.95。在遗传相似系数0.78处,可将51份供试西瓜种质划分为四大类群,抗病毒型西瓜种质分布在Ⅰ和Ⅱ类群中,感病型种质均集中在第Ⅲ、Ⅳ类群中,野生西瓜种质与其他西瓜种质的亲缘关系最远。遗传相似系数矩阵和UPGMA聚类矩阵之间的相关性明显（r=0.914）,可准确地体现供试西瓜种质之间的遗传关系。【结论】筛选出的SRAP引物组合具有较好的品种鉴别能力,可用于西瓜种质的遗传多样性分析。抗病毒型与感病毒型西瓜种质的亲缘关系较近,遗传多样性丰富度不高,应加大发掘优良抗病种质资源力度,以拓宽西瓜的遗传基础。     

基于AFLP的粤糖系列甘蔗品种亲缘关系分析

从30对AFLP引物中筛选出9对多态性较好的引物,对29个粤糖系列甘蔗品种及其主要亲本进行分析,结果表明,每对引物的多态性位点平均为62个,多态性位点率为81.7％.29个甘蔗品种的遗传相似系数介于0.4436～0.8463之间,平均为0.7042,遗传多样性属中等水平.遗传相似系数分析表明,在系谱中亲缘关系密切的品种...     

国内外57份棉花种质资源的遗传多样性研究

通过表型聚类和SSR分子标记聚类研究了国内外57份棉花种质的遗传多样性。结果表明,品种间遗传相似系数在0．45—5．56之间,说明供试种质具有较大的遗传变异。根据UPGMA法构建聚类树状图,基于产量性状的聚类,在平均遗传距离4．0水平上,可将57份材料分为3类,第一类衣分最高,平均值达38．22％,单株皮棉产量也达到最高,平均值为29．35g;第二类的籽指、单株籽棉产量和单株铃数最高,其平均值达12．05g、76．73g和23．60个;第三类铃重最大,为5．54g。基于纤维品质性状的聚类,在阈值3．96时也可分为3类,第一类整齐度和马克隆值最高,平均值分别为48．04％和4．36;第二类的纤维长度及伸长率最大,平均值分别为31．57mm和7．11％,第三类的比强度最大,为36．18eN／tex。基于SSR分子标记的聚类,57份材料也可聚为三大类。不同聚类方法的结果间存在一定差异,可能与不同方法反映的多态性水平不同。各种聚类结果都表明,同一国家的品种遗传差异较小,国家间品种差异较大,但也存在明显的相互渗透,多数品种没有表现出明显的地域差异。