MiR-155在脂多糖诱导的RAW264.7巨噬细胞炎症反应中的表达研究

[目的]探讨miR-155在脂多糖(LPS)诱导的RAW264.7巨噬细胞炎症反应中的表达及糖皮质激素(GCs)的干预影响。[方法]体外培养RAW 264.7巨噬细胞,分别用浓度为10.0、1.0、0.1μg/ml LPS刺激RAW 264.7巨噬细胞,于2、6、12、24、36 h 5个时间点收集上清用ELISA检测白介素-6(IL-6)蛋白浓度;实时定量-PCR检测miR-155在2、6、12、36 h 4个时间点的表达变化。[结果]IL-6在各浓度LPS处理组、各时间点其含量均高于对照组(CK);miR-155的表达在各时间点LPS组均高于LPS+GCs和CK。[结论]LPS可以诱导RAW264.7巨噬细胞的炎症反应,炎症反应时miR-155高表达,糖皮质激素可抑制miR-155的表达。     

调节猪Smad3 表达的miRNA 鉴定

生物信息学预测猪Smad3为miR-23a的靶基因,为了研究猪Smad3与miR-23a之间的调节关系,人工合成miR-23a双链序列及Smad3基因3'UTR中mR-23a的结合位点序列,分别与带荧光的慢病毒质粒pshRNA-copGFP Lentivector及萤光素酶质粒pPGL3-control连接,构建重组质粒LV-shRNA-miR-23a和pPGL3-control-Smad3-3'UTR.将两重组质粒共转CHO细胞,以慢病毒空质粒与pPGL3-control-Smad3-3'UTR共转作为对照,48 h后收集细胞裂解液检测荧光素酶活性变化,提取细胞总RNA实时荧光定量检测荧光素酶基因mRNA表达变化.结果显示,试验成功构建了重组质粒LV-shRNA-miR-23a和pPGL3-control-Smad3-3'UTR.miR-23a能够显著抑制荧光素酶基因mRNA表达(P＜0.05),并能通过抑制Smad3结合位点序列抑制其上游荧光素酶的活性(P＜0.05).初步证明,猪Smad3与miR-23a有直接的靶向关系.     

miR-146a过表达羊驼黑色素细胞内转录组图谱分析

miR-146a在一些癌症生理学过程如肺癌、肝癌、黑色素瘤中具有重要的调节作用。为了揭示miR-146a在羊驼黑色素细胞中的生物学功能,利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析miR-146a可能的分子作用机制,经Illumina sequencing平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,miR-146a转染组和对照组羊驼黑色素细胞的转录表达谱,各样品纯数据均达到6.34 Gb,Q30碱基百分比在87.44%以上;组装后共获得161 666条序列,其中长度在1 kb的序列有20 019条。对序列进行功能注释,包括与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库的比对,结果显示,共获得25 867条序列的注释结果,其中,SSR分析共获得10 963个SSR标记。功能分析结果表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路且与黑色素相关的GO分类和KEGG通路占有较大比例。结果显示,研究miR-146a在黑色素细胞中的功能及其分子机制,并获得了黑素细胞转录组图谱,可为进一步研究控制羊驼毛色生理和色素生成的基因表达网络提供宝贵的资源。     

猪miR-192/-215的组织表达谱及其关键靶基因分析

【目的】在前期通过Illumina Solexa高通量测序技术并结合荧光定量验证筛选出断奶仔猪E.coli F18菌株感染下表达量极显著上调的microRNAs-miR-192和miR-215的基础上,为了解miR-192和miR-215的组织表达情况,进一步筛选确定miR-192和miR-215靶向调控E.coli F18菌株感染的关键靶基因,为探讨miR-192和miR-215调控断奶仔猪E.coli F18感染的分子调控机制奠定基础。【方法】试验采用Real-time PCR方法检测miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪各个组织中的分布情况,同时利用MEGA 5.0分析了其保守性,TargetScan预测miR-192和miR-215的靶基因,并对靶基因分别进行Gene Ontology和Pathway通路的富集分析,进一步利用DAVID对靶基因蛋白进行功能分类,最后将预测的靶基因与课题组前期筛选出的断奶仔猪E.coli F18感染抗性相关的调控基因取交集。【结果】miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪十二指肠和空肠中均高度表达,二者成熟序列在脊椎动物中高度保守。miR-192和miR-215对应的靶基因相同,具有156个靶基因,只在轴突导向通路（axon guidance pathway）显著富集（P-value < 0.05）以及25个GO功能中显著富集（P-value < 0.05）。靶基因蛋白按功能分为12类,其中信号转导功能的磷蛋白（phosphoprotein）和DNA结合蛋白（dna-binding）占主要部分。靶基因与前期筛选的E.coli F18感染抗性相关的调控基因（GEO登录号：GSE26854）取交集,发现DLG5、ALCAM、FRMD4B、MIPOL1和ZFHX3 等5个基因为miR-192和miR-215的重要靶基因,其中DLG5为维持小肠上皮细胞结构完整性的重要因子。【结论】miR-192与miR-215是参与维持断奶仔猪肠道正常功能与抗F18大肠杆菌感染的重要因子,DLG5可能是miR-192和miR-215靶向调控E.coli F18菌株感染中关键的靶基因,今后需要进一步验证其能否作为梅山猪抗F18大肠杆菌的有效遗传标记。     

miR-20a在pk15细胞的过表达及其对炎症细胞因子的影响

炎症反应是机体应对外界刺激的自我保护机制,近年发现一些miRNA与机体的炎症因子存在相互调控关系,试验利用人工合成的miR-20a模拟物及抑制剂,建立了脂质体转染最佳体系,检测了miR-20a在pk15细胞中对炎症因子的调节作用。结果表明:60 pmol/μL和80 pmol/μL为最佳转染浓度,36 h为最佳转染时间,抑制miR-20a的表达会显著提高干扰素和白细胞介素的表达(P0.05)。这一结果揭示了miR-20a在机体免疫过程中对炎症反应起到负调控作用,在一定程度上可以预防过度炎症反应的发生。     

miR-15b靶基因预测、信号通路分析及靶基因鉴定

【目的】对miR-15b靶基因进行预测、信号通路分析及鉴定,以期为miR-15b的功能研究奠定基础.【方法】利用Target Scan Release 7.0,PicTar和PITA数据库对miR-15b靶基因进行预测,再用DAVID数据库对预测出的靶基因集进行功能富集分析(gene ontology-analysis)及信号转导通路富集分析(KEGG pathway analysis).随后利用双荧光素酶报告试验对预测出miR-15b的靶基因丙酮酸脱氢酶激酶4(PDK4)和CD28进行验证.【结果】3个软件共同预测出miR-15b的靶基因有305个,其靶基因集合功能富集于蛋白激酶活性、GTP结合蛋白调控等分子功能,蛋白氨基酸磷酸化、细胞周期调控等生物学过程及微管相关复合体、转录因子复合体等细胞组分上.信号转导通路则显著富集于癌症相关信号通路.双荧光素酶报告实验结果显示CD28为miR-15b的靶基因,而PDK4不是miR-15b的靶基因.【结论】miR-15b在细胞增殖、凋亡和细胞周期调控等过程中发挥重要调控作用,且miR-15b通过调控CD28的表达对T细胞的受体激活发挥调控作用.     

鸡miR-18la靶基因的生物信息学分析

对鸡miR-18la的靶基因进行了预测及相关生物信息学分析,为深入研究miR-18la生物学功能提供理论指导.利用TargetScan 5.1与PicTar 2种计算方法对miR-18la进行靶基因预测,交集的基因集合分别进行GO富集分析和KEGG分析.结果预测到交集靶基因有137个下游靶基因,GO富集分析结果表明,1...     

反义抑制miR-202引起斑马鱼早期胚胎发育异常研究

为了探讨miR-202在鱼类胚胎发育中的功能,采用实时定量反转录PCR技术和整体原位杂交技术检测了miR-202在斑马鱼胚胎发育阶段的表达。结果发现miR-202是母源性分子并在斑马鱼胚胎发育过程中持续表达,尤其在早期胚胎发育阶段表达水平较高。在此基础上,采用基因沉默技术在斑马鱼受精卵中显微注射miR-202的反义锁核苷酸,实时荧光定量反转录PCR技术和整体原位杂交技术结果显示miR-202反义锁核苷酸可以显著下调斑马鱼胚胎中miR-202表达水平,同时发现反义抑制miR-202后胚胎发育停滞在4 hpf时左右。共同注射miR-202前体可以部分挽救反义抑制miR-202后导致的胚胎发育停滞。本研究证明miR-202在斑马鱼胚胎发育过程中起着重要的调控作用,其功能是斑马鱼胚胎早期发育所必需的。为进一步探索miR-202在鱼类胚胎发育过程的功能奠定了基础。     

黄芩苷通过上调miR-126诱导乳腺癌细胞凋亡的机制研究

目的 用黄芩苷干预人乳腺癌细胞株MDA-MB-231,观察黄芩苷对乳腺癌细胞增殖、凋亡的影响及作用机制。方法 用qRT-PCR检测miR-126的表达变化,Western-blot检测Bcl-2、Caspase-9、Caspase-3、p-p38和p53的表达,MTT法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡。结果 miR-126在乳腺癌MDA-MB-231细胞中的表达比正常乳腺细胞低,黄芩苷干预乳腺癌细胞后miR-126上调最为明显（P<0.05）。用miR-126 mimics、miR-126 inhibitors转染乳腺癌细胞,Western-blot显示黄芩苷及miR-126 mimics作用于人乳腺癌细胞后Bcl-2表达水平下降,Caspase-9和Caspase-3的裂解产物、p-p38、p53表达增加,差异有统计学意义（P<0.05）。MTT法显示黄芩苷和miR-126 均可抑制乳腺癌细胞的增殖,流式细胞术显示黄芩苷与miR-126 mimics促进癌细胞凋亡。结论 黄芩苷可以抑制乳腺癌细胞的增殖,促进其凋亡,其机制可能与通过上调miR-126调节凋亡相关基因有关。     

鸡miR-181a组织的表达谱及其转录调控区域

【目的】分析鸡miR-181a的转录起始位点,并分析其在1日龄和成年鸡不同组织中的表达谱,以期为研究miR-181a的功能奠定基础。【方法】采用qPCR技术构建miR-181a 在1日龄和成年鸡肝脏、脾脏、肺、小肠、大脑、小脑、下丘脑、脑干、胸腺、心脏和肾脏组织中的表达谱。用version(1.83)分析miR-181a的保守性,并采用ENCODE数据库进行miR-181a转录起始位点和启动子区域的分析。【结果】①采用qPCR检测miR-181a在鸡下丘脑中的表达量和高通量测序的结果一致,1日龄下丘脑中的表达量显著低于成年鸡的表达量（P＜0.05）;②miR-181a 在11个组织中均有表达,且在1日龄和成年鸡脾脏、肺、小肠、大脑、小脑、下丘脑、脑干、胸腺、心脏和肾脏组织的表达量差异显著（P＜0.05）,而在肝脏中表达量的差异不显著（P＞0.05）;③miR-181a的前体miR-181a-1上游区域有一个启动子区和一个潜在的转录起始位点;④miR-181a-1的转录调控区域内存在的多个转录因子,转录因子主要有NFKB,c-Fos等。【结论】鸡miR-181a的表达有组织和时序差异,其成熟序列在脊椎动物中十分保守,上游有一个转录起始位点及启动子区。     

microRNA-34c在不同发育时期雄性小鼠脑组织中的表达分析

【目的】研究microRNA-34c(简称miR-34c)在出生后不同发育时期小鼠嗅球、大脑皮质、小脑皮质及海马中的表达情况,并分析其与小鼠行为活动之间的相关性。【方法】以出生后0,3,7,14,21,28,60和90d的雄性昆明小白鼠为试验动物,以5SrRNA为内参基因,运用荧光实时定量PCR技术,检测miR-34c在小鼠出生后8个不同发育时期嗅球、大脑皮质、小脑皮质和海马中的相对表达量以及在成年鼠脑组织中4个不同部位的相对表达量。【结果】随着小鼠的发育,miR-34c在嗅球、大脑皮质、小脑皮质及海马中的相对表达量均呈现不同程度的递增趋势。在成年鼠中,miR-34c在嗅球、大脑皮质、小脑皮质、海马中的相对表达量差异显著,其中海马中最高,小脑皮质次之,嗅球最低。【结论】miR-34c在出生后不同发育时期小鼠嗅球、大脑皮质、小脑皮质及海马中的表达趋势,与小鼠各种行为活动的出现具有一定的相关性。     

miR-221功能研究进展

miR-221是由内源性发夹(Hairpin)结构转录产物衍生出来的一类长21～28个核苷酸的小分子非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)。通过碱基互补配对原则与靶基因mRNA结合,从而在转录水平引起靶基因mRNA的降解或者抑制其翻译成蛋白。miR-221是成簇分布的miRNA,近来研究表明,miR-221参与调控细胞增殖、凋亡、造血、肿瘤发生等一系列生物进程。文章介绍了miR-221功能研究的进展,为进一步研究miR-221提供了理论基础。     

鸡肌肉发育相关miR-133a-5p分析和关键靶基因筛选

为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因,并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析,比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量;再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制,将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集,筛选关键靶基因。最后,通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明:1)共获得157个靶基因;2)GO富集分析显示,靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程;KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路,也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路;3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块,涉及17个基因;4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后,筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因;5)在GSE93855的表达谱中,PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低,而RNA22 v2评估结果显示,仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上,miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育,其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。     

鸡miR-133a靶向调控BIRC5基因的表达

【目的】研究miR-133a在鸡不同组织中的表达情况,对baculoviral IAP repeat containing 5（BIRC5）进行靶基因的试验验证,探讨鸡miR-133a对BIRC5的靶向调控作用。【方法】采用生物信息学方法对miR-133a靶基因进行预测,并用双荧光素酶报告系统及点突变试验对BIRC5进行靶基因验证,同时运用实时荧光定量PCR检测miR-133a在鸡不同组织中的表达量。【结果】在鸡3′UTR数据库的11 891个基因中预测到287个miR-133a的靶基因;miR-133a在鸡的组织表达谱中显示其在肌肉中的表达量较高,尤其是在骨骼肌中表达量最高;报告基因试验显示BIRC5是miR-133a的靶基因,点突变试验证实了miR-133a在BIRC5上结合的靶位点。【结论】miR-133a是与鸡骨骼肌发育高度相关的miRNA,且鸡BIRC5基因是miR-133a的靶基因。     

miR-125a对人脑微血管内皮细胞功能的调节作用

目的 探讨miR-125a对人脑微血管内皮细胞(HBMECs)功能的影响.方法 体外培养HBMECs,慢病毒感染法沉默HBMEC中miR-125a,qRT-PCR检测HBMECs中miR-125a表达.在正常条件及低密度脂蛋白(ox-LDL)刺激条件下,采用MTT法检测HBMEC细胞增殖能力,血管形成检测试剂盒检测细胞血管形成,分别采用衰老试剂盒和流式细胞仪检测细胞的衰老及凋亡.结果 在正常及ox-LDL处理条件下,miR-125a敲除均能抑制HBMEC细胞增殖及血管形成能力,促进细胞衰老及凋亡.结论 miR-125a调控生理及病理条件下HBMECs多种功能.     

miR-31基因家族的分子进化与靶基因预测

 运用生物信息学方法从miRBase数据库中搜索动物物种miR-31基因家族成员的成熟序列,分析其分子进化特征并预测作用靶基因。结果表明,在49个动物物种中获得63条miR-31基因同源序列;miR-31家族成员大部分位于基因间隔区,少数位于内含子区;miR-31不仅存在于常染色体上,而且部分位于性染色体上。miR-31成熟序列长度在21-24 nt之间,序列同源性较高,部分位点在进化过程中发生了碱基突变和缺失。系统进化树显示,miR-31家族成员可分为2个分支。预测到哺乳动物miR-31拥有20个共同候选靶基因,与细胞生长发育、新陈代谢、信号转导、跨膜运输以及转录调控等过程密切相关。研究结果为深入理解miR-31基因家族的生物学功能奠定基础,也为后续研究提供理论依据。     

miR-92b-3p在禽流感病毒感染与非感染鸭中的表达差异

采用荧光定量PCR方法检测miR-92b-3p在感染与非感染H5N1亚型禽流感病毒状态下SPF鸭不同组织中的相对表达情况。以筛选到在SPF鸭非感染和感染H5N1亚型禽流感病毒状态下差异microRNA的miR-92b-3p。结果表明:miR-92b-3p在感染与非感染鸭的不同组织中均能检测到表达。在非感染鸭的脾脏中相对表达量最高,感染禽流感病毒后在肺脏中的相对表达量最高;感染禽流感病毒后的SPF鸭与对照组SPF鸭相同组织间的相对比较分析显示,miR-92b-3p在感染病毒鸭的肾脏、气管、肺脏、肝脏和心脏中的表达量均高于SPF鸭的相同组织中的表达量。探明在病毒感染状态下miR-92b-3p对水禽的作用机制,为进一步研究miR-92b-3p预防禽流感病毒感染宿主中的作用提供参考。     

miR-376b-5p调控绵羊产羔性状相关基因IGF1的表达

为探讨miR-376b-5p靶向调控IGF1影响绵羊多羔性状的分子机制，本研究根据产羔记录选取高、低产羔数小尾寒羊各5只，同期发情处理后，采集卵泡期卵巢及其他6个组织，通过RT-qPCR、Western blot和双荧光素酶报告基因检测系统分析miR-376b-5p与IGF1在高、低产羔数小尾寒羊各组织中的表达量；并确定二者之间的靶向关系；随后，将体外合成的miR-376b-5p模拟物(mimic)和抑制物(inhibitor)转染至绵羊卵巢颗粒细胞中，检测miR-376b-5p对IGF1表达水平的调控情况，同时对多羔性状TGF-β信号通路中TGFβ1和PTGS2标志因子的表达进行分析。结果表明：1)组织表达谱显示，IGF1在绵羊卵巢组织中的表达量显著高于其他组织(P<0.05);RT-qPCR和Western blot显示，IGF1在高产羔数小尾寒羊卵巢组织中的表达量极显著高于低产羔数小尾寒羊(P<0.01);miR-376b-5p定量结果显示其表达趋势与IGF1相反(P<0.01);2)在线软件预测和双荧光素酶报告系统检测显示，miR-376b-5p可靶向结合IG...