山羊生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因多态性

用PCR-SSCP和测序技术研究了波尔山羊(Capra hircus)和徐淮白山羊(C.hircus)2个群体共147个个体生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因座位的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),结果表明,GHRH基因在第4411处(按GenBank登录号AF242855)丢失了一个碱基G,在2个山羊群体检测到3种基因型(AA、AB和BB);NHβA基因在第995处(按GenBank登录号U16239)丢失了一个碱基T,在2个山羊群体检测到2种基因型(AA和AB),没有检测到BB型个体。这2个位点的突变属首次在山羊中发现,并且均以A等位基因为优势等位基因。同时,计算了2个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)和固定指数(F)。结果显示,在2个山羊群体中,2个基因座均符合Hardy-Weinberg平衡。     

微卫星标记OarHH35和BMS2508 在4个山羊品种中的研究

选择与绵羊(Ovis aries)高繁殖力紧密关联的两个微卫星标记OarHH35和BMS2508，分析其在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态性分布情况。结果表明, 微卫星标记OarHH35在4个山羊(Capra hircus)品种中的等位基因数分别为11、8、7和10, BMS2508在4个山羊品种中的等位基因数分别为9、5、6和7, OarHH35 /BMS2508在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态信息含量值分别为0.8294/0.8047,0.8399/0.6894, 0.7985/0.6910 和 0.8582/0.7688。2个微卫星基因座对湘东黑山羊产羔数的效应分析表明，微卫星标记BMS2508和OarHH35对山羊的产羔数有显著影响(P < 0.05)。在OarHH35基因座，135/135 bp基因型的最小二乘均值最高(3.67只/胎)，123 /135 bp和125 /125 bp基因型的最小二乘均值也达到了3.00只/胎，表明等位基因135和125 bp对湘东黑山羊产羔数具有显著的正效应。在BMS2508基因座，基因型132 /145 bp和93 /132 bp对产羔数效应的最小二乘均值分别为4.00和3.23只/胎，而基因型122 /122 bp对产羔数效应的最小二乘平均值只有1.00只/胎，因此等位基因145和93 bp对湘东黑山羊产羔数有显著正效应，等位基因122 bp对湘东黑山羊产羔数无显著效应。     

藏绵羊DQA座位基因的适应性进化研究

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)是脊椎动物重要的功能基因家族之一,其所编码的MHC分子具有维持机体世代适应环境变化的能力和功能,是研究动物适应性进化研究的最佳遗传标记.本研究选择青藏高原的主要畜种资源——藏绵羊(Ovis aries)为研究对象,利用聚合酶链式反应-单链构象多态(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)技术对甘肃(欧拉,乔科和甘加型)和青海(青海欧拉型和青海高原型)的5个藏绵羊生态群体的DQA座位基因遗传特征进行研究,以期揭示其与藏绵羊高原适应性进化的机制;结果在藏绵羊DQA座位的2个基因中发现了33个等位基因和125个核苷酸变异位点,表明5个生态群体藏绵羊的DQA座位基因均具有丰富的多态性;分析证明平衡选择是维持藏绵羊DQA座位基因多态性的主要机制之一,甘肃和青海5个藏绵羊生态群体DQA座位基因区域之间的变化(among groups)小于同一区域不同群体间的变化(among population with groups),进一步说明藏绵羊DQA座位基因发生了正选择作用和适应性进化.研究结果将为藏绵羊的遗传改良和种质创新提供基础数据.     

微卫星标记OarHH35和BMS2508在4个山羊品种中的研究

选择与绵羊(Ovisaries)高繁殖力紧密关联的两个微卫星标记OarHH35和BMS2508,分析其在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态性分布情况。结果表明,微卫星标记OarHH35在4个山羊(Caprahircus)品种中的等位基因数分别为11、8、7和10,BMS2508在4个山羊品种中的等位基因数分别为9、5、6和7,OarHH35/BMS2508在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态信息含量值分别为0.8294/0.8047,0.8399/0.6894,0.7985/0.6910和0.8582/0.7688。2个微卫星基因座对湘东黑山羊产羔数的效应分析表明,微卫星标记BMS2508和OarHH35对山羊的产羔数有显著影响(P<0.05)。在OarHH35基因座,135/135bp基因型的最小二乘均值最高(3.67只/胎),123/135bp和125/125bp基因型的最小二乘均值也达到了3.00只/胎,表明等位基因135和125bp对湘东黑山羊产羔数具有显著的正效应。在BMS2508基因座,基因型132/145bp和93/132bp对产羔数效应的最小二乘均值分别为4.00和3.23只/胎,而基因型122/122bp对产羔数效应的最小二乘平均值只有1.00只/胎,因此等位基因145和93bp对湘东黑山羊产羔数有显著正效应,等位基因122bp对湘东黑山羊产羔数无显著效应。     

牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析

脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是脂肪代谢过程中的关键酶，LPL基因被确定为影响相关肉质性状的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术对安格斯牛、海福特牛、中国西门塔尔牛、夏洛来牛、鲁西牛和西门塔尔×蒙古牛杂交牛6个品种的238头个体LPL基因进行多态性分析。结果表明，扩增片段大小为378bp的片段存在MspⅠ酶切多态性，263bp处发生A/G突变。 实验中所有牛品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。除安格斯牛外，其它群体均处于中度多态（0.250.05）     

猪促甲状腺激素β基因(TSH-β)多态分布及与经济性状的关联分析

为研究猪促甲状腺激素口基因(TSH-β)的多态分布情况及与生长肉质性状的关联性,本研究对TSH-β基因全序列进行再测序,发现3个单核苷酸突变座位:位于5'非转录区多态座位A-175G、位于编码区非同义突变座位G+52A,以及位于内含子的突变座位G+570A.采用PCR-RFLP和四引物ARMS-PCR方法对皮特兰、长白、杜洛克、约克夏、金华猪、岔路黑猪和嘉兴黑猪七个纯种猪群以及金皮资源家系F2代群体共计548头个体进行多态分型,并在F2代群体中分析了TSH-β多态座位与生长和肉质性状的关联性.结果表明,猪TSH-β基因具有较高的遗传多样性(Shannon多样性指数总体均值为0.48),且存在相当程度的品种间遗传分化(Fst=0.5389).其中,座位A-175G在4个国外品种和岔路黑猪中的优势等位基因为A,而在金华猪和嘉兴黑猪中的优势等位基因为G,关联分析显示AA型个体在胴体长、日增重、后腿重和后腿肌肉重方面显著高于GG型个体(P<0.05):座位G+52A的多态性主要存在于金华猪中,而在其他猪种中表现为低杂合度或完全纯合于等位基因G,且与肌内脂肪含量有显著关联;座位G+570A的多态性仅存在于我国的嘉兴黑猪和金华猪中,其他猪种表现为完全纯合于等位基因G,关联分析结果表明GG型个体在胴体长和后腿肌肉重方面显著高于AA型个体.研究结果提示,TSH-β基因可考虑为猪4号染色体相关QTL的功能候选基因.     

五指山猪近交家系Ⅰ系F19～F21群体微卫星位点等位基因遗传变化

探索五指山猪近交系Ⅰ系F19～F21等位基因的遗传学规律。本研究以五指山小型猪(Susscrofa)近交系Ⅰ系53个个体为研究对象,利用14对多态性微卫星位点,通过估算其基因杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和等位基因数(N)等参数,检测近交系Ⅰ系微卫星纯合度及等位基因遗传变化。具有多态性的14个微卫星基因座上共检测到28个等位基因,其中F19、F20和F21群体检测分别到28、26和24个等位基因,平均每个位点分别仅有2.00、1.86和1.70个等位基因;3个世代总群体平均PIC为0.24,H为0.31,均低于F18代;其中有5个基因座在第19代已经达到完全纯合。Sw1377在第21代也全部纯合。但少数基因一直表现出高度杂合状态,如Sw902、S0036和Sw874。推测这些基因可能与五指山小型猪维持其某种性状相关。本研究结果为大型动物近交系培育提供了依据。     

表皮生长因子受体基因(EGFR)多态性及其与山羊产羔数的相关分析

表皮生长因子受体是雌性生殖功能的关键因子,本研究旨在分析表皮生长因子受体基因(epidermal growth factor receptor,EGFR)的多态性与山羊繁殖性能之间的关系.参考牛的EGFR基因序列设计14对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术检测在西南地区具有代表性的10个山羊(Cap ra hircus)品种(马头山羊、波尔山羊、古蔺马羊、川东白山羊、大足黑山羊、贵州白山羊、金堂黑山羊、板角山羊、成都麻羊和南江黄羊)中EGFR基因的单核苷酸多态性,并且在贵州白山羊、古蔺马羊和川东白山羊中分析EG FR基因多态性与山羊繁殖力之间的相关性.结果显示,14对引物中有2对引物(P3和P13)的扩增片段出现多态性.对于P3的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到AA、AB和BB三种基因型,测序分析表明BB基因型与AA基因型相比有一处单碱基突变(115837C→T).在3个品种中,AA基因型和AB基因型的产羔数最小二乘均值差异不显著(P＞0.05),BB基因型的样本非常有限,没有统计意义;对于P13的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到GG、HH和GH型三种基因型,测序分析表明HH基因型与GG基因型相比有一处单碱基突变( 173015 G→A).GG基因型在贵州白山羊和川东白山羊中产羔数最小二乘均值显著高于GH基因型(P＜0.05),而在古蔺马羊样本中只存在GG基因型,HH基因型的样本在三个品种中都很少存在.本研究初步表明,EGFR基因可能是影响山羊产仔数性状的一个主效基因或是与该性状紧密遗传连锁的一个分子遗传标记.     

微卫星标记分析广西水牛遗传多样性

为研究广西沼泽型水牛(Bubalus bubalis)核基因组的多态性,采用23对荧光标记微卫星引物,对随机抽取的60个广西本地水牛样本进行了PCR检测。结果表明,23对引物中,有19对可以获得特异性产物且存在多态,平均有效等位基因数为4.0189,基因座ILSTS086含有13个等位基因;各微卫星基因座的平均杂合度变化范围为0.1852~0.4722,ILSTS019基因座平均杂合度最高(0.4722),而ILSTS017平均杂合度最低(0.1852);群体基因平均多态信息含量(PIC)为0.6639,19个标记中有18个PIC大于0.5,属高度多态位点。     

神经肽Y-Y1受体基因(NPY-Y1R)多态性及其与山羊繁殖性能关系

设计5对引物(P1～P5),用限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)方法检测神经肽Y-Y1受体(neuropeptide Y-Y1 receptor,NPY-Y1R)基因在山羊(Caprar hircus)性早熟、高繁殖力品种(济宁青山羊),性晚熟、中等繁殖力品种(波尔山羊)以及性晚熟、低繁殖力品种(安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性(SNP),同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响.结果发现仅引物P2、P4和P5的扩增片段具有多态性.引物P2在济宁青山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中检测到AA、AB和BB型,在波尔山羊中只检测到AA和AB型;测序发现BB型与AA型相比存在1个突变(C625G),没有引起氨基酸变化;济宁青山羊从、AB与BB基因型之间产羔数差异均不显著(P＞0.05).引物P4在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD型与CC型相比发生了G1141A突变.没有引起氨基酸变化;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著(P＞0.05).引物P5在济宁青山羊中检测到EE和EF基因型,在其余3个山羊品种中只检测到EE型;测序发现EF型与EE型相比发生了C1330T突变,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间NPY-Y1R基因型分布差异均达到极显著(P＜0.01)水平,后3个品种之间均无显著差异(P＞0.05);EF型济宁青山羊产羔数均值比EE型多0.58只(P＜0.01).研究结果初步表明NPY-Y1R基因的F等位基因与济宁青山羊性早熟和高繁殖力相关.     

利用微卫星标记分析6个山羊品种遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了山西黎城大青羊、吕梁黑山羊、阳城白山羊、新疆南疆山羊、新疆北疆山羊以及宁夏中卫山羊6个地方山羊品种的分子水平上的遗传多样性,结果表明:19个微卫星位点均为中度和高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.6859"0.7083;6个品种平均位点杂合度在0.3832"0.4277之间。遗传分化系数表明:BM203、BM023、BMS6526和BM8754个位点的遗传分化系数(GST)估算值较大,分别为0.0475、0.0491、0.0107和0.0262,BM3033值最小,为0,表明前4个位点在不同品种间的基因分化占总群杂合度的4.75#、4.91#、1.07#和2.6#;其它位点遗传分化系数(GST)值不高,遗传变异主要存在于各个品种内,品种间遗传变异不大。以Nei氏标准遗传距离的UPGMA和N-J聚类结果表明,吕梁黑山羊与阳城白山羊具有较近的亲缘关系,黎城大青羊与新疆南疆山羊具有较近的亲缘关系;以共祖距离的UPGMA和N-J聚类结果,阳城白山羊与新疆南疆山羊亲缘关系较近,山西地方山羊与新疆山羊有可能存在一定的基因交流。     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

of Goat Follicle-stimulating Hormone Receptor (FSHR) Gene

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Capra hircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性 (SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列， 并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现， FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换，也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊 (Ovisaries L.) 和普通牛( Bos taurus) FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明，山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%；在物种间比较中，绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%；据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示，山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类；山羊和绵羊先聚为一类，然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

山羊雌激素受体(ESR)基因部分外显子多态性分析

雌激素受体(estrogen receptor,ESR)与雌激素专一性地结合,并通过与雌激素的相互作用来调节生殖机能相关基因的表达,在动物繁殖中起着重要作用。研究采用PCR-SSCP和测序方法分析ESR基因外显子1、4在部分山羊(Capra hircus)品种中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊繁殖力的影响。结果表明：ESR基因外显子1、4在所检测的济宁青山羊、波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中均不存在多态性;山羊扩增片段核苷酸和氨基酸序列与人、牛、猪、马、绵羊、大鼠、小鼠和鸡8个物种的同源性分别为51.3%～97.3%和64.5%～98.3%;山羊ESR基因氨基酸序列存在2处特有突变,分别是外显子1第81位插入一个脯氨酸(P)和外显子4第4位由天冬氨酸突变为天冬酰胺(D4N)。哺乳动物ESR基因外显子1、4序列保守性强,该区域可能不是影响山羊高繁殖力的功能结构域。     

山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

山羊美臀突变基因（CLPG）的多态性鉴定及其与生产性能的关系

Callipyge绵羊的臀部肌肉明显肥大,呈极性超显性遗传。研究克隆了山羊（Capra hircas）美臀突变基因(CLPG) 250 bp的序列(GenBank登录号：EU753362), 对其多态性及其与山羊生产性能的关系进行了分析。结果表明,所扩增片段与绵羊和猪相应片段的同源性分别为96.04%和88.65%。PCR-SSCP分析表明,在该DNA区段存在多态性。测序结果显示,在对应于绵羊（Ovis aries）的CLPG基因没有发现A→G的突变,但在该位点下游147 bp处检测到一个A→C的颠换,记为SNP216。对波尔山羊(n　=63)、莱芜黑山羊(n　=70)、鲁波杂交山羊(n　=40)、鲁北白山羊(n　=29)和内蒙古阿拉善白绒山羊(n　=115)共5个群体的多态性进行了检测,结果表明：除鲁北白山羊以外,A等位基因均为优势等位基因;波尔山羊、莱芜黑山羊、鲁北白山羊和鲁波杂交山羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P　＞0.05）,而内蒙古阿拉善白绒山羊群体显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P　＜0.01）;不同基因型的内蒙古阿拉善白绒山羊的初生重、从出生到断奶时的增重及产绒量的最小二乘均值差异不显著（P　＞0.5）。     

催乳素受体基因多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

设计8对引物，采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(prolactin receptor，PRLR)基因外显子3至外显子9和内含子9在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊）和低繁殖力山羊品种（辽宁绒山羊、安哥拉山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果表明：8对引物中，只有扩增内含子9的P8引物的扩增区域具有多态性，其余7对引物的扩增片段都不存在多态性。对于P8扩增片段，在济宁青山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中都只检测到AA型和AB型。 测序表明AB型与AA型相比有1处突变（209A→G），该突变位于PRLR的第9内含子。济宁青山羊2 种基因型之间产羔数的最小二乘均值差异不显著（P>0.05）。这些结果初步表明检测的PRLR基因位点对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。     

Assessment of genetic diversity in Galega officinalis L. using ISSR and SRAP markers

Goat’s rue is well known for its traditional medicinal importance. In the present study, inter-simple sequence repeat (ISSR) and sequence related amplified polymorphism (SRAP) molecular markers were employed for the first time to access the genetic diversity and relationships of 35 wild goat’s rue accessions obtained from Russia and part of Europe countries. A total of 100 bands were amplified by ten ISSR primers, of which 77(77%) were polymorphic, and 59 polymorphic bands (67.1%) were observed in 88 bands amplified by seven SRAP primers. Polymorphic information content (PIC?=?0.426), Shannon’s information index (I?=?0.432), and average expected heterozygosity (He?=?0.292) generated by ISSR primer were higher than that of SRAP analysis (PIC?=?0.422, I?=?0.380, and He?=?0.257,). The study indicated that ISSR were more effective than SRAP markers for assessing the degree of genetic variation of goat’s rue. UPGMA cluster analysis revealed inconsistencies in the clustering patterns, as the Mantel’s test between the dendrograms for ISSR and SRAP data indicated a poor fit for the ISSR and SRAP data types (r?=?0.358). Whereas the pattern of clustering of the genotypes remained more or less the same in SRAP and combined data of ISSR and SRAP. The results of principal coordinates analysis also supports their UPGMA clustering. These results have an important implication for goat’s rue germplasm characterization, improvement, and conservation.